Между внутренним и внешним аудитом имеются и существенные различия. Это, прежде всего различия в уровнях независимости. Органы внутреннего аудита создаются на самом предприятии, подчиняются его руководству и находятся полностью на его содержании. В связи с этим независимая деятельность органов внутреннего аудита возможна, как правило, только в отношениях структурных подразделений предприятия, деятельность которых подвергается проверке. Что касается органов внешнего аудита, то они полностью как материально, так и организационно независимы от аудируемого предприятия и осуществляют свою деятельность на договорной основе.
Очень важно, чтобы деятельность органов (служб) внутреннего аудита на предприятии была четко регламентирована соответствующим Положением (внутрифирменным стандартом), предусматривающим их права и обязанности, а также гарантии руководства предприятий по обеспечению их эффективной работы.
Различия между внутренним и внешним аудитом вытекают также из их основных задач и из времени выполнения работы. Если основной задачей внутреннего аудита является подготовка информационных материалов о финансово-экономическом состоянии данного предприятия для руководства, то главная задача внешнего аудита — подготовка соответствующего заключения для внешних заинтересованных пользователей: акционеров, инвесторов, налоговой службы, банков, партнеров по бизнесу, органов власти и т. д.
Внутренний аудит, являясь составной частью внутрихозяйственного контроля на предприятии, осуществляется непрерывно. Периодичность внешнего аудита, как правило, — один раз в год.
Основные различия состоят в том, что внутренний аудит направлен на оказание помощи менеджерам в осуществлении ими контрольных функций, тогда как внешний аудит служит интересам сторонних групп. Можно сказать, что функции этих двух видов контроля дополняют друг друга, служа различным целям.