Начавшиеся казни вызвали резкий протест со стороны высшего духовенства. Митрополит Филипп посетил царя и долго беседовал с ним наедине. Убедившись в тщетности увещаний, он выждал момент, когда царь со всей своей свитой явился на богослужение в кремлевский Успенский собор, и при большом стечении народа произнес проповедь о необходимости упразднить опричнину. Это нарушило благочиние церковной службы и имело неблагоприятный для Грозного исход. На другой день о столкновении царя с митрополитом говорила вся столица [13, с. 10].
Открытый раздор с главой церкви ставил Грозного в исключительно трудное положение. Он вынужден был удалиться в слободу и заняться там подготовкой суда над Филиппом. Опричные власти поспешили вызвать из Новгорода преданного царю архиепископа Пимена, а затем направили в Соловки особую следственную комиссию, состоявшую из опричников и духовных лиц.
Комиссия произвела розыск о жизни Филиппа в Соловецком монастыре и с помощью угроз и подкупа принудила нескольких монахов выступить с показаниями, порочившими их бывшего игумена. Вернувшись с Соловков, следственная комиссия представила боярам материалы о порочной жизни митрополита. К тому времени оппозиция в думе была обезглавлена террором, и никто не осмелился высказать вслух своих сомнений. Послушно следуя воле царя, земская боярская дума вынесла решение о суде над главою церкви. Чтобы запугать Филиппа, царь послал ему в монастырь зашитую в мешок голову его троюродного брата М. И. Колычева. Филиппа судили в присутствии Боярской думы и высшего духовенства. Филипп принужден был служить службу после того, как соборный суд вынес ему приговор. В середине службы в Успенский собор ворвались опричники. С Колычева содрали клобук и мантию, бросили его в простые сани и увезли его в Богоявленский монастырь [12, с. 35].
Признанный виновным в «скаредных делах», Колычев подлежал вечному заточению в монастырской тюрьме. Смолкли голоса недовольных в земщине. Не только заговорщиков, но и заподозренных в сочувствии им постигла суровая кара. Прошел год, и усиливавшийся террор поглотил не только противников опричнины, но и тех, кто стоял у ее колыбели.
