Одним из преобразований Петра I была осуществлённая им реформа церковного управления, направленная на ликвидацию автономной от государства церковной юрисдикции и подчинение российской иерархии Императору. В 1700 году, после смерти патриарха Адриана, Пётр I вместо созыва собора для выборов нового патриарха временно поставил во главе духовенства митрополита Рязанского Стефана Яворского, получившего новый титул Блюстителя патриаршего престола или «Экзарха».
Для управления имуществом патриаршего и архирейских домов, а также монастырей, в том числе и принадлежащими им крестьянами (примерно 795 тыс.) был восстановлен Монастырский приказ во главе с И. А. Мусиным-Пушкиным, который вновь стал ведать судом над монастырскими крестьянами и контролировать доходы от церковно-монастырских землевладений.
В 1701 вышла серия указов для реформирования управления церковно-монастырскими владениями и устройства монашеского быта. Наиболее важными были указы 24 и 31 января 1701 г.
В 1721 году Пётр утвердил Духовный регламент, составление которого было поручено псковскому епископу, приближённому царя малороссу Феофану Прокоповичу. В результате произошла коренная реформа церкви, ликвидировавшая автономию духовенства и полностью подчинившая его государству.
В России было упразднено патриаршество и учреждена Духовная коллегия, вскоре переименованная в Святейший Синод, который был признан восточными патриархами равночестным патриарху. Все члены Синода назначались Императором и приносили ему верноподданическую присягу при вступлении в должность.
Военное время стимулировало изъятие ценностей из монастырских хранилищ. Пётр не пошёл на полную секуляризацию церковно-монастырских владений, которая была осуществлена значительно позже, в начале царствования Екатерины II.
