После провозглашения в 1804 году Наполеона императором Франции и казни герцога Энгиенского политическая ситуация в Европе была довольно запутана. В эти запутанные европейские дела решительно вмешался император Александр I, которым двигали самые мотивы. Не последним из них, была его личная неприязнь к Наполеону. С открытием военных действий Австрии и России против Франции в 1805 г. ему был вверен авангард армии, которой командовал Кутузов. Из-за крайне неудачных действий австрийцев русская армия дважды оказывалась перед угрозой окружения, и дважды авангард, становясь арьергардом, геройски прикрывал отход основных сил Кутузова. Особенно в трудном положении русская армия оказалась после сдачи австрийцами Вены. Командовавший арьергардом Багратион провёл ряд успешных боевых операций, обеспечивая отступление главных сил. Особенно Багратион проявил себя в сражении при Шёнграбене, его 6-тысячный отряд весь день 4 ноября сдерживал натиск впятеро превосходившего его противника. Лишь получив сведения о благополучном отходе русских войск, он штыками проложил себе путь через кольцо окружения и присоединился к Кутузову, при этом привел еще пленных и принес захваченное знамя. За этот блистательный подвиг он был удостоен чина генерал-лейтенанта, а 6-й егерский полк, вновь составлявший основу его отряда, первым из полков русской армии получил в награду серебряные трубы с Георгиевскими лентами. Сам Багратион был пожалован орденом святого Георгия 2-й степени и чин генерал-лейтенанта. В Аустерлицком сражении (20 ноября) его отряд, действуя на правом фланге союзной армии, смог устоять перед натиском французов, а затем прикрывал отступление расстроенной армии. Само построение сражения и подготовка к нему изобиловали ошибками командования, в том числе и самого Кутузова. После Аустерлица Пётр Иванович был представлен Кутузовым лишь к «похвальному рескрипту» и никаких иных наград не получил. Хотя некоторые военачальники менее удачно проведшие сражение были представлены к орденам. Этот факт говорит о не очень гладких отношениях Кутузова и Багратиона.
Осенью 1806 года в Европе началась новая война с Наполеоном. Инициатором её стала Пруссия. Для России война с Францией началась 18 ноября 1806 года, когда был объявлен соответствующий манифест Александра I. К этому времени прусской армии уже не существовало больше месяца. В кампаниях 1806−07 годов Багратион, командуя арьергардом российской армии, отличился в сражениях у Прейсиш-Эйлау и под Фридландом.
