Преобразования в области организации армии в 60-е годы заключались в стремлении сократить численный состав войск в мирное время и создать условия для максимального развёртывания вооружённых сил во время войны, не прибегая при этом к формированию новых тактических единиц.
В соответствии с этой задачей была принята новая организация армии. Вся пехота по этой организации состояла из 47 дивизий (вместо 28 в прошлом), дивизии — из 4-х полков, полки из трёх батальонов, каждый батальон из 5 рот — четырёх линейных и одной стрелковой. В военное время численность батальона определялась в 900 рядовых в строю. Для мирного времени устанавливалось три штатных состава: усиленный — 680 рядовых в батальоне, обыкновенный — мирный — 500 рядовых и кадровый — 320 рядовых.
Число артиллерийских бригад также увеличивалось с 28 до 47. Каждая артиллерийская бригада состояла из 3-х батарей, численный состав которых изменялся так же, как и в пехоте.
Кавалерия по новой организации войск состояла из 56 полков, составлявших 10 кавалерийских дивизий.
В результате новой организации войск численность вооружённых сил к 1-му января 1868 года составляла по штатам мирного времени 726 тысяч человек, а по штатам военного — 1 154 000 человек.
Для развёртывания армии в случае войны имелся обученный людской запас в составе 500 тысяч человек, образовавшийся за счёт увольнения во временные отпуска солдат на 5 — 6 году службы.
Таким образом, новая система организации армии создавала условия для некоторого развёртывания её во время войны, не прибегая при этом к формированию новых тактических единиц.
В результате военно-окружной реформы, осуществлённой в 1864 году, было создано 15 военных округов, сосредоточивших в себе все командные и военно-административные функции в отношении войск, расположенных в определённом районе.
Наряду с созданием местных органов военного управления проводилась и реорганизация Военного министерства, закончившаяся в 1868 году. В результате этой реформы Военное министерство концентрировало в своих руках все командные, военно-административные и хозяйственные функции по отношению ко всем сухопутным военным силам. Как специальные рода войск, так и военно-учебные заведения, не подчинявшиеся ранее Министерству, были переданы целиком в его ведение.
В результате осуществлённой реформы был сокращён аппарат Министерства и значительно уменьшена переписка. Благодаря созданию военных округов за Военным министерством оставалось лишь общее руководство и контроль за деятельностью местных органов военного управления.
Военно-судебная реформа, осуществлённая во второй половине 60-х годов, вводила новые принципы буржуазного судопроизводства в армии (гласность, состязательность процесса и т. д.).
Если по военно-судебному уставу военный суд предназначался в мирное время для рассмотрения дел военнослужащих, то вскоре, в страхе перед растущим революционным движением, правительство передало в ведение его и дела по так называемым государственным преступлениям.
