Опыт реализации информационных технологий в собственных исследованиях

Построение дендрограммы штаммов вируса клещевого энцефалита, выделенных на территории Беларуси и взятых из компьютерного банка данных Gen Bank.

Генетическое типирование штаммов вируса КЭ (клещевой энцефалит), изолированных на территории Беларуси, проводили с помощью молекулярной гибридизации. Дальнейшие исследования были направлены на определение нуклеотидных последовательностей фрагментов геномов белорусских штаммов вируса КЭ.

Филогенетический анализ проводили с использованием данных, опубликованных в GenBank, относительно штаммов вируса КЭ из Латвии и Литвы. В качестве прототипных штаммов трех генотипов вируса КЭ использованы штаммы Софьин (генотип 1), Neudoerfl (генотип 2) и Васильченко (генотип 3). Анализ нуклеотидных последовательностей выполняли с помощью программы BioEdit ver.5.0.9. Для филогенетического анализа использовали пакет программ Treecon ver.1.3b.

На рис. 1 представлена дендрограмма, построенная по результатам анализа. Из дендрограммы видно, что все исследованные штаммы группировались с прототипным штаммом Absettarov. Такая топология дендрограммы поддерживалась результатами статистического анализа (значение бутстреппинга — 85%). Следует отметить, что наиболее близким к исследованным штаммам был вирус КЭ, выделенный на территории Латвии — штамм Latvia-8110. Генетическое расстояние между этими штаммами составило 0,005 нуклеотидных замен/сайт. Следует отметить, что все штаммы КЭ, входящие в состав кластера, соответствующего Западному генотипу вируса были чрезвычайно генетически близки между собой — среднее генетическое расстояние составило 0,031 нуклеотидных замен/сайт.

Таким образом, результаты молекулярно-биологических исследований позволили установить типовую принадлежность 3-х исследованных штаммов вируса клещевого энцефалита. Результаты филогенетической реконструкции позволили подтвердить полученные данные и установить филогенетические взаимоотношения исследованных штаммов со штаммами КЭ, циркулировавшими в сопредельных странах — Латвии и Литве.