В постсоветской археографической деятельности сохранилась и получила новое развитие система взаимодействия архивных учреждений с центрами исторической науки — научно-исследовательскими институтами и вузами. Открытие архивов способствовало расширению системы.
Сотрудничество историков-археографов и архивистов-археографов практикуется в разных формах: 1) первые выступают в качестве руководителей и научных редакторов, а вторые — в роли исполнителей; 2) работа ведется совместно на всех уровнях. Публикация может готовиться и одними историками, как и одними архивистами. Крупные археографические проекты разрабатываются общими усилиями.
Больше всего с федеральными и ведомственными архивами сотрудничают научно-исследовательские институты РАН. На первом месте здесь Институт российской истории (а также его Санкт-Петербургское отделение), который принял активное участие в большом количестве публикаций по разным аспектам отечественной истории. Институт всеобщей истории РАН, Институт славяноведения, Институт Дальнего Востока и другие академические институты и их региональные филиалы специализировались на тематике, соответствующей их профилю.
Среди неакадемических научно-исследовательских центров должен быть выделен Институт военной истории Министерства обороны РФ, тесно сотрудничающий с соответствующими федеральными и ведомственными архивами.
Российский независимый институт социальных и национальных проблем выступал главным организатором подготовки серии «Политические партии России. Конец XIX — первая треть ХХ века. Документальное наследие».
Историки из вузов сотрудничают преимущественно с региональными архивами, но не только. НИИ ПЭИР ВолГУ принимал участие в масштабных проектах, таких, как «Военнопленные в СССР. 1939;1956 гг.», совместно с ГАРФ и др.
