Событиями начала апреля 1774 года заканчивается оренбургский этап восстания под руководством Е. Пугачева. Однако до конца лета правительственные войска не смогут разбить повстанцев полностью. Только 24 августа под Царицыном пугачевцы потерпят окончательное поражение. Через две недели после этого казаки выдадут своего вождя властям, а 10 января 1775 года Пугачев будет казнен в Москве на Болотной площади.
Причины поражения восстания, кроме его слабой организованности, недостаточности и устарелости вооружения, отсутствия ясных целей и конструктивной программы восстания, таились в его разбойном характере, жестокость восставших вызывала негодование в обществе. Пугачеву было суждено потерпеть поражение и потому, что государственный механизм работал достаточно слаженно, и Екатерине II удалось быстро мобилизовать необходимые ресурсы для подавления восстания.
Крестьянская война не привела к каким-либо изменениям социального положения крестьянства, не облегчила его жизнь. Напротив, свои выводы сделало правительство: в 1775 в стране была проведена новая губернская реформа, увеличившая количество губерний. Автономия казачьих войск была ликвидирована раз и навсегда. Вместе с тем по отношению к Уральскому войску делаются экономические послабления. Река Яик переименована в Урал.
Восстание Пугачёва нанесло огромный ущерб металлургии Урала. К восстанию полностью присоединились 64 из 129 существовавших на Урале заводов, численность приписанных к ним крестьян составляло 40 тысяч человек. И хотя заводы удалось быстро восстановить, восстание заставило пойти на уступки по отношению к заводским работникам.
19 мая 1779 г. был издан манифест об общих правилах использования приписных крестьян на казенных и партикулярных предприятиях, который несколько ограничивал заводчиков в использовании приписанных к заводам крестьян, ограничивал рабочий день и увеличивал оплату труда.
Страх новой «пугачевщины» заставил образованное общество обсуждать пути решения «крестьянского вопроса», что подтолкнуло дворянство впоследствии смягчить, а затем и отменить крепостное право в 1861.