Курагинский район имеет достаточно разветвленную речную систему. Все крупные реки берут начало в горной местности и имеют типично горный характер: быстрые, бурные, порожистые. Половодье в мае-июне и дождливые паводки, которые бывают 10−15 раз за лето, делают реки особенно опасными для сплавов, а множество порогов повышает категорийность рафтинга. Самые крупные из них — Туба, Казыр, Кизир, Амыл и Сисим. Туба образуется от слияния рек Казыр и Амыл, а Кизир впадает в Казыр. Все реки Курагинского района (кроме Сисим) через Тубу впадают в Енисей (Красноярское море). Сисим тоже впадает в крупнейшую артерию края, но самостоятельно.
Множество маленьких речек и ручьев, образованных от таяния снегов и дождей в горах, впадают либо в Казыр, либо в Кизир. Казыр берет свое начало в Тофаларии Иркутской области, на северном склоне горы Таскинь. Живописные, но опасные для преодоления пороги Гуляевский, Базыбайский, Верхнетатский, Щеки, Убинский, Табратский известны любителям рафтинга всей страны. Его длина до сливания в Тубу 300 км.
Кизир — самый крупный приток Казыра, тоже начинается в горах Саяна — на отрогах Красного Вала, совсем не далеко от Казыра. Однако сегодня эта река гораздо грязнее, чем Казыр, и это результат стоков золотодобывающего производства в Артемовске и Чибижске и промышленных отходов Краснокаменского железодобывающего рудника.
Сисим — горно-таежная река. Берет начало на западных склонах Майского белогорья, очень живописна, порожиста и привлекательна для сплавного туризма. На его русле очень мало населенных пунктов, поэтому она экологически чиста и богата рыбой.
Курагинский район также богат озерами, расположенными в горной тайге, самые крупные из них находятся в междуречье Казыра и Кизира. Это Тиберкуль, Тагасук, Можарское, Семеновское, Варлаама и др. Одни имеют ледниковое происхождение, другие — тектоническое и карстовое. Озера глубокие, вода в них чистая и холодная, но к июлю большинство озер прогревается и вода в них становится пригодной для купания.
Ряд мелких безымянных озер тянется вдоль речных долин, называемых старицами. Их много на реках Шушь, Кизир, Казыр. Система Тридцатых озер образовалась в результате горных обвалов — искусственных плотин. Все эти озера соединены между собой. Высоко в горах немало подпрудных озер, образовавшихся в результате весенне-летнего подтаивания снега на вершинах и заполнившие каменные углубления прозрачной водой. Их называют Горными блюдцами [17].
