Анализ ДНК-полиморфизма гороха посевного

Выводы

1. Проведен анализ молекулярно-генетического полиморфизма 40 линий, сортов и мутантов гороха посевного по SSRи RAPD-маркерам. Составлена база данных, представляющая генотипы исследованных образцов по 24 микросателлитным локусам и 205 RAPD-фрагментам, па основе которой разработаны подходы для паспортизации и идентификации сортов и линий гороха этими методами. Выявлены полиморфные SSRи RAPD-маркеры, характерные для определенных линий и сортов гороха.

2. Установлено, что средний уровень полиморфизма среди изученных форм составляет 65,54% по SSR-маркерам и 25,85% по RAPD-маркерам. Генетическое разнообразие у сортов овощного направления селекции по микросателлитным маркерам в 1,5 раза ниже, чем у сортов зернового направления и маркерных линий, а наименьшие различия по исследованным локусам наблюдаются между мутантами и их исходными сортами и составляют в среднем 9,38% по SSR-маркерам и 3,63% по RAPD-маркерам.

3. Обнаружен впутрилинейный полиморфизм по RAPD-маркерам у 12 различных форм гороха посевного, составляющий в среднем 4,84%. Впутрилинейный SSR-полиморфизм обнаружен у 5 из 12 проанализированных форм и составляет в среднем 7,64%>

4. Построен фрагмент молекулярно-генетической карты I группы сцепления гороха посевного. Впервые локализованы новая морфологическая мутация chi42, 1 SSRи 7 RAPD-маркеров.

5. Показано, что выращивание растений гороха в течение трех последовательных поколений в условиях космического полета не приводит к изменению аллельного состава изученных ДНК-маркеров у потомства этих растений.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Проведенная работа посвящена изучению молекулярно-геиетического полиморфизма гороха посевного. Не первый этап состоял в описании полиморфизма и изучении распределения маркеров двух разных типовRAPD и SSR — у 40 линий, сортов и мутантов гороха. В общей сложности было проанализировано 24 SSRи 205 RAPD-локусов.

По обоим типам маркеров был обнаружен высокий уровень генетического разнообразия. 75,46% RAPD-маркеров выявляли полиморфизм на исследованной выборке. Все исследованные микросателлитные локусы были полиморфны, при этом среднее количество аллелей на локус составило 5,17, а среднее значение индекса полиморфизма — 0,635, что хорошо согласуется с литературными данными [Loridon et al., 2005]. Анализ распределения аллелей изученных локусов показал, что различия между линиями и сортами гороха по микросателлитным локусам значительно превышают уровень различий, рассчитанных по данным RAPD-анализа, что свидетельствует о высокой эффективности данного метода. Средний уровень межлипейного RAPD-полиморфизма гороха посевного составляет 25,85%, а SSR-полиморфизма — 65,54%), что в 2,5 раза выше. Тем не менее, данные, полученные при помощи обоих методов, обнаруживают сходную тенденцию.

В результате проведенной работы было обнаружено, что уровень внутригрупповой изменчивости овощных сортов по микросателлитным локусам в 1,54 раза ниже, чем у зерновых сортов. Значения полиморфизма среди зерновых сортов и среди маркерных линий близки. Данные RAPD-анализа показывают ту же тенденцию, но меньший диапазон различий. Среднее число аллелей на SSR-локус для овощных сортов также значительно ниже, чем у зерновых сортов. Таким образом, овощные сорта образуют отдельную группу, характеризующуюся сниженным уровнем генетического разнообразия, и достаточно четко отделяющуюся от зерновых сортов и маркерных линий. Кроме того, все три группы значительно отличаются друг от друга по частотам аллелей различных микросателлитиых локусов.

Суммарные данные по распределению аллелей RAPDи SSR-локусов у разных линий и сортов гороха представляют собой базу данных, которая может быть использована для дальнейшего планирования эффективных скрещиваний, выявляющих наибольший генетический полиморфизм, что существенно облегчает работу по картированию генома гороха.

Эта база является хорошей основой для разработки методики определения сортоприпадлежности образцов гороха. Показано, что для однозначной идентификации 20 сортов и 12 линий гороха посевного достаточно анализа аллельпых состояний четырех микросателлитиых локусов или 10−15 полиморфных RAPD-фрагмептов. Кроме того, обнаружено 11 RAPD и 21 SSR аллелей, характерных для определенных линий и сортов гороха. Такие маркеры удобны для экспресс-диагностики данных генотипов, изучения родственных отношений форм гороха и картирования.

Высокополиморфиые полилокуспые SSR-маркеры представляют собой мощный инструмент для сравнительного изучения полиморфизма у гороха посевного и идентификации сортов, превосходя в этом отношении RAPD-маркеры.

Анализ данных по распределению исследованных молекулярных маркеров у разных форм гороха при помощи компьютерной программы TREECON1.3 показал, что на дендрограмме, построенной по SSR-маркерам, все овощные сорта образуют отдельный кластер. Зерновые сорта и маркерные линии отдельных групп не образуют. На дендрограмме, основанной па RAPD-маркерах, овощные сорта выделяются в два не связанных друг с другом кластера. Надежные кластеры с высоким значением бутстрепа (более 70%), поддерживаемые обоими типами маркеров, образуют только мутанты и их исходные сорта. Тем не менее, анализ дендрограмм, полученных в данной работе, позволяет проводить приблизительную оценку уровня биоразнообразия в группах сортов и степень близости отдельных форм.

Сравнение дендрограмм, построенных на основе SSR-маркеров разными способами, показывает, что лучшие результаты дает рассмотрение каждой анализируемой аллели как отдельного бинарного локуса. Кроме того, для SSR-анализа требуется использовать большое число локусов, так как их высокая изменчивость не позволяет обнаруживать достаточного уровня сходства между анализируемыми формами.

Уровень различий между изученными в дайной работе мутантами и их предковыми сортами значительно ниже межсортового полиморфизма и составляет в среднем 3,63% по RAPD и 9,38% по SSR-маркерам. Тем не менее, обнаруженные различия между мутантами и исходными сортами указывают на большой масштаб генетических изменений при мутагенном воздействии. То, что линия, полученная самоопылением одного мутантпого растения, отобранного по четко проявляющемуся морфологическому изменению, несет значительное количество невидимых генетических изменений, является перспективным направлением для дальнейших исследований.

Явление внутрилинейного полиморфизма описано у многих видов растений, однако у гороха посевного впутрисортовая изменчивость до сих пор практически не изучена. Проведенный в данной работе анализ внутрилинейного полиморфизма у 12 форм гороха по 8 RAPD-праймерам и 12 микросателлитным локусам показал, что все проверенные линии, сорта и мутанты неоднородны по RAPD-маркерам, в то время как по SSR-маркерам внутрилинейный полиморфизм выявлен только у 5 форм. При этом значения внутрилинейного RAPD-полиморфизма у форм, мономорфных по SSR-маркерам не превышают 5%. Для большинства сортов и маркерных линий характерен низкий уровень внутрилинейного полиморфизма по обоим типам маркеров — менее 2% по RAPD-маркерам (2 — 3 полиморфных локуса на использованном наборе маркеров) и 0 — 1 полиморфный SSR-локус. Такой уровень изменчивости не вызывает затруднений при работе и, по-видимому, является обычным для большинства сортов. Случаи высокого внутрилинейного полиморфизма объясняются недостаточной огселектированностыо линий в процессе их получения.

Выявление молекулярной гетерогенности индивидуальных растений разных линий гороха свидетельствует о том, что RAPD-метод, позволяющий быстро анализировать большое число локусов по всему геному, может с успехом использоваться для выявления истинно чистых линий у гороха и других растений-самоопылителей.

Второй этап проделанной работы состоял в использовании полученных данных для картирования генома гороха. Локализация новых генов и насыщение карты молекулярными маркерами остается одной из основных задач генетики, сохраняющей свою важность па всех этапах изучения генома объекта.

Всего на двух картирующих популяциях было изучено расщепление по 7 морфологическим маркерам, 9 микросателлитиым локусам, 25 RAPD— фрагментам и трапелокации. В результате проведенной работы была определена локализация гена СЫ42, участвующего в синтезе хлорофилла, SSR-маркера АА155 и семи RAPD-маркеров, уточнено взаимное расположение генов / и Af, а также построены фрагменты молекулярно-генетической карты гороха первой и пятой групп сцепления. Ген chi42 был локализован па молекулярпо-генетической карте гороха посевного в первой группе сцепления на расстоянии 35,3 сМ от гена /. Консенсусная карта первой группы сцепления, полученная в результате объединения данных обоих скрещиваний, включает 3 морфологических, 6 RAPDи 9 SSR-маркеров имеет протяженность около 135 сМ.

Проделанная работа по изучению внутрии межсортовой изменчивости гороха посевного позволила приступить к исследованию молекулярно-генетического полиморфизма растений, прошедших несколько генераций на борту Международной Космической Станции. Проведенный анализ двух генетически маркированных линий гороха закладывает основы для изучения влияния условий космического полета на геном высших растений, что является необходимым этапом для разработки биологических систем жизнеобеспечения человека вне земной биосферы. В ходе данной работы было показано, что у потомства растений, прошедших несколько генераций в условиях космического полета, новых мутаций на уровне исследованных фрагментов ДНК не обнаружено, что свидетельствует об отсутствии значительного влияния факторов космического полета на генетический аппарат растений.

1. Антонов А. С. Геносистематика растений.// М.: ИЦК «Академкнига». 2006. 293 с.

2. Артамонова В. С. Генетические маркеры в популяциоппых исследованиях атлантического лосося (Salmo salar L.) II. Анализ последовательностей ДИК.// Генетика. 2007. т. 47. № 4. с. 437−450.

3. Артюкова Е. В., Козыренко М. М., Корень О. Г., Музарок Т. И., Реунова Г. Д., Журавлев Ю. Н. RAPD и аллозимпый анализ генетической изменчивости Panax ginseng С. A. Meyer и P. quinquefolius L.// Генетика. 2004. т. 40. № 2. с. 239 247. (а).

4. Артюкова Е. В., Холипа А. Б., Козыренко М. М., Журавлев Ю. П. Анализ генетической изменчивости редкого эндемичного вида Oxytropis chankaensis Jurtz. (Fabaceae) на основе RAPD-маркеров.// Генетика. 2004. т. 40. № 7. с. 877−884. (б).

5. Брик А. Ф.5 Календарь Р. Н., Сатула О. Р., Сиволап Ю. М. IRAPи REMAP анализ сортов ячменя одесской селекции.// Цитология и генетика. 2006. № 3. с. 24−33.

6. Бузовкина И. С., Лутова Л. А. Генетическая коллекция инбредных линий редиса: история и перспективы.// Генетика. 2007. т. 43. № ю. с. 1411−1423.

7. Ваулина Э. Н. Исследование мутагенных факторов космического полета. // Мутагенез при действии физических факторов. — под ред. Дубинина Н. П. и др. 1980. М., «Наука», — С. 211.

8. Галаев А. В., Бабаенц Л. Т., Сиволап Ю. М. Детекция интрогрессии элементов генома Aegilops cylindrical Host, в геном Triticum aestivum L. с помощью ISSR и SSR-апализа.// Генетика. 2004. т. 40. № 12. с. 1654−1661.

9. Голубовская И. Н. Локализация двух ме-генов кукурузы с помощью В-А транслокаций.// Генетика. 1987. т. 23. № 4. с. 698−706.

10. Гостимский С. А., Кокаева 3. Г., Коновалов Ф. А. Изучение организации и изменчивости генома растений с помощью молекулярных маркеров.//Генетика. 2005. т. 41. № 4. с. 480−492.

11. Горюнова С. В., Чикида Н. Н., Кочиева Е. 3. Молекулярный анализ филогенетических отношений диплоидных видов эгилопса секции Sitopsis. ll Генетика. 2008. т. 44. № 1. с. 137−141.

12. Грушецкая 3. Е., Лемеш В. А., Поликсенова В. Д., Хотылева Л. В. Картирование локуса Cf-б устойчивости к кладоспориозу томата с помощью SSR-маркеров.// Генетика. 2007. т. 43. № 11. с. 1511−1516.

13. Дорохов Д. Б., Клоке Э. Быстрая и экономичная технология RAPD анализа растительных геномов.// Генетика. 1997. т. 33, № 4. с. 443 -450.

14. Дрибноходова О. В, Кокаева 3. Г., Гостимский С. А. Идентификация сортов, линий и мутантов гороха посевного с помощью RAPD-маркеров.// Сельскохозяйственная биология. 2005. № 5. с. 61−67.

15. Ежова Т. А., Гостимский С. А. Анализ кариотипов хлорофилльных мутантов и исходных сортов гороха.// Биологические науки. 1976. № 9. с. 101−106.

16. Ежова Т. А., Гостимский С. Л. Локализация хлорофилльных мутантов гороха.// Генешка. т. 17, № 7. с. 1259- 1265, 1981 г.

17. Ежова Т. А. Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук.// М.: МГУ. 1977.

18. Ежова Т. А., Солдатова О. П., Пении А. А., Шесгаков С. В. Молекулярно — генетическое картирование генома растений.// М.: Макс-пресс. 2002.

19. Животовский Л. А. Микросателлитиая изменчивость в популяциях человека и методы ее изучения.// Вестник ВОГиС. 2006. Т. 10. № 1. с. 74−96. (а).

20. Животовский Л. А. Популяционные проблемы судебной генетики.// Генетика. 2006. т. 42. № 10.'с. 1426−1436. (б).

21. Журавлев Ю. П., Козырспко М. М., Арткова Е. В., Реунова Г. Д., Музарок Т. И., Еляков Г. Б. ПЦР генетическое типирование женьшеня с использованием произвольных праймеров.// Доклады Академии наук. 1996. т. 349. № 1. с. 111 — 114.

22. Ковеза О. В., Кокаева 3. Г., Гостимский С. А., Петрова Т. В., Осипова Е. С. Создание SCAR маркеров у гороха {Pisum sativum L.) на основании RAPD — анализа.// Генетика. 2001. т. 37. № 4. с. 574 — 576.

23. Ковеза О. В. Идентификация, клонирование и исследование молекулярных маркеров генома гороха.// Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических паук. Москва. 2003.

24. Ковеза О. В. Кокаева 3. Г., Коновалов Ф. А., Гостимский С. А. Выявление и картирование полиморфных RAPD-маркеров генома гороха (Pisum sativum L).//Генетика. 2005. т. 41. № 3. с. 341−348.

25. Ковеза О. В., Гостимский С. А. Создание и изучение SCAR-маркеров у гороха {Pisum sativum L).// Генетика. 2005. т. 41. № 11. с. 15 221 530.

26. Кожухова Н. Е., Сивалап IO. М. Идентификация и регистрация генотипов кукурузы при помощи молекулярных маркеров.// Генетика. 2004. т. 40. № 1. с. 59−66.

27. Кожухова Н. Э., Сиволап Ю. М., Молекулярные маркеры в генетико-селскциоипых исследованиях кукурузы.// Цитология и генетика. 2006. № 5. с. 69−80.

28. Козыренко М. М., Артюкова Е. В., Ревунова Г. Д., Левина Е. А, Журавлев Ю. Н. Генетическая изменчивость и взаимоотношения лиственниц Сибири и дальнего востока по данным RAPD анализа.// Генетика. 2004. т. 40. № 4. с. 506 — 515.

29. Кокаева 3. Г., Боброва В. К., Вальехо-Роман К. М., Гостимский С. А., Троицкий А. В. RAPD-аиализ сомаклоиальиой и межсортовой изменчивости гороха.// Доклады Академии Наук. 1997. т. 335. № 1. с. 134 136.

30. Кокаева 3. Г., Боброва В. К., Петрова Т. В., Гостимский С. А., Троицкий А. В. Генетический полиморфизм сортов, линий и мутантов гороха посевного по данным RAPD-анализа.// Генетика. 1998. т. 34. № 6. с. 771−777.

31. Кокаева 3. Г., Боброва В. К., Гостимский С. А., Троицкий А. В. Наследование и характеристика RAPD маркеров, выявленных у сомаклоиальных вариантов гороха.// Доклады академии наук. 2000. т. 372. № 4. с. 565−567.

32. Кочиева 3. Г., Оганисян А. С., Рыськов А. Г1. RAPD маркеры генома картофеля: клонирование и использование для определения межвидовых и межсортовых различий.// Молекулярная биология. 1999. т. 33. № 5. с. 893 -895.

33. Кочиева Е. 3., Рыжова П. П., Легкобит М. П., Хадеева Н. В. RAPDи ISSR-анализ видов и популяций рода Stachys. ll Генетика. 2006. т. 42. № 7. с. 887−892.

34. Кравченко А. П., Ларионова А. Я., Милютин Л. И. Генетической полиморфизм ели сибирской {Picea obovata Lebed.) в средней Сибири.//Генетика. 2008. т. 44. № 1 с. 45−53.

35. Кудрявцев А. М. Внутрисортовая гетерогенность твердой пшеницы важный компонент биоразнообразия вида.// Генетика. 2006. т. 42. № 10. с 1437- 1440.

36. Кудрявцев А. М. Создание системы генетических маркеров твердой пшеницы (Т. durum Desf.) и ее применение в научных исследованиях и практических разработках.// Диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук. 2007. М.: Цифровичок.//

37. Кузнецова О. И., Аш О. А., Хартипа Г. А., Гостимский С. А. Исследование растений-регенсрантов гороха (Pisum sativum L) с помощью молекулярных RAPDи ISSR-маркеров.//Генетика. 2005. т. 41. № 1. с. 1−7.

38. Левина Е. А., Адрианова И. Ю., Реунова Г. Д., Журавлёв Ю. Н. Изучение генетической изменчивости и дифференциации популяций лиственницы в пределах ареала Larix olgensis A. Henry, в приморском крае.// Генетика. 2008. т. 44. № 3. с. 374−380.

39. Малышев С. В., Картель Н. А., Молекулярные маркеры в генетическом картировании растений.// Молекулярная биология. 1997. т. 31, № 2. с. 197−208.

40. Мартиросян Е. В, Рыжова Н. Н., Кочиева Е. 3. Анализ полиморфизма микросателлитных локусов хлоропластной ДНК сортов картофеля отечественной селекции.// Генетика. 2007. т. 43. № 11. с. 15 781 581.

41. Мартиросян Е. В., Рыжова Н. Н., Скрябин К. Г., Кочиева Е. 3. RAPD-анализ геномного полиморфизма у представителей семейства Lemnaceae (рясковые).// Генетика. 2008. т. 44. № 3. с. 417−422.

42. Маслова Е. В. Дифференциация двух видов пикульника (Galeopsis bifida Boenn. и G. tetrahit L.) по морфологическим признакам и ДНК-маркерам.// Генетика. 2008. т. 44. № 3. с. 366−373.

43. Невзгодина JT.B., Акатов Ю. А., Архангельский В. В. Хромосомные аберрации как биодозиметрический тест космической радиации (экспериментальные данные на семенах высших растений). // Авиакосмическая и экологическая медицина. 1999. т. 33. № 2. с. 42−45.

44. Недолужко А. В., Тихонов А. В., Дорохов Д. Б., Молекулярно-генетический анализ суктуры популяций дикой сои (Glycine soja Sieb.&Zucc.) в антропогенных и естественных ландшафтах приморского края.// Генетика. 2008. т. 44. № 8. с. 1084−1088.

45. Никитина Т. В., Назаренко С. А. Микросателлитные последовательности человека: мутационный процесс и эволюция.// Генетика. 2004. т. 40. № 10. с. 1301 1318.

46. Оганисян А. С., Кочиева Е. 3., Рысков А. П. Маркирование видов и сортов картофеля с помощью метода RAPD-HUP.// Генетика. 1996. т. 32. № 3. с. 448−451.

47. Осипова Е. С., Кокаева 3. Г., Троицкий А. В., Долгих Ю. И., Шамина 3. Б., Гостимский С. А. RAPD-анализ сомаклонов кукурузы.// Генетика. 2001. т. 37. № 1. с. 91−96.

48. Поморцев А. А., Лялина Е. В. Идентификация и оценка сортовой чистоты ячменя методом электрофореза запасных белков семян.// М.: МСХА, 2003 г.

49. Поморцев А. А., Мартынов С. П., Лялина Е. В. Полиморфизм глиадин-кодирующих локусов в местных популяциях культурного ячменя {Hordeum vulgare L.) ближнего востока.// Генетика. 2008. т. 44. № 6. с. 815 828.

50. Прокофьева-Бельговская А. А. Гетерохроматические районы хромосом.// 1986. М.: Наука.

51. Руанет В. В., Кочиева Е. 3., Рыжова PI. IT. Использование сети Кохонена для обработки результатов RAPD и ISSR-анализов у представителей рода Capsicum L.// Генетика. 2005. т. 42. № 2. с. 269−278.

52. Рыжова Н. Н., Кочиева Е. 3., Анализ микросателлитиых локусов хлоропластного генома перца (род Capsicum L.).// Генетика, т. 40. № 8. с. 1093−1098.

53. Серебровский А. С. Генетический анализ.// М.: Наука, 1970. 342 с.

54. Сиволап Ю. М., Календарь Р. Н., Нецвеаев В. П. Использование продуктов полимеразпой цепной реакции для картирования генома ячменя (Hordeum vulgare L.).// Генетика. 1997. т. 33. № I.e. 53−60.

55. Сиволап Ю. М., Солодентсо Е. А., Бурлов В. В. RAPD анализ молекулярно генетического полиморфизма подсолнечника {Heliantus annnus).// Генетика. 1998. т. 34. № 2. с. 266 — 271.

56. Сиволап Ю. М., Топчиева Е. А., Чеботарь С. В. Идентификация и паспортизация сортов мягкой пшеницы методами RAPD и SSR анализа.// Генетика. 2000. т. 36. № 1. с 44 51.

57. Синюшин А. А., Фасциация у гороха посевного: основные закономерности морфогенеза. Онтогенез. 2006. т 37. № 6. с. 449−456.

58. Синюшин А. А., Гостимский С. А. Генетический контроль признака фасциации у гороха посевного (Pisum sativum L).ll Генетика. 2008. т. 44. № 6. с. 807−814.

59. Сулимова Г. Е., Салмепкова Е. А., Политов Д. В., Зипчепко В. В., Глазер В. М. Практикум по полиморфизму ДНК и белков.// М.: «Ойкос» 2002.

60. Федоренко О. М., Грицких М. В. Генетическое разнообразие природных популяций Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. на северной границе его ареала: RAPD-анализ// Генетика. 2008. т. 44. № 4. с. 496−499.

61. Фучжун Л. Использование транслокаций для картирования генов гороха// Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук. М.: МГУ. 1997.

62. Фучжун JL, Гостимский С. А Исследование транслокаций у гороха.// Генетика. 1998. т. 34, № 9. с. 1269 1276.

63. Хангильдин В. В. Генетические факторы.// В кн. «Генетика и селекция гороха» под ред. Хвостова В. В. Новосибирск. Наука. 1975. с 37 106.

64. Хлесткина Е. К., Салипа Е. А. SNP-маркеры: методы анализа, способы разработки и сравнительная характеристика на примере мягкой пшеницы.// Генетика. 2006. т. 42. № 6. с 725−736.

65. Чегамирза К. Молекулярно-генетичсское картирование локусов качественных и количественных признаков у гороха.// Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. М., 2004.

66. Шеленков А. А., Скрябин К. Г., Коротков Е. В. Классификационный анализ скрытой дипуклеотидной периодичности геномов растений.// Генетика. 2008. т. 44. № 1. с. 120−136.

67. Ashkenazi V., Chani Е., Lavi U., Levy D., Hillel J., Veilleux R. E. Development of microsatellite markers in potato and their use in phylogenetic and fingerprinting analyses. Genome. 2001. v. 44. p, 50−62.

68. Bautista N. S., Solis R., Kamijima O., Ishii T. RAPD, RJFLP, and SSLP analysis of phylogenetic relationship between cultivated and wild species of rice// Genes Genet. Syst. 2001. v. 76. p. 71−79.

69. Bennett M. D., Leitch I. J. Angiosperm DNA C-values database (release 5.0, Dec. 2004)// http://www.rbgkew.org.uk/cval/homepage.html, 2004

70. Bennett M. D., Leitch I. J. Plant genome size research: a field in focus.// Annals of Botany. 2005. v. 95. p. 1−6.

71. Bhat K.V., Jarret R. L., Rana R. S. DNA profiling of banana and plantain cultivars using random amplified polymorphic DNA (RAPD) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers.// Electrophoresis. 1995. v. 16. № 9. p. 1736−1745.

72. Blanc G, Wolfe К. H. Widespread paleopolyploidy in model plant species inferred from age distributions of duplicate genes. Plant Cell. 2004. v. p. 1667−1678.

73. Blixt S. Cytology in Pisum. II. The normal karyotype.// Agri. Hort. Genet. 1958. V. 16. P. 221−237.

74. Blixt S. Cytology in Pisum. ill. Investigation of five interchange lines and coordination of linkage groups with chromosomes.// Agri. Hort. Genet. 1959. V. 17. P. 47−75.

75. Brauncr S., Murphy R. L., Walling J. G., Przyborowski J., Weeden N.F. STS markers for comparative mapping in legumes.// J. Amer. Soc. Hort. Sci. 2002. v. 127. № 4. p. 616−622.

76. Bricmann В., Klintschar M., Neuhubcr F. Mutation rate in human microsatellites: influence of the structure and length of the tandem repeat// Am. J. Human, genet. 1998. v. 62. p. 1408−1415.

77. Brown P. T. I-L, Lange F. D., Kranz E., Lorz IT. Analysis of single protoplasts and regenerated plants by PCR and RAPD technology.// Mol. Gen. Genet. 1993. v. 237. p. 311−317.

78. Bull L. N., Pabon-Pena C. R., Freimer N. В Compound Microsatellite Repeats: Practical and Theoretical Features.// Genome Res. 1999. № 9. p. 830−838.

79. Burnham C. R. Tester-set of translocation// Maize Genet. Coop. Newsl. 1954. v. 28. p. 59−60.

80. Burnham C. R., White F. M., Livers R. Chromosomal interchanges in barley// Cytologia. 1954. V. 19. P. 192−202.

81. Burstin J., Deniot G., Polier C., Weinachler C., Aubert G., Baranger A. Microsatellite polymorphism in Pisum sativum!/ Plant Breeding. 2001. v. 120. p. 211−217.

82. Caetano Anolles G., Bassam B. J., Gresshoff P. M. DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers. Biotechnology. 1991. v. 9. № 6. p. 553−557.

83. Cavalier-Smith T. Economy, speed and size matter: evolutionary forces driving nuclear genome miniaturisation and expansion.// Annals of Botany. 2005. v. 95. p. 147−175.

84. Lc Clerc V., Bazante F., Baril C., Guiard J., Zhang D. Assessing temporal changes in genetic diversity of maize varieties using microsatellite markers// Theor. Appl. Genet. 2005. v. 110. № 2. p. 294−302.

85. Daofan Ji, MiJingjiu, Oifeng Xu. Genetics. Beijing.// Agricultural. 1979. p. 143−152.

86. Dellaporta S. L., Wood J., ITiks J. B. A plant DNA minipreparation: version II// Plant Mol. Biol. Rep. 1983. № 1. p. 19 20.

87. Deng Z., Huang S., Xiao S.Y., Gmitter F. G. Development and characterization of SCAR markers linked to the citrus tristeza virus resistance gene from Poncirus trifoliata. il Genome. 1997. v. 40. p. 697−704.

88. Dieringer D., Schlotterer S. From the complete genomic sequences of nine species two distinct modes of microsatellite mutation processes: evidence from the complete genomic sequences of nine species.// Genome Res. 2003. v. 13. p. 2242−2251.

89. Domoney C., Ellis Т. H., Davies D. Organization and mapping of legumin genes in Pisum sativum II Mol. Gen. Genet. 1986. v. 202. p. 280−285.

90. Ellis Т. H., Turner L., Hcllens R. P., Lee D., Harker C. L., Enard C., Domoney C., Davies D. R. Linkage maps in pea.// Genetics. 1992. V. 130. № 3. p. 649−663.

91. Felsenstein J. Confidence limits on phylogcnies: an approach using the bootstrap.// Evolution. 1985. v. 39. p. 783−791.

92. Feschotte C., Jiang N., Wessler S. R. Plant transposable elements: where genetics meets genomics.//Nat. Rev. Genet. 2002. v. 3. № 5. p. 329−341.

93. Folkeson D. A revised genetic map of Pisum sativum.// Department of genetic. University of Lund. Sweden. 1990. P. 33.

94. Ghislain M., Andrade D., Rodriguez F., Hijmans R. J., Spooner D. M. Genetic analysis of the cultivated potato Solarium tuberosum L. Phureja group using RAPDs and nuclear SSRs// Thcor Appl Genet. 2006. v. 113. p. 1515−1527.

95. Giese H., Molm-Jensen A. G., Mathiassen H., Kjacr В., Rasmussen S.K., Bay LI., Jensen J. Distribution of RAPD markers on a linkage map of barley.// Hereditas. 1994. v. 120. p. 267−273

96. Gupta P. K., Varshney R. K., Sharma P. C., Ramesh B. Molecular markers and their application in wheat breeding.// Plant Breed. 1999. V. 118. p. 369−390.

97. Hall K. J., Parker J. S., Ellis Т. H. N., Turner L., Knox M. R., Hofer J. M. I., Lu J., Ferrandiz C., Hunter P. J., Taylor J. D., Baird K. The relationshipbetween genetic and cytogenetic maps of pea.// Genome. 1997. v. 40. p. 744 769.

98. Hicks M., Adams D., O’Keefe S., Macdonald E., Hodgetts R. The development of RAPD and microsatellite markers in lodgepole pine {Pinus contorta var. latifolia).// Genome. 1998. v. 41. p. 797−805

99. Hu J., Quiros C. F. Identification of brokkoli and cauli-flower cultivars with RAPD markers.// Plant Cell Rep. 1991. v. 10. p. 505−511.

100. Irzikowska L., Wolko В., Swiecicki W. K. The genetic linkage map of pea (Pisum sativum L.) based on molecular, biochemical and morphological markers.// Pisum Genetics. 2001. v. 33. p. 13−18.

101. Irzikowska L., Wolko B. and Swiecicki W.K. Interval Mapping of QTLs Controlling Some Morphological Traits In Pea.// Cell. Mol. Biol. Lett. 2002. № 7. p. 417−422.

102. Jing R., Johnson R., Seres A., Kiss G., Anbrose M. J., Knox M. R., Ellis T. LI. N., Flavell A. J. Gene-based sequence analysis of field pea {Pisum). Genetics. 2007. v. 117. p. 2263−2275.

103. Kalendar R., Grob Т., Regina M., Suoniemi A., Schulman A. IRAP and REMAP: two new retrotransposon-based DNA fingerprinting techniques.// Theor Appl Genet. 1999. v. 98. p. 704−711.

104. Kalo P., Seres A., Taylor S.A., Jalcab J., Kevei Z., Kereszt A., Endre G., Ellis Т. H, Kiss G. B. Comparative mapping between Medicago sativa and Pisum sativum.// Mol. Genet. Genomics. 2004. v. 272. № 3. p. 235 246.

105. Knight С. A., Molinari N. A., Pelrov D. A. The Large Genome Constraint Hypothesis: Evolution, Ecology and Phenotype.//Annals of Botany. 2005. v. 95. p. 177−190.

106. Konovalov F., Toshchakova E., Gostimsky S. A CAPS marker set for mapping in linkage group III of pea {Pisum sativum L.).// Cell. Mol. Biol. Lett. 2005. v. 10. № 1. p. 163−171.

107. Kosmolak F. G. Gliadin composition of the bred wheat cultivars BW20 and Sinton.// Can J Plant Sci. 1979. v. 59. p. 1001−1005.

108. Lamm R. Giemsa C-banding and silver-staining for cytological studies in Pisum.// Hereditas. 1981. v. 94. p. 45−52.

109. Lamm R., Miravalle J. R. A translocation tester set in Pisum// Hereditas. 1959. v. 45. p. 417−440.

110. Lamprecht FI. The variation in linkage and course of cros sing over// Agri. I-Iort. Genet. 1948. v. 6. p. 10 48.

111. Lamprecht IT. Ein interchange zwischen den chromosome I und VII von Pisum// Agri. I-Iort. Genet. 1954. v. 12. p. 1 15−120.

112. Laucou V., Flaurogne K., lEllis N., Rameau C. Genetic mapping in pea. 1. RAPD-based genetic linkage map of Pisum Sativum.// Theor. Appl. Genet. 1998. v. 97. p. 905−915.

113. Lawson M. J., Zang L. Distinct patterns of SSR distribution in the Arabidopsis thaliana and rice genomes.// Genome Biology. 2006. v. 7. № 2. Article R14 http://genomebiology.eom/2006/7/2/R14

114. Leeton P. R., Smyth D. R. An abundant LINE-like element amplified in the genome of Lilium speciosum. Mol. Gen. Genet. 1993. v. 237. p. 97−104.

115. Liu К., Goodman M., Muse S., Smith J. S., Buckler E., Doebley J. Genetic structure and diversity among maize inbred lines as inferred from DNA microsatellites.// Genetics. 2003. v. 165. p. 2117−2128.

116. Lodhi M. A., Daly M. J., Ye G. N. A molecular marker based linkage map of Vitis. U Genome. 1995. v. 38. p. 786−794.

117. Nadir E., Margalit H., Gallity Т., Ben-Sasson S. A. Microsatellite spreading in the human genome: evolutionary mechanisms and structural implications.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. v. 93. p. 6470−6475

118. Ney. M., Li W-IT. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1979. v. 76. p. 5269−5273.

119. Okada Т., Gondo Y., Goto J. Unstable transmission of the RS447 human megasatellite tandem repctivc sequence that contains the USP17 deubiquitinating enzime gene.// Hum. Genet. 2002. v. 110. p. 302−313.

120. Polans N. O., Weeden N. F., Thompson W. F. Distribution inheritance and linkage relationship of ribosomal DNA spacer length variation in pea// Theor. Appl. Genet. 1986. v. 72. p. 289−295.

121. Porter В. W., Chittoor J. M., Yano M., Sasaki Т., White F. F. Development and mapping of markers linked to the rice bacterial blight resistance gene Xa7// Crop Sc. 2003. v.43. № 4. p. 1484−1492.

122. Rakoczy-Trojanowska M., Bollok H. Characteristics and a comparison of three classes of microsatellite-based markers and their application in plants// CMBL. 2004. v. 9, p. 221 238.

123. Ray D. Т., Endrizzi J. E. A tester-set of translocations in Gossypium hirsutum L.//J. Heredity. 1982. v. 73. № 6. p. 429−433

124. Riesberg L. H. Homology among RAPD fragments in interspecific comparison//Mo 1. Evol. 1996. v. 5. p. 99−105.

125. Roder M. S., Korzun V., Wendehake K., Plaschke J., Tixier M-FL, Leroy P. Ganal M. W. A microsatellite map of wheat.// Genetics. 1998. v. 149. p. 2007;2023.

126. Saliba-Colombani V., Causse M., Gervais L., Philouze J. Efficiency of RFLP, RAPD and AFLP markers for the construction of an intraspecific map of the tomato genome.// Genome. 2000. v. 43. p. 29−40.

127. Sharma S., Raina S. N. Organization and evolution of highly repeated satellite DNA sequences in plant chromosomes.// Cytogenet. Genome Res. 2005. v. 109. p. 15−26.

128. Schneider K. Mapping Population and Principles of Genetic Mapping// In The Handbook of Plant Genome Mapping. Genetic and Physical Mapping.// Eds.: Meksem K. and Kahl G. Wiley VCH, Weinheim., 2005

129. Shepherd M., Cross M., Dieters M.J., Henry R. Genetic maps for Pinus elliottii var. elliottii and P. caribaea var. hondurensis using AFLP and microsatellite markers.//Theor. Appl. Genet. 2003. v. 106. № 8. p. 1409−1419.

130. Smycal P., Horacek J., Dostalova R., Hybl M. Variety discrimination in pea (Pisum sativum L.) by molecular, biochemical and morphological markers/// J. Appl. Genet. 2008. v. 49. № 2. p. 155−166.

131. Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis.// J. Mol. Biol. 1975. v. 98. № 3. p. 503−517.

132. Sugimoto Т., Yoshida S., Watanabe K., Aino M., Kanto Т., Maekawa K., Irie K. Identification of SSR markers linked to the Phytophthora resistance gene Rpsl-d in soybean.// Plant Breeding. 2008. v. 127/ № 2. p. 154 159.

133. Sybenga J., Wolters A. H. G. The classification of the chromosomes of the rye (Secale cereale L.): a translocation tester-set.// Genetica. 1972. v. 43. p. 453−464.

134. Tanksley S. D., Ganal M. W., Martin G. B. Chromosome landing: a paradigm for map-based gene cloning in plants with large genomes.// Trends Biotechnol. 1995. v. 11. № 2. p. 63−68.

135. Taramino G., Tingey S. Simple sequence repeats for germplasm analysis and mapping in maise.// Genome. 1996. v. 39. № 2. p. 277 287.

136. Temnykh S., Park W. D., Ayes N., Cartinhour S., Hauck N., Lipovich L., Cho Y. G., Ishii Т., McCouch S. R. Mapping and genomeorganization of microsatellitc sequences in rice {Oriza sativa L.).// J. Appl. Genet. 2000. v. 100. p. 697−712.

137. Van den Berg R. G., Bryan G. J., del Rio A., Spooner D. M. Reduction of species in the wild potato Solarium section Petota series Longipedicellata: AFLP, RAPD and chloroplast SSR data.// Theor Appl Genet.2002. v. 105. p. 1109−1114/

138. Vergnaud G., Denoeud F. Minisatellites: mutability and genome architecture.// Genome Research. 2000. № 10. p. 899−907.

139. Weeden N. P., Swiccicki W. K., Ambrose A., Timmerman G. M. Linkage groups of pea.// Pisum Genetics. 1993. v. 25. p. 4 (a).

140. Weeden N. F., Timmerman G. M., Hemmat M., Kneen В. E., Lodhi M. A. Inheritance and reliability of RAPD markers.// Applications of RAPD Technology to Plant Breeding. 1993. p. 12−17. (b)

141. Weeden N. F., Ellis Т. H. N., Timmerman-Vaughan G. M., Swiecicki W. K., Rosov S. M., Berdnicov V. A. A consensus linkage map for Pisum sativum.// Pisum Genetics. 1998. v. 30. p. 1−4.

142. Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers.// Nucl Acids Res. 1991. № 18. p. 251 255.

143. Whittaker J. C., I-Iarbord R. M., Boxall N., Mackay I., Dawson G., Sibly R. M. Likelihood-based estimation of microsatellite mutation rates// Genetics. 2003. v. 164. p. 781−787.

144. Williams J. G. K., Kubelik A. R., Livak K. J., Rafalski J. A., Tingey S. V. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers.//Nucl. Acids Res. 1990. v. 18. p. 6531−6535

145. Vision T. J., Brown D. G., Tanksley S.D. The origins of genomic duplications in Arabidopsis.// Science. 2000. v. 290. p. 2114−2117.

146. Yu J., Hu S., Wang J., Wong G.K., Li S. A draft sequence of the rice genome (Oryza saliva L. ssp. indica). Science. 2002. v. 296. p. 79−92.

147. Xu D. II., Abe J., Gai J. Y. Shimamoto Y. Diversity of chloroplast DNA SSRs in wild and cultivated soybeans: evidence for multiple origin of cultivated soybean.// The Appl Genet. 2002. v. 105. p. 645−653.

148. Zhang Y., Sledge M. K., Bouton J. H. Genome mapping of white clover (Trifolium repens L.) and comparative analysis within the Trifolieae using cross-species SSR markers.// Theor. Appl. Genet. 2007. v. 114. p. 13 671 378.

149. Zhivotovsky L. A., Feldman M. W. Microsatellitc variability and genetic distances// Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1995. v. 92. p. 11 549−11 552.

150. Zhivotovsky L. A., Feldman M. W., Grishechkin S. A. Biased mutations and microsatellitc variation// Mol. Biol. Evol. 1997. v. 14. p. 926 933.

151. Zhivotovsky L. A., Rosenberg N. A., Feldman M. W. Features of evolution and expansion of modem humans inferred from genome-wide microsatellite markers.// Am. J. Plum. Genet. 2003. v. 72. p. 1171−1186.