Генетическое разнообразие планктонных и ассоциированных с губками динофлагеллят озера Байкал
Диссертация
Большая часть динофлагеллят Байкала, по-видимому, имеет недавнее морское происхождение, меньшая — перешла к жизни в пресных водах давно. Научно-практическое значение работы. Подходы, применявшиеся в работе, могут использоваться для комплексного определения различных групп одноклеточных, особенно, не имеющих прочной клеточной стенки. Разработанные генные маркеры подходят для быстрой идентификации… Читать ещё >
Список литературы
- Антипова H.JI. Новые виды рода Gymnodinium Stein (Gymnodiniaceae) из озера Байкал // Доклады Академии Наук СССР. 1955. Т. 103. С. 325−328.
- Антипова H.JI. Межгодовые изменения в фитопланктоне Байкала в районе Больших котов за период 1960—1970 гг.. // Продуктивность Байкала и антропогенные изменения его природы / под ред О. М. Кожовой. Иркутск: Иркутский гос. ун-т, 1974. С. 75−94.
- Воронцов H.H. Синтетическая теория эволюции: ее источники, основные постулаты и нерешенные проблемы // Журнал Всесоюзного химического общества им Д. И. Менделеева. 1980. Т. 25. № 3. С. 295−314.
- Вотинцев К.К., Мещерякова А. И., Поповская Г. И. Круговорот органического вещества в озере Байкал. Новосибирск: Наука, 1975. 188 с.
- Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение / пер с англ. М.: Мир, 2002. 589 с.
- Грачев М.А. О современном состоянии экологической системы озера Байкал. Н.: Изд-во СО РАН, 2002.156 с.
- Грин Н., Стаут У., Тейлор Д. Биология / пер. с англ. под ред. Р. Conepa. М.: Мир, 1990. Т. 3. 376 с.
- Киселев И.А. Панцирные жгутиконосцы (Dinoflagellata) морей и пресных вод // определитель по фауне СССР. 33. М.- Л.: Изд-во АН СССР, 1950. — 280 с.
- Кобанова Г. И. О морфологии и жизненном цикле Gymnodinium baicalense Ant. (Dinophyta) из озера Байкал // Сибирский экологический журнал. 2009. № 6. С. 899−905.
- Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984. 480 с.
- Мейер К.И. Введение во флору водорослей озера Байкал // Бюллетень Московского общества испытателей природы. Отдел биологический. 1930. Т. 39. С.179−400.
- Оболкина JI.A., Бондаренко H.A., Дорощенко Л. Ф., Горбунова Л. А., Моложавая O.A. О находке криофильного сообщества в озере Байкал // Доклады Академии Наук. 2000. Т. 371. № 6. С. 815−817.
- Основы теоретической систематики: Учеб. Пособ / Глущенко В. И., Акулов А. Ю., Леонтьев Д. В., Утевский С. Ю. Харьков: ХНУ, 2004. 110 с.
- Зоология беспозвоночных в двух томах. От простейших до моллюсков и артропод / под ред. В. Вестхайде и Р. Ригера. М.: Т-во научных изданий КМК, 2008. Т. 1. 512 с.
- Происхождение Байкала // Байкал: атлас / под ред. Г. И. Галазия. М., 1993. 7 С.
- Ребриков Д.В., Саматов Г. А., Трофимов Д. Ю., Семёнов П. А., Савилова A.M., Кофиади И. А., Абрамов Д. Д. ПЦР в реальном времени. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. 215 с.
- Сулимова Г. Е. ДНК-маркеры в генетических исследованиях: типы маркеров, их свойства и области применения. 2004. Электронный ресурс. URL: http://lab-cga.ru/articles/JornalO 1/Statial .htm (дата обращения: 6.09.2010).
- Таничев А.И., Бондаренко H.A. Свободноживущие жгутиковые // Пелагобионты Байкала: атлас и определитель / под ред. O.A. Тимошкина. Новосибирск: Наука, 1995. С. 146−181.
- Aligizaki К., Katikou P., Nikolaidis G., Panou A. First episode of shellfish contamination by palytoxin-like compounds from Ostreopsis species (Aegean Sea, Greece) // Toxicon. 2008. V. 51. № 3. P. 418−427.
- Algal toxins: nature, occurrence, effect and detection / ed. Evangelista E., Barsanti L., Frassanito A. M., Passarelli V., Gualtieri P. Springer: Science, 2008. 399 p.
- Anderson D.M., Lobel P. S. The continuing enigma of ciguatera // Biological Bulletin. 1987. V. 172. P. 89−107.
- Andrsen R.A. What to do with protists? // Australian Systematic Botany. 1998. V. 11. P. 185−201.
- Baillie B.K., Belda-Baillie C.A., Maruyama T. Conspecificity and Indo-Pacific distribution of Symbiodinium genotypes (Dinophyceae) from giant clams // Journal of Phycology. 2000. V. 36. P. 1153−1161.
- Baker A.C. Flexibility and specificity in coral-algal symbiosis: diversity, ecology, and biogeography of Symbiodinium II Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics. 2003. V. 34. P. 661−689.
- Baldauf S.L. An overview of the phylogeny and diversity of eukaryotes // Journal of Systematics and Evolution. 2008. V. 46. № 3. P. 263−273.
- Belda-Baillie C.A., Baillie B.K., Maruyama T. Specificity of a model cnidarian-dinoflagellate symbiosis // Biological Bulletin. 2002. V. 202. P. 74−85.
- Berney C., Fahrni J., Pawlowski J. How many novel eukaryotic 'kingdoms'? Pitfalls and limitations of environmental DNA surveys // BMC Biology. 2004. V. 2. P. 1−13.
- Boenigk J., Pfandl K., Garstecki T., Novarino G., Chatzinotas A. Evidence for geographic isolation and signs of endemism within a protistan morphospecies // Applied and Environmental Microbiology. 2006. V. 72. P. 5159−5164.
- Burkholder M.J., Glasgow H.B. Pjiesteria piscicida and other Pfesteria-like dinoflagellates: behavior, impacts, and environmental controls // Limnology and Oceanography. 1997. V. 42. №. 5. P. 1052−1075.
- Calado A.J., Craveiro S.C., Daugbjerg N., Moestrup 0. Description of Tyrannodinium gen. nov., a freshwater dinoflagellate closely related to the marine Pfiesteria-like species II Journal of Phycology. 2009. V. 45. P. 1195−1205.
- Calliari D., Corradini F., Flaim G. Dinofagellate diversity in Lake Tovel // Studi
- Trentini di Scienze Naturali Acta Biologica. 2004. V. 81. P. 351−357.f
- Chen M, Chen F., Yu Y., Ji J., Kong F. Genetic- diversity of eukaryotic microorganisms in Lake Taihu, a large shallow subtropical lake in China // Microbial Ecology. 2008. V. 56. P. 572−583.
- Coats D.W.,. Kim S., Bachvaroff T.R., Handy S., Delwiche C.F. Dinophycean parasites of tintinnids // Joint meeting of the International Society of Protistologists and the British Society for Protist Biology. Canterbury: University of Kent, 2010. P. 24.
- Coffroth M.A., Santos S.R. Genetic diversity of symbiotic dinoflagellates in the genus Symbiodinium II Protist. 2005. V. 156. P. 19−34.
- Dodge D.J. The fine structure of chloroplasts and pyrenoids in some marine dinoflagellates // Journal of Cell Science. 1968. V. 3. P. 41−48.
- Douglas A.E. Coral bleaching-how and why? // Marine Pollution Bulletin. 2003. V. 46. P. 385−392.
- Epstein S., Lopez-Garcia P. «Missing» protists: a molecular prospective // Biodiversity and Conservation. 2008. V. 17. P. 261−276.
- Farmer M.A., Fitt W.K., Trench R.K. Morphology of the symbiosis between Corculum cardissa (Mollusca: Bivalvia) and Symbiodinium corculorum (Dinophyceae) // Biological Bulletin. 2001. V. 200. P. 336−343.
- Fenchel T., Finlay B.J. The diversity of microbes: resurgence of the phenotype // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological. 2006. V. 361. P. 1965−1973:
- Fensome R.A., Saldarriaga J.A., Taylor F.J.R. Dinoflagellate phylogeny revisited: reconciling-morphological and molecular based phylogenies // Grana. 1999. V. 38. P. 66−80.
- Finlay B.J. Global dispersal of free-living microbial eukaryote species // Science. 2002. V. 296. P. 1061−1063.
- Finlay B.J. Protist taxonomy: an ecological perspective // Philosophical Transactions of the Royal Society of London Series B-Biological Sciences B. 2004. V. 359. P. 599−610.
- Fryxell G.A. Survival Strategies of the Algae. New York: Cambridge University Press, 1983. 144 p.
- Gajewskaja N.S. Zur oekologie, morphologie und systematik der Infusorien des Baikalsees. Stuttgart: Bibliotheca Zoologica, 1933. Bd. 32. 298 s.
- Gonzalez J.M., Zimmermann J., Saiz-Jimenez C. Evaluating putative chimeric sequences from PCR-amplified products // Bioinformatics. 2005. V. 21. № 3. P. 333−337
- Gray M.W., Lang B.F., Burger G. Mitochondria of protists // Annual Review of Genetics. 2004. V. 38. P. 477−524.
- Guindon S., Gascuel O. A simple, fast and accurate algorithm to estimate largephylogenies by maximum likelihood // Systematic Biology. 2003. V. 52. P. 696 704.
- Hackett J.D., Anderson D.M., Erdner D., Bhattacharya D. Dinoflagellates: a remarkable evolutionary experiment//American Journal of Botany. 2004. V. 91. P. 1523−1534.
- Hamkalo B.A., Rattner J.B. The structure of a mesokaryote chromosome //
- Harrison P.L., Wallace C.C. Reproduction, dispersal and recruitment of Scleractinian corals // Coral reef ecosystems / Ed. Z. Dubinsky Amsterdam: Elsevier- 1990. P. 133−207.
- Hill M., Wilcox T. Unusual mode of symbiont repopulation after bleaching in Anthosigmella varians: acquisition of different zooxanthellae strains // Symbiosis. 1998. V. 25. P. 279−289.
- Hofmann G.E., Todgham A.E. Living in the now: physiological mechanisms to tolerate a rapidly changing environment // Annual Review of Physiology. 2010. V. 72. P. 22.1−22.19.
- Hoppenrath M., Leander B.S. Character evolution in polykrikoid dinoflagellates // Journal of Phycology. 2007. V. 43. P. 366−377.
- Hoppenrath M., Saldarriaga J.F. Dinoflagellates. 2008. Version 16 September 2008. Электронный ресурс. URL: http://tolweb.Org/Dinoflagellates/2445/2008.09.l 6 in The Tree of Life Web Project, http://tolweb.org/ (дата обращения: 20.05.2010).
- Howe C.J., Nisbet R.E.R., Barbrook A.C. The remarkable chloroplast genome of dinoflagellates // Journal of Experimental Botany. 2008. V. 59. № 5. P. 10 351 045.
- Jackson C.J., Norman J.E., Schnare M.N., Gray M.W., Keeling P.J. and Waller R.F. Broad genomic and transcriptional analysis reveals a highly derived genome in dinoflagellate mitochondria // BMC Biol. 2007. V. 5. P. 1−41.
- Karlsson J., Bystrom P., Ask J., Ask P., Persson L., Jansson M. Light limitation of nutrient-poor lake ecosystems //Nature. 2009. V. 460. P. 506−510.
- Keeling P.J., Burger G., Durnford D.G., Lang B.F., Lee R.W., Pearlman R.E., Roger A.J., Gray M.W. The tree of eukaiyotes // Trends in Ecology and Evolution. 2005. V. 20. № 12. P. 670−676.
- Keeling P.J. Functional and ecological impacts of horizontal gene transfer in eukaryotes // Current Opinion in Genetics and Development. 2009. V. 19. P. 613−619.
- Kibbe W.A. OligoCalc: an online oligonucleotide properties calculator // Nucleic Acids Research. 2007. V. 35. № 2. P. W43-W46.
- Jeunesse T.C. Investigating the biodiversity, ecology, and phylogeny ofendosymbiotic dinoflagellates in the genus Symbiodinium using the ITS region: in search of a «species» level marker // Journal of Phycology. 2001. V. 37. P. 866−880.
- Maddison W.P., Maddison D.R. Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 2.72. 2009. Электронный ресурс. URL: http://mcsquiteproiect.org (дата обращения: 04.06.2010).
- Mariani S., Piscitelli M.P., Uriz M.J. Temporal and spatial co-occurrence in spawning and larval release of Cliona viridis (Porifera: Hadromerida) // Journal of the Marine Biological Association UK. 2001. V. 81. P. 565−567.
- Marlow H.Q., Martindale M.Q. Embryonic development in two species of scleractinian coral embryos: Symbiodinium localization and mode of gastrulation //Evolution and Development. 2007. V. 9. P. 355−67.
- Marshall A. Calcification in hermatypic and ahermatypic corals // Science. 1996: V. 271. P. 1788−1792.
- Masuda Y. Electron Microscopic study on the Zoochlorellae of some freshwater sponges // New Perspectives in Sponge Biology / ed Rutzler К. Washington D.
- Moestrup 0., Lindberg K., Daugbjerg N. Studies on woloszynskioid dinoflagellates V. Ultrastructure of Biecheleriopsis gen. nov., with description of Biecheleriopsis adriatica sp. nov. // Phycological Research. 2009b. V. 57. P. 221−237.
- Montresor M., Procaccini G., Stoecker D.K. Polarella glacialis, gen. nov., sp. nov. (Dinophyceae): Suessiaceae are still alive! // Journal of Phycology. 1999. V. 35. № l.P. 186−197.
- Nisbet R.E.R., Hiller R.G., Barry E.R., Skene P., Barbrook A.C., Howe C.J. Transcript analysis of dinoflagellate plastid gene minicircles // Protist. 2008. V. 159. P. 31−39.
- Noguchi T., Arakawa O. Tetrodotoxin distribution and accumulation in aquatic organisms, and cases of human intoxication // Marine Drugs. 2008. V. 6. P. 220 242.
- Okolodkov Y.B. An ice-bound planktonic dinoflagellate Peridiniella catenata (Levander) Balech: morphology, ecology and distribution // Botanica Marina. 1999. V. 42. P. 333−341.
- Ordas M.C., Fraga S., Franco J.M., Ordas A., Figueras A. Toxin and molecular analysis of Gymnodinium catenation (Dinophyceae) strains from Galicia (NW Spain) and Andalucia (S Spain) // Journal of Plankton Research. 2004. V. 26 №. 3. P. 341−349.
- Oren A. Prokaryote diversity and taxonomy: current status and future challenges // Philosophical Transactions of the Royal Society of London Series B-Biological Sciences. 2004. V. 359. P. 623−638.
- Pochon X., Pawlowski J. Evolution of the soritids-Symbiodinium symbiosis // Symbiosis. 2006. V. 42. P. 77−88.
- Porto I., Granados C., Restrepo J.C., Sanchez J.A. Macroalgal-associated dinoflagellates belonging to the genus Symbiodinium in Caribbean Reefs // PLoS ONE. 2008. V. 3 № 5. P. e2160.
- Posada D. ModelTest Server: a web-based tool for the statistical selection of models of nucleotide substitution online // Nucleic Acids Research. 2006. V. 34. P. W700-W703.
- Potter D., Lajeunesse T.C., Saunders G.W., Anderson R.A. Convergent evolution masks extensive biodiversity among marine coccoid picoplankton // Biodiversity Conservation. 1997. V. 6. P. 99−107.
- Rengefors K., Karlsson I., Hansson L.-A. Algal cyst dormancy a temporal escape from herbivory // Proceedings of the Royal Society of London B' Biological Sciences. 1998. V. 265. P. 1353−1358.
- Rengefors K., Legrand C. Toxicity in Peridinium aciculiferum—an adaptive strategy to outcompete other winter phytoplankton? // Limnology and Oceanography. 2001. V. 46. P. 1990−1997.
- Rengefors EC, Meyer B. Peridinium euryceps sp. nov. (Peridiniales, Dinophyceae), a cryophilic dinoflagellate from Lake Erken, Sweden // Phycologia. 1999. V. 37. P. 284−291.
- Rengefors K. Freshwater dinoflagellates life history and HAB potential // Life histories of microalgal species causing harmful blooms: report of a Europ workshop. 2001, p. 64−66.
- Rogers S.O., Bendich A.J. Extration of DNA from milligram amounts of fresh, herbarium and mummified plant tissues // Plant Molecular Biology. 1985. V. 5. P. 69−76.
- Ronquist F., Huelsenbeck J.P. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models // Bioinformatics. 2003. V. 19. № 12. P. 1572−1574.
- Rosell D. Effects of reproduction in Cliona viridis (Hadromerida) on zooxanthellae // Scientia Marina. 1993. V. 57. P. 405−413.
- Schultz M., Kiorboe T. Active prey selection in two pelagic copepods feeding on potentially toxic and non-toxic dinoflagellates // Journal of Plankton Research.2009. V. 31. № 5. P. 553−561.
- Schwarz J.A., Krupp D.A., Weis V.M. Late larval development and onset of symbiosis in the scleractinian coral Fungia scutaria II Biological Bulletin. 1999. V. 196. P. 70−79.i a
- Schwarz J.A., Weis V.M., Potts D.C. Feeding behavior and acquisition of zooxanthellae by planula larvae of the sea anemone Anthopleura elegantissima II Marine Biology. 2002. V. 140. P. 471−478.
- Shaked Y., de Vargas C. Pelagic photosymbiosis: rDNA assessment of diversity and evolution of dinoflagellate symbionts and planktonic foraminiferal hosts // Marine Ecology Progress Series. 2006. V. 325. P. 59−71.
- Shears N.T., Ross Ph.M. Blooms of benthic dinoflagellates of the genus Ostreopsis- an increasing and ecologically important phenomenon on temperate reefs in New Zealand and worldwide // Harmful Algae. 2009. V. 8. № 6. P. 916−925.
- Sheng J., Edwin M., Katz J., Adolf J.E., Place A.R. A dinoflagellate exploits toxins to immobilize prey prior to ingestion // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2010. V. 107. № 5. P. 2082−2087.
- Sherbakov D.Y. Molecular phylogenetic studies on the origin of biodiversity in Lake Baikal II Trends in Ecology and Evolution. 1999. V. 14. P. 92−94.
- Shipunov A.B. Systema Naturae or the outline of living world classification // Protistology. 2009. V. 6. № 1. P. 3−13.
- Siano R., Montresor M., Probert I., Not F., deVargas C. Pelagodinium gen. nov. and P. beii comb, nov., a dinoflagellate symbiont of planktonic foraminifera // Protist. 2010. V. 161. P. 385−399.
- Siu G.K.Y., Young M.L.C., Chan D.K.O. Environmental and nutritional factors which regulate population dynamics and toxin production in the dinoflagellate Alexandriwn catenella // Hydrobiologia. 1997. V. 352. P. 117−140.
- Skovgaard A., Massana R., Balague' V., Saiz E. Phylogenetic position of the copepod-Infecting parasite Syndinium turbo (Dinoflagellata, Syndinea) // Protist. 2005. V. 156. P. 413−423.
- Skovgaard A., Daugbjerg N. Identity and systematic position of Paradinium poucheti and Other Paradinium-like parasites of marine copepods based on morphology and nuclear-encoded SSU rDNA // Protist. 2008. V. 159. P. 401−413.
- Takano Y., Horiguchi T. Surface ultrastructure and molecular phylogenetics of four unarmored heterotrophic dinoflagellates, including the type species of the genus
- Gyrodinium (Dinophyceae) I I Phycological Reserch. 2004. V. 52. P. 107−116.
- Talarmin H., Droguet M., Pennec J.P., Schroder H.S., Muller W.E.G., Gioux M., Dorange G. Effects of a phycotoxin, okadaic acid, on oyster heart cell survival // Toxicological and Environmental Chemistry. 2008. V. 90. № 1. P. 153−168.
- Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. MEGA4: molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0 // Molecular Biology and Evolution: 2007. V. 24. P. 1596−159.
- Taylor F.J.R., Hoppenrath M., Saldarriaga J.F. Dinoflagellate diversity and distribution //Biodiversity and Conservation. 2008. V. 17. P. 407−418.
- Thornhill D.J., Lajeunesse T.C., Santos S.R. Measuring rDNA diversity in eukaryotic microbial systems: how intragenomic variation, pseudogenes, and PCR artifacts confound biodiversity estimates // Molecular Ecology. 2007. V. 16. P. 53 265 340.
- Thornhill D.J., Xiang Y., Fitt W.K., Santos S.R. Reef endemism, host specificity and temporal stability in populations of symbiotic dinoflagellates from two ecologically dominant Caribbean corals // PLoS ONE. 2009. V. 7. P. e6262.
- Timoshkin O.A. Biology of Lake Baikal: «White spots» and progress in research // Berliner Geowissenschaftliche Abhandlungen E. 1999. V. 30. P. 333−348.
- Toller W.W., Rowan R., Knowlton N. Zooxanthellae of the Montastraea annularis species complex: patterns of distribution of four taxa of Symbiodinium on different reefs and across depths // Biological’Bulletin. 2001. V. 201. P. 348 359.