Биоразнообразие микробного сообщества районов залегания газовых гидратов и бухты Фролиха озера Байкал
Диссертация
Исследования морфологии бактерий, обитающих в придонной воде грязевого вулкана «К-2», показал широкий спектр различных по морфологии клеток. Ультратонкие срезы этих бактерий позволили идентифицировать внутрицитоплазматические мембраны. Характерное расположение этих мембран в клетке дали основание отнести эти бактерии к метанотрофам первого и второго типа. В природном образце были также обнаружены… Читать ещё >
Список литературы
- Атлас Байкала / под ред. Галазия Г. И. М.: ФСГК. 1993. — 160с.
- Беликов С.И., Земская Т. И., Парфенова В. В. Первичная характеристика бактерий керна BDP-93 из озера Байкал. // Байкал природная лаборатория для исследования изменений окружающей среды и климата: Тез. докл. — 1994. — Т. 5. — С. 14.
- Белькова Н.Л., Парфенова В. В., Косторнова Т. Я., Денисова Л. Я., Зайчиков Е. Ф. Характеристика биоразнообразия микробного сообщества водной толщи озера Байкал // Микробиология. 2003. — Т. 72. № 2. — С. 239−249.
- Белькова Н.Л., Чунг Х. М., Ан Т.С. Применение метода гибридизации IN SITU для выявления цианобактериальных клеток. // Микробиология. 2002. -Т. 71, № 3, С. :381−386.
- Верещагин Г. Ю. Байкал. Иркутск, ОГИЗ. 1947. С. — 170.
- Верещагин Г. Ю. Газы, выделяющиеся со дна Байкала // Природные газы СССР. Вып. 27. Л., 1933. С. 21−40.
- Вернадский В.И. Живое вещество / В. И. Вернадский. М.: Наука, 1978.-358 с.
- Верхозина В.А. Микробиальные процессы круговорота азота в Байкале. // Микроорганизмы в экосистемах озер и водохранилищ. 1985. — С. :33−42.
- Вотинцев К.К. Гидрохимия озера Байкал. Труды Байкал, лимнол. ст. АН СССР.-М.: Изд. АН СССР, 1961. 311 с.
- Вотинцев К.К., Мещерякова А. И., Поповская Г.И. О значении ультрананнопланктонных водорослей в создании первичной продукции
- Байкала в летний период. // Гидробиол. Журнал. 1972. — Т. 8 ,№ 3, С. 2127.
- Гальченко В.Ф. Метанотрофные бактерии М.: ГЕОС, 2001. — 500с.
- Гальченко В.Ф., Шишкина В. Н., Сузина Н. Е., Троценко Ю. А. Выделение и свойства новых штаммов облигатных метанотрофов. // Микробиология. -1977. Т. 46. — С. 890−897.
- Гебрук А.В., Кузнецов А. Н., Намсараев Б. Б., Миллер Ю. М. Роль бактериальной органики в питании глубоководных донных животных в бухте Фролиха (оз. Байкал) в усовиях повышенного теплового потока. // Изв. РАН. Сер. биол. 1993. — Т. 6. С. 903−908.
- Гинсбург Г. Д., Соловьев В. А. Субмаринные газовые гидраты. Санкт-Петербург, ВНИИОкеанология, 1994,200 с.
- Голубев В.А. Геотермия Байкала. Новосибирск: Наука, 1982, 150 с.
- Голубев В.А. Докл. РАН. 1997. — Т. 352, № 5 — С. 652−655.
- Голубев В.А. Тепловой поток через впадину оз. Байкал. // Докл. АН СССР. -1979. Т. 245, № 6. — С. 1333−1336.
- Гольмшток А.Я., Дучков А. Д., Хатчинсон Д. Р., Ханукаев С. Б., Ельников А. И. Оценки теплового потока на озере Байкал по сейсмическим данным о нижней границе слоя газовых гидратов // Геология и геофизика. 1997. -№ 10.-С. 1677−1691.
- Гоман Г. А. Бактериальное восстановление сульфатов и окисление сульфидов в грунтах Байкала. // Гидробиол. Журнал. 1975. — Т. 11, № 5. — С. 18−22.
- Горленко В.М., Дубинина Г. А., Кузнецов С. И. Экология водных микроорганизмов. -М.: Наука, 1977. -288 с.
- Гранин Н.Г., Гранина JI.3. Газовые гидраты и выходы газов на Байкале. // Геология и Геофизика. 2002. — Т. 43. — С.629−637.
- Гранина JI.3., Каллендер Е., Ломоносов И. С., Мац В. Д., Голобокова Л. П. Granina L.Z.- Callender Е.- Lomonosov I.S.- Mats V.D.- Golobokova L.P.
- Аномалии состава поровых вод донных осадков Байкала. Anomalies in the composition of Baikal pore waters. // Геология и геофизика. 2001. — Т. 42, № 1−2, С. 362−372.
- Грачев М.А. О современном состоянии экологической системы озера Байкал. 2002. 156 с.
- Гайнутдинова Е.А., Б.Ц. Ешинимаев, И. С. Цыренжапова, О. П. Дагурова, Н. Е. Сузина, В. Н. Хмеланина, Б.Б. Намсараев, Ю. А. Троценко Аэробные метанотрофные сообщества донных осадков озера Байкал // Микробиология. 2005. — Т. 74, № 4. — С. 562−571.
- Дагурова О.П., Намсараев Б. Б., Козырева Л. П., Земская Т. И., Дулов Л. Е. Бактериальные процессы цикла метана в донных осадках озера Байкал. // Микробиология. 2004. — Т.74, № 2. — С. 248−257.
- Денисова Л.Я., Белькова Н. Л., Тулохонов И. И., Зайчиков Е. Ф. Биоразнообразие бактерий на различных глубинах южной котловины озера Байкал, выявленное по последовательностям 16S рРНК. // Микробиология. 1999. — Т. 68, № 4. — С. 547−556.
- Драбкова В.Т. Зональное изменение интенсивности микробиологических процессов в озерах. Л.: Наука. Ленингр. Отд-ние, 1981. — 212 с.
- Дучков А.Д., Лысак С. В., Голубев В. А., Дорофеева Р. П., Соколова Л. С. Геология и геофизика. 1999. — Т. 40, № 3. — с. 287−303.
- Егоров А.В. Исследование распределения метана в воде и осадках северовосточной части Черного моря 1999−2002 гг. // Тез. докл. XV Международной школы морской геологии. М. 2003. — Т. II. С. 167 — 168.
- Исаев В.П., Коновалова Н. Г., Михеев П. В. Природные газы Байкала. // Геология и Геофизика. 2002. — Т. 43. — С. 638 — 643.
- Истомин В. А, Якушев B.C. Газовые гидраты в природных условиях. М.: Недра, 1992,236 с.
- Кожов М.М. Биология озера Байкал. М.: АН СССР, 1962. — 316с.
- Кузнецов А.П., Стрижов В. П., Кузин B.C., Фиалков В. А., Ястребов B.C. Новое в природе Байкала: сообщество, основанное на бактериальном хемосинтезе // Изв. АН. СССР. Сер. биол. 1991. — № 5. — С. 766−772.
- Кузнецов С.И. Микрофлора озер и ее геохимическая деятельность. Л.: Наука, 1970.-440 с.
- Кузнецов С.И., Саралов А. И., Назина Т. Н. Микробиологические процессы круговорота углерода и азота в озерах. М.: Наука, 1985. — 213 с.
- Кузьмин М.И., Калмычков Г. В., Гелетий В. Ф. и др. Первая находка газогидратов в осадочной толще озера Байкал. // Доклады АН. 1998. — Т. 362 № 4.- С. 541−543.
- Лаптева Н.А., Афанасьев В. А. Микрофлора озера Байкал (электронно-микроскопические исследования). // Биология внутренних вод. -1988. Т. 80.-С. 5−13.
- Ленглер. И., Древе Г., Шлегель Г. Современная микробиология прокариоты т. 2. С. 486. М.: Мир. 2005.
- Макагон Ю.Ф. «International Conference on Natural Gas Hydrates» 20−24 June 1993, N.-York, USA, p. 119−145.
- Макагон Ю.Ф. Гидраты природных газов. М.: Недра, 1974. 208 с.
- Максимова Э.А., Сергеева И. А., Максимов В. Н. Микробоценозы доннных отложений Байкала. 1991. -С. 160.
- Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование / Лабораторное руководство. Москва: Мир., 1984. 480 с.
- Мизандронцев И.Б. Химический состав грунтовых растворов Байкала. // Круговорот вещества и энергии в озерных водоемах / АН СССР.СО. Лимнол. ин-т- 1975. С. 250−253.
- Младова Т.А. Микробиологическая характеристика донных отложений Байкала. // Круговорот вещества и энергии в озерных водоемах. 1975. -С. 246−250.
- Малашенко Ю.Р., Романовская В. А., Троценко Ю. А. Метаноокисляющие микроорганизмы М.: Наука. 1978. 198 с.
- Намсараев Б.Б., Дулов Л. Е., Дубинина Г. А., Земская Т. Н., Гранина Л. З., Карабанов Е. Б. Участие бактерий в процессах синтеза и деструкции органического вещества в микробных матах озера Байкал. // Микробиология. 1994. -Т. 63, № 2. — С. 345−351.
- Намсараев Б.Б., Земская Т. Н. Микробиологияческие процессы круговорота углерода в донных осадках озера Байкал. Новосибирск.: Изд-во СО РАН, 2000.
- Намсараев Б.Б., Земская Т. Н., Дагурова О. П., Гранина Л.З., Голобокова Л. П.,
- Ситникова Т.Я.(В. В. Namsaraev, Т. I. Zemskaya, О. P. Dagurova, L. Z. Granina,
- P. Golobokova, and T. Ya. Sitnikova) Бактериальные сообщества донныхосадков в районе гидротермального источника бухты Фролиха. (BACTERIAL
- COMMUNITIES OF THE BOTTOM SEDIMENTS
- NEAR A HYDROTHERMAL SOURCE IN FROLIKHA BAY (Northern Baikal)). // Геология и геофизика. 2002. — Т. 43, № 7. — С. 644−647.
- Наумова Н.Б. Археи в неэкстремальных экосистемах // Успехи современной биологии. -2003. Т. 123, № 1. — С. 16−23.
- Нечаева Н.Б., Салимовская-Родина А.Г. Микробиологический анализ донных отложений Байкала // Тр. Байкал. Лимнол. Ст. 1935. — Т 6. — С. 5−14.
- Определитель бактерий Берджи. В 2-х т. / Под ред. Дж. Хоулта, Н. Крига, П. Снита, Дж. Стейли, С. Уильямса. М.: Мир, 1997. — 432 с.
- Палас П.С. Путешесвие по разным провинциям Российского государства. Ч. II. СПб, 1788, 624 с.
- Пампура В.Д., Кузьмин М. И., Гвоздков А. Н., Антипин B.C., Ломоносов И. С., Хаустов А. П. Геохимия современной седиментации оз. Байкал. // Геология и геофизика. 1993. — Т. 34, № 10−11. — С. 52−67.
- Пименов Д.В. Индивидуальная изменчивость морфологических признаков Rosa aciculams Zindl в Забайкалье. // Ботанические исследования в Сибири. -1994. С. 92−99.
- Романенко В.И., Кузнецов С. И. Экология микроорганизмов пресных водоемов: лабораторное руководство. Л.: Наука, 1974. — 194 с.
- Романенко В.И., Младова Т. А. Шарообразные стеклянные баллоны для стерильного отбора проб воды и грунта с больших глубин. // Информ. бюл. / АН СССР. Ин-т биологии внутренних вод- 1969- 4: Биология внутренних вод. С. 72−75.
- Русанов И.И., Леин А. Ю., Пименов Н. В., Юсупов С. К., Иванов М. В. Биогеохимический цикл метана на Северо-Западном шельфе Черного моря // Микробиология. 2002. Т. 71. № 4. С. 558−566.
- Сокольников В.М. Причины, обуславливающие образование пропарин (ключей) в ледяном покрове Байкала // Тр. Байкальской лимнологической станции. Т. 15. М.- Л., 1957, с. 65−94.
- Сузина Н.Е., Дмитриев В. В., Фихте Б. А. Влияние условий культивирования на организацию на организацию мембранного аппарата и поверхностных трубчатых структур клеток Methylocystis echinoides. // Микробиология. -1982.-Т. 51.-С. 806−808.
- Сузина Н.Е., Дмитриев В. В., Четина В. Е., Фихте Б. А. Цитобиохимические особенности метанотрофных бактерий. // Микробиология. 1984. — V. 53. — С. 257−260.
- Турова Т.П., Колганова Т. В., узнецов Б.Б. Пименов Н. В. Филогенетическое разнообразие архейного компонента бактериальных обрастаний на кораловидных постройках в зонах выхода метана в Черном море // Микробиология. 2002. Т.71. № 2. С. 230−236.
- Хатчинсон Д.Р., Гольмшток А. Я., Зоненшайн Л. П., Мур Т.К., Шольц К. А., Клитгорд К. Д. Особенности строения осадочной толщи оз. Байкал по результатам многоканальной сейсмической съемки (1989г.). // Геология и геофизика. 1993. -Т. 34, № 10−11. — С. 25−36.
- Хлыстов О.М., Клерке Ж., Де Батист М. Донные осадки, содержащие приповерхностные газовые гидраты в оз. Байкал. // Третья Верещагинская Байкальская конференция: Тез. докл.- 2000. С. 258.
- Яснитский В.А., Бланков Б. Н., Гортиков В. И. Отчет о работе Байкальской лимнологической станции. Изв. Биол.-геогр. Ин-та при ИГУ. — 1927. -Т.З. — Вып.З. — С.47−54.
- Amann R., Methodological aspects of fluorenscence in situ hybridization // Biosci. Microflora. 2000 -V. 19. — № 2. — P. 85−91.
- Appenzeller «New Item», J.Incl.Phenom. 1991. — V. l 1. — P. 91−101.
- Casamayor E.O., Calderon-Paz J.I., Mas J., Pedros-Alio C. Identification of phototroflc sulfur bacteria through the analysis of LmwRNA band patterns // Arch. Microbiol. 1998. — V. 170. — P. 269−278.
- Chandler D.L., Stults J.R., Cebula S. Et al. Affinity purification of DNA and RNA from environmental samples with peptide nucleic acid clamps // Appl. Env. Microbiol. 2000. — V. 66. — № 8. — P. 3438−3445.
- Crane К., Hecker В., Golubev V. Hydrothermal vents in Lake Baikal. // Nature. -1991. -№.350-P. 281.
- Cases I., de Lorenzo V. The grammar of microbiological diversity // Environ. Microbiol. 2002. — 4.- № 11. — P. 623−627.
- Connon S.A., Giovannoni S.J. High throughput methods for culturing microorganisms in very — low — nutrient media yield diverse new marine isolates // Appl. Environ. Microbiol. — 2002. — 68. — P. 3878−3885.
- Falkner K.K., Measures C.I., Herbelin S.E., Edmond J.M., Weiss R.F. The major and minor element geochemistry of Lake Baikal. // Limnology and Oceanography. 1991. — V. 36. — № 3. — P. 413−423.
- Fricker C.R. From media to molecules: new approaches to the detection of microorganisms in water // Water, Air and Soil Pollution. -2000. 123. — P. 35−41.
- Galchenko V.F., Lein A.Yu., Ivanov M.V., Biological sinks of methane // Exchange of trace gases between terrestrial ecosystems and the atmosphere. -Dahlem konferenzen. 1989. — P. 59−71.
- Georgi J. G. Bemerkungen einer Reise im Rissishen Reichim Jahre, 1772, Bd. 2. SPb, 1775.
- Glockner F.O. An In Situ Hybridization Protocol for Detection and Identification of Planctonic Bacteria // Microbiol. 1996. — V. 19. P. 403−406.
- Glockner F.-O., Fuchs B.M., Amann R. Bacterioplankton compositions of lakes and oceans: a first comparison based on fluorescence in situ hybridisation // Appl. Environ. Microbiol. 1999. 65. № 8. — P. 3721−3726.
- Gray M.W., Sancoff D., Cedergen R.J. On the evolutionary descent of organisms and organelles: a global phylogeny based on highly conserved structural core in small suunit ribosomal RNA // Nucleic. Acids Res. 1984. — 12.- № 14. P. 5837−5852.
- Head I.M., Saungers J.R., Pickup R.W. Microbial evolution, diversity, and ecology: a decade of ribosomal RNA analysis of uncultivated microorganisms //Microb. Ecol. 1998. — V. 35. — № 1. — P. 1−21.
- Hoehler T.M., Alperin M.J., Albert .B. Field and laboratory studies of methane oxidation in an anoxic marine sediments: evidence for a methanogen-sulfate reducer consorcium // Global Biochem. Cycles. 1994. — V.8. — № 4. — P. 451 463.
- Hofle M.G. Bacterioplankton community structure and dynamics after largescale release of nonindigenous bacteria as reveald by low-molecular-weight-RNA analysis // Appl. Environ. Microbiol. 1992. — 58. — № 10. — P. 3387−3394.
- Hoehler T.M., Alperin M.J., Albert .B. Field and laboratory studies of methane oxidation in an anoxic marine sediments: evidence for a methanogen-sulfate reducer consorcium // Global Biochem. Cycles. 1994. — V.8. — № 4. — P. 451 463.
- Hofle M.G. Bacterioplankton community structure and dynamics after largescale release of nonindigenous bacteria as reveald by low-molecular-weight-RNA analysis // Appl. Environ. Microbiol. 1992. — 58. — № 10. — P. 3387−3394.
- Hofle M.G. Taxonomic diversity and metabolic activity of microbial communities in the water column of the central Baltic Sea // Limnol. Oceanogr. 1995. — 40. -№ 5.-P. 868−874.
- Karl D.M., Tilbrook B.D. Production and transport of methane in oceanic particulate organic-matter. //Nature. 1994. — V. 368. — P. 732−734.
- Marmur J. A procedure for the isolation of deoxyribonucleic acid from microorganisms. //J. Mol. Biol. 1961. — V. 3. — P. 208−218.
- Moll G., Ahrens R. Ein neuer Fimbrientyp. // Arch. Microbiol. 1970. — V. 70. — P. 361−368.
- Murrell J.C., McDonald I.R., Bourne D.G. Molecular methods for the study of methanotroph ecology // FEMS Microbiol. Ecol. 1998. — V. 27. — P. 103−114.
- Mutray A.F., Mohn W.W. Quantitaition of the population size and metabolic activity of a resin acid degrading bacterium in activated sludge using slot-blot hybridization to measure ther RNA: rDNA ratio // Microb. Ecol. 2000. — V. 38. -P. 348−357.
- Nistrom T. Not quite dead enough: on bacterial life, culturability, senescence, and death //Arch. Microbiol.-2001.- 176.-P. 159−164.
- Qiu X., Wu L., Huang H., McDonel P.E., Palumbo A.V., Tiedje J.M., Zhou J. Evaluation of PCR-generated, mutations, and heteroduplexes with 16S rRNA gene-based cloning // Appl. Environ. Microbiol. 2001. — 67. — № 2. -P. 880 887.
- Rochelle P.A., Fry J.C., Parkes R.J., Weightman A.J. DNA extraction for 16S rRNA gene analysis to determine genetic diversity in deep sediment communities. // FEMS Microbiol. Letters. 1992. — V.100. — P.59−66.
- Sambrook J., Frisch E.F., Maniatis T. Molecular cloning. A laboratory manual. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press. -1989. V. 2. — P. 53−72.
- Schmidt T.M., DeLong E.F., Pace N.R. Analysis of a marine picoplankton community by 16S rRNA gene cloning and sequencing // J.Bacteriol. — 1991. — 173.-P. 4371−4378.
- Schmidt T.M., DeLong E.F., Pace N.R. Analysis of a marine picoplankton community by 16S rRNA gene cloning and sequencing // J.Bacteriol. — 1991. — 173.-P. 4371−4378.
- Schulz M., Faber E., Hollerbach A., Schroder H.G., Gude H. The methane cycle in the epilimnion of Lake Constance. // Archiv fur Hydrobiol. 2001. -V. 151. — P. 157−176.
- Seifert R., Amann R., Delling N., Richnow H-H., Kempe S., Hefter J., Michaelis W. Ethylene and methane in the upper water column of the subtropical Atlantic // J. Biogeochem. 1999. — V. 44. — P. 73−91.
- Sekar R. An improved protokol for quantification of freshwater Actinobacteria by fluorescence in situ hybridization. // // Appl. Env. Microbiol. 2003. — V.69. -№ 5. — P. 2928−2935.
- Sheu D.-S., Wang Y.-T., Lee C.-Y. Rapid detection of polyhydroxyalkanoate-accumulating bacteria isolated from the environment by colony PCR // Microbiology. 2000. — V. 146. — P. 2019−2025.
- Sloan E.D. Clathrate Hydrates of Natural Gases. N.Y.: Basel, 1990. P. 641.
- Spanggaard В., Huber I., Nielsen J., Nielsen Т., Appel K. F., Gram L. The microflora of rainbow trout intestine: a comparison of trditional and molecular identification // Aquaculture. 2000. 182. — P. 1−15.
- Stahl D.A., Lane D.J., Olsen G.J., Pace N.R. Characterization of a Yellowstone hot spring microbial community by 5S rRNA sequences // Appl. Environ. Microbiol. -1985.-49.-P. 1379−1384.
- Staley J.T. Prosthecomicrobium and Anacalolomicrobium: new freshwater prosthecate bacteria J. Bacterid. 1968. — V. 95. — P. 1921−1942.
- Suzuki Т., Yamasato K. Phylogeny of spore-forming lastic acid bacteria based on 16S rRNA gene sequences // FEMS Microbiol. Letts. 1994. — V. 115, № 1. -P. 13−17.
- Takeya S., Uchida Т., Nagao J. et al. International Workshop on Gas Hydrate Studies and Related Topics. 1−2 March 2003. Kitami: Kitami Inst. f Technol. 2003.-P.10.
- Thompson J.R., Marcelino L.A., Polz M.F. Heteroduplexes in mixed-template amplifications: formation, consequence and elimination by «reconditioning PCR» // Nucleic Acids Res. 2002. — 30. — № 9. — P. 2083−2088.
- Tsai Y.-L., Olson B.H. Rapid method for separation of bacterial DNA from humic substances in sediments for polymerase chain reaction // Appl. Environ. Microbiol. 1992. — 58. — № 7. P. 2292−2295.
- Ward D.M., Weller R., Bateson M.M. 16S rRNA sequences reveal numerous uncultured microorganisms in a natural community // Nature (London). 1990. -V. 345.-P. 63−65.
- Weller R., Glockner F.-O., Amann R. 16S rRNA-targeted oligonucleotide probes for in situ detection of members of the phylum Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides // System. Appl. Microbiolol. 2000. — 23. — P. 107−114.
- Whittenburry R., Davies S.L., Davey J.F. Exospores and cycts formed by methane-utilizing bacteria. // J. Gen. Microbiol. 1970. — V. 61. — P. 219−226.
- Wilson I.G. Inhibition and facilitation of nucleic acid amplification // Appl. Environ. Microbiol. 1997. — 63. — 10. — P. 3741−3751.
- Woese C.R., Kandler O., Wheelis M.L. Towards natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria and Eukarya // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1990. — V. 87. — P. 4576−4579.