Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Хромосомы домашней курицы и японского перепела (Phasianidae, Galliformes)

Диссертация: Хромосомы домашней курицы и японского перепела (Phasianidae, Galliformes)
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Ламповые щетки представляют собой сильно деконденсированные танскрипционно-активные хромосомы диплотенной стадии профазы мейоза I, имеющие характерную хромомерно-петлевую организацию (обзоры: Callan, 1986; Morgan, 2002; Gaginskaya et al., 2009). На стадии ламповых щеток гомологичные хромосомы входят в состав бивалентов и объединены между собой в районах хиазм. Хромосомы-ШЦ птиц в 20−30 раз… Читать ещё >

Хромосомы домашней курицы и японского перепела (Phasianidae, Galliformes) (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • 1. Обзор литературы
    • 1. 1. Класс Птицы (Aves). Краткие сведения о классификации, происхождении и эволюции
    • 1. 2. Особенности кариотипов птиц
      • 1. 2. 1. Число хромосом в кариотипах
      • 1. 2. 2. Структура кариотипов
      • 1. 2. 3. Консервативность кариотипов
      • 1. 2. 4. Происхождение микрохромосом
    • 1. 3. Исследование кариотипа и генома курицы — основа для сравнительной цитогенетики и геномики птиц
      • 1. 3. 1. Генетические карты
      • 1. 3. 2. Кариотип и физические карты
      • 1. 3. 3. Организация генома курицы 30 1.3.3.1. Центромерные районы хромосом курицы
      • 1. 3. 4. Методы, используемые в сравнительной геномике птиц
    • 1. 4. Хромосомные перестройки, сопутствовавшие эволюции кариотипов представителей отряда Курообразные (Galliformes)
      • 1. 4. 1. Кариотипы домашней курицы {Gallus g. domesticas) и японского перепела (Coturnix japonica)
    • 1. 5. Анализ кариотипов птиц с использованием гигантских хромосом из растущих ооцитов
      • 1. 5. 1. Организация хромосом на стадии ламповых щеток птиц
      • 1. 5. 2. Высокоразрешающее цитогенетическое картирование с использованием преимуществ хромосом-ламповых щеток
  • 2. Материалы и методы
    • 2. 1. Объекты и материал исследования
    • 2. 2. Приготовление препаратов хромосом-ламповых щеток
    • 2. 3. Скрининг баз данных, содержащих информацию о расшифрованных последовательностях генома курицы
    • 2. 4. Иммунофлуоресцентное окрашивание
    • 2. 5. Подготовка ДНК-зондов, используемых для флуоресцентной гибридизации in situ
      • 2. 5. 1. Выделение ДНК ВАС-клонов
      • 2. 5. 2. Мечение ДНК ВАС-клонов и цельнохромосомных зондов
      • 2. 5. 3. Подготовка зондов к центромерным последовательностям курицы
      • 2. 5. 4. Оценка эффективности мечения ДНК зондов
    • 2. 6. Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH)
      • 2. 6. 1. FISH на хромосомах-ламповых щетках курицы
      • 2. 6. 2. Гетерологичная FISH на хромосомах-ламповых щетках японского перепела
      • 2. 6. 3. Повторная FISH на хромосомах-ламповых щетках
    • 2. 7. Двумерная флуоресцентная и фазово-контрастная микроскопия и обработка изображений
  • 3. Результаты
    • 3. 1. Высокоразрешающее картирование центромерных последовательностей курицы на хромосомах-ламповых щетках
      • 3. 1. 1. Локализация хромосомо-специфичных центромерных сателлитных повторов на хромосомах-ламповых щетках курицы
      • 3. 1. 2. Детальный цитогенетический анализ района 0−23 млн.п.н. хромосомы 3 курицы: локализация центромеры и двух нецентромерных кластеров повтора CNM относительно молекулярных маркеров
      • 3. 1. 3. Локализация нетандемно повторяющихся центромерных последовательностей на хромосомах-ламповых щетках 5 и 27 курицы
      • 3. 1. 4. Поиск последовательностей ДНК, гомологичных центромерным последовательностям домашней курицы, в кариотипе японского перепела
    • 3. 2. Сравнительный молекулярно-цитогенетический анализ хромосом домашней курицы и японского перепела с использованием ламповых щеток
      • 3. 2. 1. Внутрихромосомные перестройки, различающие ортологичные макрохромосомы курицы и японского перепела
        • 3. 2. 1. 1. Хромосома
        • 3. 2. 1. 2. Хромосома
        • 3. 2. 1. 3. Хромосома
        • 3. 2. 1. 4. Хромосома
      • 3. 2. 2. Сравнительный молекулярно-цитогенетический анализ микрохромосом курицы и их ортологов в кариотипе японского перепела
        • 3. 2. 2. 1. Хромосома
        • 3. 2. 2. 2. Хромосомы 12 и
        • 3. 2. 2. 3. Хромосома
        • 3. 2. 2. 4. Хромосома
  • 4. Обсуждение
    • 4. 1. Высокоразрешающий цитогенетический анализ центромерных районов хромосом-ламповых щеток домашней курицы и японского перепела
    • 4. 2. Природа различий в морфологии хромосом домашней курицы и японского перепела: формирование центромер de novo или перицентрические инверсии?
    • 4. 3. Свойства последовательностей, локализующихся на границах инверсий, различающих хромосомы курицы и японского перепела
    • 4. 4. Высокоразрешающий цитогенетический анализ хромосом и коррекция баз данных по расшифрованным последовательностям генома курицы с использованием ламповых щеток
  • Выводы

Организация и эволюция кариотипов принадлежат к широко исследуемым проблемам современной биологии, при этом хромосомные перестройки и их потенциальная роль в процессе видообразования и в генезисе генетически-обусловленных заболеваний вызывают особый интерес. К основным структурным внутрихромосомным перестройкам, сопровождавшим эволюцию кариотипов, можно отнести инверсии (парацентрические и перицентрические, при этом последние захватывают район центромеры), делеции и дупликации. Наиболее распространенными примерами межхромосомных эволюционных аберраций могут служить транслокации, центрические слияния хромосом (так называемые робертсоновские транслокации), а также центрические разделения (Коряков, Жимулев, 2009).

Среди позвоночных к настоящему моменту в наибольшей степени изучены кариотипы млекопитающих (например: Graphodatsky et al., 2002; 2011; Murphy et al., 2005; Ferguson-Smith, Trifonov, 2007; Perelman et al., 2012; Romanenko et al., 2012; Trifonov et al., 2012). Так, на основании целого комплекса методических подходов классической цитогенетики, а также современных методов сравнительной молекулярной цитогенетики и геномики был сконструирован предполагаемый анцестральный (предковый) кариотип млекопитающих (Graphodatsky, 2007; Kemkemer et al., 2009; Graphodatsky et al., 2011; Ruiz-Herrera et al., 2012), построены подробные схемы филогенетических взаимоотношений их основных таксономических групп (Graphodatsky, 2007; Hallstrom, Janke, 2010; Graphodatsky et al., 2011; Trifonov et al., 2012), выявлены некоторые свойства нуклеотидных последовательностей из хромосомных точек разрывов/слияний (Slamovits, Rossi, 2002; Ruiz-Herrera et al., 2006; Kehrer-Sawatzki, Cooper, 2008; Adega et al., 2009; Kemkemer et al., 2009), сформулированы возможные механизмы формирования эволюционных перестроек (Pevzner, Tesler 2003; Kemkemer et al., 2009; Kehrer-Sawatzki, Cooper, 2008; Adega et al., 2009), сопровождавших дивергенцию кариотипов млекопитающих. Тем не менее, исследование кариотипов других животных, в частности, кариотипов представителей класса Птицы, необходимо для расширения представлений о закономерностях эволюции хромосом и о механизмах формирования хромосомных перестроек у позвоночных. За последнее десятилетие был сделан значительный прогресс в области сравнительной геномики птиц, вследствие чего были выявлены интересные тенденции в эволюции их кариотипов (Burt et al., 1999; Burt, 2002; Griffin et al., 2007; Ellegren, 2010; Volker et al., 2010; Skinner, Griffin, 2012).

Представители класса Птицы характеризуются сложно устроенными кариотипами. Так, их типичный диплоидный набор представлен высоким числом хромосом, несколько пар из которых — относительно крупные макрохромосомы, а остальное множество — крошечные морфологически похожие друг на друга микрохромосомы (Tegelstrom, Ryttman, 1981; Родионов, 1996; 1997; Burt, 2002; Masabanda et al., 2004; Griffin et al., 2007). С помощью различных методических подходов была показана удивительно высокая консервативность синтенных блоков, а также эволюционная стабильность кариотипов птиц в целом (Shibusawa et al., 2001; Guttenbach et al., 2003; Derjusheva et al., 2004; Kayang et al., 2006; Griffin et al., 2007; Backstrom et al., 2008; Nanda et al., 2008; 2011). Главным образом, такая консервативность обусловлена малым числом межхромосомных перестроек, сопутствовавших дивергенции кариотипов птиц, что связывают с относительно низким содержанием повторяющихся последовательностей в их геномах (Burt et al., 1999; Burt, 2002; ICGSC, 2004; Wicker et al., 2005). Тем не менее, частота внутрихромосомных изменений, по всей видимости, является недооцененной (Shibusawa et al., 2001; 2004 a, bVolker et al., 2010; Skinner, Griffin, 2012).

Кариотипы представителей отряда Курообразные (Galliformes) (куры, перепела, индейки, павлины, куропатки, фазаны) — одни из наиболее подробно изученных кариотипов птицв первую очередь такой интерес объясняется важностью этих видов с экономической точки зрения. Кроме того, некоторые представители отряда, такие как домашняя курица (Gallus gallus domesticus) и японский перепел (Coturnix coturnix japonica) широко используются в качестве модельных объектов исследований в области биологии развития, генетики, нейробиологии, эндокринологии, иммунологии и в биомедицине (например: De Groef et al., 2008; Huss et al., 2008; Datar, Bhonde, 2011).

Данные, полученные в ходе выполнения международного проекта по секвенпрованию генома курицы (ICGSC, 2004), а также детальное описание кариотипа этого вида (Masabanda et al., 2004) являются базой для сравнительных молекулярно-цитогенетических исследований кариотипов птиц, в том числе представителей Курообразных. Так, стало возможным «переносить» данные о хорошо охарактеризованных геноме и кариотипе курицы на менее изученные кариотипы других видов птиц. Получение цельнохромосомных зондов (англ. chromosome paints) для хромосом курицы (Griffin et al., 1999; Guillier-Gencik et al., 1999; Masabanda et al., 2004), ВАС (bacterial artificial chromosome) — библиотек клонированных последовательностей генома курицы (Zoorob et al., 1996; Crooijmans et al., 2000; Lee et al., 2003) и использование их в качестве молекулярных зондов для флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) позволяет проводить более детальный, по сравнению со стандартными методами цитогенетики, анализ хромосом птиц.

Ряд внутрихромосомных перестроек, крупных инверсий, отличающих ортологичные хромосомы у представителей отряда Galliformes, был охарактеризован с помощью картирования молекулярных маркеров на митотических метафазных хромосомах (Shibusawa et al., 2001; 2002; 2004 a, bKasai et al., 2003; Griffin et al., 2008). Однако использование таких хромосом не дает удовлетворительного разрешения при сравнительном картировании, и поэтому точно определить границы инверсий и охарактеризовать последовательности из точек разрывов/слияний оказывается невозможным.

К внутрихромосомным перестройкам, сопутствующим эволюции кариотипов при дивергенции видов, также можно отнести недавно описанное в литературе явление «перемещения центромеры» (англ. centromere repositioning) (Montefalcone et al., 1999). При этом в ходе эволюции центромера возникает в новом локусе хромосомы без какого-либо изменения порядка генов на ней. Считается, что перемещение центромеры могло представлять потенциально мощную эволюционную силу для репродуктивной изоляции и видообразования (Amor et al., 2004; Marshall et al., 2008). Наиболее подробно этот феномен исследован на примере кариотипов приматов (например: Montefalcone et al, 1999; Ventura et al.,.

2007, Stanyon et al., 2008), но также был выявлен у других млекопитающих (O'Neill et al., 2004; Murphy et al., 2005; Carbone et al., 2006; Kobayashi et al., 2008; Piras et al., 2010; Rocchi et al., 2012; Trifonov et al., 2010; 2012) и растений (Nagaki et al., 2004; Han et al., 2009). У птиц, в частности у представителей отряда Курообразные, сходный случай формирования центромеры de novo был описан при сравнении хромосомы 4 в кариотипах курицы и красноногой куропатки (Alectoris rufa) (Kasai et al., 2003) из семейства Фазановых, а также ортологичной хромосомы японского перепела (Galkina et al., 2006). Являются ли эти случаи единичными, или же феномен «перемещения центромеры» был характерным для эволюции кариотипов птиц остается не известным. Ответ на этот вопрос можно получить, проводя детальное сравнительное картирование последовательностей ДНК из околоцентромерных районов на хромосомах разных видов птиц. Кроме того, сравнительный анализ последовательностей, входящих в состав самих центромер хромосом близкородственных видов птиц, позволил бы расширить представления о механизмах формирования и эволюции центромер.

На протяжении долгих лет лишь немногие центромерные последовательности курицы были известны (Matzke et al., 1990; Solovei et al., 1998; Wang et al., 2002; Krasikova et al., 2006; Li, Leung, 2006). Однако недавно удалось расшифровать и охарактеризовать CENP-A-связывающие центромерные последовательности большинства хромосом курицы, в результате чего были выявлены различия в организации её центромер на разных хромосомах (Shang et al., 2010). В отличие от большинства центромер, содержащих блоки сателлитных повторов, центромеры хромосом 5, 27 и Z курицы представлены уникальными последовательностями, обогащенными ретротранспозонами, и, таким образом, внроятно, являются эволюционно новыми, недавно сформировавшимися центромерами (Shang et al., 2010). Присутствуют ли последовательности, гомологичные центромерным последовательностям хромосом курицы, в геноме других видов птиц и, если да, то выполняют ли они там функцию центромерных последовательностей, остается не исследованным.

Два эволюционно близких вида, домашняя курица и японский перепел, как и большинство представителей отряда Курообразные, обладают на первый взгляд очень сходными кариотипами. Оба кариотипа содержат одинаковое число хромосом (2п=78). Кроме того, результаты сравнительного цитогенетического картирования (Shibusawa et al., 2001; Schmid et al., 2005; Galkina et al., 2006; Kayang et al., 2006), хромосомного пэйнтинга (Schmid et al., 2000; Guttenbach et al., 2003), a также генетического картирования (Kayang et al., 2006; Sasazaki et al., 2006) свидетельствуют о высокой степени консервативности хромосом курицы и японского перепела. Тем не менее, морфология (в частности, положение центромер) большинства ортологичных хромосом в двух кариотипах заметно отличается. Так, практические все микрохромосомы домашней курицы акроцентричны, в то время как микрохромосомы японского перепела преимущественно субметацентрики (Kaelbling, Fechheimer, 1983; Calderon, Pigozzi, 2006; Krasikova et al., 2006; 2009). Показано, что короткие плечи микрохромосом японского перепела сформированы вариабельными по размеру блоками гетерохроматина (Krasikova et al., 2009). Выявить другие эволюционные события, которые могли сопровождать дивергенцию микрохромосомной части двух кариотипов, возможно лишь с помощью детального цитогенетического анализа микрохромосом, в частности, методом сравнительного картирования молекулярных маркеров с высоким цитогенетическим разрешением.

Различия в положении центромеры характеризуют также некоторые ортологичные макрохромосомы курицы и перепела. Так, сравнительный анализ рисунка дифференциальной исчерченности метафазных хромосом у двух видов позволил обнаружить несовпадение ряда сегментов ортологичных макрохромосом 1, 2, 4, 6 и Z, что было объяснено наличием перицентрических инверсий (Ryttman, Tegelstrom, 1981; Sasaki, 1981; Stock, Bunch, 1982). Позже, часть из этих предполагаемых инверсий была подтверждена с помощью картирования клонированных последовательностей курицы на метафазных хромосомах обоих видов (Shibusawa et al., 2001; Schmid et al., 2005; Kayang et al., 2006). Тем не менее, имея в виду небольшой физический размер митотических хромосом птиц, для сравнительного картирования близкорасположенных последовательностей ДНК оказывается важным использовать удлиненные хромосомы, в частности, хромосомы стадии ламповых щеток (ЛЩ).

Ламповые щетки представляют собой сильно деконденсированные танскрипционно-активные хромосомы диплотенной стадии профазы мейоза I, имеющие характерную хромомерно-петлевую организацию (обзоры: Callan, 1986; Morgan, 2002; Gaginskaya et al., 2009). На стадии ламповых щеток гомологичные хромосомы входят в состав бивалентов и объединены между собой в районах хиазм. Хромосомы-ШЦ птиц в 20−30 раз превышают по размеру соответствующие метафазные хромосомы, кроме того, они обогащены цитологическими маркерами (Кропотова, Гагинская, 1984; Челышева и др., 1990; Solovei et al., 1992; Родионов, 2001; Gaginskaya et al., 2009). Благодаря своим исключительным свойствам хромосомы-ЛЩ птиц оказываются удобным инструментом для физического картирования уникальных последовательностей ДНК, клонированных в бактериальных искусственных хромосомах (ВАС-клоны) (Galkina et al., 2006; Krasikova et al., 2006; Solinhac et al., 2010), и повторяющихся последовательностей (Solovei et al., 1994; 1996; 1998; Saifitdinova et al., 2003; Krasikova et al., 2006; Deryusheva et al., 2007; Ogawa et al., 1997), с высоким уровнем разрешения.

Целью настоящей работы было исследование природы различий в морфологии (в частности, в положении центромер) ортологичных хромосом домашней курицы и японского перепела для выявления закономерностей кариотипических изменений в ходе эволюции птиц отряда Курообразные.

В качестве основного подхода для высокоразрешающего сравнительного анализа кариотипов домашней курицы и японского перепела использовали физическое картирование центромерных последовательностей и ВАС-клонов, содержащих протяженные фрагменты геномной ДНК курицы, методом FISH на гигантских хромосомах типа ламповых щеток обоих видов.

В соответствии с поставленной целью были сформулированы следующие конкретные задачи:

1. Локализовать центромер-специфичные последовательности макрохромосом 1, 2, 3, 5 и микрохромосом 11, 27 курицы на хромосомах типа ламповых щеток этого вида. Провести поиск последовательностей, гомологичных центромерным последовательностям этих хромосом курицы, на хромосомах японского перепела.

2. Провести поиск внутрихромосомных перестроек, различающих ортологичные макрохромосомы 1, 2, 3 домашней курицы и японского перепела. Для выявленных перестроек картировать с высоким уровнем разрешения точки разрывов/слияний.

3. Провести поиск внутрихромосомных перестроек, характеризующих наиболее крупные микрохромосомы домашней курицы (хромосомы 11 — 15) и их ортологи в кариотипе японского перепела. С высоким уровнем разрешения определить границы выявленных перестроек.

4. Охарактеризовать последовательности ДНК из районов разрывов/слияний на хромосомах, затронутых перестройками.

5. Провести сравнительный молекулярно-цито генетический анализ околоцентромерных районов макрохромосом 1, 2, 3 и микрохромосом 11−15 курицы и ортологичных хромосом японского перепела. Проанализировать, чем обусловлены различия в положении центромер на ортологичных хромосомах у двух видов.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

выводы.

1. Последовательности, гомологичные центромерным сателлитным повторам хромосом 1, 2, 3 и 11 курицы, отсутствуют в геноме японского перепела. Уникальные последовательности из центромерных районов хромосом 5 и 27 курицы присутствуют в геноме японского перепела и локализуются в центромерных районах соответствующих ортологичных хромосом.

2. Центромерные районы микрохромосомы 27 курицы и ортологичной микрохромосомы японского перепела организованы сходным образом и представлены уникальными последовательностями и кластерами тандемного повтора с длиной повторяющейся единицы 41 п.н.

3. В кариотипах домашней курицы и японского перепела отсутствует ранее предполагаемая инверсия перицентрического района хромосомы 1. Разница в положении центромеры на хромосоме 1 курицы и японского перепела обусловлена формированием центромеры de novo в ходе дивергенции двух кариотипов.

4. Ортологичные макрохромосомы 2 в кариотипе домашней курицы и японского перепела различают две инверсии, захватывающие центромерный район. Границы крупномасштабной инверсии располагаются в районах 38,57, 9 млн.п.н. и 85,297,0 млн.п.н.

5. Хромосому 3 курицы и японского перепела различает инверсия, захватывающая терминальный район хромосомы. Границы инверсии располагаются в районах 0380 тыс.п.н и 5,4−5,8 млн.п.н. на хромосоме 3 курицы, при этом «нижняя точка разрыва» соответствует кластеру тандемного повтора CNM. Разница в положении центромер на хромосоме 3 курицы и перепела обусловлена формированием центромеры de novo в ходе дивергенции двух кариотипов.

6. Кластеры повтора CNM в точках разрывов/слияний инверсий, различающих хромосому 3 курицы и её ортологов в кариотипах японского перепела и индейки, являются горячими точками рекомбинации.

7. Разница в положении центромеры на микрохромосоме 11 курицы и ортологичной хромосоме японского перепела обусловлена наличием перицентрической инверсии, при этом точка разрыва/слияния располагается в центромерном районе.

8. Центромеры ортологичных микрохромосом 12, 13, 14, но не микрохромосомы 15, курицы и японского перепела находятся в разном генетическом окружении. Различия в положении центромер относительно молекулярных маркеров на хромосомах 12, 13 и 14 у двух видов могут быть обусловлены либо формированием центромер de novo, либо наличием крупных парацентрических инверсий.

Выражаю большую благодарность своему научному руководителю Елене Романовне Гагинской за предоставленную возможность проводить исследования в столь интересном научном направлении, за предоставление отличных условий для выполнения работы, за высокопрофессиональное консультирование и за оказанную моральную поддержку. Также выражаю искреннюю благодарность всем сотрудникам лаборатории структуры и функции хромосом, в особенности Алле Валерьевне Красиковой, Светлане Ефимовне Дерюшевой и Светлане Анатольевне Галкиной за проявленный интерес к данной работе, за помощь в освоении трудоемких современных матодов, за активное и плодотворное обсуждение полученных результатов. Также благодарю всех сотрудников кафедры цитологии и гистологии СПбГУ за поддержку, доброжелательность и внимание. Работа проводилась при технической поддержке ЦКП «Хромас» при Санкт-Петербургском Государственном Университете.

Показать весь текст

Список литературы

  1. В.Я. Цитогенетические и молекулярные аспекты эволюции позвоночных // М.: Наука, 1987.С.284.
  2. Е.Р. Ядерные структуры в ооцитах половозрелых птиц // Цитология. 1972. Т. 14. С. 568−577.
  3. С.А. Сравнительный анализ митотических хромосом и хромосом-ламповых щеток Gallus gallus domesticus с использованием методов дифференциального окрашивания и FISH // дисс.канд. биол. наук. Санкт-Петербург. 2002. 179 с.
  4. A.A., Дерюшева С. Е., Красикова A.B., Злотина A.M., Гагинская Е. Р., Галкина С. А. Хромосомы ламповые щетки японского перепела Coturnix coturnix japonica: новая версия цитогенетических карт // Генетика. 2010. Т. 46. № 10. С. 1335−1338.
  5. К.В., Галкина С. А., Лукина H.A., Родионов A.B. Кроссинговер в оогенезе курицы Gallus gallus domesticus: периодичность в распределении хиазм по длине хромосом. Генетика. 2006. Т. 42(6): 844−849.
  6. З.М. Признаки экстерьера и интерьера у кур (генетика и хозяйственное значение) // Новосибирск: Наука. 1979. 296 с.
  7. Д.Е., Жимулёв И. Ф. Хромосомы. Структура и функции // Новосибирск: изд-во СО РАН. 2009. 258 с.
  8. А. В., Гагинская Е. Р. Организация центромерных районов хромосом на стадии ламповых щеток // Цитология. 2010. Т. 52. № 7. С. 515−533.
  9. A.B. Центромерные районы хромосом и ассоциированные с ними структуры в ядрах растущих ооцитов птиц // дис. канд. биол. наук. Санкт-Петербург. 2007. 194 с.
  10. Е.В., Гагинская Е. Р. Хромосомы типа ламповых щеток из ооцитов японского перепела. Данные световой и электронной микроскопии // Цитология. 1984. Т. 26. С. 1008−1015.
  11. H.A., Родионов A.B. Спиральная структура хромосом Sus scrofa, Bos Taurus, Gallus domesticus // Бюл. Всесоюз. н.-и. ин-та разведения и генетики с.-х. животных. 1983. Вып. 67.С.14−18.
  12. Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии: Молекулярное клонирование // Пер. с англ. М.: Мир. 1984.
  13. Ю.А., Родионов A.B. Мейотические хромосомы индейки Melagris gallopavo (Galliformes: Melagridae) на стадии хромосом-ламповых щеток // Генетика. 1994. Т. 30. С. 649−656.
  14. Родионов A.B. Micro vs. Macro: сравнительный анализ молекулярной и функциональной организации микро- и макрохромосом птиц // Генетика. 1996. Т.32.№ 5.С. 597−608.
  15. Родионов A.B. QFH-исчерченность и распределение ДНК в макрохромосомах курицы Gallus domesticus II Цитология. 19 846. T. 26. № 5. С. 537−542.
  16. A.B. Сравнительный цитохимический анализ QFH-блоков хромосом домашней курицы // Цитологии. 1984а. Т. 26. N. 4. С. 376−381.
  17. A.B. Цитогенетика доместицированных птиц: физические и генетические карты хромосом и проблема эволюции кариотипа: дис. докт. биол. наук. Санкт-Петербург. 2001. 499 с.
  18. A.B. Эволюция хромосом и групп сцепления у птиц // Генетика. 1997. Т. 33, № 6. С. 725−738.
  19. A.B., Мякошина Ю. А., Челышева JI.A. и др. Хиазмы на хромосомах-ламповых щетках Gallus gallus domesticus: цитогенетическое исследование частоты рекомбинации и длины групп сцепления // Генетика. 1992а.Т.28.№ 4. С. 53−63.
  20. А.В., Чечик М. С. Хромосомы-ламповые щетки японского перепела Coturnix coturnix japonica: цитологические карты макрохромосом и частота кроссинговера в мейозе у самок // Генетика животных. 2002. Т. 38. С. 1246−1251.
  21. А.Ф. Двумерная флуоресцентная микроскопия для анализа биологических образцов // СПб.: изд-во «Соло».2008.72 с.
  22. А.С., Петров С. Г. К составлению плана хромосом домашней курицы // Ж. Эксп. Биол. Т. 6. С. 157−180.
  23. В.Г. Цитогенетика. М. Высшая школа. 1991. 247с.
  24. А. В., Смирнов А. Ф. Сравнительная локализация пяти функциональных генов и трех микросателлитов курицы на митотических хромосомах перепела методом двухцветной FISH-гибридизации // Цитология. 2010. Т. 52 (3). С. 248−253.
  25. М.А., Кропотова Е. В., Гагинская Е. Р. Особенности морфофункциональной организации хромосом типа ламповых щеток из ооцитов сизого голубя // Цитология. 1989. Т.31. № 10. С. 1185−1192.
  26. Л. А., Соловей И. В., Родионов А. В., Яковлев А. Ф., Гагинская Е. Р. Хромосомы-ламповые щетки курицы. Цитологические карты макробивалентов // Цитология. 1990. Т. 32. С. 303−317.
  27. Adega F., Guedes-Pinto Н., Chaves R. Satellite DNA in the karyotype evolution of domestic animals clinical considerations // Cytogenet Genome Res 2009. V.126.P.12−20
  28. Altschul S.F., Gish W., Miller W., Myers E.W., Lipman D.J. Basic local alignment search tool // J Mol Biol. 1990. V. 215(3). P. 403−410.
  29. Amor D. J., Bentley K., Ryan J., Perry J., Wong L., Slater H., Choo К. H. A. Human centromere repositioning «in progress» // PNAS. 2004. V. 101. P. 6542−6547.
  30. Amor D.J., Choo K.H. Neocentromeres: role in human disease, evolution, and centromere study 11 Am J Hum Gene. t 2002. V. 71. P.695−714.
  31. Auer H., Mayr B., Lambrou M., Schleger W. An extended chicken karyotype, including the NOR chromosome // Cytogenet Cell Genet. 1987. V. 45. P. 218−221.
  32. Backstrom N., Fagerberg S., Ellegren H. Genomics of natural bird populations: a gene-based set of reference markers evenly spread across the avian genome // Mol Ecol. 2008a. V.17.P. 964−980.
  33. Bailey J.A., Baertsch R., Kent W.J., Haussler D., Eichler E.E. Hotspots of mammalian chromosomal evolution // Genome Biol. 2004. V. 5(4). R23−29.
  34. Belterman R.H.R, De Boer L.E.M A miscellaneous collection of bird karyotypes // Genetica 1990. V. 83. P. 17−29.
  35. Belterman R.H.R., De Boer L.E.M. A karyological study of 55 species of birds, including karyotypes of 39 species new to cytology// Genetica. 1984.V.65.P. 39−82.
  36. Bitgood J. J., Somes R.G. Jr. Gene map of the chicken (Gallus gallus or G. domesticus)//. In: Genetic Maps (ed. O’Brien S.).Plainview, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1993. P.4333−4342.
  37. Bukvic N., Susca F., Gentile M., Tangari E., Ianniruberto A., Guanti G. An unusual dicentric Y chromosome with a functional centromere with no detectable alpha-satellite // Hum. Genet. 1996. V.97. P.45356.
  38. Burt D.W. Origin and evolution of avian microchromosomes // Cytogenet Genome Res. 2002. V. 96. P. 97−112.
  39. Burt D.W., Bruley C., Dunn I.C., Jones C.T., Ramage A., Law A.S., Morrice D.R., Paton I.R., Smith J., Windsor D., Sazanov A., Fries R., Waddington D. The dynamics of chromosome evolution in birds and mammals // Nature. 1999. V. 402. P. 411−413.
  40. Calderon P.L., Pigozzi M.I. MLH1-focus mapping in birds shows equal recombination between sexes and diversity of crossover patterns // Chromosome Res 2006. V.14.P. 605−612.
  41. Callan H. G. Lampbrush Chromosomes // Molecular Biology, Biochemistry and Biophysics. 1986. V. 36. P. 1−254.
  42. Callan H.G., Lloyd L. Working maps of the lampbrush chromosomes of Amphibia // King RC (ed) Handbook of genetics. 1960. V. 4. P. 57−77.
  43. Capozzi O., Purgato S., Verdun di Cantogno L., Grosso E., Ciccone R., Zuffardi O., Delia Valle G., Rocchi M. Evolutionary and clinical neocentromeres: two faces of the same coin? // Chromosoma. 2008. V. 117(4). P. 339−344.
  44. Carbone L., Nergadze S.G., Magnani E. et al. Evolutionary movement of centromeres in horse, donkey, and zebra // Genomics. 2006. V. 87. 2006. P. 777 782.
  45. Carlenius C., Ryttman H., Tegelstrom H., Jansson H. R, G- and C-banded chromosomes in the Domestic Fowl (Gallus domesticus) // Hereditas. 1981. V. 94. P. 6166.
  46. Chen W.K., Swartz J.D., Rush L.J., Alvarez C.E. Mapping DNA structural variation in dogs // Genome Res. 2009.V. 19(3). P. 500−509.
  47. Choo K.H. Domain organization at the centromere and neocentromere // Dev Cell. 2001. V. l.P. 165−177.
  48. Chowdhary B.P., Raudsepp T., Fronicke L, Scherthan H. Emerging patterns of comparative genome organization in some mammalian species as revealed by Zoo-FISH// Genome Res. 1998.V. 8.P. 577−589.
  49. Chowdhary B.P., Raudsepp T. HSA4 and GGA4: remarkable conservation despite 300-Myr divergence // Genomics. 2000. V. 64. P. 102−105.
  50. Christidis L. Animal cytogenetic: Aves // Gebruder Borntraeger Berlin. Stuttgart. 1990.
  51. Christidis L., Shaw D.D., Schodde R. Chromosomal evolution in parrots, lorikeets and cockatoos (Aves: Psittaciformes) // Hereditas. 1991. V. 114. P. 47−56.
  52. Coons A.H., Creech H.J., Jones R.N. Immunological properties of an antibody containing a fluorescent group // Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 1941. V. 47. P. 200−202.
  53. Crooijmans R.P.M.A., Vrebalov J., Dijkhof R.J., van der Poel J.J., Nicholls R.D., Bovenhuis H., Groenen M.A. Two-dimensional screening of the Wageningen chicken BAC library// Mamm. Genome. 2000. V.ll. P.360−363.
  54. Dalloul R.A., Long J.A., Zimin A.V. et al Multi-platform next-generation sequencing of the domestic turkey (Meleagris gallopavo): genome assembly and analysis // PLoS Biol. 2010. V.8(9). el000475
  55. Datar S.P., Bhonde R.R. Modeling chick to assess diabetes pathogenesis and treatment // Rev Diabet Stud. 201 l.V.8(2). P.245−253.
  56. De Boer L.E.M. The somatic chromosome complements of 16 species of Falconiformes (Aves) and the karyological relationships of the order // Genetica. 1976. V. 46. P. 77−113.
  57. De Boer L.E.M., Belterman R.H.R. Chromosome banding studies of the razor-billed curassow, Crax mitu (Aves, Galliformes: Cradidae) // Genetica. 1981. V.54.P.225−232.
  58. De Boer L.E.M., Sinoo R.P. A karyological study of Accipitridae (Aves: Falconiformes), with karyotypic descriptions of 16 species new to cytology // Genetica. 1984. V. 65. P. 89−107.
  59. De Groef B., Grommen S.V., Darras V.M. The chicken embryo as a model for developmental endocrinology: development of the thyrotropic, corticotropic, and somatotropic axes // Mol Cell Endocrinol. 2008. V. 293(1−2). P. 17−24.
  60. Derjusheva S., Kurganova A., Habermann F., Gaginskaya E. High chromosome conservation detected by comparative chromosome painting in chicken, pigeon and passerine birds // Chromosome Res. 2004. V. 12. P. 715−723.
  61. Derjusheva S., Kurganova A., Krasikova A., Saifitdinova A., Habermann F.A., Gaginskaya E. Precise identification of chicken chromosomes in the lampbrush form using chromosome painting probes // Chromosome Res. 2003. V. 11. P. 749−757.
  62. Deryusheva S., Krasikova A., Kulicova T., Gaginskaya E. Tandem 41-bp repeats in chicken and Japanese quail genomes: FISH mapping and transcription analysis on lampbrushchromosomes // Cromosoma. 2007. Vol. 116. P.519−530.
  63. Eder V., Ventura M., Ianigro M., Teti M., Rocchi M., Archidiacono N. Chromosome 6 phylogeny in primates and centromere repositioning // Mol. Biol. Evol. 2003. V. 20. P.1506—1512.
  64. Edwards N.S., Murray A.W. Identification of xenopus CENP-A and an associated centromeric DNA repeat // Mol Biol Cell. 2005. V. 16. P. 1800−1810.
  65. Elferink M.G., van As P., Veenendaal T., Crooijmans R.P., Groenen M.A. Regional differences in recombination hotspots between two chicken populations // BMC Genet. 2010. V. 8. P. 11−20.
  66. Ellegren H. Evolutionary stasis: the stable chromosomes of birds // Trends in Ecology and Evolution 2010. V.25 (5). P. 283−291.
  67. Eyre-Walker A. Recombination and mammalian genome evolution // Proc Roy Soc Lond Biol. 1993. V. 252. P. 237−243.
  68. Fadista J., Thomsen B., Holm L.E., Bendixen C. Copy number variation in the bovine genome // BMC Genomics. 2010. V.ll.P. 284−295.
  69. Fain M.G., Houde P. Parallel radiations in the primary clades of birds // Evolution. 2004. V. 58. P.2558−2573.
  70. Ferguson-Smith M.A., Trifonov V. Mammalian karyotype evolution // Nat Rev Genet 2007. V. 8. P. 950−962.
  71. Fillon V., Morisson M., Zoorob R., Auffray C., Douaire M., Gellin J., Vignal A. Identification of 16 chicken microchromosomes by molecular markers using two-colour fluorescence in situ hybridization (FISH) // Chromosome Res. 1998. V. 6. P.307−313.
  72. Fillon V., Vignoles M., Crooijmans R.P., Groenen M.A., Zoorob R., Vignal A. FISH mapping of 57 BAC clones reveals strong conservation of synteny between Galliformes and Anseriformes // Anim Genet. 2007. V.38(3). P. 303−307.
  73. Fitzpatrick D. M., Ahmed, K. Red roving fowl // Down Earth. 2000. V.9. P.28.
  74. Fritschi S., Stranzinger G. Fluorescent chromosome banding in inbred chicken: quinacrin bands, sequential chromomycin and DAPI bands // Theor Appl Genet. 1985. V. 71. P. 408112.
  75. Fukagawa T., Nogami M., Yoshikawa M., Ikeno M., Okazaki T., Takami Y., Nakayama T., Oshimura M. Dicer is essential for formation of the heterochromatin structure in vertebrate cells // Nat Cell Biol. 2004.V. 6(8).P. 784−791.
  76. Gaginskaya E., Kulikova T., Krasikova A. Avian lampbrush chromosomes: a powerful tool for exploration of genome expression // Cytogenet Genome Res. 2009. V.124.P.251−267.
  77. Galkina S., Deryusheva S., Fillon V., Vignal A., Crooijmans R., Groenen M., Rodionov A., Gaginskaya E. FISH on avian lampbrush chromosomes produces higher resolution gene mapping // Genetica. 2006. V. 128. P. 241−251.
  78. Galkina S., Lukina N., Zakharova K., Rodionov A. Interstitial (TTAGGG){n) sequences are not hot spots of recombination in the chicken lampbrush macrochromosomes 1−3 // Chromosome Res.2005. V. 13.P.551−557.
  79. Gall J.G. Lampbrush shromosomes from oocyte nuclei of the newt // J. Morphol. 1954. Vol. 94. P. 283−352.
  80. Gong Z., Wu Y., Koblizkova A. Repeatless and repeat-based centromeres in potato: implications for centromere evolution // Plant Cell. 2012. V. 24(9). P. 3559−3574.
  81. Graphodatsky A. Comparative chromosomics // Molecular Biology 2007. V.41(3). P. 361−375.
  82. Graphodatsky A. S, Trifonov V.A., Stanyon R. The genome diversity and karyotype evolution of mammals // 2011 .V.4.P.22.
  83. Graphodatsky A.S., Yang F., Perelmann P.L. Comparative molecular cytogenetic studies in the order Caraivora: mapping chromosomal rearrangements onto the phylogenetic tree // Cytogenet. Genom Res. 2002. V. 96. P. 325−332.
  84. Graves J.A. Weird animal genomes and the evolution of vertebrate sex and sex chromosomes // Annu Rev Genet. 2008. V. 42. P. 565−586.
  85. Graves J.A.M., Shetty S. Comparative genomics of vertebrates and the evolution of sex chromosomes // Comparative Genomics (Ed. Clark M.). Boston: Kluwer Academic Publishers. USA. 2000. P. 153−206.
  86. Griffin D.K., Haberman F., Masabanda J. Micro- and macrochromosome paints generated by flow cytometry and microdissection: tools for mapping the chicken genome // Cytogenet. Cell Genet. 1999. V. 87. P. 278−281.
  87. Griffin D.K., Robertson L.B., Tempest H.G. et al. Whole genome comparative studies between chicken and turkey and their implications for avian genome evolution // BMC Genomics. 2008. V. 9. P. 168.
  88. Griffin D.K., Robertson L.B.W., Tempest H.G., Skinner B.M. The evolution of the avian genome as revealed by comparative molecular cytogenetics // Cytogenet Genome Res. 2007. V. 117. P. 64−77.
  89. Groenen M.A.M., Cheng H.H., Bumstead N. et al. A consensus linkage map of the chicken genome // Genome Res. 2000. V. 10. P.137−147.
  90. Groenen M.A.M., Wahlberg P., Foglio M. et al. A high-density SNP-based linkage map of the chicken genome reveals sequence features correlated with recombination rate // Genome Res. 2009. V. 19. P.510−519.
  91. Gu W., Zhang F., Lupski J.R. Mechanisms for human genomic rearrangements // Pathogenetics 2008. V.l.P. 4.
  92. Guillier-Gencik Z., Bernheim A., Coullin P. Generation of whole-chromosome painting probes specific to each chicken macrochromosome // Cytogenet Cell Genet. 1999. V. 87.P.282−285.
  93. Guttenbach M., Nanda I., Feichtinger W., Masabanda J.S., Griffin D.K., Schmid M. Comparative chromosome painting of chicken autosomal paints 1−9 in nine different bird species // Cytogenet. Genome Res. 2003. V. 103. P. 173−184.
  94. Hackett S.J., Kimball R.T., Reddy S. A phylogenomic study of birds reveals their evolutionary history// Science. 2008. V. 320. P. 1763−1768.
  95. Hale D.W., Ryder E.J., Sudman P.D., Greenbaum I.F. Application of synaptonemal complex techniques for determination of diploid number and chromosomal morphology in birds // The Auk. 1988. V. 105. P. 776−779.
  96. Hallstrom B.M., Janke A. Mammalian Evolution May not Be Strictly Bifurcating // Mol. Biol. Evol. 2010. V. 27(12). P. 2804−2816.
  97. Han Y., Zhang Z., Liu C. Liu J., Huang S., Jiang J., and Jina W. Centromere repositioning in cucurbit species: implication of the genomic impact from centromere activation and inactivation // Proc Natl Acad Sci USA 2009. V. 106(35). P.14 937−14 941
  98. Hansmann T., Nanda I., Volobouev V., Yang F., Schartl M., Haaf T., Schmid M. Cross-species chromosome painting corroborates microchromosome fusion during karyotype evolution of birds // Cytogenet Genome Res. 2009. V. 126(3). P. 281−304.
  99. Hansson B., Ljungqvist M., Dawson D.A., Mueller J.C., Olano-Marin J., Ellegren H., Nilsson J. Avian genome evolution: insights from a linkage map of the blue tit (Cyanistes caeruleus) // Heredity. 2009. P. 1−12.
  100. Hori T., Suzuki Y., Solovei I., Saitoh Y., Hutchison N., Ikeda J.E., Macgregor H., Mizuno S. Characterization of DNA sequences constituting the terminal heterochromatin of the chicken Z chromosome // Chromosome Res. 1996. V. 6. P. 411−426.
  101. Huss D., Poynter G., Lansford R. Japanese quail (Coturnix japonica) as a laboratory animal model. Lab. Anom (NY).2008. V.37(l 1). P.513−519.
  102. Hutchison N. Lampbrush chromosomes of the chicken, Gallus domesticus // J. Cell Biol. 1987. V. 105. P. 1493−1500.
  103. ICGSC (International Chicken Genome Sequencing Consortium). Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution // Nature. 2004. V.432. P.695−716.
  104. Jaari S., Li M.-H., Merila J. A first-generation microsatellite-based genetic linkage map of the Siberian jay (Perisoreus infaustus): insights into avian genome evolution // BMC Genomics. 2009. V. 10:1−17.
  105. Kaelbling M., Fechheimer N.S., Synaptonemal complexes and the chromosomes of the domestic fowl, Gallus domesticus // Cytogenet Cell Genet. 1983. V. 35. P. 87−92.
  106. Kalitsis P., Choo K.H. The evolutionary life cycle of the resilient centromere // Chromosoma. 2012. V. 121(4). P. 327−340.
  107. Kallioniemi A. CGH microarrays and cancer // Curr Opin Biotechnol. 2008. V. 19(1). P. 36−40.
  108. Kayang B.B., Fillon V., Inoue-Murayama M. Et al. Integrated maps in quail (Coturnix japonica) confirm the high degree of synteny conservation with chicken (Gallus gallus) despite 35 million years of divergence // BMC Genomics. 2006. V. 7. P. 101−111.
  109. Kehrer-Sawatzki H., Cooper D.N. Molecular mechanisms of chromosomal rearrangement during primate evolution // Chromosome Res.2008. V.16. P.41−56.
  110. Kehrer-Sawatzki H., Cooper D.N. Structural divergence between the human and chimpanzee genomes // Hum Genet. 2007. V. 120. P. 759−778.
  111. King M., Honeycutt R., Contreras N. Chromosomal repatterning in crocodiles: C, G and N-banding and the in situ hybridization of 18S and 26S rRNA cistrons // Genetica. 1986. V.70. P.191−201.
  112. Kobayashi T., Yamada F., Hashimoto T., Abe S., Matsuda Y., Kuroiwa A. Centromere repositioning in the X chromosome of XO/XO mammals, Ryukyu spiny rat // Chromosome Res. 2008.V. 16. P. 587−593.
  113. Kohn M., Hogel J., Vogel W., Minich P., Kehrer-Sawatzki H., Graves J.A., Hameister H. Reconstruction of a 450-My-old ancestral vertebrate protokaryotype // Trends Genet. 2006.V. 22. P.203−210.
  114. Krasikova A., Barbero J. L., Gaginskaya E. Cohesion proteins are present in centromere protein bodies associated with avian lampbrush chromosomes // Chromosome Res. 2005. Vol. 13. P.675−685.
  115. Krasikova A., Daks A., Zlotina A., Gaginskaya E. Polymorphic heterochromatic segments in Japanese quail microchromosomes // Cytogenet Genome Res 2009. V.126.P. 148−155.
  116. Krasikova A., Deryusheva S., Galkina S., Kurganova A., Evteev A., Gaginskaya E. On the positions of centromeres in chicken lampbrush chromosomes // Chromosome Res. 2006. V. 14(7). P.777−89.
  117. Krasikova A., Fukagawa T., Zlotina A. High-resolution mapping and transcriptional activity analysis of chicken centromere sequences on giant lampbrush chromosomes // Chromosome Res. 2012. V. 20(8). P. 995−1008.
  118. Krasikova A., Kulikova T., Saifitdinova A., Derjusheva S., Gaginskaya E. Centromeric protein bodies on avian lampbrush chromosomes contain a protein detectable with an antibody against DNA topoisomerase II // Chromosoma. 2004. V. l 13. P.316−323.
  119. Krishan A. Microchromosomes in the spermatogenesis of the domestic turkey // Exp Cell Res. 1964. V. 33. P. 1−7.
  120. Kumar S., Hedges S.B. A molecular timescale for vertebrate evolution // Nature. 1998. V. 392. P. 917−920.
  121. Lee S.H., Eldi P., Cho S.Y., Rangasamy D. Control of chicken CR1 retrotransposonsis independent of Dicermediated RNA interference pathway // BMC Biol. 2009. V. 7. P. 53.
  122. Li J., Leung F.C. A CR1 element is embedded in a novel tandem repeat (Hinft repeat) within the chicken genome // Genome. 2006. V. 49. P. 97−103.
  123. Livernois A.M., Graves J.A., Waters P.D. The origin and evolution of vertebrate sex chromosomes and dosage compensation // Heredity (Edinb). 2012. V. 108(1). P. 50−58.
  124. Livezey B.C., Zusi R, L. Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion // Zool J Linn Soc 2007. V. P. 149:1−95.
  125. Macgregor H.C. Chromomeres revisited // Chromosome Res. 2012.V. 20(8). P. 911 924.
  126. Marshall O. J., Chueh A.C., Wong L.H., Choo K.H.A. Neocentromeres: New Insights into Centromere Structure, Disease Development, and Karyotype Evolution // The American Journal of Human Genetics. 2008. V. 82. P. 261−282.
  127. Masabanda J.S., Burt D.W., O’Brien P.C.M. Molecular cytogenetic definition of the chicken genome: the first complete avian karyotype // Genetics. 2004. V. 166. P. 13 671 373.
  128. Matsuda Y., Nishida-Umehara C., Tarui H. et al. Highly conserved linkage homology between birds and turtles: bird and turtle chromosomes are precise counterparts of each other// Chromosome Res. 2005.V. 13. P. 601−615.
  129. McQueen H.A., Siriaco G., Bird A.P. Chicken microchromosomes are hyperacetylated, early replicating, and gene rich // Genome Res. 1998. V. 8. P. 621— 630.
  130. Meunier J., Duret L. Recombination drives the evolution of GC-content in the human genome // Mol Biol Evol. 2004. V. 21(6). P. 984−990.
  131. Montefalcone G., Tempesta S., Rocchi M., Archidiacono N. Centromere repositioning // Genome Res. 1999. V. 9. P. 184−1188.
  132. Morescalchi A., Odierna G., Olmo E. Karyology of the primitive salamanders, family
  133. Hynobiidae // Experientia 1979. V. 35. P. 1434−1436.
  134. Morescalchi A., Odierna G., Olmo E. Karyological relationships between the Cyptobranchid salamanders // Specialia. 1977b.V. 15.P. 1579.
  135. Morgan G. T. Lampbrush chromosomes and associated bodies: new insights into principles of nuclear structure and function // Chromosome Res. 2002. V. 10. P. 177−200.
  136. Morisson M., Denis M., Milan D. et al. The chicken RH map: current state of progress and microchromosome mapping // Cytogenet Genome Res. 2007.V.117 (1−4).P. 14−21.
  137. Muller J., Reisz R.R. Four well-constrained calibration points from the vertebrate fossil record for molecular clock estimates // Bioessays 2005. V. 27. P. 1069−1075.
  138. Murphy W.J., Larkin D.M., van der Wind A.E. et al. Dynamics of Mammalian Chromosome Evolution Inferred from Multispecies Comparative Maps // Science. 2005. V. 309. P.613 617.
  139. Nagaki K., Cheng Z., Ouyang S., Talbert P.B., Kim M., Jones K.M., Henikoff S., Buell C.R., Jiang J. Sequencing of a rice centromere uncovers active genes // Nat Genet. 2004. V. 36. P.138−145.
  140. Nanda I., Benisch P., Fetting D., Haaf T., Schmid M. Synteny Conservation of Chicken Macrochromosomes 1−10 in Different Avian Lineages Revealed by Cross-Species Chromosome Painting // Cytogenet Genome Res. 2011. V. 132. P. 165−181.
  141. Nanda I., Karl E., Griffin D.K., Schartl M., Schmid M. Chromosome repatterning in three representative parrots (Psittaciformes) inferred from comparative chromosome painting // Cytogenet Genome Res. 2007. V. l 17. P.43−53.
  142. Nanda I., Karl E., Volobouev V., Griffm D.K., Schartl M., Schmid M. Extensive gross genomic rearrangements between chicken and Old World vultures (Falconiformes: Accipitridae) // Cytogenet Genome Res. 2006. V. 112. P. 286−295.
  143. Nanda I., Schlegelmilch K., Haaf T., Schartl M., Schmid M. Synteny conservation of the Z chromosome in 14 avian species (11 families) supports a role for Z dosage in avian sex determination // Cytogenet Genome Res 2008. V.122.P. 150−156
  144. Newcomer E.H. Accessory chromosomes in the domestic fowl // Genetics. 1955. V. 40. V. 587−588.
  145. Nishibori M., Shimogiri T., Hayashi T., Yasue H. Molecular evidence for hybridization of species in the genus Gallus except for Gallus varius // Anim Genet. 2005. V. 36(5). P. 367−375.
  146. Nishida-Umehara C., Tsuda Y., Ishijima J., Ando J., Fujiwara A., Matsuda Y., Griffin D.K. The molecular basis of chromosome orthologies and sex chromosomal differentiation in palaeognathous birds // Chromosome Res. 2007. V.15.P. 721−734.
  147. Oakenfull E.A., Clegg J.B. Phylogenetic relationships within the genus Equus and the evolution of a and q globin genes // J Mol Evol. 1998. V. 47. P. 772−783.
  148. Ogawa A., Murata K., Mizuno S. The location of Z- and W-linked marker genes and sequence on the homomorphic sex chromosomes of the ostrich and the emu // Proc Natl Acad Sci USA. 1998. V. 95. P. 4415418.
  149. Ohno S., Muramoto J., Stenius C., Christian L., Kittrell W.A., Atkin N.B. Microchromosomes in Holocephalian, Chondrostean and Holostean fishes // Chromosoma 1969. V. 26:35−40.
  150. O’Meally D., Ezaz T., Georges A., Sarre S.D., Graves J.A. Are some chromosomes particularly good at sex? Insights from amniotes // Chromosome Res. 2012. V. 20(1). P. 7−19.
  151. O’Neill R.J., Eldridge M.D., Metcalfe C.J. Centromere dynamics and chromosome evolution in marsupials // J Hered 2004. V. 95. P. 375−381
  152. Ostrum, J. H. The origin of birds // Annu. Rev. Earth Planet. Sci. 1975. V. 3. 55−77.
  153. Palmer D.K., O’Day K., Wener M.H., Andrews B.S., Margolis R.L. A 17-kDcentromere protein (CENP-A) copurifies with nucleosome core particles and with histones // J Cell Biol. 1987. V. 104(4). P. 805−815.
  154. Perelman P.L., Beklemisheva V.R., Yudkin D.V., Petrina T.N., Rozhnov V.Y. Nie W., Graphodatsky A.S. Comparative Chromosome Painting in Caraivora and Pholidota // Cytogenet Genome Res 2012. V.137.P.174−193.
  155. Pevzner P., Tesler G. Human and mouse genomic sequences reveal extensive breakpoint reuse in mammalian evolution // Proc Natl Acad Sci USA 2003. V. 100. P.7672−7677
  156. Pigozzi M.I. Distribution of MLH1 foci on the synaptonemal complexes of chicken oocytes // Cytogenet Cell Genet. 2001. V. 95(3−4). P.129−33.
  157. Piras F.M., Nergadze S.G., Magnani E., Bertoni L., Attolini C., Khoriauli L., Raimondi E., Giulotto E. Uncoupling of satellite DNA and centromeric function in the genus Equus // PLoS Genet. 2010. 6: el000845
  158. Pollock B., Fechheimer N.S. Variable C-banding patterns and a proposed C-band karyotype in Gallus domesticus // Genetica. 1980. V.54. P. 273−279.
  159. Ponce de Leon F.A., Burt D. Physical map of the chicken: An update // Manipulation of the Avian Genome Magazine, September, 1993. P. 14−20.
  160. Ponce de Leon F.A., Li Y., Weng Z. Early and late replicative chromosomal banding patterns of Gallus domesticus //J Hered. 1992. V. 83. P. 36−42.
  161. Prieto I., Tease C., Pezzi N et al. Cohesin component dynamics during meioticprophase I in mammalian oocytes // Chromosome Res. 2004. V. 12. P. 197−213.
  162. Rahn M.I., Solari A.J. recombination nodules in the oocytes of the chicken, Gallus domesticus // Cytogenet. Cell Genet. 1986. V. 43. P. 187−193.
  163. Robinson E.S., Potter I.C. The chromosome of the southern hemispheric lamprey, Geotria australis Gray//Experientia. 1981. V.37. P. 239−240.
  164. Rocchi M., Archidiacono N., Schempp W., Capozzi O., Stanyon R. Centromere repositioning in mammals // Heredity 2012. V.108. P.59−67.
  165. Rodionov A. V., Lukina N. A., Galkina S. A., Solovei I., Saccone S. Crossing Over in Chicken Oogenesis: Cytological and Chiasma-Based Genetic Maps of the Chicken Lampbrush Chromosome 1 // The American Genetic Association. 2002. V. 93. P. 125 129.
  166. Romanenko S.A., Perelman P.L., Trifonov V.A., Graphodatsky A.S., Chromosomal evolution in Rodentia // Heredity 2012. V.108. P. 4−16.
  167. Romanov M.N., Sazanov A.A., Moiseyeva I., Smirnov A.F. Poultry // In: Genome Mapping and Genomics in Domestic Animals (ed. Cockett N.E., Kole C.). Genome Mapping and Genomics in Animals. 2009. V.3.P.75−141.
  168. Romanov M.N., Dodgson J.B. Cross-species overgo hybridization and comparative physical mapping within avian genomes // Anim Genet. 2006. V. 37. P. 397−399.
  169. Romanov M.N., Sazanov A. A., Smirnov A.F. First century of chicken gene study and mapping a look back and forward // World’s poultry science. 2004. V. 60. P. 19−27.
  170. Ruiz-Herrera A., Castresana J., Robinson T.J. Is mammalian chromosomal evolution driven by regions of genome fragility? // Genome Biol 2006. V.7. P. 115
  171. Ruiz-Herrera A., Farre M., Robinson T.J. Molecular cytogenetic and genomic insights into chromosomal evolution // Heredity 2012. V.108. P.28−36.
  172. Saifitdinova A., Derjusheva S., Krasikova A., Gaginskaya E. Lampbrush chromosomes of the chaffinch (Fringilla coelebs L.) // Chromosome Res. 2003. V. 11. P. 99−113.
  173. Sasaki M. High resolution G-band karyotypes of the domestic fowl and the Japanese quail // Chrom Inform Sevice. 1981. V. 31. P. 26−28.
  174. Sasaki M., Nishida C. Nucleolar chromosomes of the domestic chicken and the Japanese quail// Chromosome Inf.Serv.1981. N.30.P.25−26.
  175. Sasaki M., Nishida-Umechara C., Tcuchiya K. A comparative study of G-banded karyotypes in eight species of owls//Cytology. 1994. V.59.P. 183−185.
  176. Sasazaki S., Hinenoya T., Lin B., Fujiwara A., Mannen H. A comparative map of macrochromosomes between chicken and Japanese quail based on orthologous genes // Anim Genet. 2006. V. 37. P. 316−320.
  177. Schmid M. Chromosome banding in amphibia. IV. Differentiation of GC- and AT-rich chromosome regions in Anura // Chromosoma. 1980. V.77(l). P.83−103.
  178. Schmid M., Nanda I., Guttenbach M. et al. First report on chicken genes and chromosomes // Cytogenet Cell Genet. 2000. V. 90. P. 169−218
  179. Schmid M., Nanda I., Hoehn H. et al. Second report on chicken genes and chromosomes 2005 // Cytogenet Genome Res // V.109. C. 415−479.
  180. Schueler MG, Sullivan BA. Structural and functional dynamics of human centromeric chromatin // Annu Rev Genomics Hum Genet. 2006. V.7. P.301−313.
  181. Sereno, P. C. The evolution of dinosaurs // Science. 1999. V. 284. P. 2137−2147.
  182. Shang W.H., Hori T., Toyoda A., Kato J., Popendorf K., Sakakibara Y., Fujiyama A., Fukagawa T. Chickens possess centromeres with both extended tandem repeats and short non-tandem-repetitive sequences // Genome Res. 2010. V.20. P. 1219−1228
  183. Shedlock A.M., Edwards S.V. Amniota. In: Hedges SB, Kumar S (eds) The TimeTree of life // Oxford University Press, New York 2009.P. 375−379.
  184. Shetty S., Griffin D.K., Graves J.A.M. Comparative painting reveals strong chromosome homology over 80 million years of bird evolution // Chromosome Res. 1999.V. 7. P. 289−295.
  185. Shibusawa M., Minai S., Nishida-Umehara C., Suzuki T., Mano T., Yamada K., Namikawa T., Matsuda Y. A comparative cytogenetic study of chromosome homology between chicken and Japanese quail // Cytogenet Cell Genet. 2001. V. 95. P. 103−109.
  186. Shinawi M., Cheung S.W. The array CGH and its clinical applications // Drug Discov Today. 2008. 13(17−18). P. 760−770.
  187. Sibley C. G., Ahlquist J.E., Monroe B.L. j.r. A classification of the living birds of the world based on DNA-DNA hybridization studies // the Auk. 1988. V.105. P. 409−423.
  188. Sibley C.G., Ahlquist J.E. Phylogeny and classification of birds. Study in molecular evolution // Yale Univ. Press, New Haven, CT. 1990.
  189. Sims S.H., Macgregor H.C., Pellatt P.A., Horner H.A. Chromosome 1 in crested and marbled newts genus Triturus: an extraordinary case of heteromorphism and independent chromosome evolution// Chromosoma. 1984. V. 89. P. 169−185.
  190. Skinner B.M., Griffin D.K. Intrachromosomal rearrangements in avian genome evolution: evidence for regions prone to breakpoints // Heredity 2012. V. 108. P. 37−41.
  191. Slamovits C.H., Rossi M.S. Satellite DNA: agent of chromosomal evolution in mammals // J Neotrop Mammal 2002. V. 9. P. 297−308.
  192. Smith J., Bruley C.K., Paton I.R. et al. Differences in gene density on chicken macrochromosomes and microchromosomes // Anim Genet. 2000. V. 31. P. 96−103.
  193. Smith J., Burt D.W. Parameters of the chicken genome // Anim Genet. 1998. V. 29.1. P. 290−294.
  194. Solinhac R., Leroux S., Galkina S. et al. Integrative mapping analysis of chicken microchromosome 16 organization // BMC Genomics 2010. V. 11. P. 616.
  195. Solovei I., Gaginskaya E. A novel structure associated with a lampbrush chromosome in the chicken, Gallus domesticus // Journal of Cell Science. 1992. V. 101. P. 759−772.
  196. Solovei I., Gaginskaya E., Hutchison N., Macgregor H. Avian sex chromosomes in the lampbrush form: the ZW lampbrush bivalents from six species of bird // Chromosome Res. 1993. V. 3.P. 153−166.
  197. Solovei I., Gaginskaya E.R., Macgregor H.C. The arrangement and transcription of telomere DNA sequences at the ends of lampbrush chromosomes of birds // Chromosome Res. 1994. V. 2. P. 460−470.
  198. Solovei I., Ogawa A., Mitsuru N., Mizuno S., Macgregor H. Specific chromomeres on the chicken W lumpbrush chromosome contain specific repetitive DNA sequence families // ChromosomeRes. 1998. V. 6. P. 323−327.
  199. Solovei I.V., Joffe В. I., Gaginskaya E. R., Macgregor H. C. Transcription on lampbrush chromosomes of a centromerically localized highly repeated DNA in pigeon (Columba) relates to sequence arrangement // Chromosome Res. 1996. V. 4. P. 588−603.
  200. Stankiewicz P., Lupski J.R. Genome architecture, rearrangements and genomic disorders. Trends Genet 2002. V. 18. P. 74−82.
  201. Stanyon R., Rocchi M., Capozzi O., Roberto R., Misceo D., Ventura M., Cardone M.F., Bigoni F., Archidiacono N. Primate chromosome evolution: Ancestral karyotypes, marker order and neocentromeres // Chromosome Res. 2008. V.16. P. 17−39.
  202. Stapley J., Birkhead T. R., Burke T., Slate J. A Linkage Map of the Zebra Finch Taeniopygia guttata Provides New Insights Into Avian Genome Evolution // Genetics. 2008. V. 179. P.651−667.
  203. Steiner C.C., Ryder O.A. Molecular phylogeny and evolution of the Perissodactyla // Zool J Linn Soc. 2011. V. 163. P.1289−1303.
  204. Stingo V., Rocco L. Chondrichthyan cytogenetics: a comparison with Teleosteans // J molec Evol 1991. V. 33. P. 76−82.
  205. Stock A., Arrighi F., Stefos K. Chromosome homology in birds: banding patterns of the chromosomes of the domestic chicken, ring-necked dove and domestic pigeon // Cytogenet. Cell Genet. 1974. V. 13. P. 410−418.
  206. Stock A.D., Bunch T.D. The evolutionary implications of chromosome banding pattern homologies in the bird order Galliformes // Cytogenet. Cell Genet. 1982. V. 34. P. 136−148.
  207. Stock A.D., Mengden G.A. Chromosome banding pattern conservatism in birds and nonhomology of chromosome banding patterns between birds, turtles, snakes and amphibians // Chromosoma 1975. V. 50. P. 69−77.
  208. Tagaki N., Sasaki M. A phylogenetic study of bird karyotypes // Chromosoma. 1974. V. 43. P. 211−224.
  209. Tanaka K., Suzuki T., Nojiri T., Yamagata T., Namikawa T., Matsuda Y. Characterization and chromosomal distribution of a novel satellite DNA sequence of Japanese quail (Coturnix coturnix japonica) // J Hered 2000. V. 91. P. 412—415.
  210. Tegelstrom H., Ryttman H. Chromosomes in birds (Aves): evolutionary implications of macro-and microchromosome numbers and lengths // Hereditas. 1981. V. 94. P. 225 233.
  211. Tiersch T.R., Wachtel S.S. On the evolution of genome size of birds // J Hered. 1991. V. 82. P. 363−368.
  212. Trifonov V.A., Kosyakova N., Romanenko S.A., Stanyon R., Graphodatsky A.S., Liehr T. New insights into the karyotypic evolution in muroid rodents revealed by multicolor banding applying murine probes // Chromosome Res. 2010. V.18.P. 265−275.
  213. Trifonov V.A., Musilova P., Kulemsina A.I. Chromosome Evolution in
  214. Perissodactyla // Cytogenet Genome Res 2012. V.137.P. 208−217.
  215. Trifonov V.A., Stanyon R., Nesterenko A.I. Multidirectional cross-species painting illuminates the history of karyotypic evolution in Perissodactyla // Chromosome Res. 2008. V. 16(1). P. 89−107.
  216. Ventura M., Antonacci F., Cardone M.F., Stanyon R., D’Addabbo P. Cellamare A., Sprague L.J., Eichler E.E., Archidiacono N., Rocchi M. Evolutionary formation of new centromeres in macaque // Science. 2007. V. 316. P. 243−246.
  217. Ventura M., Mudge J.M., Palumbo V. et al. Neocentromeres in 15q24−26 map to duplicons which flanked an ancestral centromere in 15q25 // Genome Res. 2003. V. 13. P.2059−2068.
  218. Ventura M., Weigl S., Carbone L. Et al. Recurrent sites for new centromere seeding. Genome Res. 2004.V.14. P. 1696−1703.
  219. Villasante A., Mendez-Lago M., de Garcini J.P.A.E.M. The Birth of the Centromere // Cell Cycle. 2007. V. 6:23. P.2872−2876.
  220. Volker M., Backstrom N., Skinner B.M., Langley E.J., Bunzey S. K, Ellegren H., GriffinD.K. Copy number variation, chromosome rearrangement, and their association with recombination during avian evolution // Genome Res 2010. V. 20. P. 503−511
  221. Volpe T.A., Kidner C., Hall I.M., Teng G., Grewal S.I., Martienssen R.A. Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi // Science.2002. V. 297. P. 1833−1837.
  222. Waddington D., Springbett A.J., Burt D.W. A chromosome-based model forestimating the number of conserved segments between pairs of species from comparative % genetic maps // Genetics. 2000. V. 154. P.323−332.
  223. Wain L.V., Armour J.A.L., Tobin M.D. Genomic copy number variation, human 1 health, and disease // Lancet. 2009. V. 374. P. 340−350.
  224. Wang N., Shoffner R.N. Trypsin G- and C-banding for interchange analysis and sex identification in the chicken // Chromosoma. 1974. V. 47. P. 61−69.
  225. Wang X., Li J., Leung F.C. Partially inverted tandem repeat isolated from pericentric region of chicken chromosome 8 // Chromosome Res. 2002. V.10. P. 73−82.
  226. Warren W.C., Clayton D.F., Ellegren H. The genome of a songbird // Nature. 2010. V. 464(7289). P. 757−762.
  227. Wicker T., Robertson J.S., Schulze S.R. et al. The repetitive landscape of the chicken genome // Genome Res. 2005. V. 15(1). P. 126−136.
  228. Zhang F., Gu W.L., Hurles M.E., Lupski J.R. Copy number variation in human health, disease, and evolution // Annu Rev Genom Hum G. 2009. V. 10. P. 451−481.
  229. Zlotina A., Galkina S., Krasikova A., Crooijmans R., Groenen M., Gaginskaya E., Deryusheva S. Precise centromere positioning on chicken chromosome 3 // Cytogenet Genome Res. 2010. V.129 (4). P. 310−313.
  230. Zoorob R., Billault A., Severac V., Fillon V., Vignal A., Auffray C. Two chicken genomic libraries in thePACand BAC cloning systems: organization and characterization // Anim. Genet. 1996. V. 27 (Suppl.). P. 2−69.268.269.270.271.272.
  231. Animal genome size database Electronic resource. // Catalogue of animal genome size data [Official website], URL: www.genomesize.com/ (accessed: 15.01.2013).
  232. Children’s Hospital of Oakland Research Institute Electronic resource. // BACPAC Resources Center [Official website], URL: http://bacpac.chori.org/ (accessed: 11.03.2013).
  233. Clemson University Genomics Institute Electronic resource. // CUGI library resources [Official website]. URL: http://www.genome.clemson.edu/ (accessed: 11.03.2013).
  234. Ensembl Genome Browser Electronic resource. // Genome databases [Official website]. URL: http://www.ensembl.org/ (accessed: 21.02.2013).
  235. National Center for Biotechnology Information Electronic resource. // Public domain information on the National Library of Medicine [Official website]. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (accessed: 11.03.2013).
  236. Wageningen Bioinformatics Webportal Electronic resource. // The chicken FPC database [Official website]. URL: http://www.bioinformatics.nl/gbrowse/cgi-bin/gbrowse/ (accessed: 15.04.2011).
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!