Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Исследование структурно-функционального состояния бактерий в микробных сообществах методами электронной микроскопии

Диссертация: Исследование структурно-функционального состояния бактерий в микробных сообществах методами электронной микроскопии
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Апробация работы. Основные положения диссертации были доложены на 7-ой Пущинской школе-конференции молодых учёных «Биология — Наука XXI века» (Пущино, 2003), Всероссийской молодёжной школе-конференции «Актуальные аспекты современной микробиологии» (Москва, 2005), Н-ой международной молодёжной школе-конференции «Актуальные аспекты современной микробиологии» (Москва, 2006), Международной научной… Читать ещё >

Исследование структурно-функционального состояния бактерий в микробных сообществах методами электронной микроскопии (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • Глава 1. Обзор литературы
    • 1. 1. Подходы к изучению микроорганизмов в их естественных местах обитания
    • 1. 2. Требования к методам изучения микроорганизмов в их естественных местах обитания
    • 1. 3. Проблема оценки жизнеспособности клеток микроорганизмов в исследованиях
    • 1. 4. Применение методов световой микроскопии в изучении микроорганизмов in situ
    • 1. 5. Применение методов люминесцентной микроскопии в изучении микроорганизмов ex situ и in situ
    • 1. 6. Применение методов электронной микроскопии в изучении микроорганизмов ex situ и in situ
    • 1. 7. Применение молекулярно-биологических методов в изучении микроорганизмов in situ
    • 1. 8. Культуральные методы оценки микробной компоненты экосистем
    • 1. 9. Аналитические методы оценки микробной составляющей экосистем

До конца ХХ-го столетия основные усилия микробиологов были направлены на изучение ультраструктурной организации микроорганизмов ex situ, т. е., при культивировании микроорганизмов в лабораторных условиях.

Были выявлены общие диагностические критерии, позволяющие характеризовать на уровне ультраструктуры физиологическое состояние исследуемого микроорганизма. Однако, ряд исследователей указывал на закономерную связь физиологии, клеточной ультраструктуры и экологии изучаемых микроорганизмов (Холодный, 1935; Новогрудский, 1949; Перфильев с соавт., 1961). Только во второй половине двадцатого века начали появляться единичные работы по изучению зависимости ультраструктурной организации клеток микроорганизмов и форм их обитания in situ, то есть, исследование микроорганизмов непосредственно извлечённых из их естественной среды обитания (Никитин с соавт., 1962; Аристовская, 1962; Звягинцев, 1962, 1987; Bae et al., 1973; Balkwill et al., 1975; Amelio et al., 1987). Применённый Никитиным с соавт. метод прямой электронной микроскопии для изучения водных микроорганизмов, без предварительного культивирования, позволил открыть новые морфологические формы микроорганизмов и, как оказалось впоследствии, и новые таксоны (Никитин с соавт., 1962). Бае с соавт. применили метод фракционирования для отделения клеток микроорганизмов от почвенных частиц, затем полученную фракцию клеток изучили на ультратонких срезах в электронном микроскопе. Эти исследования показали наличие серьёзных отличий в ультраструктуре клеток, непосредственно извлечённых из грунта, по сравнению с бактериями из лабораторных культур (Bae et al., 1973). Подробное изучение структурно-функционального статуса микроорганизмов в их естественных местах обитания начали проводить сравнительно недавно (Дмитриев с соавт., 1997, 2001, 2004; Вишневецкая, 2002; Розанов, 2002; Wierzchos et al., 2004; Lacap et al., 2005; Дуда с соавт., 2007). Дмитриевым с соавт. было показано, что — в криогрунтах Восточной Сибири, находящихся в зоне вечной мерзлоты, присутствуют жизнеспособные прои эукариотные микроорганизмы, для которых основной формой покоя являются цистоподобные клетки (Дмитриев с соавт., 1997, 2001, 2004). Современные работы, посвящённые исследованию микроорганизмов in situ, с помощью подходов электронной микроскопии показывают, что определяющим и являются методы подготовки проб из исследуемых образцов.

Проведение электронно-микроскопических исследований микроорганизмов и их сообществ в образцах окружающей среды связано с рядом проблем методического плана: 1) некоторые природные среды, такие как криогрунты или вода олиготрофных водоёмов, содержат относительно мало клеток, что делает их прямую визуализацию затруднительнойналичие минеральных образований, морфологически сходных с микробными клетками, затрудняет интерпретацию изображений- 2) минеральная компонента многих образцов не позволяет получать ультратонкие срезы и «маскирует» микробные клетки, 3) для корректной характеристики микробных сообществ с высокой численностью клеток, таких, как бактериальные маты, требуется получить информацию не только о типах входящих в них клеток и их физиологическом состоянии, но и об их естественной пространственной организации.

Таким образом, различное соотношение содержания в образцах микроорганизмов и минеральной компоненты делают невозможной стандартизацию подготовки проб для электронно-микроскопического анализа. Поэтому совершенствование известных и разработка новых методических приёмов для исследования структурно-функционального состояния бактерий в микробных сообществах является актуальным.

Цели и задачи исследования. Усовершенствовать известные и разработать новые методы для изучения структурно-функционального состояния бактерий, в микробных сообществах.

Для выполнения этой цели поставлены следующие задачи: разработать метод экспресс-дифференциации биогенных/абиогенных микрообъектовусовершенствовать метод низкотемпературного фракционирования и концентрирования микроорганизмов, разработанный ранее для дрожжей, и адаптировать его для бактерийразработать метод, позволяющий наблюдать за изменениями в структурно-функциональном состоянии «замаскированных» бактерий из уникальных природных образцовусовершенствовать метод «микромонолитов» для максимального сохранения нативной ультраструктуры микроорганизмов в сообществах. определить эффективность совместного применения микроскопических и молекулярно-биологических методов при исследовании микробных сообществ в различных экосистемах.

Научная новизна. Разработан метод экспресс-дифференциации на основе рентгеновского микроанализа, позволяющий обнаруживать биогенные микрообъекты и определять их вероятное физиологическое состояние в различных природных образцах.

Разработан метод субстратных агаровых каналов. Этот метод позволил в динамике, на ультраструктурном уровне, наблюдать за развитием «замаскированных» ультратонкими минеральными компонентами бактерий из криогрунтов Восточной Сибири.

Усовершенствован метод низкотемпературного фракционирования клеток, что позволило увеличить численность и морфологическое разнообразие клеток, извлекаемых из криогрунтов Восточной Сибири.

Модифицирован метод «микромонолитов». Данная модификация позволяет минимизировать влияние механических воздействий на пространственную организацию микроорганизмов в биоплёнках, бактериальных обрастаниях, циано-бактериальных матах в отобранных и подготовленных для ультратонких срезов образцах. Благодаря использованию этого метода была обнаружена, а затем выделена в чистую культуру бактерия, формирующая наноклетки. С помощью этого метода была описана ультраструктура и пространственная организация клеток данной бактерии в естественных условиях обитания.

Практическая значимость. Предложенные методы позволяют проводить изучение структурно-функционального состояния микроорганизмов в природных микробных сообществах без выделения в чистые культуры.

Используемые в данной работе подходы к электронно-микроскопическому изучению микроорганизмов можно использовать для проведения экологического мониторинга состояния экосистем независимо от их геологической (минеральной) матрицы и количественного содержания в них микроорганизмов.

Апробация работы. Основные положения диссертации были доложены на 7-ой Пущинской школе-конференции молодых учёных «Биология — Наука XXI века» (Пущино, 2003), Всероссийской молодёжной школе-конференции «Актуальные аспекты современной микробиологии» (Москва, 2005), Н-ой международной молодёжной школе-конференции «Актуальные аспекты современной микробиологии» (Москва, 2006), Международной научной конференции «Современные экологические проблемы севера» (Апатиты, 2006), 17th Evergreen International Phage Biology Meeting (Olympia, 2007), 2-ой Байкальский микробиологический симпозиум с международным участием (Иркутск, 2007).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 4 статей и б тезисов.

Место проведения работы. Экспериментальная часть работы выполнялась в лаборатории классификации и хранения уникальных форм микроорганизмов ИНМИ им. С. Н. Виноградского РАН, Москва, в отделе Всероссийской коллекции микроорганизмов и лаборатории структурно-функциональной адаптации микроорганизмов ИБФМ им. Г. К. Скрябина РАН, Пущино.

Структура и объём диссертации. Диссертационная работа изложена на 165 страницах машинописного текста и включает 97 рисунков и 12 таблиц. Работа состоит из введения, обзора литературы, экспериментальной части, содержащей описание материалов и методов, результатов и обсуждения исследования, выводов и библиографического списка, который содержит 195 наименований.

выводы.

1. Разработан метод экспресс-дифференциации биогенных/абиогенных микрообъектов и их вероятного физиологического состояния на основании данных по элементному составу бактериальных клеток.

2. Методом экспресс-дифференциации исследован осадок из керна льда ледового щита Антарктиды над озером Восток, и обнаружены биогенные объекты с большой долей вероятности относящиеся к лизированным бактериальным клеткам.

3. Усовершенствован метод низкотемпературного фракционирования для выделения и концентрирования бактериальных клеток из экониш с низкой численностью микроорганизмов.

4. Разработан новый метод «субстратных агаровых каналов» для исследования динамики развития «замаскированных» вегетативных и покоящихся форм бактерий из фракций грунтов криолитозоны (Восточная Сибирь) на ультратонком уровне.

5. Модифицирован метод «микромонолитов» для электронно-микроскопического исследования бактерий и их сообществ в эконишах с высокой микробной численностью (нефтешламы, термальные источники). С помощью этого метода обнаружена бактерия, формирующая наноклетки, в дальнейшем выделенная в чистую культуру.

6. Показана эффективность совместного применения молекулярно-биологических подходов с методами электронной микроскопии для исследования микробных сообществ в различных экосистемах.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

.

Разработаны методы экспресс-дифференциации и субстратных агаровых каналов, позволяющие обнаруживать биогенные микрообъекты и определять их вероятное физиологическое состояние в различных природных образцах. Усовершенствованы методы низкотемпературного фракционирования клеток и «микромонолитов», что позволяет более детально изучать ультраструктуру микроорганизмов in situ.

В палеоэконишах (ледовый щит Антарктиды, криогрунты Восточной Сибири) микроорганизмы и их сообщества не формируются, а хранятся. Так в Антарктический щит микроорганизмы привносятся случайно с потоками воздушных масс и вмерзают в ледяную толщу. Микробное сообщество криогрунтов Восточной Сибири было сформировано в более ранний геологический период при благоприятных условиях, которые позднее сменились на условия вечной мерзлоты.

Было показано, что формирование сообщества, характерного для определенной среды обитания, зависит от физико-химических условий и скоростей их изменения. В нефтешламмах было отмечено высокое содержание покоящихся форм с ярко выраженными ультраструктурными признаками. В противоположность им в микробных матах гидротерм Камчатки покоящиеся формы практически не встречались, что указывает иную стратегию выживания микроорганизмов.

Сравнительное электронно-микроскопическое и молекулярно-экологическое исследование микробных обрастаний из пяти гидротерм позволили оценить соотношение клеток различных морфологических типов и обнаруживаемых таксонов в образце. Было показано, что с помощью электронной микроскопии легко выявляются минорные компоненты сообщества, которые могут быть пропущены при ограниченном количестве секвенируемых клонов. Вместе с тем, очевидно, что по ультраструктурным данным возможно лишь приблизительное определение бактерий с точностью до крупных таксонов и в зависимости от наличия ярких морфологических особенностей. Дифференциация большого числа морфологически однообразных гетеротрофных микроорганизмов оказывается вообще невозможной. Поэтому для оценки микробного разнообразия методы электронной микроскопии и метод анализа клонотек генов рРНК следует рассматривать как взаимодополняющие и равно важные для исследования.

Показать весь текст

Список литературы

  1. С.С., Липенков В. Я., Бобин Н. Е., Кудряшов Б. Б. Характеристика различных слоев ледника Центральной Антарктиды в связи с микробиологическими исследованиями // Антарктика: Докл. Комиссии. М., 1993. Вып.32. С.188−194.
  2. С.С., Мицкевич И. Н., Поглазова М. Н. Микрофлора глубоких горизонтов ледника центральной Антарктиды. Микробиология, 1998, т. 67, № 4 с. 547−555.
  3. С.С., Мицкевич И. Н., Поглазова М. Н., Иванов М. В. Микробиологические исследования ледниковой толщи Антарктиды. Труды института микробиологии им. С. Н. Виноградского. Юбилейный сборник к 70-летию института. Выпуск XII. Наука. М., 2004, с. 7 — 28.
  4. Е.В. Химический анализ почв и грунтов. М.: МГУ, 1952, с. 240.
  5. Т.В. О принципах экологического анализа в почвенной микробиологии. // Почвоведение. 1962, № 1, с. 7−16.
  6. Т.В. О природных формах существования почвенных бактерий. // Микробиология, 1963, том 32, вып. 4, с. 662 — 667.
  7. Бактериальная палеонтология. Ред. Розанов А. Ю. МГУ. М. 2002, с. 188.
  8. Н. Математика в биологии и медицине. Изд-во Мир, М., 1970, с. 326.
  9. Биология сине-зелёных водорослей. Под. ред. Федорова В. Д. и Телитченко М. М. Изд-во Московского Университета, 1964, с. 161.
  10. С.А., Васильева Л. П., Пети Ж. Р., Лукин В. В., Алёхина И. А. Молекулярно-биологическое исследование бактериального состава жидкости для бурения из скважины 5Г-1, станция Восток, Антарктида. // Проблемы Арктики и Антарктики. 2003. Вып.74. С.88−102.
  11. О.В., Гинцбург A.JL, Романова Ю. М., Эль-Регистан Г. И. Механизмы выживания бактерий. Изд-во Медицина, 2005, с. 366.
  12. . Г. Г. К вопросу о балансе органического вещества в водоёмах. Сообщ. I-V // Тр. Лимнол. ст. в Косине. Вып. 18. 1934- Вып. 20. 1935- Вып. 21. 1937- Вып. 22. 1939.
  13. Т.А. Зелёные водоросли и цианобактерии как компонент микробных сообществ вечномёрзлых отложений арктики и антарктиды. Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологический наук. Пущино, 2002, с. 123.
  14. В.Ф. Метанотрофные бактерии. Изд-во ГЕОС, М. 2001, с. 500.
  15. Г. Электронная гистохимия. Изд-во «Мир». М., 1974, с. 488.
  16. Л.М., Карпов Г. А., Орлеанский В. К., Заварзин Г. А. Роль циано-бактериального фильтрав трансформации газовых компонентов гидротерм на примере кальдеры Узон на Камчатке. // Журнал общей биологии. 1983, т. XLIV, № 6, с. 842−851.
  17. Л.М., Орлеанский В. К. Актуалистическая палеонтология цианобактерий. В юбилейном сборнике к 70-летию Института. Наука. М., 2004, с. 80- 108.
  18. Д.А., Хлебникова Г. М., Звягинцев Д. Г., Фёдоров- Давыдов Д.Г., Кудрявцева Н. Н. Микробиологические характеристики при изучении осадочных пород криолитозоны. // Известия АН СССР, серия геологическая, 1989, № 6, с. 103−115.
  19. Е.Л. Метастабильность фенотипа у бактерий. // Микробиология. 1998. т. 67, № 2 с. 149−155.
  20. Е.Л. Другое состояние неспорулирующих бактерий. // Микробиология, 1998, т. 67, № 6, с. 725 735.
  21. В.М., Компанцева Е. И., Пучкова Н. Н. Влияние температуры на распространение фототрофных бактерий в термальных источниках. // Микробиология, 1985, т. 54, вып. 5, с. 848 853.
  22. В.М., Старынин Д. А., Бонч-Осмоловская Е.А., Качалкин В. И. Продукционные процессы в микробных сообществах горячего источника Термофильного. // Микробиология. 1987, т. 56, вып. 5, с. 872 878.
  23. В.М., Бонч-Осмоловская Е.А., Компанцева Е. И., Старынин Д. А. Дифференциация сообществ микроорганизмов в связи с изменением физикохимических условий в источнике Термофильном. // Микробиология. 1987, т. 56, вып. 2, с. 314−322.
  24. .В. Ультраструктура сине-зелёных водорослей. Ленинград. Изд-во Ленинградского Ун-та, 1976, с. 96.
  25. .В. Строение бактерий. Ленинград. Изд-во Ленинградского Ун-та. 1985, с. 186.
  26. Е.В., Соина B.C., Эль-Регистан Г.И. Образование покоящихся форм Arthrobacter globiformis в автолизирующихся суспензиях. // Микробиология, 2000, т. 69, № 3, с.383−388.
  27. В.В., Гиличинский Д. А., Файзутдинова Р. Н., Шершунов И. Н., Голубев В. И., Дуда В. И. Обнаружение жизнеспособных дрожжей в грунтах вечной мерзлоты Сибири возрастом около 3 млн. лет.// Микробиология, 1997, т. 66, № 5, с. 600 655.
  28. В.В., Сузина Н. Е., Баринова Е. С., Дуда В. И., Воронин A.M. Электронно-микроскопическое изучение ультраструктуры микробных клеток in situ в экстремальных биотопах. // Микробиология, 2004, т. 73, № 6, с. 832 — 840.
  29. Е.В., Лойко Н. Г., Ильинская О. Н., Колпаков А. И., Горнова И. Б., Климанова Е. В., Эль-Регистан Г.И. Характеристика диссоциатов Bacillus cereus. // Микробиология, 2001, т. 70, № 6, с. 811 819.
  30. В.И., Пронин С. В., Эль-Регистан Г.И., Капрельянц А. С., Митюшина Л. Л. Образование покоящихся рефрактильных клеток у Bacillus cereus под влиянием ауторегуляторного фактора.//Микробиология. 1982. Т.51, вып.1.с.77−80.
  31. В.И. Особенности цитологии спорообразующих бактерий. // Успехи микробиологии, 1982, т.17, с. 87- 117.
  32. В.И. Архебактерии новое царство живых организмов. // Природа, 1984, № 2, с. 13−25.
  33. Г. А. Бактерии и состав атмосферы. / Отв. ред. А. А. Имшенецкий. М.: Наука, 1984. с. 189.
  34. Г. А. Становление биосферы.// Вестник РАН, 2001, т. 71, № 11, с. 988 -1001.
  35. Г. А. Развитие микробных сообществ в истории Земли. Труды ицртитута микробиологии им. С. Н. Виноградского. Выпуск XII. Юбилейный сборник к 70-летию института. Изд-во Наука. 2004, с. 149−159.
  36. Д.Г. Изучение микрофлоры ризосферы с помощью флуоресцентной микроскопии в отражённом свете. 1962, т. 31, вып. 1, с. 111 — 115.
  37. Д.Г. Применение тушителей при изучении почвенных микроорганизмов при помощи флуоресцентной микроскопии. // Микробиология, 1963, т. 32, вып. 4, с. 732 — 736.
  38. Д.Г. Взаимодействие микроорганизмов с твёрдыми поверхностями. М. Изд-во Московского Университета, 1973, с. 176.
  39. Д.Г., Дмитриев Е. А., Кожевин П. А. О люминесцентно-микроскопическом изучении почвенных микроорганизмов. // Микробиология. 1978. Т.47, № 6. С. 1091−1096.
  40. Д. Г. Основные принципы функционирования комплексов почвенных микроорганизмов. // Проблемы почвоведения. 1978. с. 97−102.
  41. Д. Г. Почва и микроорганизмы. М.: МГУ, 1987, с. 256.
  42. Д.Г. Методы почвенной микробиологии и биохимии. Изд-е 2-е. М.: МГУ, 1991, с. 304.
  43. Ю.Н. Метод люминесцентной микроскопии. Л., 1964.
  44. В.Б. Доказательство образования ковалентных связей при окраске гистологических препаратов проционовыми красителями Цитология, 1976, т. 18, № 2,227−229.
  45. В.Е., Иванов В. Б., Скляр Ю.Е- Михайлов Г. И. Дихлортриазиниламинофлуоресцеин новый флуорохром для цито- и гистохимического выявления белка — Изв. АН СССР. Сер. биол. 1968, № 5, 744— 747.
  46. И.И., Шафоростова Л. Д., Работнова И. Л., Сотников Г.Г. Роль катаболических и анаболическсих процессов в связи с неравномерным ростом
  47. Bacillus megaterium в экспоненциальной фазе роста. // Микробиология, 1972, т. 41. № 1, с.64−67.
  48. М.В., Поликарпов Г. Г., Леин А. Ю., Гальченко В. Ф., Егоров В. Н., Гулин С. Б., Гулин М. Б., Русанов И. И., Миллер Ю. М. и Купцов В.И. Биогеохимия цикла углерода в районе черноморских метановых сипов. Доклады АН СССР, 1991, т. 320, с. 1235−1240.
  49. М.В., Леин А.Ю, Гальченко В. Ф., Егоров В. Н., Гулин С. Б., Гулин М. Б., Русанов И. И., Миллер Ю. М. и Купцов В. И. Биогенохимия цикла углерода в районе метановых газовыделений Чёрного моря. Доклады АН СССР, 1991, т. 320, с. 1240 1245.
  50. О.Н., Колпаков А. И., Шмидт М. А., Дорошенко Е. В., Мулюкин А. Л., Эль-Регистан Г.И. Роль бактериальных ауторегуляторов роста группы алкилоксибензолов в ответ стафилококков на стрессовые воздействия. // Микробиология, 2002, т. 71, № 1, с. 23 — 29.
  51. Кальдерные микроорганизмы. Под ред. Г. А. Заварзина. «Наука». М. 1989., с. 114.
  52. С.И. Микроорганизмы горячих ключей Камчатки. // Труды Института микробиологии АН СССР, 1955, вып. 4, с. 130 154.
  53. А. Ю. Русанов И.И., Саввичев А. С., Пименов Н. В., Миллер Ю. М., Павлова Г. А. и Иванов М.В. (1996) Биогеохимические процессы циклов серы и углерода в Карском море. Геохимия, 11:1027−1044.
  54. Н.Г., Соина B.C., Сорокин Д. Ю., Митюшина Л. Л., Эль-Регистан Г.И. Образование покоящихся форм у грамотрицательных хемолитоавтотрофных бактерий Thioalklivibrio versutus и Thioalkalimicrobium aerophilum. // Микробиология, 2003, т. 72, № 3, с.328−337.
  55. К.А., Фихте Б. А. Методы определения жизнеспособности микроорганизмов. АН СССР НУ БИ ИБФМ. Пущино. 1990. с. 187.
  56. Л. Методы органического анализа. Изд-во М.: Мир, 1986, с. 584.
  57. Т., Фрич Э.Ю, Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. Методы генной инженерии. М.: Мир.-1984. с. 479.
  58. М.Н., Корчагин В. Б. Люминесцентно-микроскопическое выявление нуклеиновых кислот и нуклеопротеидов. // Бюл. эксперим. биол. и мед. 1952, № 33, с. 3.
  59. М.Н. Люминесцентная микроскопия. // Вестник Акдемии наук СССР, 1953, № 10, с. 1−10.
  60. М.Н., Миролюбова Л. В. Сравнительное люминесцентное исследование строения бактерий. // Известия Академии наук СССР, серия биологическая, 1959, № 6, с. 865−878.
  61. М.Н., Медведева Г. А., Алексеева В. М. О выявлении живых, повреждённых и мёртвых микроорганизмов. // Микробиология. 1961, т. 30, вып. 5, с. 855−862.
  62. М.Н. Флуоресцентная микроскопия и цитохимия в общей микробиологии. // Успехи микробиологии. 1971, с. 3 32.
  63. А.А., Комиссарчик Я. Ю., Миронов В. А. Методы электронной микроскопии в биологии и медицине. Изд-во «Наука». С.-П., 1994, с. 399.
  64. Е.Н., Емцев В. Т. Почвенные азотфиксирующие бактерии рода Clostridium. М.: Наука, 1974, с. 252.
  65. Г. В., Кормер С. С., Янопольская Н. Д. Капредьянц А.С. Свойства покоящихся клеток культуры Micrococcus luteus, пребывающих длительное время в стационарной фазе. Микробиология, 1996, т. 64, с. 341−346.
  66. Г. В., Янг М., Келл Д., Капрельянц А. С. Бактериальные феромоны и клеточное деление. Успехи биологической химии. 1999, т. 39, с. 225−254.
  67. А.Л., Луста К. А., Грязнова М. Н., Козлова А. Н., Дужа М. В., Дуда В. И., Эль-Регистан Г.И. Образование покоящихся форм Bacillus cereus и Micrococcus luteus. //Микробиология, 1996 а, т. 65, № 6, с. 782−789.
  68. А.Л., Козлова А. Н., Капрельянц А. С., Эль-Регистан Г.И. Обнаружение и изучение динамики накопления ауторегуляторного фактора Д1 в культуральной жидкости клеток Micrococcus luteus. II Микробиология, 1996 б, т. 65, с. 20−25.
  69. Д.И. Применение электронной микроскопии для изучения почвенных суспензий и культур микроорганизмов. // Почвоведение, 1964, № 6, с. 86 91.
  70. Д.И., Васильева Л. В., Лохмачёва Р. А. Новые редкие формы микроорганизмов. Изд-во «Наука», 1966, с. 120.
  71. Д.М. Природные и культуральные формы почвенных микроорганизмов. // Изв. АН Каз. ССР, серия почвоведение, 1949, вып. 5, с. 30 -41.
  72. .В., Габе Д. Р. Капиллярные методы изучения микроорганизмов. М.-Л., Изд-во АЛ СССР, 1961, с. 534.
  73. М.А. Цитология бактерий. Изд-во АН СССР, М. 1955. Пешков М. А. Сравнительная цитология сине-зелёных водорослей, бактерий и актиномицетов. «Наука», М., 1966. Авакян, Кац, 1972.
  74. А.В., Пушева М. А., Сорокин В. В. элементный состав клеток у экстремально алкалофильных анаэробных бактерий. // Микробиология, 2002, т. 71, № 1, с. 30−36.
  75. В.Я. Результаты исследований палеоклимата и подденикового озера Восток. Проблемы Арктики и Антарктики. Сборник статей. Юбилейный выпуск 72 (к 80-летию ААНИИ). С-П. Гидрометеоиздат. 2000, с. 267.
  76. С.В., Жуков В. Г. Альтернативный спорообразованию путь сохранения жизнеспособности популяции клеток Bacillus cereus в экстремальных условиях. // Доклады АН СССР, 1989, т. 309, № 1, с. 223 226.
  77. В.И., С.И. Экология микроорганизмов пресных водоёмов. Лабораторное руководство. Л.: Наука, 1974. с. 194.
  78. Руководство к практическим занятиям по микробиологии. Ред. Егорова Н. С. Изд-во МГУ, 1983, с. 221.
  79. Свободные радикалы в биологии. Ред. Прайор У. Изд-во «Мир», 1979, т.1, с. 318.
  80. Р., Эдельберг Э., Ингрэм Дж. Мир микробов. Изд-во «Мир», т.1, 2, 3. М., 1979, с. 320.
  81. Н. Е. Сравнительное изучение тонкого строения мембран и поверхностных структур метанотрофных бактерий. Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологический наук, — Пущино, 1984, с. 217.
  82. Н.Е., Мулюкин А. Л., Козлова А. Н., Шорохова А. П., Дмитриев В. В., Баринова Е. С., Мохова О. Н., Эль-Регистан Г.И., Дуда В. И. Тонкое строение покоящихся клеток некоторых неспорообразующих бактерий. // Микробиология, 2004, том 73, № 4, с. 516−529.
  83. Й. Методы почвенной микробиологии. Изд-во «Колос». М., 1983, с. 296.
  84. А.С. Ультраструктура вирусов бактерий. М.: Наука, 1968. С. 90.
  85. . Электронная микроскопия для начинающих. М. Мир. — 1975, с. 324.
  86. Е.П. Торможение жизненной активности как универсальный биохимический механизм адаптации микроорганизмов к стрессовым воздействиям. // Прикладная биохимия и микробиология, 2003, т. 99, № 1, с. 524.
  87. .А., Заичкин Э. И., Ратнер Е. Н. Новые методы физического препарирования биологических объектов для электронно-микроскопических исследований. Пущино, 1973. 150 с.
  88. А.Н., Брушков А. В. Введение в структурную криологию. М., Наука, 2006, с. 279.
  89. Н.Г. Методы непосредственного наблюдения почвенной микрофлоры. // Микробиология, 1935, том 4, вып. 2. С. 153 — 164.
  90. Экология микроорганизмов под ред. А. И. Нетрусова М. Изд-во Academa. 2004. С. 267.
  91. В., Элиот Д. Биохимия и молекулярная биология. / Под ред. Арчакова А. И. и др. М.: МАИК «Наука / Интерпериодика», 2002, с. 446.
  92. Amelio E.D., Cohen Y., and Des Marais DJ. Association of new type of gliding, filamentous, purple phototrophic bacterium inside bundles of Microcoleus chthonoplastes in hypersaline cyanobacterial mats. // Arch. Microbiol. 1987, v. 147, pp. 213−220.
  93. Amman, R., Ludwig, V. and Schleifer, K.-H. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation. Microbiology Reviews, 1995, v. 59, pp. 143−196.
  94. Ascaso C., Wierzchos J. New approaches to the study of Antarctic litobiontic microorganisms and their ionorganic traces, and their application in the detection of life in Martian rocks. // Int Microbiol?, 2002, V. 5, pp. 215 222.
  95. Bae H.C., Cota-Robles E.H. and Casida L.E. Jr. Microflora of soil as viewed by transmission electron microscopy. // Applied Microbiology, March, 1972, pp. 637 — 648.
  96. Bae H.C. and Casida L.E., Jr. Responses of indigenous microorganisms to soil incubation as viewed by transmission electron microscopy of cell thin sections. // Journal of Bacteriology, 1973, march, pp. 1462 1473.
  97. Bakken, L.R. Separation and purification of bacteria from soil. // Appl. Environ. Microbiol. 1985. V. 49. P. 1482−1487.
  98. Biology of microorganisms, by edition Brock Southern Illinois University, Carbondale, 1999, http://cwx.prenhall.com/brock/chapter23/deluxe.html
  99. Bisset K.A. and Whiteby H. Demonstration of nuclear and cellular division in Bacillus cereus by epifluorescent microscopy. // Journal of General Microbiology, 1978, 107, pp. 231−234.
  100. Brehm-Stecher B.F. and Johnson E.A. Single-cell microbiology: tools, technologies, and applications. // Microbiology and molecular biology reviews. 2004, v. 68, № 3, pp. 538−559.
  101. Castenholz R.W. and Utkilen H.C. Physiology of sulfide tolerance in a thermophilic Oscillatoria. // Arch. Microbiol. 1984 a. v. 138, pp. 299 305.
  102. Castenholz R.W. and Utkilen H.C. Loss of sulfide adaptation in a thermophilic Oscillatoria. II Arch. Microbiol. 1984 6. v. 138, pp. 306 309.
  103. Castenholz R.W., Bauld J., and Jorgenson B.B. Anoxygenic microbial mats of hot springs: thermophilic Chlorobium sp. // FEMS Microbiology Ecology, 1990, v. 74, pp. 325−336.
  104. Cho J.-C., and Giovannoni S.J. Cultivation and growth characteristics of a diverse group of oligotrophic marine Gammaproteobacteria. II Applied and Environmental Microbiology. 2004. Vol. 70, № 1, pp. 432−440.
  105. Coates J.D., Ellis D.J., Gaw C.V. and Lovley D.R. Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe (III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer. // International Journal of Systematic Bacteriology, 1998, v. 49, pp. 1615 — 1622.
  106. Coleman A.W. Cell staining with DAPI alive. // Trends in Genetics, 1989, vol. 5, № 9, pp. 292−29?.
  107. Connon S.A., and Giovannoni S.J. High-throughput methods for culturing microorganisms in very-low-nutrient media yield diverse new marine isolates. // Applied and Environmental Microbiology. 2002. Vol. 68, № 8, pp. 3878−3885.
  108. Cooper L.W., Whitledge Т.Е., Grebmeier J.M., Weingartner T. The nutrient, salinity, and stable oxygen isotope composition of Bering and Chukchi seas waters in and near the Bering Strait // J. Geophys. Res. 1997. V. 102. P. 12.
  109. Elsas J.D.v. and Waalwijk C. Methods for the detection of specific bacteria and their genes in soil. // Agriculture Ecosystems and Environment. 1991. vol. 34, № 1 — 4, pp. 97−105.
  110. Figueras J.B., Garcia-Gil L.J., Abella C.A. Phylogeny of the genus Chlorobium based on 16S rDNA sequence. // FEMS Microbiology Letters. 1997, v. 152, pp. 31 — 36.
  111. Hohmann-Marriott M.F., Blankenship R.E., & Roberson R.W. The ultrastructure of Chlorobium tepidum chlorosomes revealed by electron microscopy. Photosynthesis research. 2005, v. 86, pp. 145 154.
  112. Holt S.C. and Canale-Parola E. Fine structure of Spirochaeta stenostrepta, a free-living, anaerobic spirochete. // Journal of Bacteriology, 1968, Sept., pp. 822 835.131. http://www.iki.rssi.rU/jplmirror/mars/mgs/sci/fifthconf99/6104.pdf
  113. Hugenholtz P., Goebel B.M., and Pace N.R. Impact of culture-independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity. 1998. J. Bacteriol. Vol. 180, pp. 4765−4774.
  114. Im W.T., Yokota A., Kim M.K., and Lee S.T. Kaistia adipata gen. nov., sp. nov., a novel a-proteobacterium. // J. Gen. Appl. Microbiol., 2004, v. 50, pp. 249 254.
  115. Jannasch H.W., and Jones G.E. Bacterial populations in seawater as determined by different methods of enumeration. // Limnol. Oceanogr, 1959, № 4, pp. 128−139.
  116. Joseph S.J., Hugenholtz P., Sangwan P., Osborne C.A. and Janssen P.H. Laboratory cultivation of widespread and previously uncultured soil bacteria. // Applied and Environmental Microbiology, December, 2003, vol. 69, № 12, pp. 7210 7215.
  117. Karl D.M., Bird D.F., Bjorkman K., Houlihan Т., Shackelford R., Tupas L. Microorganisms in the accreted ice of Lake Vostok, Antarctica. Science. 1999, December, vol. 286, pp. 2144−2147.
  118. Kennedy M.J., Reader S.L. and Swierczynsky L.M. Preservation records of microorganisms: evidence of the tenacity of life. // Microbology, 1994, v. 140, pp. 2513 — 2529.
  119. Kepner R.L., JR. and Pratt J.R. Use of fluorochromes for direct enumeration of total bacteria in environmental samples: past and present. // Microbiological Reviews, 1994, December, v. 58, № 4, pp.603 615.
  120. Kogure K., Simidu U., and Taga N. A tentative direct microscopic method for counting living marine bacteria. // Can. J. Microbiol., 1979, № 25, pp. 415−420.
  121. Konhauser K.O., Jones В., Reysenbach A.-L., and Renaut R. W. // Can. J. Earth Sci., 2003. v. 40, pp. 1713 1724.
  122. Kristjansson J.K., Ingason A., and Alfredsson G.A. Isolation of thermophilic obligately autotrophic hydrogen-oxidizing bacteria, similar to Hydrogenobacter thermophilus, from Icelandic hot springs. // Arch. Microbiol., 1985, v. 140, pp. 321 -325.
  123. Lacap D.C., Smith G.J., Warren-Rhodes K., and Pointing S.B. Community structure of free-floating cyanobacterial mats from the Wonder Lake geothermal springs in the Philippines. // Can. J. Microbiol. 2005, v. 51, pp. 583 589.
  124. Lappin-Scott H.M. and Costerton J.W. Starvation and penetration of bacteria in soil and rocks. // Experientia, 1990, v. 46, № 8, pp. 807−812.
  125. Laue M., Niederwohrmeier В., Bannert N., Rapid diagnostic thin section electron microscopy of bacterial endospores. // Journal of Microbiological Methods, 2007, v. 70, pp. 45−54.
  126. Lundgren B. Fluerescein diacetate as a stain of metabolically active bacteria in soil. OIKOS, 1981, vol. 36, № 1, pp. 17−22.
  127. Masurat P., Fru E.C. and Pedersen K. Identification of Meiothermus as the dominant genus in a storage system for spent nuclear fuel. // Journal of Applied Microbiology, 2005, v. 98, pp. 727 740.
  128. Moreira D. and Amils R. Phylogeny of Thiobacillus cuprinus and other mixotrophic Thiobacilli: proposal for Thiomonas gen. nov. // International Journal of Systematic Bacteriology, 1997, Apr., v. 47, № 2, pp. 522 528.
  129. Nakagawa S., Shtaih Z., Banta A., Beveridge T.J., Sako Y., Reysenbach A.-L. Sulfurihydrogenibium yellowstonense sp. nov., an extremely thermophilic, facultatively heterotrophic, sulfur-oxidizing bacterium from Yellowstone National
  130. Park, and emended description of the genus Sulfurihydrogenibium, Sulfurihydrogenibium subterraneum and Sulfurihydrogenibium azorense. II International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2005, Nov., v. 55, pp.2263 2268.
  131. Panikov, N.S. Contribution of nanosized bacteria to the total biomass and activity of a soil microbial community.// Adv. Appl. Microbiol. 2005. V. 57, P. 245−296.
  132. Paster В J., Dewhirst F.E., Weisburg W.G., Tordoff L.A., Fraser G.J., Hespell R.B., Stanton T.B., Zablen L., Mandelco L., and Woese C.R. Phylogenetic analysis of the Spirohetes. // Journal of Bacteriology, 1991, Oct., pp. 6101 6109.
  133. Patel B.K.C., Morgan H.W. and Daniel R.M. Thermophilic anaerobic spirochetes in New Zelland hot springs. // FEMS Microbology Letters, 1985, v. 26, pp. 101 106.
  134. Phoenix V.R., Konhauser K.O., and Ferris F.G. Experimental study of iron and silica immobilization by bacteria in mixed Fe-Si systems: implications for microbial silification in hot springs. // Can. J. earth Sci., 2003. v. 40, pp. 1669 1678.
  135. Pierson B.K., Castenholz R.W. A phototrophic gliding filamentous bacterium of hot springs, Chloroflexus aurantiacus, gen. nov. and sp. nov. // Arch Microbiol, 1974, 100,5−24.
  136. Pierson B.K., Giovannoni S.J., and Castenholz R.W. Physiological ecology of gliding bacterium containing bacteriochlorophyll a. // Appl. Environ. Microbiol., 1984, v. 47, pp. 576 584.
  137. Pierson B.K., Giovannoni S.J., Stahl D.A., and Castenholz R.W. Heliothrix oregonensis, gen. nov., sp. nov., a phototrophic filamentous gliding bacterium containing bacteriochlorophyll a. // Arch. Microbiol., 1985, v. 142, pp. 164 167.
  138. M., Leschine S. В., Canale-Parola E. Spirochaeta caldaria sp. nov., a thermophilic bacterium that enhances cellulose degradation by Clostridium thermocellum. II Arch. Microbiol., 1994, v. 161, pp. 17−24.
  139. Pugsley A.P., Evison L.M. A fluorescent antibody technique for the enumeration in faecal streptococci in water//J.Appl. Bacteriol. 1 975- Vol.3 8.P. 63−65.
  140. Rappe M.S., Giovannoni S.J. The uncultured microbial majority // Annu. Rev. Microbiol. 2003. V. 57. P. 369 394.
  141. Rasmussen B. Filamentous microfossils in a 3,235 million-year-old volcanogenic massive sulphide deposit.// Nature. 2000, vol. 405, no.8, pp. 676 679.
  142. Reysenbach A.-L., Wickham G.S., and Pace N.R. Phylogenetic analysis of the hyperthermophilic pink filament community in Octopus Spring, Yellowstone National Park. // Appl. Environ. Microbiol., 1994, June, v. 60, № 6, pp. 2113 2119.
  143. Reynolds E.S. The use of lead citretat high pH as an electronopaque strain in electron microscopy. J. Cell Biol., 1963, v. 17, pp. 208 — 212.
  144. Rivkina, E., S. Wagener, J. McGrath, D. Gilichinsky and J. Tiedje. 1998. Biogeochemical activity of anaerobic microorganisms from buried permafrost sediments. Geomicrobiology. 15:187−193.
  145. Rodrigues G.G., Phipps D., Ishiguro K. And Ridgway H. F. Use of a fluorescent redox probe for direct visualization of actively respiring bacteria. // Applied and Environmental Microbiology, 1991, vol. 58, № 6, pp. 1801 1808.
  146. Rondon M.R., Goodman R.M. and J. Handelsman. The Earth’s bounty: assessing and accessing soil microbial diversity. TIBTECH OCTOBER. 1999, vol. 17, pp. 403 -409.
  147. Rozanov A.Y., Zhegallo E.A., Hoover R.B. Microbiota of the botogol graphites. // SPIE. vol. 3755, no. pp. 38 42.
  148. Schelble R.T., Westall F., Allen C.C., Nealson K.H. Ga iron-mineralized microbiota in the Gunflint iron formation. COSPAR, 10−18 October, 2002, Ontario, Canada, p. 111.
  149. Schmidt E.L. Quantitative autecological study of microorganisms insoil by immunofluorescence. Soil Sci. 1974. Vol. 118. P.141 149.
  150. Schmidt E. L, Bankole R.O. Specificity of immunofluorescent staining for study of Aspergillus flavus in soil// Appl. Microbiol. 1965. Vol. 13. P. 673 679.
  151. Schmidt E. L, Bankole R.O., Bohlool B.B. Fluorescent antibody approach to the study of rhizobia in soil//Bacteriol. 1968. Vol. 95. P. 1987 1992.
  152. Stackebrandt E. In Microbial Diversity in Time and Space. Plenum Press, 1996, pp. 19−24.
  153. Stankiewicr B.A., Briggs D.E.G., Evershed R.P., Flannery M.B., Wuttke M. Preservation of chitin in 25-million-year-old fossils. // Science. 1997, vol. 276, no. 6, pp. 1541 1547.
  154. Staley J.T., and Konopka A. Measurements of in situ activities of nonphotosynthetic microorganisms in aquatic and terrestial habitats. // Annu. Rev. Microbiol. 1985. 39: 321−346.
  155. Stanier R.Y. and van Niel C.B. The concept of a bacterium. // Archiv fur Mikrobiologie, 1962, v. 42, pp. 17 35.
  156. Steeman-Nielsen E. The use radioactive carbon (C14) for measuring organic production in the Sea. // J. Conseil l’explorat. mer, 1952, v. 18, № 2, 127−140.
  157. Takai K., Kobayashi H., Nealson K.H. and Horikoshi K. Sulfurihydrogenibium subterraneum gen. nov., sp. nov., from a subsurface hot aquifer. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2003, v. 53, pp. 823 — 827.
  158. Takahashi, I., Yamanaka, S., Nishiyama, Т., Hiraishi, A., Isolation and phylogenetic analysis of aerobic copiotrophyc ultramicrobacteria from urban soil. // J. Gen. Appl. Microbiol. 1998. V. 44. P. 75−84.
  159. Thompson T.L., Mefferd R.B., JR, and Wyss O. The protection of bacteria by pyruvate effects. // J. Bacteriol. vol. 62, no. l, pp. 39.
  160. Tsapin F.I. The Fifth International Conference on Mars, Pasadena, California, July, 1999, pp. 19−24.
  161. Varga A.R. and Staehelin L.A. Spatial differentiation in photosynthetic and non-photosynthetic membranes of Rhodopseudomonas palustris. // Journal of Bacteriology, 1983, June, v. 154, № 3, pp. 1414 1430.
  162. Vorobyova E., Soina V., Gorlenko M. et al. The deep cold biosphere: facts and hypothesis // FEMS Microbiol. Rev. 1997. V. 20. P. 277−290.
  163. Vorobyova E., Philimonova A., Osipov G., Bolshakova A., Yaminsky I. Microbial life in Antarctic permafrost and ice. COSPAR, 10—18 October, 2002, Ontario, Canada, p. 64.
  164. Wahlund T.M., Woese C.R., Castenholz R.W., and Madigan M.T. A thermophilic green sulfur bacterium from New Zealand hot springs, Chlorobium tepidum sp. nov. // Arch. Microbiol. 1991, v. 156, pp. 81−90.
  165. Ward D.M., Cohan F.M. Microbial diversity in hot spring cyanobacterial mats: pattern and prediction. Geothermal Biology and Geochemistry in Yellowstone National Park. ?. pp. 185 202.
  166. Watson S.W., Graham L.B., Remsen C.C. and Valois F.W. A lobular, ammonia-oxidizing bacterium, Nitrosolobus multiformis nov. gen. nov. sp. // Arch. Microbiology, 1971, vol. 76, pp. 183 203.
  167. Wierzchos J., De Los Rios A., Sancho L.G., Ascaso C. Viability of endolithic microorganisms in rocks from the McMurdo Dry Valleys of Antarctica established by confocal and fluorescence microscopy. // Journal of Microscopy, 2004, vol. 216, pp. 57−61.
  168. Willerslev E., Hansen A.J. and Poinar H.N. Isolation of nucleic acids and cultures from fossil ice and permafrost. // TRENDS in Ecology and Evolution, 2004, March, vol. 19, No.3, pp. 141 147.
  169. Zechman J.M. Casida L.E.Jr. Death of Pseudomonas aerugenosa in soil. // Can. J. microbial. 1982. V. 28. p. 788 794.
  170. Zinder S.H., Salyers A.A. Microbial ecology — new direction, new impotance. // Bergey’s manual of systematic bacteriology. 2nd ed. / Eds. Boone D.R., Castenholz R.W., Garrity G.M. Baltimore: Williams & Wilkins, 2001. V. 1. P. 101 109.
  171. УФ ультрафиолетовые лучи ДНК — дизоксирибонуклеиновая кислота РНК — рибонуклеиновая кислота DAPI- 4', 6-диамидино-2-фенил индол FITC — флуоресцеин изотиоционат
  172. DATF 5-(4, 6- дихлортриазин-2-ил), амино-флуоресцеин1. FDA флуоресцеин диацетат
  173. SFDA 5-(и 6-) сульфофлуоресцеиндиацетат
  174. СТС 5-циано-2,3-дитолил тетразолиум хлорид
  175. КОЕ колониеобразующие единицы1. ОП оптическая плотность
  176. ФВК фосфорновольфрамовая кислота1. УА уранил ацетат
  177. ПЦР полимеразная цепная реакция1. НМ наружная мембрана1. К кортекс1. ВМ внутренняя мембрана1. Пс покровы споры1. Ц цитоплазма1. Мв мембранные везикулы1. КС клеточная стенка
  178. ЦПМ цитоплазматическая мембрана
  179. Пфс перегородка формирующейся споры
  180. ВМпс внутренняя мембрана проспоры1. Мк материнская клетка1. Н нуклеоид1. Лк- лизированные клетки1. ЦПК цистоподобные клетки1. Кр кристалл1. Мкс микрокапсула1. Мл мембранные лепестки1. Мм микроорганизм1. М минеральная частица
  181. НС наружный слой покровов клеток1. ВС внутренние слои
  182. PF выпуклая поверхность скола
  183. EF вогнутая поверхность скола1. Мт митохондрии1. Ипк извилистый профиль1. Мез мезосомы1. Кт клетка тень
  184. Эв экзоцеллюлярное вещество1. Мк — микроколония1. Кп капсула
  185. Пм полисахаридный матрикс, А — агар
  186. Стк стационарная клетка Пс — проспора Вк — вегетативная клетка Сл — слизь1. Мкт микротрубочки
  187. РВнМ разрывы во внешней мембране1. Кк клеточные конгломераты1. ММ миелиновые мембраны1. Пф полифосфаты1. П периплазма
  188. ФМ фотосинтетические мембраны S — S-слои
  189. ПОМ поли-(3-оксимасляная кислота1. Т тилакоиды1. Кв клеточные выросты1. Бк бактериальная клетка
  190. Оцб оболочка циано-бактерии
  191. Ппр периплазматические простеки1. В включения1. Мм мостики Байера1. Бц баеоциты
  192. Моб — оболочка материнской клетки1. Фбс фикобилисомы
  193. Эпч экзополисахаридный чехол1. Хлс хлоросомы1. Бф бактерифаг1. Сс слущивающиеся слои
  194. Пт формирующаяся перетяжка1. Ж жгутик1. Мкт микротрубочки
  195. Лф фотосинтетический аппарат ламелярного типа Вф — фотосинтетический аппарат везикулярного типа ЗН — зона нуклеоида
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!