Разработка усовершенствованного метода синтеза 5-фосфотиоэфирных аналогов олигодезоксирибонуклеотидов
Диссертация
Основными вопросами, решению которых посвящена данная работа, являются следующие. Во-первых, проведено систематическое исследование кинетики реакции алкилирования на примере взаимодействия Tps с иодпроизводными lTpsCN Et и IT в ]Щк с целью выяснения ее механизма и поиска путей увеличения ее скорости. Во-вторых, определена зависимость реакционной способности иодпроизводных в данной реакции… Читать ещё >
Список литературы
- Шабарова З.А. Методы синтеза фрагментов ДНК.- В кн.: Итоги та-уки и техники, ВИНИТИ АН СССР, сер. молекул, биология, 1980, т. 12, ч.2, 0.6−61
- Wu R., Bahl С.P., Narang S.A. Synthetic oligodeoxynuclecfa. des for analyses of ША structure and function, — In: Progress in Hucleic Acids Res, and Mol. Biology, 1978, v.21, Academic Press Hew York etc., p. 102−141
- Шомштейн З.А., Гиллер С. А. Модельные аналоги нуклеиновых кислот.- В кн.: Успехи химии гетероцшслов. Рига, 1976, с.307−322
- Eckstein Р, Investigation of enzyme mechanisms with nucleosidephosphorothioates.- Angew.Chem.int.edn., 1975, v.14, N 3, p.160 166.5*Eckstein P. Phosphorothioate analogues of nucleotides.- Accounts Chem. Res, 1979, v.12, N 1, p.204−210
- Clercq E. de, Eckstein P., Merigan T.C. Interferon induction through chemical modification of a synthetic polyribonucleotide. Science, 1969, v.165, N 3898, p.1137−1143
- Eckstein P., Gindl H. Polynucleotides, containing a thiophos-phate backbone, — Eur, J.Biochem., 1970, v.13,N 2, p.558−564
- Michelson A.M. Polynucleotides.IY.The synthesis of oligonucleotides analogs, substituted in sugar’s residue.- J.Chem.Soc., 1962, N 3, p.979−982
- Nagyvary J., Chladek S., Roe J# The synthesis of 5'-thioanalogs of polydeoxyribonucleotides.- Biochem.Biophys.Res.Commun., 1970s v.39, N 5, p.878−882
- Cook A.P. Nucleoside S-alkyl phosphorothioates.IV.Synthesis of nucleoside phosphorothioate monoesters.- J.Amer.Chem.Soc., 1970, v.92, Ы 1, p.190−195
- Потапов В.A., Рыбаков B.H., Богачев B.C., Ривкин М. Й. Думарев В.
- П. Репарирующая репликация 5−5-тиофосфатного аналога гексаде-кадезокоирибонуклеотида, катализируемая ДНК-полимеразой I E.coli.-Биоорган. химия, 1983, т. 9, Ж7, с. 954−957
- Рыбаков В.Н., Ривкин М. И., Богачев B.C., Кумарев В. П. Сшивка аналогов олигодезоксинуклеотидов с P-S-ССЙ-связями полинук-леотвдлигазой фага Т4.- Биоорган. химия, 1981, т.7, $ 9, с.1423−1425
- A.C.9I065KCCCP). Способ получения олигодезокситиотимцдила-тов/ В. П. Кумарев, В. С. Богачев, Л. В. Баранова, В. Ф. Кобзев.-Опубл. в Б.И., 1982, № 9
- Пальм В.А. Основы количественной теории органических реакций. -2-е изд.перераб. и доп.- Л: Химия, Ленинградское отд., 1977, с. 335, 94−95
- A.C.9I0650(CCCP). Производные дезокситионуклеотидов как мономеры для синтеза полидезокситионуклеотвдов и способ их получения/ В. П. Кумарев, В. С. Богачев, В. Ф. Кобзев, Л.В.
- Баранова, — Опубл. в Б.И., 1982, В 9
- Кумарев В.П., Богачев B.C., Кобзев В. Ф., Баранова А.вУшофосфатные аналоги нуклеиновых кислот.II. Синтез и свойства б-Б-тиофосфатных аналогов олигодезоксирибонуклеотидов.- Биоорган, химия, 1982, т.8, 16 II, с.1525−1534
- А.С.89 9571(СССР). Олигодезокситионуклеотиды, проявляющие матричные свойства в РНК-полимеразной системе E. coli/ В. П. Кума-рев, B.C.Богачев, В. Ф. Кобзев, Л. В. Баранова, М. И. Ривкин.-Опубл, в Б.И., 1982, Л 3
- Nemer M.J., Ogilvie К.К. Ribonucleotide analogues having novel intemucleotide linkages.- Tetrahedron lett., 1980, v.21, H 43, p.4149−4152
- Letsinger R.L., Lunsford W.B. Synthesis of thymidine oligonucleotides by phosphite triester intermediates.- J.Amer. Chem.Soc., 1976, v.98, Ж 11, p.3655−3661
- Корана Г. Новые направления в химии биологически важных эфи-ров фосфорной кислоты.-М. :Мир, 1964, с. ПО-143
- Letsinger R.L., Muiigall W.S. Phosphoroamidate analogs of oligonucleotides." J.Org.Chem., 1970, v.35, N 11, p.3800−3803
- Agarwal K.L., Yamazaki A., Cashion P.I., Khorana H.G. Chemical synthesis of polynucleotides.- Angew.Chem.int.edn.Engl., 1972, v.11, N 6, p.451−459
- Eckstein P. Diuridine-3', 5 '-thiophosphate.- Tetrahedron Lett., 1967, N 36, p.3495−3499
- Хадсон P. Структура и механизм реакций фосфорорганических соединений,— М.: Мир, 1967, с.146−149
- Malkieviez А., Smrt J. Synthesis of thymidinephosphorothio-yl (0^)thymidine via phosphorothioate-0,0,S-triesters.~ Tetrahedron Lett., 1973, N 7, p.491−492
- Malkievicz A., Smrt J. Oligonucleotidic compounds.XLII. Synthesis of thymidi^hosphorothioylCO^'-O^')thymidinephosphoro-thioylCO^'-O5')thymidine.- Coll.Czech.Chem.Commun., 1973, v.38, H 10, p.2953−2961
- Malkievicz A., Smrt J. Oligonucleotidic compounds.XLIII.Synthesis of some diribonucleoside phosphates analogues containing the phosphorothioic-0,0-diester bond.- Coll.Czech.Chem.Commun<1973, v.38, N 10, p.2962−2975
- Burgers P.M.J., Eckstein P. Diastereomers of S'-adenosyl^'-O-uridyl-phosphorothioate: chemical synthesis and enzymatical properties.- Biochemistry, 1979, v.18, N 4, p.592−596
- Burgers P.M.J., Eckstein P. Synthesis of dinucleosidemono-phosphorothioates via addition of sulphur to phosphite tri-esters.-Tetraheron Lett., 1978, N 40, p.3835−3838
- Marlier I.P., Bencovic S.I. A highly efficient chemical synthesis of Rp and Sp adenylO'-S'Jadenyl-OjO-phosphorothioate.-Tetrahedron Lett., 1980, v.21, N 12, p.1121−1124
- Lesnikowski Z.J., Smrt J., Stec W.J., Zielinski W.B. A new rout to 0,0-dinucleoside esters of phosphorothionic acids.-Bull.Acad.pol.Sci.ser.sci.chim., 1978, v.26, N 9, p.661−663.
- Uznanski В., Wiewiarowski W., Stec W.J. The chemical synthesis of Rp and Sp diastereomers of thymidyl-(3'-5')thymidyl-0,0-phosphorothioate.- Tetrahedron Lett., 1982, v.23, Iff 41, p.4289−4292
- Green G.L., Letsinger R.L. Formation of internucleotide 3'-5' phosphoroamidate links by direct coupling of a phosphoryl and amino groups.- Nucl. Acids Res., 1975, v.2, N 7, p.1123−1127
- Letsinger R. L, Heavner G.A. Synthesis of phosphoromonoami-date diesters nucleotides via the phosphite-azide coupling method.- Tetrahedron Lett., 1975, U 2, p.147−150
- Ажаев A.B., Кочеткова С. В., Озоло A.M., Цилевич Т.А. Синтез
- З-амино-З-дезоксинуклеозидов и их производных.-В кн.: Новости химии нуклеозидов и нуклеотидов. Рига, I978, c.9-II
- Соколова Н.И., Киселева Е. Г., Горкун А. Ф., Шабарова З. А. Новый метод синтеза олигодезоксирибонуклеотидов с фосфамид-ной межнуклеотидной связью.- Биоорган. химия, 1984, т. 10,1. I, с.75−78
- Воробьев О.Е., Соколова Н. И., Мельникова В. И., Шабарова З. А., Прокофьев М. А. Динуклеозидфосфо-(Рм-«н)-аминокислоты.- Докл. АН СССР, 1966, т.166, J& I, с.95−98
- Соколова Н.И., Гурова Г. И., Шабарова З. А., Прокофьев М. А. Нуклеопептиды. Синтез тимидилил- (35) -аденозино (Р N)-амидов. Вестник МГ7, сер. химия, 1969, № 5, с. 104−105
- Соколова Н.И., Пономаренко И. В., Шабарова З. А., Прокофьев М. А. Обратимая модификация межнуклеотидных фосфатных груш в олигодезоксирибонуклеотидах.- Докл. АН СССР, 1980, т.253, В 6, с.1395−1398
- Соколова Н.И., 1*урова Г.И., Гатинская А. Г., Шабарова З. А., Прокофьев М. А. Свойства межнуклеотидного-(Рм-*н)-узла в модельных соединениях.- Мол. биология, 1969, t.3,b.6,c.837−845
- Потапов В.К., Вейко В. П., Шабарова З. А. Блокирование межнуклеотидной фосфатной группы при твердофазном синтезе олиго-дезоксирибонуклеотидов.- Биоорган. химия, 1979, т.5,113,с.468−470
- Nemer M. J#, Ogilvie К.К. Phosphoramidate analogues of diri-bonucleoside monophosphates.- Tetrahedron Lett., 1980, v.21, N 43, p.4153−4154
- Letsinger R.L., Schott M.E. Selectivity in binding a phenan-thridium-dinucleotide derivative to homopolynucleotides.- J. Amer.Chem.Soc., 1981, v.103, N 24, p.7394−7396
- Jones G.H., Albrecht H.P., Damodaran N.P., MoffattJ.G. Synthesis of isosteric phosphonate analogs of some biologically important phosphodiesters.- J.Amer.Chem.Soc., 1970, v.92,1. К 18, p.5510−5511
- Holy A., Guinberger D., Smrt J., Sorm P. Synthesis of a GpUpU analogues containing 5,-deoxyuridine-5,*-phosphonicacid and its effect upon the binding ofдУа1уд ^ 14c alanyl-tRNA to ribosomes.- Biochim.Biophys.Acta, 1967″ v. 138, N 1, p.207−209
- Rammler D.H., Bagdasarian A., Morris F. Inhibition of mic-rococcal nucleas with 5'-deoxythymidine-5'-phosphonic acid containing oligomers.-Biochemistry, 1972, v.11,N 1, p.9−12
- Rammler D.H., Yengoyan L., Paul A.V., Bax P. S. Nucleoside phosphonic acids, II, The synthesis of 5'-deoxythymidine 5'-phosphonic acid and its pyrophosphate derivatives.- Biochemistry, 1967, v.6, N 6, p.1828−1837
- Holy A. Synthesis and biological activity of some analogues of nucleic acid components.- Ins Phosphorus chemistry directed towards biology. New York, 1980, p.53−54
- Agarwal K.L., Riftina P. Synthesis and enzymatic properties of deoxyribooligonucleotides containing methyl and phenyl phosphonate linkages.- Nucl. Acids Res., 1979, v.6, N 9, p. 3009−3024
- Miller P. S., Yano J., Yano E., Carrol C., Yagraman K., Ts’o P.O.P. Nonionic nucleic acid analogues. Synthesis and characterization of dideoxyribonucleoside methyl phosphonates.-Biochemistry, 1979, v.18, N 23, p.5134−5143
- Catlin J.C., Cramer P. Deoxyoligonucleotide synthesis via the triester method.- J#Org.Chem., 1973, v.38,N2,p.245−252
- Stawinski J., Hozumi Т., Narang S.A., Bahl C.P., Wu R. Aryl-sulfonyltetrazoles, new coupling reagent and further improv-ments in the triester method for the synthesis of deoxyribooligonucleotides.- Nucl. Acids Res., 1977, v.4,N1,p.353−371
- Kraszewski A, Stawinski J., Wiewiorowski M. The case of SUlphonation in the chemical synthesis of oligonycleotides.-Nucl.Acids Res., 1980, v.8, N 10, p.2301−2305
- Knorre D.G., Zarytova V.F. Reactive phosphorylating intermediates in nucleic acid chemistry.- In: Phosphorus chemistry directed towards biology. New York, 1980, p.13−31
- Miller P. S., Dicon N., Pulford M., Mc. Parland K.B. Oligo-thymidilate analogues having stereoregular alternating me-thylphosphonate/ phosphodiester backborn.- J.Biol.Chem., 1980, v.255, N 20, p.9659−9665
- Miller P. S., Agris C.H., Murakami A., Reddy P.M., Spits S.A., Ts’o P.O.P. Preparation of oligodeoxyribonucleoside methyl-phosphonates on a polysterene support.- Nucl. Acids Res., 1983, v.11, N 18, p.6225−6242
- Michelson A.M., Todd A.R. Nucleotides. Part XXXII. Synthesis of a dithymidine dinucleotide containing a 3':5'-internuc-leotidic linkage.- J.Chem.Soc., 1955* ^ 8, p.2632−2638
- Letsinger R.L., Mahadevan V. Oligonucleotide synthesis on a polymer support.- J.Amer.Chem.Soc., 1965, v.87,N15,p.3526−3527
- Eckstein P., Rizk J. Synthese von oligonucleotiden uber phosphorsauretriester.- Angew.Chem., 1967, bd.79,N 1513.684−687
- Rees C.B., Saffhill R. Oligonucleotide synthesis via phos-photriester intermediates: the phenyl-protecting group.-J.Chem.Soc.Chem.Commun., 1968, N 13, p.767−768
- Miller P. S., Pang K.N., Kondo N.S., Ts’o P.O.P. Synthesis and properties of adenineand thymine nucleosides alkyl phos-photriesters, the neutral analogs of dinucleoside monophosphates.- J.Amer.Chejjt.Soc., 1971 „v.93, H 22, p.6657−6665
- Miller P. S., Barrett J.S., Ts'o P.O.P. Synthesis of oligode-oxyribonucleotide ethyl phosphotriesters and their specific complex formation with transfer Ribonucleic acid.- Biochemistry, 1974, v.13, IT 13, p.4887−4896
- Smrt J. Protection of the internucleotidic bond after its synthesis. An approach to the synthesis of oligonucleotidic chain“. -Tetrahedron Lett., 1972, IT 33, p.3437−3438
- Boer de, G., Miller P. S., Ts’o P.O.P. Hydrogen-bonded complexes of adenine and thymine nucleoside alkyl phosphotri-esters in deuteriochloroform.- Biochemistry, 1973, v.12, N 4, p.720−726
- Петренко В.A., Поздняков П. И., Сиволобова Г. Ф., Шубина Т. Н. Неионные аналога олигонуклеотидов. Синтез триэфирных олиго-нуклеотидов. реакцией переэтерификации.- Биоорган. химия, 1980, т.6, Xt 3, с.431−435.
- Петренко В.А., Поздняков П.й. Синтез триэфирных аналогов ди^езоксинуклеози^осфатов, содержащих остаток гидроксил-амина.- Биоорган. химия, 1983, т. 9, № 6, с.832−837
- Абрамова Т.В., Лебедев А. В. Исследования диастереомеров неионных аналогов олигонуклеотидов. Синтез и разделение диастереомеров этиловых эфиров ди- и тетратимидилатов.- Биоорган, химия, 1983, т.9, № 6, с.824−831
- Doub G.W., Tamelen, van, E. E, Synthesis of oligoribonucleo-tides based on facile cleavage of methyl phosphotriester intermediates. -J. Amer. Chem, Soc., 1977, v, 99, N40, p. 3525−3528
- Kraus С.A. The ion-pair concept.: its evolution and some application.» J.Phys.Chem., 1956, v.60, N 2, p.129−141
- Паркер А. Д. Скорости реакции бимолекулярного. замещения в протонных и диполярных апротонных растворителях.- Успехи химии, 1971″ т.40, в.12, с.2203−2249
- HO.Winstein S., Savedoff L.G., Smith S., Stevens J.D.R., Gall J. S, Ion pair, nucleophilicity and salt effect in bimolecular nucleophilic substitution.- Tetrahedron Lett. ,.*I960,N9,p.24−3!
- Evans C.C., Sugden S. Exchange reactions and electrolytic dissociation in non-aqueus solvents.- J.Chem.Soc., 1949, H 2, p.270−273
- Berg A., Ugelstad J. The effect of the solvent on the reaction of Na+ and K+PhO~ in nucleophilic substitution reactions. Part II. Relative reactivity of Na+ and K+PhO~ in different aprotic solvents.-Acta Chem.Scand., 1965"v.19, N 3, p* 742−750
- ИБ.Широбоков Й. Ю., Островский В. А., Колдобский Г. И. Тетразолы. 1У. Кинетика реакции алкилирования калиевой, соли 5-фенилтет-разола диметилсульфатом в ацетонитриле, — Ж.Орган.химии, 1979, т.15, вып.4, с.839−844
- Эмануэль Н.М., Кнорре.Д. Г. Курс химической.кинетики.- 3^-е изд., перераб. и доп.-М. :Высшая школа, 1974, с. 114,116−117,120
- П7.Ингольд К. Теоретические основы органической химии.- М.: Мир, 1973, с.372−373, 391−392тто
- J-xo*Verheyden J.P.H., Moffatt J.G. Halosugar nucleosides. Iodination of the primary hydroxyl groups of nucleosides with methyl-triphenoxyphosphonium iodide.- J.Org.Chem., 1970, v.35, N 7, p.2319−2326
- А.С.98 8824(СССР). Способ получения иодпроизводных дезокси-тионутслеотидов/ В. П. Кумарев, В. С. Богачев, В. Ф. Кобзев, Л. В. Баранова, Н. С. Кобзева.- Опубл. в Б.И., 1982, № 2
- Терней А. Современная органическая химия.-М:Мир, 1981, т2,с548
- Микельсон А. Химия нуклеозидов и нуклеотидов.М.:Мир, 1966, с510
- Jardetzky О., Roberts С.К. NMR in molecular biology.- New York etc.: Academic Press, 1981, p.187
- Kumarev V.P., Rivkin M.I., Bogochev V.S., Baranova L.V., Merculov VM." Rybakov V.N. Molecular cloning of synthetic angio-tensine I gene in E.coli. Rout to phisiologically active hormone. FEBS Lett., 1980, v.114,N 2, p.273−277
- A.C.92 5964(СССР).Способ получения полидезоксинуклеотидов/ В. П. Кумарев, B.C.Богачев, Л. В. Баранова, М. И. Ривкин.-Опубл.в Б.И., 1982, № 17
- Schwarz/mann radiochemical/biochemical catalog, 1977, p.91
- Tu C.P.D., JayE., Bahl C.P., Wu R. A reliable mapping metbod for sequence determination of oligodeoxyribonucleotides by mobility shift analysis.-Analyt.Biochem., 1976, v.74,N1,p.74−93
- Jay E., Bambara R., Padmanabhan R., Wu R. DNA sequence analysis: a general, simple and rapid method for sequencing large oli-godeoxyribonucleotide fragments by mapping.- Nucl. Acids Res., 1974, v.1, N 2, p.331−353
- Вейганд К., Хильгетаг Г. Методы эксперимента в органической химии.- М. :Химия, 1968, с.235
- Альберт А., Сержент Е. Константы ионизации кислот и оснований.-М.-Л. :Химия, 1964, с.63
- ТЗО.Беккер Г., Бергер В. и др.Органикум.- М. :Мир, 1979, т.2,с.353