Разработка автоматизированных подсистем регистрации и классификации химико-структурных данных с использованием формул Маркуша в системе информационного обеспечения по проблемам химической безопасности
Диссертация
В «Основах государственной политики в области обеспечения химической и биологической безопасности Российской Федерации на период до 2010 года и дальнейшую перспективу», утвержденных Президентом РФ В. В. Путиным (Пр-21 944 от декабря 2003 г.), указывается на необходимость создания государственной системы обеспечения химической и биологической безопасности Российской Федерации (как подсистемы… Читать ещё >
Список литературы
- Мартиросов А.К., Гончаренко Д. И., Зацепин В. М., Иванченко В. А. Применение формул Маркуша в современных химических информационных системах: методические и программно-технологические средства. // НТИ. Сер.2. 2004. — № 4. — с. 21−33.
- Бирюков A.JI., Гончаренко Д. И., Зацепин В. М., Иванченко В.А., Мартиросов
- Бирюков A. JL, Гончаренко Д. И., Зацепин В. М., Иванченко В. А., Макаров
- Афонина Н.Н., Гончаренко Д. И., Зацепин В. М., Иванченко В. А., Кочанова Н. Н., Мартиросов А. К., Остапчук Р. В., Федоровская М.А. Разработка технологии создания и подготовки кумулятивного формульного указателя к
- РЖ Химия на основе базы структурных данных по химии 1996−2000гг. Отчет о НИР, ВИНИТИ, 2001. № госрег. 1 200 204 742. Инв.№ 2 200 203 012. — 34 с.
- Бирюков A. JL, Гончаренко Д. И., Зацепин В. М., Иванченко В. А., Мартиросов
- A.К., Остапчук Р. В. Автоматизированная обработка первичных и вторичных источников информации в области химии и химической технологии. Материалы 6-й Международной конференции «НТИ-2002″, 16−18 октября 2002 г. М.: ВИНИТИ РАН, 2002.- с. 271.
- Мартиросов А.К., Бирюков A.J1., Гончаренко Д. И., Зацепин В. М., Иванченко
- Афонина Н.Н., Гончаренко Д. И., Зацепин В. М., Иванченко В. А., Кочанова Н. Н., Круглова Н. А., Мартиросов А. К., Остапчук Р. В., Федоровская М. А. Совершенствование технологии формирования межотраслевого издания (РЖ
- Химическая и биологическая безопасность»). Отчет о НИР, ВИНИТИ, 2002. № госрег. 1 200 312 874. Инв.№ 2 200 305 414. — 14 с.
- Афонина Н.Н., Гончаренко Д. И., Зацепин В. М., Иванченко В.А., Мартиросов
- A.К., Остапчук Р. В., Сафронова О. С. Адаптивная система информационного обеспечения для поддержки биомедицинских и токсикологических исследований. Проблемы стандартизации в здравоохранении. — М.: «Ньюдиамед», 2003. с. 61.
- Гончаренко Д.И., Зацепин В. М., Иванченко В. А., Кочанова Н.Н., Катаева
- Основы государственной политики в области обеспечения химической и биологической безопасности Российской Федерации на период до 2010 года и дальнейшую перспективу. Пр-2194 от 4.12.2003.
- Прохожев А.А. Общая теория национальной безопасности. // Издательство: РАГС. 2002. — 318 с.
- Нигматуллин Р.С., Осипов А. Л., Карпова Н. А. Система поиска и анализа патентной информации о химических соединениях // НТИ. Сер.2. — 1989. -№ 1. — с. 14−17.
- Зацепин В.М., Нигматуллин Р. С. Информационно вычислительные системы в научных исследованиях по разработке пестицидов. — М.: НИИТЭХИМ, 1988.-с. 86.
- Кульбак С. Теория информации и статистика. Пер. с англ. М. -1967.
- Бородина Ю.В., Филимонов Д. А., Поройков В. В. Предсказание активности пролекарств с помощью компьютерной системы PASS. // Химико-фармацевтический журнал. 1996.-т. 30. — № 12.— с.39−41.
- Новиков С.М., Нургабылова А. Б., Филимонов Д. А., Поройков В. В. Прогнозирование гигиенических регламентов промышленных веществ, обладающих раздражающим действием. // Гигиена и санитария. 1995. — № 6. -с.16−19.
- Зацепин В.М., Иванченко В. А. База данных по химическим веществам «Токсикология» для аналитико-информационных технологий. Химия в России. — 1999.-№ 1.-с.14−17.
- Зацепин В.М., Иванченко В. А., Левчук М. Н. Об информационном обеспечении проблем химической и биологической безопасности. Сб. «Федеральные и региональные проблемы уничтожения химического оружия». Вып.З. — М.: ВИНИТИ, 2003.- с. 141−144.
- Glossary of Terms Used in Combinatorial Chemistry. // Pure Appl. Chem.- 1999. -Vol. 71. № 12.-pp. 2349−2365.
- Устинова E.A. Формулы изобретения на химические объекты. М.: ИНФРА-М, 1997.-76 с.
- Челышева О.В. Патенты на химические соединения: объем прав и их нарушение. М. — Инфра-М. -1996. — 64с.
- Kathleen A. Cloutier. A Comparison of Three Online Markush Databases. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1991. — vol. 31, pp. 40−44.
- Устинова E.A. Кризис патентной информации в области химии // НТИ. Сер. 1.- 1995.-№ 10. — с.17−20.
- Downs Geoff М., Barnard John М. Chemical patents and structural information — the Sheffield research in context. // Journal of Documentation. 1998. vol. 54. — № 1.-January — pp. 106−120.
- Gillet V.J., Downs G.M., Holliday J.D. and Lynch M.F. Computer storage and retrieval of generic chemical structures in patents. 13. Reduced graph generation. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1991. — № 31. — pp. 260−270.
- Gedeck P., Willett P. Visual and computational analysis of structure — activity relationships in high throughput screening data. // Curr. Opin. Chem. Biol. -2001.-vol. 5.-pp. 389−395.
- Ash Sheila, Cline Malcolm A., Homer R. Webster, Hurst Tad, Smith Gregory B. SYBYL Line Notation (SLN): A Versatile Language for Chemical Structure Representation. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1997 — vol. 37 — pp. 71−79.
- MDL Information Systems (2001). CTfile Formats. Technical report. MDL Information Systems Inc., available from http://www.mdli.com/ downloads/literature/ctfile.pdf.
- Боровков A.A. Математическая статистика. — M.: Наука, 1984. 472с.- Математическая статистика. Дополн. главы. — М.: Наука, 1984. — 144с.
- Афифи А.А., Эйзен С. Статистический анализ. Подход с использованием ЭВМ.-М.: Мир, 1982.-с. 141−221.
- Валуева Л.Н., Зацепин В. М., Степачев О. А., Торочешникова О. Н. Вопросы разработки автоматизированной системы научных исследований в отрасли ХСЗР. М.: НИИТЭХИМ. — 1989. — 88 с.
- Зацепин В.М., Нигматуллин Р. С. Вопросы разработки автоматизированной системы научных исследований. // Сер. Химические средства защиты растений. М.: НИИТЭХИМ. — 1989.
- Бирюков А.Л., Зацепин В. М., Иванченко В. А., Гончаренко Д. И. Адаптивная система информационного обеспечения по мембранным технологиям. 1. Основные принципы // Крит, технол. Мембраны. 2000. № 5, с. 29−44.
- Бирюков А.Л., Зацепин В. М., Иванченко В. А., Гончаренко Д. И. Адаптивная система информационного обеспечения по мембранным технологиям. 2. Формирование проблемно-ориентированного информационного ресурса // Крит, технол. Мембраны. 2000. № 6, с. 61−70.
- Avidon V.V., Pomerantsev А.В. Structure activity relationship oriented languages for chemical structure representation. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. -1982. — Vol. 22. — № 4. — pp. 207−214.
- Зацепин B.M., Иванченко B.A. Химическая информатика: системология, состояние, проблемы // Тез. докл. 7-го Междунар. конгресса «Человек и лекарство». М. 2000, с. 498.
- Зацепин В.М., Иванченко В. А. Конструктивная модель биоинформатики и стратегия интегральных информационно-моделирующих систем // Тез. докл. 8-го Междунар. конгресса «Человек и лекарство». М. 2001, с. 482.
- Киселев М., Соломатин Е. Средства добычи знаний в бизнесе и финансах. //Открытые системы, № 4,1997, с.41−44.
- Morgan H.L. The generation of unique machine description for chemical structures a technique developed of chemical abstract service. // J. Chem. Doc. — 1965. — Vol. 5.-№ 2.- pp. 107−113.
- Бобровски Стив. Oracle8: Архитектура. Основные принципы построения и структура баз данных Oracle, а также переход к этой базе данных будущего. // Издательство «Лори», 1998.
- Спирли Эрик. Корпоративные хранилища данных. Планирование, разработка, реализация. Том 1.-М.:Издательский дом «Вильямс».-2001.-400 с.
- Дуда Р., Харт П. Распознавание образов и анализ сцен. М.: Мир. — 1976.
- Johannes Н. Voigt, Bruno Bienfait, Shaomeng Wang, and Marc C. Nicklaus. Comparison of the NCI open database with seven large chemical structural databases. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001. vol. 41. — pp. 702−712.
- Блинова В.Г., Добрынин Д. А. Языки представления химических структур в интеллектуальных системах для конструирования лекарств. // НТИ. Сер.2. -2000.-№ 6.-с. 14−21.
- Блинова В.Г., Добрынин Д. А., Жолдакова З. И., Харчевникова Н. В. Прогноз показателей хронической токсичности замещенных бензолов с помощью ДСМ-метода автоматического порождения гипотез. // НТИ. Сер.2. 2003. -№ 4.-с. 1−4.
- Yoshimasa Takahashi, Masayuki Sukekawa, and Shin-ichi Sasaki. Automatic identification of molecular similarity using reduced-graph representation of chemical structure. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1992. vol. 32. — pp. 639−643.
- Кирьянова Л.Ф., Шашина T.A. Всероссийская научно-практическая конференция «Проблемы риска здоровью населения России от воздействия факторов окружающей среды». // Гигиена и санитария.-2004.-№ 2 с.75−79.
- Влэдуц Г. Э., Гейвандов Э. А. Автоматизированные информационные системы для химии. -М.: Наука, 1974. — с. 137−146.
- Austin Robert. The Complete Markush Structure Search: Mission Impossible? — PIUG North East Workshop, October 16th 2001. Fachinformationszentrum Karlsruhe, October 2001. http://www.fiz-karlsruhe.de.
- Конвенция о запрещении разработки, производства, накопления и применения химического оружия, и о его уничтожении, 1993, ООН.
- Сверхтоксичные смертоносные химические вещества. Специальный комитет по химическому оружию, Конференция по разоружению, CD/792, 25 января 1988 г.
- Liao Q., Yao J.H., Li F., Yuan S.G., Doucet J.P., Panaye A. and Fan B.T. Cisoc-psct: a predictive system for carcinogenic toxicity. // SAR and QSAR in Environmental Research. Vol. 15 (3). — 2004. — pp. 217−235.
- Курляндский Б.А. Стратегические подходы к обеспечению безопасности производства и использования химических веществ для здоровья человека. // Российский химический журнал. 2004. — Том. XLVIII. — № 2. — с. 8−15.
- Филов В.А., Ивин Б. А. Химические загрязнители окружающей среды, токсикология и вопросы информации. // Российский химический журнал. -2004. Том. XLVIII. — № 2. — с. 4−7.
- Кирлан А.В., Тюрина J1.A., Кирлан С. А., Кирлан В. В., Колбин A.M., Валитов Р. Б. Компьютерная система прогноза токсичности. // Башкирский химический журнал. 2001. — Том 8. — № 1. — с. 36−39.
- Зулькарнаев Т.Р., Тюрина Л. А., Соломинова Т. С., Новиков С. М., Кошелева О. М., Кирлан С. А. Профилактическая токсикология и гигиеническое нормирование. // Гигиена и санитария. — 1999. № 3. — с. 54.
- Enselein К., Gombar V.K., Blake B.W. Use of SAR in computer-assistes prediction of carcinogenicity and mutagenicity of chemicals by the TORKAT programm. // Mutation research. 1994. — 305. — pp. 47−61.
- Ridings J.E. et al., Computer prediction of possible toxic action from chemical structure: an update on the DEREK system, Toxicology, 1996,106,267−279.
- Masunov A. ACD/I-Lab 4.5: An Internet Service Review. // J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2001. — Vol 41. — № 4. — pp. 1093−1095.
- Poroikov V.V., Filimonov D.A., Borodina Yu.V., Lagunin A.A., and Kos A. Robustness of biological activity spectra predicting by computer program PASS for noncongeneric sets of chemical compounds. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2000. -№ 40.-pp. 1349−1355.
- Barnard John M. A comparison of different approaches to Markush structure handling. // J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991. — № 31. — pp. 64−68.
- Weisgerber D.W. Chemical abstracts service chemical registry system: history, scope and impacts. // J. Am. Soc. Inf. Sci. 1997. — № 48. — pp. 349−360.
- Buntrock Robert E. Chemical registries in fourth decade of service. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. — 2001. — № 41. — pp. 259−263.
- Е.Ф.Кодд Реляционная модель данных для больших совместно используемых банков данных. // Ж. «СУБД» № 1. — 1995. — с. 145−160.
- Вендров A.M. CASE технологии. Современные методы и средства проектирования информационных систем. // М.: Финансы и статистика. -1998.- 176 с.
- Lynch M.F. and Holliday J.D. The Sheffield generic structures project a retrospective review. //J. Chem. Inf. Comput. Sci. — 1996. — № 36. — pp. 930−936.
- Downs G.M. and Barnard J. M. Chemical patents and structural information the Sheffield research in context. // Journal of Documentation. — 1998. — № 54. — pp. 106−120.
- Barnard J. M. Substructure searching methods: old and new. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1993. — № 33. — pp. 532−538.
- Gasteiger J., Ihlenfeldt W., Fick R. and Rose J.R. Similarity concepts for the planning of organic reactions and syntheses. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1992. -№ 32.-pp. 700−712.
- Weininger D. SMILES, a chemical language and information system. 1: Introduction to methodology and encoding rules. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. — 1988.-№ 28.-pp. 31−36.
- Чеппел Д. Технологии ActiveX и OLE. M.: Издательский отдел «Русская редакция» ТОО «Channel Trading Ltd.», 1997.-320 с.
- Trepalin S.V. and Yarkov A.V. CheD: chemical database compilation tool, internet server and client for SQL servers. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001. — № 41. — pp. 100−107.
- Rzepa H.S. The internet as a computational chemistry tool. // Journal of Molecular Structure (Theochem). 1997. — pp. 27−33.
- Зоркий П.М. Структурная химия на рубеже веков. // Рос. хим. ж. (Ж. Рос. хим. об-ва им. Д.И. Менделеева). -2001. том XLV. — № 2. — с. 3−10.
- Hyde R.M. and Livingstone D.J. Perspectives in QSAR: computer chemistry and pattern recognition. // Journal of Computer Aided Molecular Design. — 1988. — № 2.-pp. 145−155.
- Donner W.T. Economic aspects of chemical information. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1996. — № 36. — pp. 937−941.
- Быстрое JI.B., Ситников В. Б., Тимофеева H.B. Использование канонических брутто формул связей при регистрации химических соединений в банке данных. // НТИ. Сер.2. — 1992. — № 10. — с. 8−11.
- Helma С. and Kramer S. A survey of the Predictive Toxicology Challenge 2000−2001.//Bioinformatics.-2003.-Vol. 19.-№ 10. pp. 1179−1182.
- Toivonen H., Srinivasan A., King R.D., Kramer S. and Helma C. Statistical evaluation of the Predictive Toxicology Challenge 2000−2001. // Bioinformatics. -2003.-Vol. 19.-№ 10.- pp. 1183−1193.
- Benigni R. and Giuliani A. Putting the Predictive Toxicology Challenge into perspective: reflections on the results. // Bioinformatics. 2003. — Vol. 19. — № 10. — pp. 1194−1200.
- Blinova V. G., Dobrynin D.A., Finn V.K., Kuznetsov S.O. and Pankratova E. S. Toxicology analysis by means of the JSM-method. // Bioinformatics. 2003. -Vol. 19. -№ 10. — pp. 1201−1207.
- Нигматулин P.C., Осипов А. Л., Пузаткин А. П., Коптюг В. А. Статистический метод предсказания биологической активности многоатомных молекул на основе дескрипторов графов структурных формул //Хим.-Фарм.ж. 1985, т. 19, N2,179−185.
- Клейман Б.Ш. Принципы построения поисковых систем структурной информации.Автореферат дисс. канд. техн. наук.-М.:ВНИИСИ.-1987.-18 с.
- Atkinson М., Bansilhon F., DeWitt D., Dittrich К., Maier D., Zdonik S. The Object-Oriented Database System Manifesto // 1st Int. Conf. Deductive and Object-Oriented Databases, Kyoto, Japan, Dec. 4−6,1989.
- Дейт К.Д. Введение в системы баз данных.//К.'Диалектика.- 1998. — 784с.
- Осипов А.Л. Компьютерное моделирование свойств органических молекул с использованием фактографических банков данных. // Автореферат дисс. канд. техн. наук. Новосибирск: НГУ. — 1996. — 21 с.
- Кумсков М.И. Методология прогнозирования свойств химических соединений и ее программная реализация. // Автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора физико-математических наук. — М: Издательство «Диалог МГУ». — 1997. — 33 с.
- RTECS Register of Toxic Effects Of Chemical Substances. // National Institute for Safety and Health. — USA.
- Литвинов H.H., Остапенко Ю. Н., Казачков В. И. Информационные технологии для практики клинической токсикологии: Итоги и перспективы. // Токсикологический вестник. 1995. — № 6. — с. 16−20.
- Румянцев Г. И., Новиков С. М. Проблемы прогнозирования токсичности и риска воздействия химических веществ на здоровье населения. // Гигиена и сан. 1997.-№ 6.-с. 13−18.
- Зацепин В.М., Осипов A.JL, Семенов Р. Д. Система компьютерного предсказания физико-химических и биологических свойств веществ. // Автометрия. 1995. — № 5. — с. 86−91.
- Курляндский Б. А., Шитиков В. К., Тихонов В. Н. Прогнозирование значений ПДК и других нормативов методом регрессионного анализа с использованием информационно-поисковой системы. // Гигиена и сан. -1986. № 8. — с. 63−66.
- Раевский О.А., Чистяков В. В., Агабекян Р. С., Сапегин А.М, Зефиров Н. С. Формирование моделей взаимосвязи между структурой фосфорорганических соединений и их способностью к ингибированию холинэстераз. 1990. — Том 16.-№ п.с. 1509−1522.
- ИЗ. Мучник В. Б., Нигматуллин Р. С., Осипов A.JI. Интерактивная система ввода структурных формул в химические базы данных. // НТИ. Сер.2. — № 8. -с. 6−11.
- Ash J.T., Chubb Р.А., Ward S.E., Welford S.M., Willet P. Communication, storage and retrieval of chemical information. Eds. // Ellis Horwood Limited. -1985.-297 p.
- Гусакова C.M., Финн В. К. Сходство и правдоподобный вывод. // Изд. АН СССР. Сер. Техн. кибернетика. 1987. — № 5. — с.42−63.
- Финн В.К. Правдоподобные выводы и правдоподобные рассуждения. // Итоги науки и техники. Сер. Теория вероятностей. Математическая статистика. Теоретическая кибернетика. Том. 28. — М.: ВИНИТИ. — 1988. -с.3−84.
- Валуева JI.H., Зацепин В. М., Промоненков В. К. Применение математических методов для анализа связи молекулярная структура — пестицидная активность. Часть 1. // Сер. Химические средства защиты растений. М.: НИИТЭХИМ. — 1985. — 57 с.
- Валуева JI.H., Зацепин В. М., Промоненкой В. К. Применение математических методов для анализа связи молекулярная структура — пестицидная активность. Часть 2. // Сер. Химические средства защиты растений. М.: НИИТЭХИМ. — 1985. — 53 с.
- Валуева JI.H., Зацепин В. М., Промоненков В. К. Применение математических методов для анализа связи молекулярная структура -пестицидная активность. Часть 3. // Сер. Химические средства защитырастений. М.: НИИТЭХИМ. — 1985. — 50 с.
- Фукунага К. Введение в статистическую теорию распознавания образов. — М.: Наука.-1979.
- Вапник В. Н. Червоненкис А.Я. Теория распознавания образов. М.: Наука. -1974.