Разработка и применение метода мультилокусного VNTR-анализа для изучения генетического разнообразия изолятов Neisseria gonorrhoeae

ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

В последние годы в связи с доступностью полных нуклеотидных последовательностей геномов для типирования различных микроорганизмов, в том числе N. meningitidis, широко применяется подход, основанный на анализе варьирующих по числу тандемных повторов (Variable Number Tandem Repeat, VNTR). Метод мультилокусного VNTR-анализа (Multiple Loci VNTR Analysis, MLVA) предполагает определение количества… Читать ещё >

Разработка и применение метода мультилокусного VNTR-анализа для изучения генетического разнообразия изолятов Neisseria gonorrhoeae (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

1. Обзор литературы
- 1. 1. Биология Neisseria gonorrhoeae
111. Общая характеристика N gonorrhoeae
112. Организация генома и факторы патогенности N gonorrhoeae
113. Инфекционный процесс, вызванный N gonorrhoeae
- 1. 2. Устойчивость N gonorrhoeae к антибиотикам
12. 1 Применение антибиотиков дія лечения гонореи
12. 2 Механизмы устойчивости к антибиотикам
- 1. 3. Молекулярная эпидемиология гонореи
13 1 Важность типирования N gonorrhoeae для эпидемиологических цепей 40 13 2 Методы типирования изочятов N gonorrhoeae на основе фенотипа 42 13 3 Методы типирования изочятов N gonorrhoeae на основе генотипа
2 Материалы и методы.
2 1 Материалы.
2 11 Коплекции ДНК клинических изочятов N gonorrhoeae
2 12 Реактивы
2 13 Растворы и буферы
2 14 Очигонукчеотидные праймеры
2 2 Методы
2 2 1 Поиск VNTR-чокусов
2 2 2 Мучътилокусный VNTR-аначиз
22 3 Секвенирование ДНК
2 2 4 Ора-типирование
2 2 5 NG-MAST
2 2 6 Статистический анашз данных
3 Результаты исследования.
3 1 Разработка методики мультилокусного VNTR-анализа.
3 11 Поиск потенциачьных VNTR-чокусов в геноме N gonorrhoeae 61 312 Тестирование VNTR-чокусов на коччекции ДНК N gonorrhoeae
3 13 Распочожение VNTR-чокусов в геноме N gonorrhoeae относитечьно кодируюгци посчедовательностей
3.2 Изучение генетического разнообразия изолятов N gonorrhoeae, выделенных в городе
Алматы (Казахстан).
3 2 1 Мультичокусный VNTR-анализ изолятов N gonorrhoeae
3 2 2 Ора-типирование и NG-MAST
3 2 3 Сравнение методов типирования
3 3 Изучение генетического разнообразия изолятов N gonorrhoeae, выделенных в семи городах России.
3 3 1 Мупътичокусный VNTR анапиз изолятов N gonorrhoeae
3 3 2 Кластерный анализ
3 33 Резучътаты VNTR-анализа и устойчивость к антибиотикам
3 3 4 Сравнение методов типирования на выборке из 102 изочятов
4 Обсуждение результатов.
Выводы.
Список сокращений и условных обозначений.

Актуальность работы.

Бактерии Neisseria gonorrhoeae являются возбудителем гонореи, инфекционного заболевания человека, передаваемого половым путём. По данным ВОЗ в мире ежегодно возникает более 80 миллионов новых случаев заболевания гонореей [1]. Заболеваемость гонореей в России в 2011 году составила 38.35 случаев на 100 000 населения, что превышает аналогичные показатели для Нидерландов (21.49 случаев), Венгрии (13.74 случаев), Швеции (10.09 случаев) и других стран Европейского Союза [2].

Гонорея может вызывать тяжёлые осложнения, такие как эпидидимит (воспаление придатка яичка) у мужчин и воспаление органов малого таза у женщин, которое в свою очередь, повышает риск внематочной беременности и бесплодия. Бактерии N. gonorrhoeae могут инфицировать слизистые оболочки новорожденных (гонококковая бленнорея новорожденных) при прохождении через родовые пути заражённой матери, что может привести к слепоте [3]. Важно также отметить, что гонорея ассоциирована с трансмиссией вируса иммунодефицита человека [4].

К настоящему моменту не существует вакцины против гонореи, а для лечения гонореи используют антибиотики. Своевременная идентификация заболевания и эффективное лечение антибиотиками являются основными подходами для предотвращения распространения гонореи. Однако во многих странах существуют такие проблемы, как рост заболеваемости гонореей и распространение устойчивости к антибактериальным препаратам, ранее рекомендованным для лечения гонореи (например, пенициллин, эритромицин, тетрациклин и ципрофлоксацин), а также снижение чувствительности к антибиотикам, рекомендованным недавно, таким как азитромицин и цефалоспорины третьего поколения (цефиксим и цефтриаксон) [5, 6]. Таким образом, при определённых обстоятельствах гонорея может стать неизлечимой болезнью.

Поэтому особое значение приобретают молекулярно-эпидемиологические исследования, направленные на изучение популяционной структуры гонококков. В круг задач, решаемых методами молекулярной эпидемиологии, входит определение генетического разнообразия изолятов N. gonorrhoeae в разных географических регионах, обнаружение наиболее биологически успешных вирулентных штаммов, дифференциация случаев неудачного лечения и повторного заражения, установление идентичности штаммов для решения судебно-медицинских вопросов и так далее. Основной подход молекулярной эпидемиологии — это типирование изолятов бактерий, то есть установление степени их сходства по различным признакам, на основании чего устанавливается предполагаемые филогенетические связи между изолятами.

Для типирования N. gonorrhoeae применяют как фенотипические, так и генотипические методы. Фенотипические методы основаны на определении профилей чувствительности к антибиотикам, потребности в различных питательных веществах, антигенной неоднородности белка внешней мембраны порина (РогВ), разнообразии ферментов «домашнего хозяйства». Хотя фенотипические методы и позволяют различать ауксотипы и серовары N. gonorrhoeae, с их помощью невозможно проводить дифференциацию на уровне штаммов. Существенными недостатками этих методов являются низкая дискриминирующая способность, проблемы с воспроизводимостью результатов, появление атипичных штаммов, для которых невозможно определить серовар [7].

В связи с этим, решающую роль в типировании гонококков играют молекулярно-генетические методы. Эти методы могут быть разделены на две больших группы: методы, основанные на анализе набора полос ДНК в геле после электрофореза, и методы, основанные на анализе последовательностей ДНК. К первой группе относятся такие методы, как анализ содержания плазмид, анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP), определяемый при помощи электрофореза в пульсирующем поле (Pulsed-Field Gel Electrophoresis, PFGE), риботипирование и ора-типирование. Общими недостатками указанных методов являются трудоёмкость, субъективная интерпретация результатов, а также сложность сравнения результатов, полученных, в разных лабораториях.

Вторая группа методов включает в себя полное или частичное секвенирование гена рогВ, мультиантигенное типирование последовательностей N. gonorrhoeae (N. gonorrhoeae Multiantigen Sequence Typing, NG-MAST) и мультилокусное типирование последовательностей (Multilocus Sequence Typing, MLST). Данные методы лишены перечисленных выше недостатков и более предпочтительны для типирования изолятов гонококков, поскольку они объективны, надёжны, воспроизводимы и обладают высокой дискриминирующей способностью [7].

В последние годы в связи с доступностью полных нуклеотидных последовательностей геномов для типирования различных микроорганизмов, в том числе N. meningitidis [8, 9], широко применяется подход, основанный на анализе варьирующих по числу тандемных повторов (Variable Number Tandem Repeat, VNTR). Метод мультилокусного VNTR-анализа (Multiple Loci VNTR Analysis, MLVA) предполагает определение количества тандемных повторов в каждом VNTR-локусе и получение для каждого изолята VNTR-профиля, состоящего из последовательности чисел. Таким образом, результаты типирования воспроизводимы и сопоставимы между лабораториями. Недавно была предложена схема MLVA для типирования изолятов N. gonorrhoeae, которая включает в себя проведение двух мультиплексных ПЦР с последующим разделением фрагментов ДНК при помощи автоматического секвенатора [10]. Данный метод требует наличия дорогостоящего оборудования для проведения капиллярного электрофореза, а также специального программного обеспечения. В этой связи актуальна разработка альтернативной схемы мультилокусного VNTR-анализа, позволяющей разделять фрагменты ДНК в полиакриламидном геле и определять число повторов без использования специальных приборов и программного обеспечения.

Цель и задачи исследования

Целью исследования является разработка метода мультилокусного VNTR-анализа для N. gonorrhoeae и применение данного метода для изучения генетического разнообразия коллекций изолятов N. gonorrhoeae, собранных в России и Казахстане.

Для достижения поставленной цели были сформулированы следующие задачи:

1) Выявить в геноме N. gonorrhoeae потенциальные VNTR-локусы in silico, разработать методику мультилокусного VNTR-анализа, оценить уровень полиморфизма выбранных VNTR-локусов на ограниченной выборке изолятов N. gonorrhoeae;

2) Провести VNTR-анализ коллекций изолятов N. gonorrhoeae, выделенных в России и Казахстане, выявить региональные особенности изолятов N. gonorrhoeae;

3) Оценить дискриминирующую способность мультилокусного VNTR-анализа и сравнить его с другими методами типирования N. gonorrhoeae;

4) Проанализировать полученные данные с целью установления возможной взаимосвязи между наличием генетических маркёров устойчивости к антибиотикам и принадлежностью изолятов к разным VNTR-типам и кластерам.

Научная новизна.

В геноме N. gonorrhoeae обнаружены локусы, содержащие тандемные повторы различной длины и кратности. Разработана методика генотипирования изолятов N. gonorrhoeae, основанная на определении количества тандемных повторов в семи VNTR-локусах. Впервые проведён мультилокусный VNTR-анализ коллекций из 218 изолятов N. gonorrhoeae, собранных в России, и 48 изолятов N. gonorrhoeae, собранных в Казахстане. Коллекция изолятов N. gonorrhoeae из Казахстана впервые охарактеризована методами ора-типирования и NG-MAST. Обнаружен ряд статистически значимых ассоциаций между принадлежностью изолятов к определённым VNTR-типам и кластерам и наличием лекарственной устойчивости, а также наличием генетических маркёров устойчивости к антибиотикам.

Теоретическая и практическая значимость Настоящая работа вносит существенный вклад в развитие молекулярной эпидемиологии гонореи, а также в понимание механизмов распространения гонококков в популяции.

Разработанный метод VNTR-анализа изолятов N. gonorrhoeae может быть полезен для изучения генетического разнообразия гонококков, циркулирующих на определённой территории, для определения наиболее вирулентных и патогенных типов N. gonorrhoeae. Кроме того, предложенный метод может быть использован как диагностический инструмент для выявления источников инфекции, для принятия решения о наличии повторного заражения либо о факте неудачного лечения, для установления идентичности или различия штаммов в судебно-медицинских целях.

В целом, молекулярно-эпидемиологические исследования N. gonorrhoeae необходимы для разработки эффективных мер контроля над распространением гонореи.

Положения, выносимые на защиту.

1. Разработана методика VNTR-анализа на основе семи VNTR-локусов (VNTR264, VNTR471, VNTR947, VNTR1609, VNTR1638, VNTR2048, VNTR2168), содержащих тандемные повторы различной длины и кратности.

2. VNTR-анализ позволил выявить 101 VNTR-тип для 266 изолятов из России и Казахстана и продемонстрировал генетическую неоднородность исследованных изолятов. Показано, что наиболее генетически гетерогенны популяции гонококков из Москвы, Санкт-Петербурга, Архангельска и Алматы, а наиболее однородны — популяции из Самары и Мурманска. На основе VNTR-профилей для изолятов из России построено минимальное остовное дерево, на котором выделено шесть кластеров, содержащих 95.4% изолятов.

3. Метод VNTR-анализа обладает высокой дискриминирующей способностью и удовлетворяет критерию HDGI > 0.95, рекомендованному Европейским обществом клинической микробиологии и инфекционных болезней для новых методов типирования бактерий. 4. Обнаружена статистически значимая ассоциация между принадлежностью изолятов к различным VNTR-типам и кластерам и наличием лекарственной устойчивости.

4.1.Наиболее распространённый в России VNTR-тип 16 и близкие к нему VNTR-типы 17 и 21 ассоциированы с наличием множественной устойчивости к антибиотикам.

4.2.Принадлежность изолятов к кластеру, А ассоциирована с устойчивостью к ципрофлоксацину и тетрациклину, а также наличием мутаций в генах реп А, ропА, rpsJ, mtrR, gyrA, и parC.

4.3.Принадлежность изолятов к кластеру D ассоциирована с устойчивостью к пенициллину и наличием мутаций в генах ропА и rpsJ и с наличием плазмидного гена Ьіа^м-і).

4.4.Принадлежность изолятов к кластерам В, С и Е ассоциирована с чувствительностью к ципрофлоксацину и отсутствием мутаций в генах ропА, rpsJ, gyrA и par С.

Апробация результатов.

По материалам диссертации опубликовано 4 статьи в журналах, входящих в Перечень ведущих рецензируемых научных изданий и журналов, рекомендуемых Высшей аттестационной комиссией для публикации основных научных результатов диссертаций:

1) Кушнир, А. В., Муминов, Т. А., Баев, А. И., Храпов, Е. А., Филипенко, М. JI. Использование метода VNTR-типирования для оценки генетического разнообразия изолятов Neisseria gonorrhoeae II Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. — 2011. — № 1. — С. 24−29.

2) Кушнир, А. В., Ильина, Е. Н., Малахова, М. В., Припутневич, Т. В., Филипенко, М. JI. VNTR-типирование изолятов Neisseria gonorrhoeae в России // Вестник НГУ. Серия: биология, клиническая медицина. -2012. — № 5. — С 11−18.

3) Kushnir, А. V., Muminov, Т. A., Bayev, A. I., Khrapov, Е. A., Filipenko, M. L. Molecular characterization of Neisseria gonorrhoeae isolates in Almaty, Kazakhstan, by VNTR analysis, Opa-typing and NG-MAST // Infection, Genetics and Evolution: journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases. — 2012. — Vol. 12. — P. 570 576.

4) Kushnir, A. V., Ilina, E. N., Malakhova, M. V., Priputnevich, T. V., Filipenko, M. L. Multiple-Locus Variable Number Tandem Repeat Analysis of Neisseria gonorrhoeae Isolates in Russia // Infection, Genetics and Evolution: journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases. — 2013. — Vol. 14 — P. 8−14.

Результаты исследования были представлены на научных конференциях.

Вклад автора.

Основные результаты получены лично автором. Сбор коллекции изолятов N. gonorrhoeae в городе Алматы проведён Научно-исследовательским кожно-венерологическим институтом республики Казахстан. Сбор коллекции изолятов N. gonorrhoeae в различных регионах России и определение чувствительности к антибиотикам проведено Государственным научным центром дерматовенерологии и косметологии.

Поиск тандемных повторов в геноме N. gonorrhoeae, VNTR-анализ изолятов N. gonorrhoeae, ора-типирование и типирование методом NG-MAST, подготовка образцов к секвенированию, а также статистический анализ полученных результатов были проведены лично автором.

Структура и объём работы.

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания использованных материалов и методов, изложения и обсуждения собственных экспериментальных данных, выводов и списка литературы (248 наименований). Работа изложена на 129 страницах и содержит 16 таблиц и 13 рисунков.

ВЫВОДЫ.

4. Обнаружена статистически значимая ассоциация между принадлежностью изолятов к различным VNTR-типам и кластерам и наличием лекарственной устойчивости.

4.3.Принадлежность изолятов к кластеру D ассоциирована с устойчивостью к пенициллину и наличием мутаций в генах ропА и rpsJ и с наличием плазмидного гена bla (jEM.i).

4.4.Принадлежность к кластерам В, С и Е ассоциирована с чувствительностью к ципрофлоксацину и отсутствием мутаций в генах ропА, rpsJ, gyrA и par С.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ.

МЛУ — множественная лекарственная устойчивость.

ПААГ — полиакриламидный гель.

ПЦР — полимеразная цепная реакция.

ТАЕ — трис-ацетатный буфер

ТБЕ — трис-боратный буфер

Трис — трис (гидроксиметил)аминометан.

ЭДТА — этилендиамин тетрауксусная кислота.

ТЕМЕД — N, N, N', N'-тетраметилэтилендиамин.

ABC-транспортёры (ATP-binding cassette transporters) — АТФ связывающие кассетные транспортёры.

AR (Adjusted Rand index) — скорректированный коэффициент Рэнда CI (Confidence Interval) — доверительный интервал.

HGDI (Hunter-Gaston Discriminatory Index) — индекс дискриминации Хантера-Гастона.

MLEE (Multilocus Enzyme Electrophoresis) — мультилокусный электрофорез ферментов.

MLST (Multilocus Sequence Typing) — мультилокусное типирование последовательностей ДНК.

MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) — мультилокусный VNTR-анализ NG-MAST (N. gonorrhoeae Multiantigen Sequence Typing) — мультиантигенное типирование последовательностей ДНК N. gonorrhoeae.

PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis) — электрофорез в пульсирующем поле RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) — полиморфизм длин рестрикционных фрагментов ST (Sequence Type) — тип последовательности.

VNTR (Variable Number Tandem Repeat) — варьирующие по числу тандемные повторы.

Показать весь текст

Список литературы

World Health Organization. Prevalence and incidence of selected sexually transmitted infections / World Health Organization. Geneva: WHO Press, 2011. — 361. P
World Health Organization. Sexually transmitted infections (STI). Gonorrhoea -Incidence rate (per 100,000 population) Electronic resource. / World Health Organization. 2012. — http://data.euro.who.int/cisid/.
Galvin, S. R., and Cohen, M. S. The role of sexually transmitted diseases in HIV transmission // Nature reviews. Microbiology. 2004. — Vol. 2. — N. 1. — P. 33−42.
Deguchi, Т., Nakane, K., Yasuda, M., and Maeda, S. Emergence and spread of drug resistant Neisseria gonorrhoeae II The Journal of urology. 2010. — Vol. 184. — N. 3. -P. 851−8- quiz 1235.
Unemo, M., and Shafer, W. M. Antibiotic resistance in Neisseria gonorrhoeae: origin, evolution, and lessons learned for the future // Annals of the New York Academy of Sciences. 2011. — Vol. 1230.-P. E19−28.
Schouls, L. Multiple-locus variable-number tandem repeat analysis of Neisseria meningitidis yields groupings similar to those obtained by multilocus sequence typing // Journal of clinical microbiology. 2006. — Vol. 44. — N. 4. — P. 1509−1518.
Liao, J. C., Li, С. C., and Chiou, C. S. Use of a multilocus variable-number tandem repeat analysis method for molecular subtyping and phylogenetic analysis of Neisseria meningitidis isolates // BMC Microbiology. 2006. — Vol. 6. — P. 44.
Heymans, R., Schouls, L. M., Van der Heide, H. G. J., Van der Loeff, M. F. S., and Bruisten, S. M. Multiple-locus variable-number tandem repeat analysis of Neisseria gonorrhoeae II Journal of clinical microbiology. 2011. — Vol. 49. — N. 1. — P. 354 363.
Criss, A. K., and Seifert, H. S. A bacterial siren song: intimate interactions between Neisseria and neutrophils // Nature reviews. Microbiology. 2012. — Vol. 10. — N. 3. -P. 178−90.
Liu, S. V, Saunders, N. J., Jeffries, A., and Rest, R. F. Genome analysis and strain comparison of correia repeats and correia repeat-enclosed elements in pathogenic Neisseria II Journal of bacteriology. 2002. — Vol. 184. -N. 22. -P. 6163−73.
Korch, C., Hagblom, P., Ohman, H., Goransson, M., and Normark, S. Cryptic plasmid of Neisseria gonorrhoeae: complete nucleotide sequence and genetic organization //Journal of bacteriology. 1985. — Vol. 163. -N. 2. — P. 430−8.
Elwell, L. P., Roberts, M., Mayer, L. W., and Falkow, S. Plasmid-mediated beta-lactamase production in Neisseria gonorrhoeae II Antimicrobial agents and chemotherapy. 1977. — Vol. 11. -N. 3. — P. 528−33.
Anderson, B., Albritton, W. L., Biddle, J., and Johnson, S. R. Common beta-lactamase-specifying plasmid in Haemophilus ducreyi and Neisseria gonorrhoeae II Antimicrobial agents and chemotherapy. 1984. — Vol. 25. — N. 2. — P. 296−7.
Pachulec, E., and Van der Does, C. Conjugative plasmids of Neisseria gonorrhoeae
PloS one. 2010. — Vol. 5. — N. 4. — P. e9962.
Pearce, W. A., and Buchanan, T. M. Attachment role of gonococcal pili. Optimum conditions and quantitation of adherence of isolated pili to human cells in vitro // The Journal of clinical investigation. 1978. — Vol. 61. -N. 4. — P. 931−43.
Swanson, J., Robbins, K., Barrera, O., Corwin, D., Boslego, J., Ciak, J., Blake, M., and Koomey, J. M. Gonococcal pilin variants in experimental gonorrhea // The Journal of experimental medicine. 1987. — Vol. 165.-N. 5.-P. 1344−57.
Seifert, H. S., Wright, C. J., Jerse, A. E., Cohen, M. S., and Cannon, J. G. Multiple gonococcal pilin antigenic variants are produced during experimental human infections // The Journal of clinical investigation. 1994. — Vol. 93. -N. 6. — P. 2744−9.
Hagblom, P., Segal, E., Billyard, E., and So, M. Intragenic recombination leads to pilus antigenic variation in Neisseria gonorrhoeae II Nature. 1985. — Vol. 315. — N. 6015.-P. 156−8.
Haas, R., and Meyer, T. F. The repertoire of silent pilus genes in Neisseria gonorrhoeae: evidence for gene conversion // Cell. 1986. — Vol. 44. — N. 1. — P. 107— 15.
Kallstrom, H., Islam, M. S., Berggren, P. O., Jonsson, a B., and Kallstrom, H. Cell signaling by the type IV pili of pathogenic Neisseria II The Journal of biological chemistry. 1998.-Vol. 273.-N. 34.-P. 21 777−82.
Rudel, T., Scheurerpflug, I., and Meyer, T. F. Neisseria PilC protein identified as type-4 pilus tip-located adhesin //Nature. 1995. — Vol. 373. -N. 6512. — P. 357−9.
Merz, a J., So, M., and Sheetz, M. P. Pilus retraction powers bacterial twitching motility // Nature. 2000. — Vol. 407. — N. 6800. — P. 98−102.
Howie, H. L., Glogauer, M., and So, M. The N. gonorrhoeae type IV pilus stimulates mechanosensitive pathways and cytoprotection through a pilT-dependent mechanism // PLoS biology. 2005. — Vol. 3. -N. 4. — P. elOO.
Swanson, J. Colony opacity and protein II compositions of gonococci // Infection and immunity. 1982.-Vol. 37. -N. l.-P. 359−68.
Black, W. J., Schwalbe, R. S., Nachamkin, I., and Cannon, J. G. Characterization of Neisseria gonorrhoeae protein II phase variation by use of monoclonal antibodies // Infection and immunity. 1984. — Vol. 45. -N. 2. — P. 453−7.
Stern, A., Brown, M., Nickel, P., and Meyer, T. F. Opacity genes in Neisseria gonorrhoeae: control of phase and antigenic variation 11 Cell. 1986. — Vol. 47. — N. 1. -P. 61−71.
Bilek, N., Ison, C. a, and Spratt, B. G. Relative contributions of recombination and mutation to the diversification of the opa gene repertoire of Neisseria gonorrhoeae II Journal of bacteriology. -2009. -Vol. 191. -N. 6. -P. 1878−90.
Fischer, S. H., and Rest, R. F. Gonococci possessing only certain P. II outer membrane proteins interact with human neutrophils // Infection and immunity. 1988. -Vol. 56.-N. 6.-P. 1574−9.
Hauck, C. «Small» talk: Opa proteins as mediators of Afe/sser/a-host-cell communication // Current Opinion in Microbiology. 2003. — Vol. 6. — N. 1. — P. 4349.
Sadarangani, M. Opa proteins and CEACAMs: pathways of immune engagement for pathogenic Neisseria II FEMS microbiology reviews. 2011. — Vol. 35. — P. 498 514.
Chen, T., Belland, R. J., Wilson, J., and Swanson, J. Adherence of pilus- Opa+ gonococci to epithelial cells in vitro involves heparan sulfate // The Journal of experimental medicine. 1995. — Vol. 182. — N. 2. — P. 511−7.
Chen, T., and Gotschlich, E. C. CGMla antigen of neutrophils, a receptor of gonococcal opacity proteins // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1996. — Vol. 93.-N. 25.-P. 14 851−6.
Sarantis, H., and Gray-Owen, S. D. The specific innate immune receptor CEACAM3 triggers neutrophil bactericidal activities via a Syk kinase-dependent pathway // Cellular microbiology. 2007. — Vol. 9. — N. 9. — P. 2167−80.
Boulton, I. C., and Gray-Owen, S. D. Neisserial binding to CEACAM1 arrests the activation and proliferation of CD4+ T lymphocytes // Nature immunology. 2002. -Vol. 3. — N. 3.-P. 229−36.
Blake, M. S., and Gotschlich, E. C. Purification and partial characterization of the major outer membrane protein of Neisseria gonorrhoeae II Infection and immunity. -1982.-Vol. 36.-N. 1.-P. 277−83.
Ayala, P., Vasquez, B., Wetzler, L., and So, M. Neisseria gonorrhoeae porin Pl. B induces endosome exocytosis and a redistribution of Lampl to the plasma membrane // Infection and immunity. 2002. — Vol. 70. — N. 11. — P. 5965−71.
Binnicker, M. J., Williams, R. D., and Apicella, M. A. Gonococcal porin IB activates NF-kappaB in human urethral epithelium and increases the expression of host antiapoptotic factors // Infection and immunity. 2004. — Vol. 72. — N. 11. — P. 640 817.
Edwards, J. L., Brown, E. J., Ault, K. A., and Apicella, M. A. The role of complement receptor 3 (CR3) in Neisseria gonorrhoeae infection of human cervical epithelia // Cellular microbiology. 2001. — Vol. 3. — N. 9. — P. 611−22.
Blake, M. S., and Swanson, J. Studies on gonococcus infection. XVI. Purification of Neisseria gonorrhoeae immunoglobulin A1 protease // Infection and immunity. 1978. -Vol. 22.-N. 2.-P. 350−8.
Hauck, C. R., and Meyer, T. F. The lysosomal/phagosomal membrane protein h-lamp-1 is a target of the IgAl protease of Neisseria gonorrhoeae II FEBS letters. -1997.-Vol. 405.-N. l.-P. 86−90.
Ayala, P., Lin, L., Hopper, S., Fukuda, M., and So, M. Infection of epithelial cells by pathogenic neisseriae reduces the levels of multiple lysosomal constituents // Infection and immunity. 1998. — Vol. 66. -N. 10. — P. 5001−7.
Gotschlich, E. C. Genetic locus for the biosynthesis of the variable portion of Neisseria gonorrhoeae lipooligosaccharide // The Journal of experimental medicine. -1994.-Vol. 180.-N. 6.-P. 2181−90.
Wu, H., and Jerse, A. E. Alpha-2,3-sialyltransferase enhances Neisseria gonorrhoeae survival during experimental murine genital tract infection // Infection and immunity. 2006. — Vol. 74. — N. 7. — P. 4094−103.
Smith, H., Parsons, N. J., and Cole, J. a. Sialylation of neisserial lipopolysaccharide: a major influence on pathogenicity // Microbial pathogenesis. 1995. — Vol. 19. — N. 6. -P. 365−77.
Anderson, J. E., Hobbs, M. M., Biswas, G. D., and Sparling, P. F. Opposing selective forces for expression of the gonococcal lactoferrin receptor // Molecular microbiology.-2003.-Vol. 48.-N. 5.-P. 1325−37.
Anderson, J. E., Leone, P. A., Miller, W. C., Chen, C., Hobbs, M. M., and Sparling, P. F. Selection for expression of the gonococcal hemoglobin receptor during menses // The Journal of infectious diseases. 2001. — Vol. 184.-N. 12.-P. 1621−3.
Merz, A., and So, M. Interactions of pathogenic neisseriae with epithelial cell membranes // Annual review of cell and developmental biology. 2000. — Vol. 16. — P. 423−457.
Edwards, J. L., and Apicella, M. A. The molecular mechanisms used by Neisseria gonorrhoeae to initiate infection differ between men and women // Clinical microbiology reviews. 2004. — Vol. 17. — N. 4. — P. 965−81, table of contents.
Lee, W. L., Harrison, R. E., and Grinstein, S. Phagocytosis by neutrophils // Microbes and infection / Institut Pasteur. 2003. — Vol. 5.-N. 14.-P. 1299−306.
Farzadegan, H., and Roth, I. L. Scanning electron microscopy and freeze-etching of gonorrhoeal urethral exudate // The British journal of venereal diseases. 1975. — Vol. 51.-N. 2.-P. 83−91.
Veale, D. R., Goldner, M., Penn, C. W., Ward, J., and Smith, H. The intracellular survival and growth of gonococci in human phagocytes // Journal of general microbiology. 1979. -Vol. 113.-N. 2.-P. 383−93.
Simons, M. P., Nauseef, W. M., Griffith, T. S., and Apicella, M. A. Neisseria gonorrhoeae delays the onset of apoptosis in polymorphonuclear leukocytes // Cellular microbiology. 2006. — Vol. 8. — N. 11. — P. 1780−90.
Roos, D., Van Bruggen, R., and Meischl, C. Oxidative killing of microbes by neutrophils // Microbes and infection / Institut Pasteur. 2003. — Vol. 5. — N. 14. — P. 1307−15.
Fang, F. C. Antimicrobial reactive oxygen and nitrogen species: concepts and controversies // Nature reviews. Microbiology. 2004. — Vol. 2. — N. 10. — P. 820−32.
Stohl, E. A., and Seifert, H. S. Neisseria gonorrhoeae DNA recombination and repair enzymes protect against oxidative damage caused by hydrogen peroxide // Journal of bacteriology.- 2006. -Vol. 188.-N. 21. P. 7645−51.
LeCuyer, B. E., Criss, A. K., and Seifert, H. S. Genetic characterization of the nucleotide excision repair system of Neisseria gonorrhoeae II Journal of bacteriology. -2010.-Vol. 192.-N. 3.-P. 665−73.
Lorenzen, D. R., Gunther, D., Pandit, J., Rudel, T., Brandt, E., and Meyer, T. F. Neisseria gonorrhoeae porin modifies the oxidative burst of human professional phagocytes // Infection and immunity. 2000. — Vol. 68. -N. 11. — P. 6215−22.
Kinchen, J. M., and Ravichandran, K. S. Phagosome maturation: going through the acid test // Nature reviews. Molecular cell biology. 2008. — Vol. 9. — N. 10. — P. 78 195.
Levy, O. Antimicrobial proteins and peptides: anti-infective molecules of mammalian leukocytes // Journal of leukocyte biology. 2004. — Vol. 76. — N. 5. — P. 909−25.
Lee, E. H., and Shafer, W. M. The farAB-encoded efflux pump mediates resistance of gonococci to long-chained antibacterial fatty acids // Molecular microbiology. -1999.-Vol. 33,-N. 4.-P. 839−45.
Tapsall, J. W., Ndowa, F., Lewis, D. a, and Unemo, M. Meeting the public health challenge of multidrug- and extensively drug-resistant Neisseria gonorrhoeae II Expert review of anti-infective therapy. 2009. — Vol. 7. -N. 7. — P. 821−34.
Ashford, W. A., Golash, R. G., and Hemming, V. G. Penicillinase-producing Neisseria gonorrhoeae II Lancet. 1976. — Vol. 2. — N. 7987. — P. 657−8.
Phillips, I. Beta-lactamase-producing, penicillin-resistant gonococcus // Lancet. -1976. Vol. 2. — N. 7987. — P. 656−7.
Yokoi, S., Deguchi, T., Ozawa, T., Yasuda, M., Ito, S., Kubota, Y., Tamaki, M., and Maeda, S. Threat to cefixime treatment for gonorrhea // Emerging infectious diseases.-2007.-Vol. 13.-N. 8.-P. 1275−7.
Ohnishi, M., Saika, T., Hoshina, S., Iwasaku, K., Nakayama, S., Watanabe, H., and Kitawaki, J. Ceftriaxone-resistant Neisseria gonorrhoeae, Japan // Emerging infectious diseases.-2011.-Vol. 17.-N. l.-P. 148−9.
Alergant, C. D. Streptomycin resistant gonorrhoea // The British journal of venereal diseases. 1958. — Vol. 34. — N. 1. — P. 36−7.
Maier, T. W., Beilstein, H. R., and Zubrzycki, L. Multiple antibiotic resistance in Neisseria gonorrhoeae II Antimicrobial agents and chemotherapy. 1974. — Vol. 6. -N. l.-P. 22−8.
Young, H., Moyes, A., and McMillan, A. Azithromycin and erythromycin resistant Neisseria gonorrhoeae following treatment with azithromycin // International journal of STD & AIDS. 1997. — Vol. 8. — N. 5. — P. 299−302.
Belland, R. J., Morrison, S. G., Ison, C., and Huang, W. M. Neisseria gonorrhoeae acquires mutations in analogous regions of gyrA and parC in fluoroquinolone-resistant isolates //Molecular microbiology. 1994. — Vol. 14. -N. 2. — P. 371−80.
Van Slyke, C. J., Arnold, R. C., and Buchholtz, M. Penicillin Therapy in Sulfonamide-Resistant Gonorrhea in Men // American journal of public health and the nation’s health. 1943. — Vol. 33. — N. 12. — P. 1392−4.
Unemo, M., and Nicholas, R. a. Emergence of multidrug-resistant, extensively drug-resistant and untreatable gonorrhea // Future microbiology. 2012. — Vol. 7. — P. 1401−22.
Chisholm, S. A., Dave, J., and Ison, C. A. High-level azithromycin resistance occurs in Neisseria gonorrhoeae as a result of a single point mutation in the 23 S rRNA genes // Antimicrobial agents and chemotherapy. 2010. — Vol. 54. — N. 9. — P. 3812−6.
Dowell, D., and Kirkcaldy, R. D. Effectiveness of gentamicin for gonorrhoea treatment: systematic review and meta-analysis // Sexually transmitted infections. -2012.-Vol. 88.-N. 8.-P. 589−94.
Dowson, C. G., Jephcott, A. E., Gough, K. R., and Spratt, B. G. Penicillin-binding protein 2 genes of non-beta-lactamase-producing, penicillin-resistant strains of Neisseria gonorrhoeae II Molecular microbiology. 1989. — Vol. 3. -N. 1. — P. 35−41.
Donhofer, A., Franckenberg, S., Wickles, S., Berninghausen, O., Beckmann, R., and Wilson, D. N. Structural basis for TetM-mediated tetracycline resistance //
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. -2012.-Vol. 109.-N. 42.-P. 16 900−5.
Galimand, M., Gerbaud, G., and Courvalin, P. Spectinomycin resistance in Neisseria spp. due to mutations in 16S rRNA // Antimicrobial agents and chemotherapy. 2000. — Vol. 44.-N. 5.-P. 1365−6.
Ng, L.-K., Martin, I., Liu, G., and Bryden, L. Mutation in 23S rRNA associated with macrolide resistance in Neisseria gonorrhoeae II Antimicrobial agents and chemotherapy. 2002. — Vol. 46. — N. 9. — P. 3020−5.
Hunter, P. R., and Gaston, M. A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity // Journal of clinical microbiology. 1988. — Vol. 26. — N. 11. — P. 2465−2466.
Carifo, K., and Catlin, B. W. Neisseria gonorrhoeae auxotyping: differentiation of clinical isolates based on growth responses on chemically defined media // Applied microbiology. 1973. — Vol. 26. — N. 3. — P. 223−30.
Dillon, J. R., and Pauze, M. Relationship between plasmid content and auxotype in Neisseria gonorrhoeae isolates // Infection and immunity. 1981. — Vol. 33. — N. 2. -P. 625−8.
Unemo, M., Oleen, P., Albert, J., and Fredlund, H. Comparison of serologic and genetic porB-based typing of Neisseria gonorrhoeae: consequences for future characterization // Journal of clinical microbiology. 2003. — Vol. 41. — N. 9. — P.4141−4147.
Unemo, M., Berglund, T., OlcEn, P., and Fredlund, H. Pulsed-field gel electrophoresis as an epidemiologic tool for Neisseria gonorrhoeae: identification of clusters within serovars // Sexually transmitted diseases. 2002. — P. 25−31.
De la Fuente, L., and Vazquez, J. A. Multilocus enzyme analysis of African type penicillinase-producing Neisseria gonorrhoeae (PPNG) strains isolated in Spain // Sexually transmitted diseases. 1991. — Vol. 18.-N. 3.-P. 150−2.
Poh, C. L., Ocampo, J. C., and Loh, G. K. Genetic relationships among Neisseria gonorrhoeae serovars analysed by multilocus enzyme electrophoresis // Epidemiology and infection. 1992. — Vol. 108. — N. 1. — P. 31−8.
Pagotto, F., Aman, A. T., Ng, L. K., Yeung, K. H., Brett, M., and Dillon, J. A. Sequence analysis of the family of penicillinase-producing plasmids of Neisseria gonorrhoeae II Plasmid. 2000. — Vol. 43. — N. 1. — P. 24−34.
Xia, M., Whittington, W. L., Holmes, K. K., Plummer, F. A., and Roberts, M. C. Pulsed-field gel electrophoresis for genomic analysis of Neisseria gonorrhoeae II The Journal of infectious diseases. 1995.-Vol. 171.-N. 2.-P. 455−8.
Ng, L.-K., Sawatzky, P., Martin, I. E., and Booth, S. Characterization of ciprofloxacin resistance in Neisseria gonorrhoeae isolates in Canada // Sexually transmitted diseases. 2002. — Vol. 29. — N. 12. — P. 780−8.
Su, X., and Lind, I. Molecular basis of high-level ciprofloxacin resistance in Neisseria gonorrhoeae strains isolated in Denmark from 1995 to 1998 // Antimicrobial agents and chemotherapy. 2001.-Vol. 45.-N. l.-P. 117−23.
Su, X., Hutapea, N., Tapsall, J. W., and Lind, I. Plasmid-mediated resistance of Neisseria gonorrhoeae strains isolated from female sex workers in North Sumatra, Indonesia, 1996 // Sexually transmitted diseases. 2003. — Vol. 30. -N. 2. — P. 178−82.
Gurtler, V., and Stanisich, V. A. New approaches to typing and identification of bacteria using the 16S-23S rDNA spacer region // Microbiology. 1996. — Vol. 142 (Pt 1).-P. 3−16.
O’Rourke, M., Ison, C. A., Renton, A. M., and Spratt, B. G. Opa-typing: a highresolution tool for studying the epidemiology of gonorrhoea // Molecular microbiology. 1995. — Vol. 17. — N. 5. — P. 865−875.
Morris, a K., Palmer, H. M., and Young, H. Opa-typing can identify epidemiologically distinct subgroups within Neisseria gonorrhoeae multi-antigen sequence type (NG-MAST) clusters // Epidemiology and infection. 2008. — Vol. 136. -N.3.-P. 417−20.
Bilek, N., Martin, I. M., Bell, G., Kinghorn, G. R., Ison, C. a, and Spratt, B. G. Concordance between Neisseria gonorrhoeae genotypes recovered from known sexual contacts // Journal of clinical microbiology. 2007. — Vol. 45. — N. 11. — P. 3564−7.
Howie, F., Young, H., and McMillan, a. The diversity of the opa gene in gonococcal isolates from men who have sex with men // Sexually transmitted infections.- 2004. Vol. 80. — N. 4. — P. 286−8.
Palmer, H. M., Leeming, J. P., and Turner, A. Investigation of an outbreak of ciprofloxacin-resistant Neisseria gonorrhoeae using a simplified opa-typing method // Epidemiology and infection. -2001Vol. 126. -N. 2.-P. 219−24.
Moodley, P., and Martin, I. Typing of Neisseria gonorrhoeae reveals rapid reinfection in rural South Africa // Journal of clinical microbiology. 2002. — Vol. 40. -N. 12.-P. 4567−4570.
Fudyk, T. C., Maclean, I. W., Simonsen, J. N., Njagi, E. N., Kimani, J., Brunham, R. C., and Plummer, F. A. Genetic diversity and mosaicism at the por locus of Neisseria gonorrhoeae II Journal of bacteriology. 1999. — Vol. 181. -N. 18. — P. 5591−9. .
Ilina, E. N., Oparina, N. Y., Shitikov, E. A., Borovskaya, A. D., and Govorun, V. M. Molecular surveillance of clinical Neisseria gonorrhoeae isolates in Russia // Journal of clinical microbiology. 2010. — Vol. 48. -N. 10. — P. 3681−3689.
Unemo, M., Olcen, P., and Berglund, T. Molecular epidemiology of Neisseria gonorrhoeae: sequence analysis of the porB gene confirms presence of two circulating strains//Journal of clinical microbiology. 2002. — Vol. 40. -N. 10. — P. 3741−3749.
Unemo, M., Sjostrand, A., and Akhras, M. Molecular characterization of Neisseria gonorrhoeae identifies transmission and resistance of one ciprofloxacin-resistant strain
APMIS: acta pathologica, microbiologica, et immunologica Scandinavica. 2007. -Vol. 115.-N. 3.-P. 231−241.
Tazi, L., Perez-Losada, M., Gu, W., Yang, Y., Xue, L., Crandall, K. A., and Viscidi, R. P. Population dynamics of Neisseria gonorrhoeae in Shanghai, China: a comparative study // BMC infectious diseases. 2010. — Vol. 10. — P. 13.
Unemo, M., and Olcen, P. Molecular typing of Neisseria gonorrhoeae isolates by pyrosequencing of highly polymorphic segments of the porB gene // Journal of clinical microbiology. 2004. — Vol. 42. — N. 7. — P. 2926−2934.
Bash, M., Zhu, P., and Gulati, S. por Variable-region typing by DNA probe hybridization is broadly applicable to epidemiologic studies of Neisseria gonorrhoeae II Journal of clinical microbiology. 2005. — Vol. 43. -N. 4. — P. 1522−1530.
Palmer, H. M., Young, H., Graham, C., and Dave, J. Prediction of antibiotic resistance using Neisseria gonorrhoeae multi-antigen sequence typing // Sexually transmitted infections. 2008. — Vol. 84. — N. 4. — P. 280−4.
Urwin, R., and Maiden, M. C. J. Multi-locus sequence typing: a tool for global epidemiology // Trends in microbiology. 2003. — Vol. 11. — N. 10. — P. 479−87.
Viscidi, R. P., and Demma, J. C. Genetic diversity of Neisseria gonorrhoeae housekeeping genes // Journal of clinical microbiology. 2003. — Vol. 41. — N. 1. — P. 197−204.
Palmer, H., and Arnold, C. Genotyping Neisseria gonorrhoeaeUs’mg Fluorescent Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis // Journal of clinical microbiology. 2001. — Vol. 39. — N. 6. — P. 2325−2329.
Poh, C. L., Ramachandran, V., and Tapsall, J. W. Genetic diversity of Neisseria gonorrhoeae IB-2 and IB-6 isolates revealed by whole-cell repetitive element sequence-based PCR // Journal of clinical microbiology. 1996. — Vol. 34. — N. 2. — P. 292−5.
Trees, D. L., Schultz, a J., and Knapp, J. S. Use of the neisserial lipoprotein (Lip) for subtyping Neisseria gonorrhoeae II Journal of clinical microbiology. 2000. — Vol. 38.-N. 8.-P. 2914−2916.
Johnson, S. R., Sandul, A. L., Parekh, M., Wang, S. A., Knapp, J. S., and Trees, D. L. Mutations causing in vitro resistance to azithromycin in Neisseria gonorrhoeae II International journal of antimicrobial agents. 2003. — Vol. 21. -N. 5. — P. 414−9.
Snyder, L. A. S., and Saunders, N. J. The majority of genes in the pathogenic Neisseria species are present in non-pathogenic Neisseria lactamica, including those designated as «virulence genes» 11 BMC genomics. 2006. — Vol. 7. — P. 128.
Boom, R., Sol, C. J., Salimans, M. M., Jansen, C. L., Wertheim-van Dillen, P. M., and Van der Noordaa, J. Rapid and simple method for purification of nucleic acids // Journal of clinical microbiology. 1990. — Vol. 28. -N. 3. — P. 495−503.
Benson, G. Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences // Nucleic Acids Res. 1999. — Vol. 27. — N. 2. — P. 573−580.
Francisco, A. P., Bugalho, M., Ramirez, M., and Carrico, J. A. Global optimal eBURST analysis of multilocus typing data using a graphie matroid approach // BMC Bioinformatics. 2009. — Vol. 10. — P. 152.
Davidson, A. L., and Chen, J. ATP-binding cassette transporters in bacteria // Annual review of biochemistry. 2004. — Vol. 73. — P. 241−68.
Adamczyk-Poplawska, M., Kondrzycka, A., Urbanek, K., and Piekarowicz, A. Tetra-amino-acid tandem repeats are involved in HsdS complementation in type IC restriction-modification systems // Microbiology. 2003. — Vol. 149. — N. Pt 11. — P. 3311−3319.
European Centre for Disease Prevention and Control. EpiNorth Project. Epidemiological data. Gonorrhoea Electronic resource. / European Centre for Disease Prevention and Control. 2012. — http://www.epinorth.org.

Заполнить форму текущей работой