Синтез и свойства новых диазиринсодержащих реагентов для изучения НК-белковых взаимодействий методом фотокросслинкинга
Диссертация
Синтез фотолабильных (трифторметил)диазиринсодержащих производных нуклеиновых кислот и их применение для изучения нуклеиново-белковых взаимодействий3. 2. 1. Фотоактивирумые нуклеозиды, содержащие (трифторметил)диазириновую группу. Введение. Поиск путей синтеза диазиринсодержащего уридина с «нулевым» линкером. Синтез и свойства новых диазиринсодержащих реагентов (обсуждение результатов)4. 1… Читать ещё >
Список литературы
- Kotzyba-Hilbert F., Kapfer I., Goedner M. Recent trends in photoaffinity labeling. //Angew. Chem. Int. 1995. V. 34. P. 1296−1312.
- Dorman G., Prestwich G.D. Using photolabile ligands in drug discovery and development. // TIBTECH. 2000. V. 18. P. 64−67.
- Brunner J., Senn H., Richards F.M. 3-Trifluoromethyl-3-phenyldiazirine. A new carbene generating group for photoiabeling reagents. //J. Biol. Chem. 1980. V. 255. P. 33 13−3318.
- Buterbaugh J.S., Toscano J.P., Weaver W.L., Gord J.R., Hadad C.M., Gustafson T.L., Plaiz M.S. Fluorescence lifetime measurements and spectral analysis adamantyldiazirine. // J. Am. Chem. Soc. 1997. V. 119. № 15. P. 3580−3591.
- Dolder M., Michel H., Sigrist H. 3-(Trifluoromethyl) —3-(m-isothiocyanophenyl)diazirine: synthesis and chemical characterization of a heterobifimctional carbene-generating crosslinking reagent. // J. Prot. Chem. 1990. V. 9. № 4. P. 407−415.
- Smith R.A.G., Knowles J.R. Aryldiazirines. Potencial reagents for photoiabeling of biological receptor sites. // J. Am. Chem. Soc. 1973. V. 95. № 15. P. 5072−5073.
- Kim T.-S., Choi Y.S., Kwak I. Fluorescence and radiationless decay pathways of dimethyldiazirine (SI) in the gas phase. //J. Photochem. Photobiol. A: Chemistry. 1997. V. 108. P. 123−128.
- Smith R.A.G., Knowles J.R. The preparation and photolysis of З-аг/1-ЗН-diazirines. // J.C.S. Perkin II. 1975. P. 686−694.
- MoritaC., Hashimoto K., Okuno Т., ShirahamaH. Synthesis of 3-trifluoromethyl-3-aryldiazirines for photoaffmity-labeling probes and their labeling ability. // Heterocycles. 2000. V. 52. № 3. P. 1163−1169.
- Bayley H., Knowles J.R. Photogenerated reagents for membrane labeling. 2. Phenylcarbene and adamantylidene formed within the lipid bilayer. //Biochemistry. 1978. V. 17. P. 2420−2423.
- PlatzM., Admasu A.S., Kwiatkowski S., Crocker P.J., ImaiN., Watt D.S. Photolysis of 3-aryl-3-(trifluoromethyl)diazirines: a ceveat regarding their use in photoaffinity probes. //Bioconjug. Chem. 1991. V. 2. P. 337−341.
- Nassal M. 4'-(l~Azi-2,2,2,-trifluoroethyl)phenylalanine, a photolabile carbene-generating analogue of phenylalanine. //J. Am. Chem. Soc. 1984. V. 106. P. 7540−7545.
- Nassal M. 4-(l-azi-2,2,2-trifluoroethyl)benzoic acid, a highly photolabile carbene generating label readily fixable to biochemical agents. // Liebigs Ann. Chem. 1983. P. 1510−1523.
- Bonneau R., Liu M.T.H. Quantum yield of formation of diazo compounds from the photolysis of diazirines. //J. Am. Chem. Soc. 1996. V. 118. № 30. P. 7229−7230.
- Исаев С.Д., ШерстюкВ.П., Козлов О. Ф., Скрипкин В В., ЯнкуИ. Фотолиз адамантан-2-спиро-3'~диазирина. // Теорет. и экспер. химия. 1991. № 2. С. 211−219.
- DiderichG. Mechanism of the acid-catalysed hydrolysis of l-aryI-2,2,2-trifluorodiazoethanes. //HelV. Chim. Acta. 1972. V. 55. P. 2103−2112.1{). Brunner J. Labelling the hydrophobic core of membranes. // TIBS. 1981. P. 44−46.
- Экспериментальные методы химической кинетики. / Под ред. Эмануэля Н. М., Сергеева Г. Б. М.: Высшая школа. 1980. 375 с.
- Будыка М.Ф., Зюбина Т.С, Кантор М. М. Электронное строение фотоактивных и неактивных азидов в низших возбужденных состояниях. // Журнал Физической Химии. 2000. Т. 74. № 6. С. 1115−1120.
- Bayley H., Staros J.V. Photoaffinity labeling and related techniques. / in: «Azides and Nitrenes» (Ed. E. Scriven). Acad. Press, New York. 1984. P. 433−490.
- Heck R.F. Arylation, methylation and carboxyalkylation of olefins by group VII metal derivatives. // J, Am. Chem. Soc. 1968. Y. 90. № 20. P. 5518−5525.
- Bigge C.F., Mertes M.P. A palladium catalyzed coupling reaction and a photolytic reaction for the direct synthesis of 5-arylpyrimidine nucleotides. //J. Org. Chem. 1981. V. 46. P. 1994−1997.
- Chang G., Mertes M. Linear free energy relationships studies of 5-substituted 2,4-dioxopyrimidines nucleosides. //J. Org. Chem. 1987. V. 52. P. 3625−3631.
- Насонов А.Ф., Коршунова Г. А. С-алкенилирование пиримидкновых нуклеозидов и их аналогов. // Успехи химии. 1999. Т. 68. № 6. С. 532−554.
- Yamaguchi T., Saneyoshi M. A photolabile 2', 3'-dideoxyuridylate analog bearing an aryl (trifluoromethyl)diazirme moiety: photoaffinity labeling of HIV-1 reverse transcriptase. //Nucl. Acids Res. 1996. V. 24. № 17. P. 3364−3369.
- Tate J.J., Persinger J., Bartolomew B. Survey of four different photoreactive moieties for DNA photoaffinity labeling of yeast RNA polymerase III trancription complexes. // Nucl. Acids Res. 1998. V. 26. № 6. P. 1421−1426.
- Korshunova G.A., Topin A.N., Sumbatyan N.V., Koroleva O.N., Drutsa V. L. Trifluoromethyldiazirine-containing dUTP: synthesis and application in DNA/protein crosslinking. // Nucl. & Nucl. 1999. V. 18. № 4−5. P. 1097−1098.
- Zofall M., Bartolomew B. Two novel dATP analogs for DNA photoaffinity labeling. // Nucl. Acids Res. 2000. Y. 28. № 21. P. 4382−4390.
- Doring Т., Mitchell P., Osswald M., Bochkariov D., Brimacombe R. The decoding region of 16SRNA- a cross-linking study of ribosomal A, P and E sites using tRNA derivatized at position 32 in the anticodon JooP. //EMBO J. 1994. V. 13. № 11. P. 2677−2685.
- Бочкарев Д.Е.//"Исследования взаимодействия тРНК с рибосомой методом импульсной фотоаффинной сшивки". Дисс. канд. хим. наук. Пущино: МГУ, хим. фак. 1993. 129 с.
- Sergiev P., Dokudovskaya S., Romanova Е., Topin A., Bogdanov A., Brimakombe R., Dontsova О. The environment of 5S rRNA in the ribosome: cross-links to the GTPase-associated area of23S rRNA. // Nucl. Acids. Res. 1998. V. 26. № 11. P. 2519−2525.
- Favre A. // in: «Bioorganic Photochemistry» (Morrison H., ed.) John Wiley & Sons, New York. 1990. P. 379−425.
- Кузнецова Л.Г., Волков E.M., Романова E.A., Ташлицкий В. Н., Орецкая Т. С., Крынецкая Н. Ф., Шабарова З. А. Олигодезоксирибонуклеотиды, содержащие 2'-амино-2'-дезоксипиримидиновые нуклеозиды. //Биоорган, химия. 1993. Т. 19. С. 455−466.
- Качалова А.В., Зубин Е. М. Синтез модифицированных олигодезоксирибо-нуклеотидов, содержащих 1-(2-амино-2-дезокси-(3-Б-арабинофуранозил)-урацил. //Докл. АН. 1998. Т. 363. С. 507−509.
- Метелев В.Г., Орецкая Т. С. Синтез олигодезоксирибонуклеотидов, модифицированных по концевой тиофосфатной группе.//Биоорган, химия. 1999. Т. 25. С. 474−478.
- Hanna М.М. // Methods Enzymol. 1989. V. 180. P. 383−409.
- Hori N., Iwai S., Inoue H., Ohtsuka E. Photoaffinity labeling of T4 endonuclease V with a substrate containing a phenyldiazirine derivatives. //Biol. Chem. 1992. V. 267. P. 1 559 115 594.
- Сергиев П.В., Лаврик И. Н., Докудовская С. С., Донцова O.A., Богданов A.A. Строение декодирующего центра рибосомы. //Биохимия. 1998. Т. 63. С. 1129−1143.
- Brimacombe R., Mitchell P., Osswald M., Stade К., Bochkariov D. Clustering of modified nucleotides at the functional center of bacterial ribosomal RNA. // FASEB J. 1993.V. 7. № 1. P. 161−167.
- Chen J.K., Frank L.A., Hixson S.S., Zimmermann R.A. Photochemical cross-linking of tRNAlArg to the 30S ribosomal subunit using aryl azide reagents attached to the anticodon looP. //Biochemistry. 1985. V. 24. P. 4777−4784.
- I. Brimacombe R. RNA-protein interactions in the Escherichia coli ribosome. // Biochimie. 1991. V. 73. № 7−8. P. 927−936.
- Dontsova O., Tishkov V., Dokudovskaya S., Bogdanov A., Doring Т., Rinke-Appel J., Thamm S., Greuer В., Brimacombe R. Stem-loop IV of 5S rRNA lies close to the peptidyltransferase center. // Prot. Natl. Acad. Sei. USA. 1994. V. 91. P. 146−152.
- Baranov P.V., Kubarenko A.V., GurvichO.L., Shamolina T.A., Brimacombe R. The database of ribosomal cross-links: an update. // Nucl. Acids Res. 1999. V. 27. № 1. P. 184−185.
- Savage M.D., Mattson G., Desai S., Nielander G.W., Morgensen S., Conklin E.J. //"Avidin-Biotin Chemistry: A Handbook". Pierce Chemical Co: Illinois, 1992.
- Brunner J., Richards F. Analysis of membranes photolabeled with lipid analogues. // 3. Biol. Chem. 1980. V. 225. P. 3319:3329.
- Blanton M.P., McCardy E.A., Huggins A., Parikh D. Probing the structure of the nicotinic acetylcholine receptor with the hydrophobic photoreactive probes 125I. TID-BE and [125I]TIDPC/16. //Biochemistry. 1998. V. 37. P. 14 545−14 555.
- Riihl Т., Hennig L., Hatanaka Y., Burger K., Welzel P. A trifunctional reagent for photoaffinity labeling. // Tetrahedron Lett. 2000. Y. 41. P. 4555−4558.
- Когон A.A. // «Новые фотоактивируемые реагенты для исследования биологических макромолекул методом быстрых фотоаффинных сшивок». Автореф. дисс. канд. хим. наук. МГУ, хим фак. М.: Изд-во ОНТИ ПНЦРАН, 1992. 14 с.
- Bochkarev D., Kogon A. Application of 3-{3−3-(trifluoromethyl)diazirin-3-yl.phenyl}-2,3-dihydroxypropionic acid, carbene-generating, cleavable cross-linking reagent for photoafinity labeling. //Anal. Biochem. 1992. V. 204. P. 90−95.
- Kogon A., Bochkarev D., Baskunov В., Cherpakov A. 2,3-Dihydroxy-3-{3−3-(trifluoromethyl)diazirin-3-yl.phenyl}propionic acid. A carbene-generating cleavable reagent for photocrosslinking. // Liebigs Ann. Chem. 1992. P. 879−881.
- Топин A.H.//"Синтез фотоактивируемых соединений на основе арил (трифторметил)диазирина для применения в исследовании биологических систем". Дисс. канд. хим. наук, М.: МГУ. 1996. 1 13 с.
- Kempin U., Kanoaka Y., Hatanaka Y. A new cleavable carbene-generating reagent with 3-phenyl-3-trifluoromethyldiazirine photophore.//Heterocycles. 1998. V. 49. № 1. P. 465−468.
- Hashimoto M., Hatanaka Y., Nabeta K. Novel photoreactive cinnamic acid analogues to elucidate phenylalanine ammonia-lyase. /'/ Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000. V. 10. P. 2481−2483.
- Fang K., Hashimoto M., Jockusch S., Turro N.J., Nakanishi K. A bifunctional photoaffinity probe for ligand/receptor interaction studies. //1. Am. Chem. Soc. 1998. V. 120. № 33. P. 8543−8544.
- Hashimoto M., Liu J., Fang K., Li H-J., Campiani G., Nakanishi K. Preparation and biologocal properties of biotinylated PhTX derivatives. //Bioorg. Med. Chem. 1999. V. 7. № 6. P. 1181−1194.
- Lin S., Fang K., Hashimoto M., Nakanishi K., Ojima I. Design and synthesis of a novel photoaffinity taxoid as a potential probe for the study of paclitaxel-microtubules interactions. //Tetrahedron Lett. 2000. V. 41. P. 4287−4290.
- Persinger J., Bartholomew B. Mapping the contacts of yeast TF1IIB and RNA polymerase III at various distances from the major groove of DNA by DNA photoaffinity labeling. //J. Biol. Chem. 1996. Y. 271. № 51. P. 33 039−33 046.
- Baldwin J., Jesudason C., Moloney M., Morgan D., Pratt A. The synthesis of substituted aryl diazirines.' A bifunctional reagent suitable for application to photoaffinity labeling studies. // Tetrahedron. 1991. V. 47. № 29. P. 5603−5614.
- Jensen B.J., Hergenrother P.M. Poly (arylene ether) s with pendant ethynyl groups.//J. Macromol. Sci. Pure Appl. Chem. 1993. V. A30. № 6−7. P. 449−458.
- Shih L., Bayley H. A carbene-yielding amino acid for incorporation into peptide photoaffinity reagents. //Anal. Biochem. 1985. V. 144. P. 132−141.
- Harter C., Bachi Т., Semenza G., Brunner J. Hydrophobic photolabeling identifies BHA2 as the subunit mediating the interaction of bromelain-solubilized influenza virus gemmaglutinin with liposomes at low pH. // Biochemistry. 1988. V. 27. P.1856−1864.
- Brunner J., Semenza G. Selective labeling of the hydrophobic core of membranes with 3-(trifluoromethyl)-3-(m-I12i.iodophenyl)diazirine, a carbene-generating reagent. //Biochemistry. 1981. V. 20. P. 7174−7182.
- Hatanaka Y., Hashimoto M., Kurihara H., Nakayama H., Kanaoka Y. A novel family of aromatic diazirines for photoaffinity labeling. //J. Org. Chem. 1994. V. 59. P. 383−387.
- Hatanaka Y., Nakayama H., Kanaoka Y. Ал improved synthesis of 4−3-(trifluoromethyl)-3H-diazirin-3-yl).benzoic acid for photoaffinity labeling.//Heterocycles. 1993. V. 35. № 2. P. 997−1004.
- Топин A.H., Коршунова Г. А. Оптимизированный синтез Ь-4'-(3-(трифторметил)-ЗН-диазирин-3-ил.фенилаланина.//Вестник Моск. Ун-та. Сер. 2, Химия. 1995. Т. 36. № 6. С. 583−587.
- Вейганд-Хильгетаг. Методы эксперимента в органической химии. / Пер. с нем. М.: Химия, 1968. 944 с.
- Титце Л., Айхер Т. Препаративная органическая химия. / Пер. с нем. М.: Мир, 1999. 704 с.
- Анжиал С.Дж. Органические реакции. М.: ИЛ, 1965. Сб. 8. С. 263.
- Houben-Weyl. 1957. Bd. XI. 1. S. 106.
- Pillai V. N.R. Photoremovable protecting groups in organic synthesis. // Synthesis. 1980. V. 1. P. 1−26.
- Rich D.H., Gurwara S.K. Preparation of a new o-nitrobenzyl resin for solid-phase synthesis of? ert-butyloxycarbonyl-protected peptide acids. // J. Am. Chem. Soc. 1975. V. 97. № 6. P. 1575−1579.
- Olejntik J., Krzymanska-Olejnik E., Rothschild K.J. Photocleavable aminotag phosphoramidites for 5'-termini DNA/RNA labeling.//Nucl. Acids Res. 1998. V. 26. P. 3572−3576.
- Wei Y., Yan Y., Pei D., Gong B. A photoactivated prodrug.//Bioorg. Med. Chem. Letters. 1998. V. 8. P. 2419−2422.
- Olejnik J., Ludemann H.-C., Krzymanska-Olejnik E., Berkenkamp S., Hillenkamp F., Rothschild K.J. Photocleavable peptide-DNA conjugates: synthesis and applications to DNAanalysis using MALDI-MS. //Nucl. Acids Res. 1999. V. 27. № 23. P. 4626−4631.
- Jovin T.M., Arndt-Jovin D.J. Luminescence digital imaging microscopy.//Annu. ReV. Biophys. Chem. 1989. V.. 8. P. 271−308.
- Sarfati S.R., Pochet S., Guerreiro C., Namane A., Huynh-Dinh Т., Igolen J. Synthesis of fluorescent or biotinylated nucleoside compounds. //Tetrahedron. 1987. V. 43. № 15. P. 3491−3497.
- Репкова M.H., Иванова Т.M., Филлипов Р. В., Веньяминова А. Г. Фотоактивируемые перфторарилазидные производные олигорибонуклеотидов: синтез и свойства. // Биоорган, химия. 1996. Т. 22. № 6. С. 432−440,
- Левина А.С., Васильева Т. В., ЗарытоваВ.Ф. Синтез производных олигодезоксирибонуклеотидов, содержащих перфторарилазидную группу при С-8 атоме дезоксиаденозина и фотомодификадия ими фрагментов ДНК. // Биоорган, химия. 1999. Т. 25. № 1. С. 56−61.
- Sung W.L. Chemical conversion of thymidine into 5-methyl-2'-deoxycytidine. //J. Chem. Soc. Chem. Comm. 1981. P. 1089−1092.
- Sung W. L. Synthesis of 4-(l, 2,4-triazol-l-yl)pyrimidm-2(lH)-one ribonucleotide and its application in synthesis of oligoribonucleotides.//J. Org. Chem. 1982. V. 47. № 20. P. 3623−3628.
- Hayakawa H., Tanaka H., Obi K., Itoh M., Miyasaka T. A simple and general entry to 5-substituted uridines based on the regioselective lithiation controlled by a protecting group in the sugar moiety. // Tetrahedron Lett. 1987. V. 28. JN° 1. P. 87−90.
- Ogilvie K.N., Beaucage S.L., Shifman A.L., Theriault N.Y., Sadana K.L. The synthesis of oligoribonucleotides. II. The use of silyl protecting groups in nucleoside and nucleotide chemistry. VII. Can. J. Chem. 1978. V. 56. P. 2768−2780.
- Зайцева H.A., Панов E.M., Кочешков К. А. Синтез фторированных кетонов при помощи литийорганических соединений и 1Ч, М-диалкш1амидов фторированных кислоТ. // Изв. АН СССР, ОХН. 1961. С. 83 1−835.
- Nawrot В., Malkiewicz A. The tRNA «wobble position» uridines. III. The synthesis of 5-(S-methoxycarbonyl (hydroxy)methyl)uridine and its 2-thio analogue. // NucI.&Nucl. 1989. V. 8. № 8. P. 1499−1512.
- Bhatt M.V., Perumal P.T. Facile conversion of electron rich benzylic hydrocarbons to carbonyl compounds by peroxydisulphate and copper ions.//Tetrahedron Lett. 1981. V. 32. № 27. P. 2605−2608.
- Бюлер К., Пирсон Д. Органические синтезы. М.: Мир. Т. 1. 620 с.
- Kumar S., Kumar V., Singh S., Chimni S.S. A highly diastereoselective synthesis of homoallylic alcohol/amine appended uracils: the role of the uracil C-4 carbonyl in diastereoselectivity control. // Tetrahedron Lett. 2001. V. 42. № 30. P. 5073−5075.
- Досон P., Эллиот Д., Эллиот У., Джонс К. Справочник биохимика. М.: Мир. 1991. 544 с.
- Лабораторная техника органической химии. / Под ред. Б. Кейла. М.: Мир. 1966. 751 с.
- Stewart J.M., Young J.D. Solid phase peptide synthesis. Pierce Chem. Company. USA. 1984.
- Robson J.H., Reinhart J. The infrared spectra of N-substituted trifluoroacetamide. // J. Am. Chem. Soc. 1955. V. 77. № 2. P. 498−499.
- Физер Л., Физер M. Реагенты для органического синтеза. Т. III. С. 257.
- Титер X., Белл Э. Синтез органических препаратов. М.: ИЛ. 1953. Сб. 4. С. 114 116.
- Карякин Ю.В., Ангелов И. И. Чистые химические вещества. М.: Химия. 1974. 408 с.