Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Особенности регуляции генной экспрессии в системе рестрикции-модификации Ssoll

Диссертация: Особенности регуляции генной экспрессии в системе рестрикции-модификации Ssoll
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Исследования регуляции активности генов в системах Р-М, проведенные в последнее время, показали, что не существует универсального механизма этого процесса. Однако регуляция на уровне транскрипции, по-видимому, является определяющим механизмом координированной экспрессии генов систем Р-М. Выделяют 3 основных типа подобной регуляции систем Р-М: посредством С-белков (от английского слова «control… Читать ещё >

Особенности регуляции генной экспрессии в системе рестрикции-модификации Ssoll (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
  • ГЛАВА I. Регуляция в системах рестрикции-модификации прокариот (Обзор литературы)
    • 1. 1. Явление рестрикции-модификации
    • 1. 2. Распространение и роль систем рестрикции-модификации
    • 1. 3. Молекулярная организация систем рестрикции-модификации П-го типа
    • 1. 4. Регуляция активности генов метилтрансфераз и эндонуклеаз рестрикции в системах рестрикции-модификации Н-го типа
      • 1. 4. 1. Регуляция в системах рестрикции-модификации П-го типа, опосредованная Сб елками
        • 1. 4. 1. 1. Пространственная структура С-белков
      • 1. 4. 2. Регуляция в системах рестрикции-модификации посредством метилирования ДНК
      • 1. 4. 3. Регуляция в системах рестрикции-модификации с участием С5-цитозиновых ДНК-метилтрансфераз
    • 1. 5. Общая характеристика структурных и функциональных свойств ДНК-зависимой РНК-полимеразы Е. col
    • I. 6. Механизмы транскрипционной интерференции
  • ГЛАВА II. Изучение особенностей регуляции в системе рестрикции-модификации SsoII (Обсуждение результатов)
    • II. 1. Характеристика SsoII-подобной метилтрансферазы EcllSkl
    • 11. 2. Изучение влияния метилтрансфераз SsoII и EcllSkl на транскрипцию генов ферментов рестрикции-модификации в системе SsoII in vitro
    • 11. 3. Изучение механизма регуляции транскрипции генов в системе рестрикции-модификации SsoII
    • 11. 4. Исследование способности метилтрансферазы Ecll8kl к димеризации при взаимодействии с регуляторным участком с помощью бифункциональных сшивающих агентов
  • И.5. Свойства делецнонных производных метилтрансфераз SsoILh EcI18kI
    • 11. 5. 1. Делеционное производное Д (72−379)Ес118к
    • 11. 5. 2. M.NlaX — природный аналог делеционного мутанта A (l-70)SsoII
    • II. 6. Свойства мутантных форм метилтрансфераз SsoII и EcllSkl, содержащих единичные аминокислотные замены
    • 11. 6. 1. Мутантные формы метилтрансферазы Ес118к1, содержащие замены в N-концевой области белка
    • II. 6.2. Мутаитная форма M. SsoII, содержащая замену в области, ответственной за метилирование
  • ГЛАВА III. Экспериментальная часть
    • III. 1. Реактивы и материалы
    • 111. 2. Приборы и методы
    • 111. 3. Общие методики
  • ВЫВОДЫ

Системы рестрикции-модификации (Р-М) широко распространены в бактериальных клетках и содержат гены, кодирующие ферменты рестрикции (эндонуклеаза, ЭР) и модификации (метилтрансфераза, МТаза). Системы Р-М могут выступать в роли дискретных форм жизни аналогично вирусам и транспозонам [1]. Эндонуклеаза рестрикции гидрозшзует вторгающуюся ДНК, не модифицированную должным образом, то есть система Р-М выполняет функцию примитивной иммунной системы, защищающей бактерию-хозяина от проникновения чужеродной ДНК. Также в некоторых случаях было показано, что системы Р-М могут вести себя как эгоистичные мобильные элементы и вызывать перестройку генома. После закрепления системы Р-М в геномной ДНК она становится жизненно важной для бактерии. При потере клеткой системы Р-М долгоживущая (по сравнению с метилтрансферазой) эндонуклеаза рестрикции неминуемо приведет к гибели клетки [2].

Долгие годы основным аспектом исследования ферментов систем рестрикции-модификации (Р-М) 11-го типа являлось изучение белково-нуклеинового узнавания, связанного с выполнением их непосредственных функций — гидролиза ДНК или метилирования одного из оснований в цепи ДНК в строго определенном месте. Однако в последнее время системы Р-М все больше привлекают исследователей с точки зрения характеристики регуляции экспрессии генов, которая играет чрезвычайно важную роль при функционировании этих систем в клетках бактерий. Это связано с тем, что эндонуклеазы рестрикции представляют собой белки, потенциально опасные для экспрессирующей их клетки-хозяина. Нарушение функции специфического метилирования ДНК клетки-хозяина также может приводить к её гибели за счет расщепления собственной ДНК. В то же время, соотношение внутриклеточной активности МТазы и ЭР должно быть таким, чтобы ЭР могла гидролизовать чужеродную ДНК до того, как она будет специфически модифицирована МТазой. Поскольку многие системы Р-М определяются автономно реплицирующимися элементами — плазмидами и вирусами, можно предположить, что при их переносе из одного организма в другой регуляция экспрессии генов МТазы и ЭР должна осуществляться самой системой.

Однако, несмотря на очевидное существование регуляции экспрессии генов систем Р-М [1], на сегодняшний день крайне мало известно о возможных механизмах реализации этого процесса. Это обстоятельство определяет актуальность всестороннего изучения процесса регуляции экспрессии генов в системах рестрикции-модификации.

Исследования регуляции активности генов в системах Р-М, проведенные в последнее время, показали, что не существует универсального механизма этого процесса. Однако регуляция на уровне транскрипции, по-видимому, является определяющим механизмом координированной экспрессии генов систем Р-М. Выделяют 3 основных типа подобной регуляции систем Р-М: посредством С-белков (от английского слова «control»), посредством метилирования промоторной области системы Р-М МТазой, а также посредством взаимодействия МТаз с регуляторными последовательностями ДНК, отличными от участка метилирования. Последний тип регуляции характерен для С5-цитозиновых ДНК-метилтрансфераз [3].

Объектом нашего исследования является система Р-М И-го типа SsoII, обнаруженная в штамме Shigella sonnei 47. Эта система является уникальной среди других систем Р-М, для которых описана регуляция экспрессии генов посредством С5-цитозиновых ДНК-МТаз (Mspl, EcoRII, ScrFI, LlaJI). Показано, что помимо авторегуляторной функцииингибирования собственного синтеза — МТаза SsoII (M.SsoII) активирует транскрипцию гена ЭР SsoII. Регуляция в этой системе осуществляется благодаря специфическому взаимодействию N-концевой области M. SsoII (1−71 а.о.) с промоторной областью генов системы Р-М SsoII [4, 5]. Основное число контактов с M. SsoII обеспечивает локализованный внутри промоторной области 15-звенный инвертированный повтор (регуляторный участок) [6]. Несмотря на активное изучение взаимодействия M. SsoII с регуляторным участком собственно механизм регуляции экспрессии генов в системе Р-М M. SsoII оставался невыясненным. Вместе с тем, всестороннее исследование этого процесса, возможно, позволит выявить закономерности регуляции экспрессии генов в прокариотических клетках и глубже понять его основные аспекты.

Целью настоящей работы являлось установление особенностей механизма регуляции в системе рестрикции-модификации SsoII. В задачи работы входило изучение in vitro транскрипции генов системы Р-М SsoII в присутствии и в отсутствие метилтрансферазы SsoII и SsoII-подобной МТазы Ecll8kl, а также оценка эффективности комплексообразования МТазы и РНК-полимеразы Е. coli с фрагментами ДНК, содержащими регуляторные элементы генов системы Р-М SsoII.

Необходимо было выяснить способен ли полипептид, представляющий собой N-концевую область M. SsoII (1−71 а.о.), выступать в роли фактора транскрипции, то есть связываться с промоторной областью генов системы Р-М SsoII и регулировать их экспрессию. Особое внимание было уделено исследованию роли отдельных аминокислотных остатков N-концевой области МТазы во взаимодействии с регуляторным участком и их влиянию на транскрипционную активность фермента.

Отдельной задачей в рамках настоящего исследования стало выявление взаимосвязи между регуляторной и метилирующей функциями M.SsoII. Для этого были изучены свойства мутантных форм МТаз M. SsoII и SsoII-подобной M. Ecll8kI.

выводы.

1. Установлено, что ферменты модификации — С5-цитозиновая ДНК-метилтрансфераза SsoII и SsoII-подобная метилтрансфераза Ecll8kl — оказывают влияние на транскрипцию генов системы рестрикции-модификации SsoII in vitro.

2. Показано, что ингибирование транскрипции собственного гена SsoII-подобными метилтрансферазами обусловлено конкуренцией РНК-полимеразы и фермента модификации за участок связывания вблизи промотора гена метилтрансферазы. Активация транскрипции гена эндонуклеазы рестрикции SsoII происходит за счет исчезновения транскрипционной интерференции в результате связывания фермента модификации с регуляторным участком.

3. Впервые продемонстрировано, что наличие области белка, ответственной за метилирование, необходимо для эффективного связывания SsoII-подобных метилтрансфераз с регуляторным участком и выполнения этими ферментами функции факторов транскрипции.

4. Показано, что замена остатков Arg35 или Arg38 метилтрансферазы Ecll8kl на аланин приводит к существенному ухудшению связывания белка с регуляторным участком.

5. Впервые обнаружена взаимосвязь между функционированием двух ДНК-узнающих центров SsoII-подобных метилтрансфераз. Аминокислотные замены в регуляторной области фермента модификации Ecll8kl влияют на его способность метилировать субстрат. Существует и обратная зависимость: «выключение» каталитической функции метилтрансферазы SsoII приводит к увеличению сродства мутантной формы белка к регуляторной последовательности.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Kobayashi I. Behaviour of restriction-modification systems as selfish mobile elements and their impact on genome evolution. //Nucleic Acids Res. 2001. V. 29. P. 3742−3756.
  2. Rocha E.P., Danchin A., Viari A. Evolutionary role of restriction/modification systems as revealed by comparative genome analysis. // Genome Res. 2001. V. 11 P. 946−958.
  3. M.O., Богданова E.C., Проценко A.C., Захарова М. В., Северинов К. В. Регуляция экирессии генов систем рестрикции-модификации второго типа. // Генетика. 2008. Т. 44. С. 1−10.
  4. Shilov I., Tashlitsky V., Khodoun M., Vasil’ev S., Alekseev Y., Kuzubov A., Kubareva E., Karyagina A. DNA-methyltransferase SsoII interaction with own promoter region binding site. //Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 2659−2664.
  5. О.В., Васильев С. А., Карягина А. С., Орецкая Т. С., Кубарева Е. А. Анализ контактов между ДНК и белком в комплексе метилтрансфераза SsoII-промоторная область генов системы рестрикции-модификации SsoII. // Мол. биология. 2000. Т. 34. С. 1074−1080.
  6. Bertani G., Weigle J.J. Host-controlled variation in bacterial viruses. // J. Bacteriol. 1953. V. 65. P. 113−121.
  7. Luria S.E., Human M.L. A nonhereditary, host-induced variation of bacterial viruses. // J. Bacteriol. 1952. V. 64. P. 557−569.
  8. Arber W., Dussoix D. Host specificity of DNA produced by Escherichia coli. Host controlled modification of bacteriophage lambda. // J. Mol. Biol. 1952. V. 5. P. 18−36.
  9. Lepikhov К., Tchernov A., Zheleznaja L., Matvienko N., Walter J., Trautner T.A. Characterization of the type IV restriction modification system BspLUllIII from Bacillus sp. LU11. //Nucleic Acids Res. 2001. V. 15. P. 4691−4698.
  10. Roberts R.J., Cheng X. Base flipping. // Annu. Rev. Biochem. 1998. V. 67. P. 181−198.
  11. Pingoud A., Fuxrreiter M., Pingoud V., Wende W. Type II restriction endonucleases: structure and mechanism. // Cell. Mol. Life Sci. 2005. V. 62. P. 65−101.
  12. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliand G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne P.E. The protein data bank. // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 235−242.
  13. Roberts R.J., Vincze Т., Posfai J., Macelis D. REBASE-enzymes and genes for DNA restriction and modification. // Nucleic Acids Res. 2007. Database issue. D269-D270.
  14. Kobayashi I. Restriction-modification systems as minimal forms of life. / In: Restriction endonucleases. Ed. Pingoud A. // Berlin: Springer. 2004. P. 19−62.
  15. Xia Y., Burbank D.E., Van Etten J.L. Restriction endonuclease activity induced by NC-1A virus infection of a Chlorella-ike green alga. // Nucleic Acids Res. 1986. V. 14. P. 6017−6030.
  16. А. А., Стакенас П. С., Пятрушите М. П., Битинайте Ю. Б., Климашаускас С. Й., Буткус В. В. Изучение специфичности новых рестриктаз и метилаз. Необычная модификация цитозина по 4-ому положению. // Мол. биология. 1984. Т. 18. С. 115−129.
  17. Ives C.L., Nathan P.D., Brooks J.E. Regulation of the BamHI restriction-modification system by a small intergenic open reading frame, bamHIC, in both Escherichia coli and Bacillus subtilis. II J. Bacterid. 1992. V. 174. P. 7194−7201.
  18. Barcus V.A., Murray N.E. Barriers to recombination: restriction. // Cambridge: Univ. Press. 1995. P. 31−58.
  19. Knowle D., Lintner R., Touma Y.M., Blumenthal R.M. Nature of promoter activated by C. PvuII, an unusual regulatory protein conserved among restriction-modification systems // J. Bacterid. 2005. V. 187. P. 488−497.
  20. Tao Т., Bourne J.C., Blumenthal R.M. A family of regulatory genes associated with type II restriction-modification systems. // J. Bacterid. 1991. V. 173. P. 1367−1375.
  21. Ives C.L., Sohail A., Brooks J.E. The regulatory С proteins from different restriction-modification systems can cross-complement. // J. Bacterid. 1995. V. 177. P. 6313−6315.
  22. McGeehan J.E., Streeter S.D., Papapanagiotou I., Fox G.C., Kneale G.G. High-resolution crystal structure of the restriction-modification controller protein C. Ahdl from Aeromonas hydrophila. II J. Mol. Biol. 2005. V. 346. P. 689−701.
  23. Savvaya M.R., Zhu Z., Mersha F., Chan S.H., Dabur R., Xu S.Y., Balendiran G.K. Crystal structure of the restriction modification system control element C. BclI and mapping of its binding site. // Structure. 2005. V. 13. P. 1837−1847.
  24. McGeehan J.E., Streeter S.D., Thresh S.J., Ball N., Ravelli R.B., Kneale G.G. Structural analysis of the genetic switch that regulates the expression of restriction-modification genes. // Nucleic Acids Res. 2008. V. 36. P. 4778−4787.
  25. Bart A., Dankert J., van der Ende A. Operator sequences for the regulatory proteins of restriction-modification systems. // Mol. Microbiol. 1999. V. 31. P. 1277−1278.
  26. Semenova E., Minakhin L., Bogdanova E., Nagornykh M., Vasilov A., Heyduk Т., SoloninA., Zakharova M., Severinov K. Transcription regulation of the EcoRV restriction modification system. //Nucleic Acids Res. 2005. V. 33. P. 6942−6951.
  27. Cesnaviciene E., Mitkaite G, Stankevicius K., Janulaitis A., Lubys A. Espl396I restriction-modification system: structural organization and mode of regulation. // Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. P. 743−749.
  28. M. Переключение генов. Регуляция генной активности и фаг X. II М.: Мир. 1988. 158 С.
  29. Streeter S.D., Papapanagiotou I., McGeehan J.E., Kneale G.G. DNA footprinting and biophysical characterization of the controller protein C. Ahdl suggests the basis of a genetic switch. //Nucleic Acids Res. 2004. V. 32. P. 6445−6453.
  30. Moll I., Grill S., Gualerzi C.O., Blasi U. Leaderless mRNAs in bacteria: surprises in ribosomal recruitment and translational control. // Mol. Microbiol. 2002. V. 43. P. 239−246.
  31. Mruk I., Blumenthal R.M. Tuning the relative affinities for activating and repressing operators of a temporally regulated restriction-modification system. // Nucleic Acids Res. 2009. V. 37. P. 3983−3998.
  32. Mruk I., Rajesh P., Blumenthal R.M. Regulatory circuit based on autogenous activation-repression: roles of C-boxes and spacer sequences in control of the PvuII restriction-modification system. //Nucleic Acids Res. 2007. V. 35. P. 6935−6952.
  33. Wilson G.A., Young F.E. Isolation of a sequence specific endonuclease (BamI) from Bacillus amyloliquefaciens H. И Mol. Biol. 1975. V. 97. P. 123−125.
  34. JI.A., Кайнов Д. Е., Юнусова A.K., Матвиенко Н. И. Регуляторный С-белок системы модификации-рестрикции EcoRV. // Биохимия. 2003. Т. 68. С. 105−110:
  35. Bogdanova Е., Zakharova М., Streeter S., Taylor J., Heyduk Т., Kneale G., Severinov K. Transcription regulation of restriction-modification system Esp 13 961. // Nucleic Acids Res. 2009. V. 37. P. 1−13.
  36. Bogdanova E., Djordjevic M., Papapanagiotou I., Heyduk Т., Kneale G., Severinov K. Transcription regulation of the type II restriction-modification system AhdI. // Nuclcic Acids Res. 2008. V. 36. P. 1429−1442.
  37. Murray N. Type I restriction systems: sophisticated molecular machines (a legacy of Bertram and Weigle). // Microbiol. Mol. Rew. 2000. V. 64. P. 412134.
  38. McGeehan J.E., Papapanagiotou I., Streeter S.D., Kneale G.G. Cooperative binding of the C. Ahdl controller protein to the C/R promoter and its role in endonuclease gene expression. //J. Mol.Biol. 2006. V. 358. P. 523−531.
  39. Lubys A., Jurenaite S., Janulaitis A. Structural organization and regulation of the plasmid-bome type II restriction-modification system Kpn2I from Klebsiella pneumoniae RFL2. //Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 4228^1234.
  40. Mondragon A., Harrison S.C. The phage 434 Cro/ORl complex at 2.5 A resolution. // J. Mol. Biol. 1991. V. 219. P. 321−334.
  41. Aggarwal A.K., Rodgers D.W., Drottar M" Ptashne M., Harrison S.C. Recognition of a DNA operator by the repressor of phage 434: a view at high resolution. // Science. 1988. V. 242. P. 899−907.
  42. Donner A.L., Paa K., Koudelka G.B. Carboxyl-terminal domain dimer interface mutant 434 repressors have altered dimerization and DNA binding specificities. // J. Mol. Biol. 1998. V. 283. P. 931−946.
  43. Rumpel S., Razeto A., Pillar C.M., Vijayan V., Taylor A., Giller K., Gilmore M.S., Becker S., Zweckstetter M. Structure and DNA-binding properties of the cytolysin regulator CylR2 from Enterococcusfaecalis. IIEMBO J. 2004. V. 23. P. 3632−42.
  44. Beletskaya I.V., Zakharova M.V., Shlyapnikov M.G., Semenova L.M., Solonin A.S. DNA methylation at the CfrBI site is involved in expression control in the CfrBI restriction-modification system. //Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 3817−3822.
  45. Zakharova M., Minakhin L., Solonin A., Severinov K. Regulation of RNA polymerase promoter selectivity by covalent modification of DNA. // J. Mol. Biol. 2004. V. 335. P. 103−111.
  46. Christensen L.L., Josephsen J. The methyltransferase from the LlaDII restriction-modification system influences the level of expression of its own gene. // J. Bacteriol. 2004. V. 186. P. 287−295.
  47. Lubys A., Janulaitis A. Cloning and analysis of the plasmid-bome genes encoding the Bsp6I restriction and modification enzymes. // Gene. 1995. V. 157. P. 25−29.
  48. Kita K., Kotani H., Sugisaki H., Takanami M. The Fokl restriction-modification system. I. Organization and nucleotide sequences of the restriction and modification genes. // J. Biol. Chem. 1989. V. 264. P. 5751−5756.
  49. Som S., Friedman S. Autogenous regulation of the EcoRlI methylase gene at the trancriptional level: effect of 5-azacytidine. // EMBO J. 1993. V. 12. P. 4297−4303.
  50. Friedman S., Som S. Indaction of EcoRII methylase: evidence for autogenous control. // J. Bacteriol. 1993. V. 175. P. 6293−6298.
  51. Som S., Freidman S. Regulation of EcoRII methyltransferase: effect of mutations on gene expression and in vitro binding to the promoter region. // Nucleic Acids Res. 1994. V. 24. P. 5347−5353.
  52. Som S., Friedman S. Characterization of the intergenic region which regulates the Mspl restriction-modification system. // J. Bacteriol. 1997. V. 179. P. 964−967.
  53. Butler D., Fitzgerald G.F. Transcriptional analysis and regulation of expression of the ScrFI restriction-modification system of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC503 // J. Bacteriol. 2001. V. 183. P. 4668−4673.
  54. O’Driscoll J., Glynn F., Cahalane O., O’Connell-Motherway M., Fitzgerald G.F., Van Sinderen D. Lactococcal plasmid pNP40 encodes a novel, temperature-sensitive restriction-modification system // Appl. Environ. Microbiol. 2004. V. 70. P. 5546−5556.
  55. O’Driscoll J., Fitzgerald G.F., van Sinderen D. A dichotomous epigenetic mechanism governs expression of the LlaJI restriction/modification system // Mol. Microbiol. 2005. V. 57. P. 1532−1544.
  56. Gross C.A., Chan C., Dombroski A., Gruber Т., Sharp M., Tupy J., Young B. The functional and regulatory roles of sigma factors in transcription. // Cold Spring Harbor Symp. Quant Biol. 1998. V. 63. P. 141−155.
  57. Maeda H., Fujita N., Ishihama A. Competition among seven Escherichia coli a subunits: relative binding affinities to the core RNA polymerase. // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 3497−3503.
  58. Lewin B. Genes IX. Oxford University Press. NY. 2007. 912 P.
  59. Shearwin K.E., Callen B.P., Egan J.B. Transcriptional interference a crash course. // Trends Genet. 2005. V. 21. P. 339−345.
  60. Dodd I.B., Egan J.B. Action at a distance in CI repressor regulation of the bacteriophage 186 genetic switch. // Mol. Microbiol. 2002. V. 45. P. 697−710.
  61. Callen B.P., Shearwin K.E., Egan J.B. Transcriptional interference between convergent promoters caused by elongation over the promoter. 11 Mol. Cell. 2004. V. 14. P. 647−656.
  62. Martens J.A., Laprade L., Winston F. Intergenic transcription is required to repress the Saccharomyces cerevisiae SER3 gene. //Nature. 2004. V. 429. P. 571−574.
  63. Sneppen K., Dodd I.B., Shearwin K.E., Palmer A.C., Schubert R.A., Callen B.P., Egan J.B. A mathematical model for transcriptional interference by RNA polymerase traffic in Escherichia coli. II J. Mol. Biol. 2005. V. 346. P. 399−409.
  64. A.C. Структурно-функциональная характеристика систем рестрикции-модификации ДНК штамма Shigella sonnei 47. // Дисс. докт. биол. наук. ВНИИ РАСХН. Москва. 1997. 331 С.
  65. И.И., Карташова И. М., Лопатина Н. Г. Ферменты новой системы хозяйской специфичности Sso47II. //Молекулярн. генетика. 1983. Т.12. С. 5−10.
  66. Karyagina A.S., Lunin V.G., Degtyarenko K.N., Uvarov V.Yu., Nikolskaya I.I. Analysis of the nucleotide and derived amino acid sequences of the SsoII restriction endonuclease and methyltransferase. //Gene. 1993. V. 124. P. 13−19.
  67. Kumar S., Cheng X., Klimasauskas S., Mi S., Posfai J., Roberts R.J., Wilson G.G. The DNA (cytosine-5) methyltransferases. //Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 1−10.
  68. Jeltsch A. Beyond Watson and Crick: DNA methylation and molecular enzymology of DNA methyltransferases. // Chembiochem. 2002. V. 3. P. 274−293.
  69. P.K., Копылов A.M. Структурные аспекты ДНК-белкового узнаваиия. М.: МГУ. 1999. 119 С.
  70. Karyagina A.S., Alexeevski А.У., Golovin A.V., Spirin S.A., Vorob’eva O.V., Kubareva E.A. Computer modelling of complex of (C5-cytosine)-DNA methyltransferase SsoII with target and regulatory DNAs. // Biophysics. 2003. V. 48. Supp. 1. P. 45−55.
  71. Denjmukhametov M.M., Brevnov M.G., Zakharova M.V., Repyk A.V., Solonin A.S., Petrauskene O.V., Gromova E.S. The Ecll8kl restriction-modification system: cloning, expression, properties of the purified enzymes. // FEBS Lett. 1998. V. 433. P. 233−236.
  72. С.Д., Гуревич К. Г. Биокинетика. // М.: Фаир-пресс. 1998. 720 С.
  73. Protsenko A., Zakharova M., Nagornykh M., Solonin A., Severinov K. Transcription regulation of restriction-modification system Ecll8kl. // Nucleic Acids Res. 2009. V. 37. P. 5322−5330.
  74. Harley C.B., Reynolds R. Analysis of Escherichia coli promoter sequences. // Nucleic Acids Res. 1987. V. 15. P. 2343−2361.
  75. Mitchell J.E., Zheng D., Busby S.J., Minchin S.D. Identification and analysis of 'extended-10' promoters m Escherichia coli. //Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. P. 4689−4695.
  76. Manelyte L. Structural and functional analysis of MutS, a mismatch repair protein from Escherichia coli. II Dr. rer. nat. Institute of Biochemistry. Justus-Liebig University Giessen. Giessen. 2006. 124 P.
  77. Karyagina A.S., Lunin V.G., Levtchenko I.Ya., Labbe D., Drousseau R., Lau P.C.K., Nikolskaya I.I. The SsoII and NlaX DNA methyltransferases: overproduction and functional analysis. // Gene. 1995. V. 157. P. 93−96.
  78. Kubareva E.A., Walter J., Karyagina A.S., Vorob’eva O.V., Lau P.C.K., Trautner T. Determination of methylation site of DNA-methyltransferase NlaX by a hybrid method. // BioTechniques. 2002. V.33. P. 526−531.
  79. A.B., Птицын О. Б. Физика белка. / М.: Книжный дом «Университет». 2002. 376 С.
  80. Cheng X., Kumar S., Posfai J., Pflugrath J.W. Roberts R.J. Crystal structure of the Hhal DNA methyltransferase complexed with S-adenosyl-L-methionine. // Cell. 1993. V. 74. P. 299 307.
  81. Kirsch R.D., Joly E. An improved PCR-mutagenesis strategy for two-site mutagenesis or sequence swapping between related genes. //Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 1848−1850.
  82. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V. 74. P. 5463−5467.
  83. A.E. Эндонуклеазы рестрикции SsoII, PspGI и Mbol: изучение свойств и определение ДНК-связывающих мотивов. // Дис. уч. ст. к. х. н. Москва. МГУ. 2004. 152 С.
  84. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of the bacteriophage T4. //Nature. 1970. V. 227. P. 680−685.
  85. Bradford M.M. A Rapid and Sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. //Anal. Biochem. 1976. V. 72. P. 248−254.
  86. Perez A., Marchan I., Svozil D., Sponer J., Cheatham Т.Е., Laughton C.A. Orozco M. Refinement of the AMBER force field for nucleic acids: improving the description of alpha/gamma conformers. // Biophys. J. 2007. V. 92. P. 3817−3829.
  87. Wang W. Biomolecular simulations: recent developments in force fields, simulations of enzyme catalysis, protein-ligand, protein-protein, and protein-nucleic acid noncovalent interactions. // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001. P. 30 P. 211−43.
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!