Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

ЯМР-спектроскопическое и компьютерное исследование структуры бактериальных гликополимеров рода Proteus

Диссертация: ЯМР-спектроскопическое и компьютерное исследование структуры бактериальных гликополимеров рода Proteus
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Ю. А. Книрель, E.B. Виноградов, A.C. Шашков, 3. Сидорчук, У. Каца, А. Розальский, К. Котелко, Н. К. Кочетков Докл. Акад. Наук., 324 (1992) 333−338. J. Radziejewska-Lebrecht J., A.S. Shashkov, E.V. Vinogradov, H. Grosskurth, B. Bartodziejska, A. Rozalski, W. Kaca, L.O. Kononov, A.Y. Chernyak, H. Mayer, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov-Eur. J. Biochem., 230 (1995) 705−712. К. Kotelko, W. Gromska, M… Читать ещё >

ЯМР-спектроскопическое и компьютерное исследование структуры бактериальных гликополимеров рода Proteus (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • ПРОГРАММА ПРЕДСКАЗАНИЯ СТРУКТУРЫ ГЛИКОПОЛИМЕРОВ Существующие программы
  • Общая информация
  • Генерация структур
  • Генерация спектров ЯМР
  • Базы данных
  • База данных по мономерных остаткам
  • Спектральная база данных
  • База данных по эффектам, замещения
  • Верификация
  • Выводы
  • Прогноз на будущее 52 НЕЗАВИСИМОЕ УСТАНОВЛЕНИЕ СТРУКТУРЫ-ГЛИКОПОЛИМЕРОВ Выбор объектов ' '. '
  • Схема исследования
  • Установление строения гликополимеров
  • P. mirabilis G
  • P. mirabilis
  • P. mirabilis
  • P. mirabilis
  • P. mirabilis
  • P. mirabilis ОЗО
  • P. mirabilis
  • P. penner
  • P. penner
  • P. penner
  • P. penner
  • P. penner
  • P. penner
  • P. penner
  • P. penner
  • P. vulgaris
  • P. vulgaris
  • P. vulgaris
  • P. vulgaris 0X
  • Общий антиген
  • Обобщение результатов
  • Особенности строения исследованных соединений
  • Иммунология
  • Выводы
  • ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ Биохимические и химические методы
  • Методы спектроскопии ЯМР
  • Математическая обработка и программирование
  • Вычислительные ресурсы
  • Информация о коде программе
  • Краткое руководство пользователя программы
  • Формулировка задания
  • Формат баз данных
  • Вывод результатов работы
  • Основные сообщения об ошибках
  • ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ Мономерные остатки
  • Спектроскопия ЯМР
  • ИСТОЧНИКИ ФИНАНСИРОВАНИЯ

1.A. Knirel, N.K. Kochetkov — Biochemistry, 58(2) (1993) 166−1812 «The progress of carbohydrate chemistry», ed. I.V.Torgov, Russia, Moscow: Science, (1985) 39−49.

2. M. Tagashira, S. Yamazaki, S. YamanakaComput. Mater. Sei., 14 (1999) 248−253.

3. E.F. Hounsell, D.J. Wright Carbohyd. Res., 205 (1990) 19−29.

4. G.M. Lipkind, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, E.V. Vinogradov, N.K. Kochetkov Carbohyd. Res., 175 (1988)59−75.

5. D.A. Cumming, C.G. Hellerqvist, O. Touster Carbohyd. Res., 179 (1988) 369−380.

6. P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm J. Chem. Inf. and Comp. Scis., 31 (1991) 508−516.

7. R. Stenutz, P.-E. Jansson, G. Widmalm Carbohyd. Res., 306 (1998) 11−17.

8. J.A. van Kuik, K. Hard, J.F.G. Vliegenthart Carbohyd. Res., 235 (1992) 53−68.

9. B. Meyer, T. Hansen, D. Nute, P. Albersheim, A. Darvill, W. York, J. Sellers Science, 251 (1991) 542−544.

10. P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm Carbohyd. Res., 168 (1987) 67−77.

11. P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm Carbohyd. Res., 188 (1989) 169−191.

12. J.H. Bradbury, G.A. Genkins Carbohyd. Res., 126 (1984) 125−156.

13. К. Bock, C. Pedersen Adv. Carbohyd. Chem. Biochem, 41 (1983) 27−66.

14. V.L.L'vov, N.V. Tochtamysheva, A.S. Shashkov, B.A. Dmitriev, K.CapekCarbohyd. Res., 112 (1983)233−239.

15. Y.A.Knirel, E.V. Vinogradov, A.S. Shashkov, B.A. Dmitriev, N.K. Kochetkov, E.S. Stanislavsky, G.M. Mashilova Eur. J. Biochem., 163 (1987) 627−637.

16. N.P. Arbatsky, A.S. Shashkov, F.V. Toukach, H. Moll, K. Zych, Y.A. Knirel, U. Zahringer, Z. Sidorczyk Eur. J. Biochem., 261 (1999) 392−397.

17. Knirel, Y. A., Paramonov, N. A., Shashkov, A. S., Kochetkov, N. K., Yarullin, R. G., Farber, S. M. & Efremenko, V. I. Carbohydr. Res., 233 (1992) 185−193.

18. A.C. Шашков, дисс., M.: ИОХ АН СССР (1983) 6−25.

19. E.V. Vinogradov, W. Kaca, A.S. Shashkov, D. Kraewska-Pietrasik, Y.A. Knirel, N.K. KochetkovEur. J. Biochem., 188 (1990) 645−651.

20. A.V. Perepelov, E. Ujazda, S.N. Senchenkova, A.S. Shashkov, W. Kaca, Y.A. Knirel Eur. J. Biochem., 261 (1999) 347−353.

21. T. Rundlof, A. Weintraub, G. Widmalm Carbohyd. Res., 291 (1996) 127−139.

22. C.A.G. Haasnoot, ?. DeLeeuw, C. Altona Tetrahedron Lett., 36 (1981) 2783.

23. Г. М. Липкинд, дисс., M.: ИОХ РАН (1991).

24. D.M. Grant, B.V. Cheney-Am. Chem. Soc., 89 (1967) 5315−5318.

25. A. Rozalski et al. Microbiol, andMolec. Biol. Rev., 61(1) (1997) 65−89.

26. F. Kauffman «The bacteriology of enterobacteriaceae», Baltimore, MD: Williams and Wilkins, 333−360.

27. P. Larsson Methods Microbiol, 14 (1984) 187−214.

28. Y.A. Knirel et al. J. Carbohyd. Chem., 12(4&5) (1993) 379−414.

29. H.K. Кочетков, А. Ф. Бочков, Б. А. Дмитриев, А. Н. Усов, О. С. Чижов, В. Н. Шибаев «Химия углеводов», М.-.Химия, (1967) 430−431.

30. С. Altona, C.A.G. Haasnoot Org. Magn. Reson., 13(6) (1980) 417−429.

31. S.J. Angyal Carbohyd. Res., 77(1) (1979) 37−50.

32. A.C. Шашков Изв. АН СССР. сер. хим., N6 (1983) 1328−1336.

33. R.G.S. Ritchie, Н. Суг, В. Korsch, H.J. Koch, A. S Perlin Canad. J. Chem., 53 (1975) 1424−143 335 «Прогресс химии углеводов», отв. ред. И. В. Торгов, М.:Наука, (1985) 39−49.

34. N. Yamaoka, Т. Usui, Н. Sugiyama, S. Seto Chem. and Pharm. Bull, 22(9) (1974) 2196−2200.

35. D.R. Bundle, H.J. Jennings, I.C.P. Smith Canad. J. Chem., 51(22) (1973) 3812−3819.

36. B.A. Деревицкая, A.C. Шашков, О. С. Новикова, А. Ю. Евстигнеев Биоорган, химия, 7(3)1981)410−421.

37. Y.A. Knirel, E.V. Vinogradov, N.A. Kocharova, A.S. Shashkov, В .A. Dmitriev, N.K. KochetkovCarbohyd. Res., 122(2) (1983) 181−188.

38. A.K. Bhattacharjee, H.J. Jennings, C.P. Kenny, A. Martin, I.C.P. Smith J. Biol. Chem., 250(5) (1975)1926;1932.

39. A.C. Шашков, O.C. Чижов Биоорган, химия, 2(4) (1976) 437−497.

40. A.C. Шашков, B.JI. Львов, H.B. Тохтамышева, Б. А. Дмитриев, H.K. Кочетков Биоорган, химия, 7(5) (1981) 729−735.

41. Н. К. Кочетков, А. Ф. Свиридов, A.C. Шашков, С. Е. Горин, О. Д. Джикия, О. С. Чижов, И. П. Бабьева Биоорган, химия, 5(3) (1979) 408−417.

42. А. Ф. Свиридов, A.C. Шашков, Н. К. Кочетков, И. В. Ботвинко, Н. С. Егоров Биоорган, химия, 8(9) (1982) 1242−1251.

43. Р. Branefors-Helander, В. Classon, L. Kenne, В. Lindberg Carbohyd. Res., 76(1) (1979) 197 202-W. Egan, F.-P. Tsui, P.A. Climenson, R. Schneerson Carbohyd. Res., 80(2) (1980) 305−316.

44. W. Egan, F.-P. Tsui, R. Schneerson Carbohyd. Res., 79(2) (1980) 271−277-P. Branefors-Helander, L. Kenne, B. Lindberg Carbohyd. Res., 79(2) (1980) 308−312.

45. D.R. Bundle, I.C.P. Smith, H.J. JenningsJ. Biol. Chem., 249(7) (1974) 2275−2281.

46. H. Ohno, T. Yadomae, T. Miyazaki Carbohyd. Res., 80(2) (1980) 297−304.

47. А. Ф. Свиридов, X.A. Арифхаджаев, A.C. Шашков, И. В. Ботвинко, O.C. Чижов, H.K. Кочетков Биоорган, химия, 5(4) (1979) 568−577.

48. G.M. Bebault, Y.M. Choy, G.G.S. Dutton, N. Funnel, A.M. Stephen, M.T. Yang J. Bacteriol., 113(3)(1973) 1345−1347.

49. K. Bock, I. Lundt, C. Pedersen, Tetrahedron Lett., N13 (1973) 1037−1040.

50. N.K. Kochetkov, O.S. Chizhov, A.S. Shashkov, Carbohyd. Res., 133(2) (1984) 173−185.

51. R.U. Lemieux, K. Bock, L.T.J. Delbaere, S. Koto, V.S. Rao Canad. J. Chem., 58(8) (1980) 631 653.

52. W. Klyne Biochem. J., 47 (1950) 41−42.

53. S.L. Patt, J.N. Shoolery J. Magn. Reson., 46 (1982) 535−53 956 неопубликованные данные автора.

54. Hermansson К., Kenne L., Lindberg В., Arie В., Brown G., Stewart J.E. Carbohyd. Res., 2 081 990) 145−152.

55. K. Bock, C. Pedersen J. Chem. Soc. Perkin Trans., 2 (1974) 293−297.

56. G.M. Lipkind, A.S. Shashkov, S.S. Mamyan, E.V. Vinogradov, N.K. Kochetkov Carbohyd. Res., 181 (1988) 1−12.

57. A.S. Shashkov, G.M. Lipkind, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov Magn. Reson. Chem, 26, 735−747.

58. G.M. Lipkind, A.S. Shashkov, O.A. Nechaev, V.l. Torgov, V.N. Shibaev, N.K. KochetkovBioorg. Khim., 15 (1989) 1366−1374.

59. A.S. Shashkov, S.N. Senchenkova, F.V. Toukach, A. Ziolkowski, N.A. Paramonov, W. Kaca, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov Biochem., 61(9) (1996) 1100−1105.

60. A.S. Swierzko, A.S. Shashkov, S.N. Senchenkova, F.V. Toukach, A. Ziolkowski, M. Cedzynski, N.A. Paramonov, W. Kaca, Y.A. Knirel FEBS Lett., 398 (1996) 297−302.

61. A.S. Shashkov, F.V. Toukach, N.A. Paramonov, A. Ziolkowski, S.N. Senchenkova, W. Kaca, Y.A. Knirel Biochem., 61(1) (1996) 24−33.

62. N.A. Kocharova, A.S. Shashkov, O.V. Shcherbakova, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov, E.V.Kholodkova, E.S. Stanislavsky Biochem., 62 (1997) 588−592.

63. E.V. Vinogradov, Y.A. Knirel, A.S. Shashkov, N.K. Kochetkov, E.V. Kholodkova, E.S.Stanislavskii Bioorg. Khim., 13 (1986) 660−669.

64. E.V. Vinogradov, Y.A. Knirel, A.S. Shashkov, N.K. Kochetkov Carbohyd. Res., 170 (1987) Cl.

65. Н. Baumann, В. Erbing, Р.-Е. Jansson, L. Kenne J. Chem. Soc. Perkin Trans., 1 (1989) 21 532 165.

66. A.S. Shashkov, F.V. Toukach, S.N. Senchenkova, A. Ziolkowski, N.A. Paramonov, W. Kaca, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov Biochem., 62(5) (1997) 509−513.

67. F.Y. Toukach, N.P. Arbatsky, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, K. Zych, Z. Sidorczyk Carbohyd. Res., 311 (2001)213−218.

68. J. Radziejewska-Lebrecht J., A.S. Shashkov, E.V. Vinogradov, H. Grosskurth, B. Bartodziejska, A. Rozalski, W. Kaca, L.O. Kononov, A.Y. Chernyak, H. Mayer, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov-Eur. J. Biochem., 230 (1995) 705−712.

69. P.-E. Jansson, L. Kenne, E. Schweda J. Chem. Soc. Perkin Trans., 1 (1987) 377−383.

70. A.S. Shashkov, F.V. Toukach, N.A. Paramonov, A. Ziolkowski, S.N. Senchenkova, W. Kaca, Y.A. Knirel FEBSLett., 386 (1996) 247−251.

71. A.S. Shashkov, F.V. Toukach, A. Ziolkowski, N.A. Paramonov, S.N. Senchenkova, W. Kaca, Y.A. Knirel Biochem., 61(5) (1996) 575−579.

72. F. V. Toukach, N.P. Arbatsky, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, K. Zych, Z. Sidorczyk Carbohyd. Res. (2001).

73. J. Gmeiner, Eur. J. Biochem. 74 (1977) 171−180.

74. F.V. Toukach, N.P.Arbatsky, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, K. Zych, Z. Sidorchyk -20th International Carbohydrate Symposium (abstract book) 21.

75. К. Zych, Z. Sidorczyk, N.P. Arbatsky, F.V. Toukach, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel Eur. J. Biochem (2001).

76. P.J. Garegg, P.-E. Jansson, B. Lindberg, F. Lindh, J. Lonngren, I. Kvarnstrom, W. NimmichCarbohyd. Res., 78 (1980) 127−132.

77. M.B. Perry, L.L. MacLean Carbohyd. Res., 253 (1994) 257−263.

78. Z. Sidorczyk, K. Zych, F.V. Toukach, N.A. Paramonov, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel Arch. Immunol. Ther. Exp., 45 (1997) 435−441.

79. F.V. Toukach, N.P. Arbatsky, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, K. Zych, Z. Sidorczyk Carbohyd. Aes., 312 (1998) 97−101.

80. A.S. Shashkov, A.N. Kondakova, S.N. Senchenkova, K. Zych, F.V. Toukach, Y.A. Knirel, Z. Sidorczyk Eur. J. Biochem., 267 (2000) 601−605.

81. K. Zych, N.A. Kocharova, M. Kowalczyk, F.V. Toukach, D. Kaminska, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, Z. Sidorczyk Eur. J. Biochem., 267 (2000) 808−81 485 неопубликованные данные автора.

82. E.V. Vinogradov, Z. Zydorchyk, A. Swierzko, A. Rozalski, E.D. Daeva, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov Eur. J. Biochem., 197 (1991) 93−103.

83. A. S. Shashkov, S. N. Senchenkova, E. L. Nazarenko, V. A. Zubkov, N. M. Gorshkova, Y. A. Knirel, R. P. Gorshkova Carbohydr. Res., 303 (1997) 333−33 888 неопубликованные данные автора.

84. F.V. Toukach, В. Bartodziejska, S.N. Senchenkova, M. Wykrota, A.S. Shashkov, A. Rozalski, Y.A. Knirel Carbohyd. Res., 318(1−4) (1999) 146−15 390 неопубликованные данные автора.

85. S.N. Senchenkova, A.S. Shashkov, F.V. Toukach, A. Ziolkowski, A. Swierzko, K.-I. Amano, W. Kaca, Y.A. Knirel, Biochem., 62(5) (1997) 461−468.

86. A. Ziolkowski, A.S. Shashkov, A.S. Swierzko, S.N. Senchenkova, F.V. Toukach, M. Cedzynski, K.-I. Amano, W. Kaca, Y.A. Knirel FEBS Lett., 411 (1997) 221−224.

87. E.V. Vinogradov, Y.A. Knirel, J.E. Thomas-Oates, A.S. Shashkov, V.L. L’vov Carbohyd. Res., 258(1994)223−232.

88. M. Bruix, J. Jimenez-Barbero, P. Cronet Carbohyd. Res., 273 (1995) 157−170.

89. E.V. Vinogradov, D. Krajewska-Pietrasik, W. Kaca, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, N.K. KochetkovEur. J. Biochem., 85 (1989) 645−650.

90. F.V. Toukach, A.S. Shashkov, E. Katzenellenbogen, N.A. Kocharova, A. Czarny, Y.A. Knirel, E. Romanowska, N.K. Kochetkov Carbohyd. Res., 295 (1996) 117−126.

91. C. Galanos, O. Luderitz, E.T. Rietschel, O. Westphal «International review of biochemistry», vol.14, T.W. Goodwin, Ed.- Baltimore: University Park Press (1977) 239.

92. W. Kaca, Y.A. Knirel, E.V. Vinogradov, K. Kotelko Arch. Immunol. Ther. Exp., 35 (1987) 431 437.

93. M.R. Ranee J. Magn. Reson., 64 (1985) 533−535.

94. B. Lindberg Adv. Carbohyd. Chem. Biochem., 48 (1990) 279−318.

95. K. Jann, B. Jann «Structure and biosynthesis of O-antigens» in «Handbook of endotoxins: chemistry of endotoxin», Rietschel, E. Т., Ed., Elsevier: Amsterdam, 1 (1984) 138−186.

96. O. Luderitz, M.A. Freudenberg, С. Galanos et al. Curr. Top. Membr. Transp, 17 (1982) 79−151.

97. E.T. Rietschel, L. Brade, O. Host et al. «Cellular and molecular aspects of endotoxin reactions», Amsterdam: Elsevier (1990) 15 -3 2.

98. E.T. Rietschel, L. Brade, U. Shade «Surface structures of microorganisms and thier interactions with the mammalian hosts», Weinheim: Verlag Chemie (1988) 1−41.

99. Т. Shimizu, S. Akiyama, Т. Masuzawa et al. Infect. Immun., 55(9) (1987) 2287−2289.

100. J.S. Lam, M.Y. Lam, L.A. McDonald, R.E.W. HancockJ. Bacteriol., 169(8) (1987) 3531−3538.

101. H. Brade, L. Brade, E.T. Rietschel Zbl. Bact. Hyg. A., 268(2) (1988) 151−179.

102. S.N. Senchenkova, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov, K. Zych, Z. SidorczykCarbohyd. Res., 293 (1996) 71−78.

103. Y.A. Knirel, N.A. Paramonov, E.V. Vinogradov, A.S. Shashkov, N.K. Kochetkov, Z. Sidorczyk, A. Swierzko Carbohyd. Res., 235 (1992) C19-C23.

104. Ю. А. Книрель, E.B. Виноградов, A.C. Шашков, 3. Сидорчук, У. Каца, А. Розальский, К. Котелко, Н. К. Кочетков Докл. Акад. Наук., 324 (1992) 333−338.

105. Z. Sidorczyk, А. Swierzko, К. Zych, N.A. Paramonov, E.V. Vinogradov, A.S. Shashkov Y.A. Knirel Arch. Immunol. Ther. Exp., 44 (1996) 179−185.

106. Y.A. Knirel, W. Kaca, A. Rozalski, Z. Sidorczyk,. Pol. J. Chem., 73 (1999) 895−907.

107. B. Bartodziejska, A.S. Shashkov, D. Babicka, A.A. Grachev, A. Torzewska, N.A. Paramonov, A.Y. Chernyak, A. Rozalski, Y.A. Knirel Eur. J. Biochem., 256(2) (1998) 488−493.

108. M. Cedzinski, Y.A. Knirel, A.S. Shashkov, E.V. Vinogradov, W. Kaca Eur. J. Biochem., 232 (1995)558−562.

109. A.V. Perepelov, S.N. Senchenkova, A. Torzewska, A. Rozalski, A.S. Shashkov, A. Rozalski, Y.A. Knirel Eur. J. Biochem., 267 (2000), in press.

110. Ю. А. Книрель, H.K. Кочетков Биохимия, 59(12) (1994) 1784−1826.

111. К. Kotelko, W. Gromska, M. Papierz, Z. Sidorczyk, D. Krajewska-Pietrasik, K. Szer J. Hyg. Epidemiol. Microbiol. Immunol. — 21 (1977) 271−284 118 0. Westphal, К. Jann Methods Carbohydr. Chem., 5 (1965) 83−89.

112. J. Gmeiner Eur. J. Biochem., 58 (1975) 621−626.

113. K. Leontein, B. Lindberg, J. Lonngren Carbohyd. Res., 62 (1978) 359−362.

114. G.J. Gerwig, J.P. Kamerling, J.F. Vliegenthart Carbohyd. Res., 77 (1979) 1−7.

115. A. Bax, S. Subramanian J. Magn. Reson., 67 (1986) 565−583.

116. L. Lerner, A. Bax J. Magn. Reson., 69 (1986) 375−380.

117. F.V. ToukachXl-th International Conf: Magnetic Resonance in Chemistry and Biology abstract book, Russia, Zvenigorod, (2001) 120−122.

118. Ф. В. Тоукач, C.H. Сенченкова, Н. П. Арбатский, A.C. Шашков, Ю. А. Книрель, А. Розальский, В. Каца, 3. Сидорчук «Новые достижения ЯМР в структурных исследованиях» род. Аганова A.B. (спец. выпуск «Новости ЯМР в письмах») (2000) 935.

Показать весь текст
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!