Споры между государствами могут разрешаться и в международных организациях (универсальных и региональных). Так, Устав ООН уделяет большое внимание вопросам мирного урегулирования споров (об этом говорится в 20 из 111 статей Устава). В Уставе ООН определяются права и обязанности Генеральной Ассамблеи, Совета Безопасности, Международного суда в деле разрешения споров. Так, согласно ст. 14 Устава Генеральная Ассамблея уполномочена «рекомендовать меры мирного улаживания любой ситуации», которая может привести к угрозе международному миру. Широкими полномочиями в деле мирного разрешения споров обладает Совет Безопасности ООН. Он может оказывать добрые услуги и посредничество, осуществлять расследование и примирение. Мирное разрешение споров — одно из его полномочий.
Совет Безопасности рассматривает прежде всего такие споры и ситуации, продолжение которых угрожает международному миру и безопасности. Если характер спора или ситуации не установлен, то Совет Безопасности может расследовать их в целях определения, не могут ли они представлять угрозу международному миру (ст. 34). Государства — члены ООН могут доводить до сведения Совета Безопасности о любом таком споре или ситуации. Совет Безопасности может в любой стадии спора рекомендовать надлежащую процедуру или методы урегулирования спора; при этом он исходит из того, что споры юридического характера передаются в Международный суд ООН (ст. 36). Если Совет Безопасности считает, что продолжение спора может угрожать международному миру, то он либо действует в соответствии со ст. 36, либо рекомендует «такие условия разрешения спора, какие он найдет подходящими» (ст. 37).
В учредительных актах региональных организаций содержатся положения о разрешении споров, которые могут возникнуть между государствами-членами. Например, подробно этот вопрос регламентирован в Хартии Африканского Союза (АС). Для практического претворения в жизнь принципа мирного урегулирования споров в ст. 7 и 19 предусмотрено создание Комиссии по посредничеству, примирению и арбитражу, являющейся постоянным и одним из главных органов АС. Ее состав, структура и полномочия определены Протоколом от 21 июля 1964 г.
Роль посредника ограничивается примирением мнений и претензий сторон; посредник в возможно кратчайший срок делает предложения сторонам в письменной форме; если меры примирения, предложенные посредником, приняты, они становятся основой Протокола о соглашении между сторонами (ст. 21 Протокола).
Основанием процедуры примирения служит поданная на имя председателя Комиссии петиция одной или обеих спорящих сторон (ст. 22 Протокола). По получении петиции с согласия сторон создается Совет примирителей, в обязанности которого входят выяснение проблем спора и принятие усилий для обеспечения согласия между сторонами на взаимоприемлемых условиях (ст. 24 Протокола).