Гарантии, предоставляемые гражданским служащим при реорганизации или ликвидации государственного органа либо сокращении должностей гражданской службы, имеют ряд особенностей по сравнению с указанными гарантиями в ТК. Одна из особенностей состоит в том, что гражданскому служащему с учетом уровня его квалификации, профессионального образования и стажа гражданской службы или работы (службы) по специальности может быть предоставлена возможность замещения иной должности гражданской службы не только в том же государственном органе, но и в другом государственном органе.
Кроме того, при сокращении должностей гражданской службы, при ликвидации государственного органа гражданский служащий может быть направлен на профессиональную переподготовку или повышение квалификации.
В постановлении Пленума ВС РФ от 17.03.2004 № 2 указано, что при рассмотрении дел о восстановлении в должности государственных служащих, уволенных при ликвидации государственного органа, сокращения его штата либо численности, ответчиком должны быть представлены доказательства, подтверждающие, что после предупреждения о высвобождении государственному гражданскому служащему предлагались вакантные должности в этом государственном органе, а при их отсутствии — хотя бы одна вакантная должность в другом государственном органе, и он отказался от предложенной работы, либо отказался от прохождения переподготовки (переквалификации) в порядке, установленном законодательством РФ и субъектов РФ о государственной службе. При этом под предложением о вакантной должности понимается исходящее от уполномоченного должностного лица кадровой службы государственного органа предложение о назначении на государственную должность государственной службы, в том числе нижестоящую, обязанности по которой государственный служащий может выполнять с учетом его профессии, квалификации и ранее занимаемой должности.
В случае принятия решения о сокращении в государственном органе должностей гражданской службы представитель нанимателя обязан за два месяца до сокращения сообщить об этом в письменной форме гражданским служащим. В течение этого срока представитель нанимателя вправе провести в государственном органе внеочередную аттестацию гражданских служащих. Она проводится в целях выявления гражданских служащих, имеющих более высокие квалификацию и результаты профессиональной служебной деятельности. Выводы внеочередной аттестации учитываются при определении гражданских служащих, имеющих преимущественное право на замещение должности гражданской службы в связи с сокращением замещаемых ими должностей.
Законодательство о государственной гражданской службе допускает возможность с письменного согласия гражданского служащего расторжения с ним служебного контракта без предупреждения об этом за два месяца. Дополнительная компенсация в этом случае в отличие от ст. 180 ТК не предоставляется. К таким гражданским служащим применяется правило, действующее при увольнении с гражданской службы в связи с реорганизацией государственного органа или изменением его структуры, ликвидацией государственного органа либо сокращением должностей гражданской службы: им выплачивается компенсация в размере четырехмесячного денежного содержания. При этом выходное пособие не выплачивается.