В результате деятельности органов местного управления создавались архивы местных учреждений. Царский Судебник 1550 г. обязывал «бережно хранить» все дела государственных учреждений, составлять «разметные книги» (в них фиксировались имущественное положение и повинности посадских людей). Эти книги составлялись в двух экземплярах: один экземпляр направлялся в центр, другой хранился на месте у старосты или целовальника. Для письменного оформления дел при мирских органах имелись «земские дьяки».
Существовали архивы при губных избах — органах местного самоуправления. Документы губных изб можно разделить на уставные, которые давались жителям для введения губного самоуправления, и губные наказы, рассылавшиеся на места при выборе губных старост и при проведении различных правительственных мероприятий. В архивах губных изб концентрировались судебные дела, переписка с Разбойным приказом и другими губными избами. Позднее, когда в ведение губных изб перешли все уголовные дела и полицейские функции, состав их документов расширился. Стали формироваться дела по надзору за общественным порядком, здесь же составлялись кабальные книги и другие документы.
В XVI в. появляются земские избы, также органы местного самоуправления. В их архивы поступали материалы по производству судебных дел над посадским и черносошенным населением, а также дела по сбору податей и пошлин, описанию городских земель, лавок, дворов, мельниц и т. д. Эта документация помещалась в земских ларцах вместе с денежными сборами и уставными грамотами. Должностным лицам запрещалось обращаться за документами в ларцы без свидетелей, в связи с чем ларцы хранились за печатями.
До нас дошли документальные фонды приказных изб, функционировавших в XVII — начале XVIII в. Приказные избы ведали административными, военными, финансовыми, полицейскими, судебными делами городов и уездов. Состав документов этих учреждений был разнообразен: материалы о розыске беглых крестьян, денежных и хлебных сборах, поставке работных людей и подвод, передаче поместий новым владельцам, о положении и быте татар, мордвы, чувашей и других народов Русского централизованного государства.
В рассматриваемый период продолжают расширяться архивы при церквях и монастырях, увеличивается число частновладельческих архивов (вотчинные, поместные, купеческие).
