Средняя прозрачность воды за время исследований составила 24,9 см. В этот период наблюдались сезонные колебания прозрачности воды. С повышением температуры воды прозрачность начинала ухудшаться, понижение температуры говорило о постепенном увеличении прозрачности и снижении развития гидробионтов и как следствие уменьшение разрастания растительности на дне водоема.
Наблюдая за изменениями температуры воды в озере можно определить как прямую, так и обратную стратификацию. С марта по август 2014 г. приток тепла за сутки устойчиво преобладает над потерями тепла и наблюдается прямая стратификация — по мере углубления температура воды снижается. Но начиная с сентября, потери тепла за сутки начинают преобладать над притоком тепла. В связи, с этим на смену прямой стратификации приходит обратная — с углублением в толщу воды ее температура возрастае, что и способствует замерзанию воды в озере.
Цветность воды составляет 46,5 градусов по хром-кобальтовой шкале цветности. Это значит, что вода обладает хорошими органолептическими свойствами и оказывает положительное влияние на развитие гидробионтов.
Индекс Майера равен 12, поэтому Святое озеро является умеренно загрязненным и имеет 3 класс качества воды. По сапробности озеро является бета-мезосапробным. Это значит, в нем находится большое количество органических загрязнителей. Озеро является сильно загрязненным водоемом. Имеет среднюю степень эвтрофикации.
