С научной точки зрения наибольшим препятствием при ксенотрансплантации (все процедуры переноса тканей в пределах двух разных видов) является отторжение трансплантируемых тканей иммунной системой хозяина. С этой проблемой приходится иметь дело и при аллотрансплантации (трансплантация, при которой донором трансплантата является генетически и иммунологически другой человеческий организм). Тем не менее, при ксенотрансплантации наблюдаются гораздо более ярко выраженные «сигналы несоответствия» (как результат того, что маркеры на поверхности клеток донора и хозяина сильно отличаются друг от друга), которые приводят к увеличению активности и интенсивности иммунного ответа со стороны организма хозяина. Существует три основных типа отторжения: сверхострое отторжение, задержка трансплантата и отторжение, опосредованное Т-клетками (Weiss, 1998). Проблемы отторжения, имевшие место при первых попытках пересадки почек шимпанзе и бабуинам больным людям, вызвали недоверие к этой новой области исследования. Появление в начале 80-х годов иммунодепрессивных препаратов стимулировало дальнейшие попытки пересадки от бабуинов людям, но все они закончились неудачей (Nelson, 1992). Наиболее широкую известность приобрёл случай Бэби Фоу — младенца, появившегося на свет со смертельной формой врожденного порока сердца и в возрасте 15 дней получившего сердце бабуина. Младенец прожил только 20 дней, однако группа хирургов, ответственных за проведение операции сочла результаты достаточно обнадеживающими для продолжения дальнейших исследований в этой области (Bailey et al., 1985). Они сообщили, что использованная ими схема применения иммунодепрессантов почти полностью предотвратила клеточное отторжение, а неудача при пересадке была связана с прогрессирующей и потенциально предотвратимой реакцией на несовместимую группу крови. Успехи в развитии методов генетической модификации (Weiss, 1998) дают основания надеяться на то, что в будущем некоторые типы отторжения могут стать преодолимыми. Например, сверхострую реакцию можно предотвратить введением человеческих генов свиньям-донорам.
На сегодня многие исследователи по различным причинам смотрят более оптимистично на использование для пересадки органов свиней, а не человекообразных приматов (Nuffield Council on Bioethics, 1996). Среди этих причин следующие: те виды обезьян, которые наиболее близкородственны людям, находятся под угрозой исчезновения и потому официально защищены законом; свиньи одомашнены, имеют большой опорос и могут выращиваться в стерильно чистых условиях; свиньи имеют сходную с человеческой физиологию таких органов, как сердце, печень и поджелудочная железа; органы свиньи быстро достигают размеров человеческих органов.
