В бассейне Ала-Арча снежная линия на северных склонах опускается на высоты 3500−3700 м.н.ур.моря., в зависимости от экспозиции склонов.
Наиболее крупные ледники — Адыгине, Ак-Сай, Топ-Карагай, Туюк, Голубина, Большой Ала-Арчинский — относятся к долинному типу. Всего в бассейне Ала-Арчи более 50 ледников. Большинство из них относят к типу висячих ледников сравнительно наибольших до 1 км, в длину сползающих с крутых скальных гребней и вершин, Яркий пример этого типа — ледниковый купол на вершине Бокс /4240 м.н.ур.моря/, в урочище Ак-Сай.
В последнее время идет интенсивное отступление всех ледников. Ледник Голубина за последнее время, примерно за 40 лет отступил более чем на 1 км, обнажив глубокий скальный каньон Джинды-Суу. Летние бурные таяния ледников и ливневые осадки нередко были причиной катастрофических селей.
Узкие долины р. Ала-Арча и ее притоков с крутыми и отвесными склонами прорезают всю территорию парка и расчленяют ее на отдельные участки. Источниками питания рек служат ледники и снежники, а в летний период и дождевые осадки. Это типичные горные реки /Топ-Карагай, р. Адыгине, р. Ак-Сай, р. Ала-Арча/ и, несмотря на относительно небольшую глубину /0,4 — 0,6 м/ и ширину /3 — 5/ все они имеют бурное течение из-за больших уклонов русла /местами до 70/.
Водный режим рек отличается неравномерностью даже в течение суток. Так, при среднегодовом расходе воды р. Ала-Арча в 4,0−4,5 м/сек максимум может достигать 50 м/сек при выпадении осадков ливневого характера.
Больших озер на территории парка почти нет, имеются только небольшие водоемы, образованные на моренах вблизи ледников, а также в местах, где реки подпружены обвалами и осыпями.
Водосборная площадь р. Ала-Арчи составляет 270 кв. км, но основана запасы влаги сконцентрированы в ледниках, снежниках, многочисленных на вершинах хребтов.
