Заражение людей и животных происходит в результате вдыхания зараженного воздуха, попадания микробов и токсинов на слизистую оболочку и поврежденную кожу, употребления в пищу зараженных продуктов и воды, укусов зараженных насекомых и клещей, соприкосновения с зараженным предметом, ранения осколком боеприпасов, снаряженных бактериальными средствами, а также в результате непосредственного общения с больными людьми (животными). Ряд заболеваний быстро передается от больных людей к здоровым и вызывает эпидемии (чумы, холеры, тифа, гриппа и др.).
К основным средствам защиты населения от бактериологического оружия относятся: вакциносывороточные препараты, антибиотики, сульфаниламидные и другие лекарственные вещества, используемые для специальной и экстренной профилактики инфекционных болезней, средства индивидуальной и коллективной защиты, химические вещества, применяемые для обезвреживания. При обнаружении признаков применения бактериологического оружия немедленно надевают противогазы (респираторы, маски), а также средства защиты кожи и сообщают о бактериологическом заражении.