Столь же сложный путь проделала система центральных отраслевых органов управления — приказов. В 1677 г. насчитывалось 60, в 1682 г. — 53, в 1684 г. — 38 приказов. При сокращении числа центральных приказов возрастала численность приказных губ, местных органов приказного управления, — к 1682 г. она достигла 300.
В конце XVII в. было произведено укрупнение и объединение отраслевых и территориальных приказов. Во главе каждого из них стал один из видных бояр-аристократов, что усилило авторитет и влиятельность органа. Параллельно происходило создание специальных приказов, осуществлявших контрольную деятельность по отношению к большой группе других приказов (например, Счетный приказ), соподчиняя их единому направлению государственной деятельности, что способствовало дальнейшей централизации управления.
В ходе этого процесса число приказов уменьшалось, но общая численность штата чиновников возросла: если в 40-х гг. XVII в. Приказный аппарат составлял около 1600 человек, то уже в 90-х гг. он возрастает до 4600 человек. В штате центрального московского аппарата в это время было задействовано около 3 тыс. человек. Значительно возросло число младших чиновников, что связано с дальнейшей специализацией в деятельности приказов и их ведомственным разграничением.
Складывалась новая система чинов, единых для отраслей государственного управления, армии и местного управления. Таким универсальным чином становились стольники. Отмена местничества постановлением 1682 г. изменила принципы подбора руководящих кадров, новые принципы их формирования закрепила Табель о рангах.
Процесс централизации затронул и систему местных органов: с 1726 г. по всей территории государства рядом с органами местного самоуправления (губные, земские избы, городовые приказчики) стали появляться воеводы. К концу XVII в. их число возросло до 250, они сосредоточили всю административную, судебную и военную власть на местах, подчиняясь Центру.
Уже к 80-м гг. XVII в. воеводы по всей территории страны вытеснили выборные местные органы. Воеводы руководили вверенными им территориальными округами-уездами, а в конце XVII в. некоторые из них поднялись на более высокий уровень: были образованы более крупные административные единицы — разряды (предшественники будущих губерний).
