В 1547 г. при Иване Грозном глава государства стал носить официальный титул царя, государя и великого князя Московского, передаваемый по наследству. В своей деятельности он опирался на Боярскую Думу, постоянно действовавшую при царе. В 1549 г. в ее составе была учреждена «Избранная дума» («Избранная рада») из доверенных лиц. Подготовку материалов для думы осуществлял штат профессиональных чиновников, связанных с приказами.
Особое место в системе государственных органов занимали Земские Соборы, проводившиеся с сер. 16 в. до сер. 17 в. их созыв объявлялся царской грамотой. В состав Собора входили Боярская Дума, «Освященный собор» (церковные иерархи) и выборные от дворянства и посадов.
Духовная и светская аристократия представляла элиту общества, царь в решении важнейших вопросов не мог обойтись без ее участия. Дворянство — главное служилое сословие, основа царского войска и бюрократического аппарата. Верхушка посадского населения — главный источник денежных доходов для казны.
Земские соборы решали основные вопросы внешней и внутренней политики, законодательства и финансов, государственного строительства. Вопросы обсуждались по сословиям («по палатам»), но принимались всем составом.
Структура соборов достаточно сложна: так, в состав Стоглавого собора (1551 г.) входили в полном составе Освященный собор, Боярская Дума и «Избранная рада». Некоторые соборы выполняли роль избирательного органа в период междуцарствия, другие — совещательного, как Дума.
Сословно-представительными органами на местах всер. 16 в. стали земские и губные избы. Учреждение этих органов ограничивало и заменяло систему кормлений: выборные самоуправляющиеся избы приняли на себя финансово-налоговую (земские) и полицейско-судебную (губные) функции. Их компетенция закреплялась в губных грамотах и земских уставных грамотах, подписываемых царем, их штат состоял из «лучших людей» — сотских, пятидесятских, старост, целовальников и дьяков.
Деятельность земских и губных изб контролировалась различными отраслевыми приказами (Разбойный, Казанский, Стрелецкий и др.). Структурное подразделение приказа — стол, специализировавшийся в своей деятельности либо по отраслевому, либо по территориальному принципу.
Московский большой стол Разрядного приказа вел учет всех служилых людей, регистрировал указы и грамоты. Поместный стол ведал вотчинными и поместными делами, Денежный — вопросами финансирования и т. д.
Документы, издаваемые приказами, — жалованные грамоты (содержали пожалования), указы от имени царя и бывшие формой решения по конкретному делу, изложенному в отписке (докладной записке должностного лица), памяти (документе, исходящем от другого приказа) или челобитной.