Почти через месяц в Москву приехала невеста Лжедмитрия Марина Мнишек, с которой прибыл ее отец и 2 тысячи поляков. Царь обвенчался с ней в «пятницу на Николин день», что было против устава и обычаев русской православной церкви. Женитьба на католичке, прибывшей к русскому царю с огромной свитой спесивых шляхтичей, вызвала новую волну недовольства среди жителей столицы. Этой ситуацией воспользовался боярский клан Шуйских для организации заговора против самозванца.
Заговорщики в урочный час ударить в набат и объявить народу, что поляки убивают государя. Затем людскую толпу направить для расправы над поляками, а самим ворваться в Кремль к самозванцу будто бы для его обороны, а на самом деле разом покончить с ним. Ночью 17 мая 1606 г неожиданно зазвонили все московские колокола. Народ хлынул на Красную площадь. Там с мечами на конях уже были бояре, которые и послали толпу на расправу с поляками, а Василий Шуйский со своими ближайшими соратниками направился в Кремль. В царском дворце Лжедмитрий пытался бежать через окно, однако неосторожно упал и сильно ударился. Заговорщики не стали медлить, — они мечами зарубили его и уже мертвого сбросили с крыльца.
Резня продолжалась почти до полудня, за 17 мая было перебито много шляхов, но Марина Мнишек и ее отец остались живы — бояре укрыли их от расправы. Позже они были высланы в Ярославль.
Тело самозванца вместе с телом Басманова было выставлено на поругание на Красной площади, а через 3 дня сожжено. Прах смешали с порохом и выстрелили в ту сторону, откуда Лжедмитрий пришел в русскую столицу.
Московские бояре при поддержке горожан «прокричали» царем знатного боярина Василия Ивановича Шуйского, потомка Александра Невского. Они преследовали определенную цель: править самим при царе, не отличавшемся большими способностями. От нового царя даже потребовали письменного заверения в том, что он не будет ничего делать без их ведома. Однако с приходом нового правителя страна не успокоилась. Обиды, недовольство, стремление к «справедливости», которую разные группы понимали по-своему, и прочее вырвались, словно джинн из бутылки, лишь только пробка крепкой царской власти оказалась сорванной.