В ходе проведения Избранной радой реформ стали формироваться функциональные органы управления — приказы. До этого четкого разграничения обязанностей ни чиновники, ни государственные учреждения не имели. Одним из первых «приказов» было центральное финансовое ведомство — Казна. К числу ранних приказов относится Посольский. Государственной земельной собственностью стал управлять Поместный приказ, военными делами — Разрядный приказ, судом — Разбойный приказ. Важное значение приобрел Челобитный приказ, куда стекались жалобы на «неправедный суд» и «насилия».
Приказы создавались по мере надобности. В конце XVI века существовало около 20 приказов. Во главе их стояли знатные бояре, в подчинении которых находились дьяки, подьячие и писцы. Особенностью приказов было сосредоточение в их ведении как административной, так и судебной власти. Старая территориальная система управления, выросшая в процессе объединения земель, была дополнена отраслевой системой управления, которая более соответствовала потребностям централизованного государства.
Централизация государственной власти выдвинула вопрос о месте церкви в государстве. В 1551 году был созван собор, получивший название «Стоглавого», так как его постановления состояли из 100 глав. По предложению царя, нуждавшегося в поддержке церкви, собор одобрил Судебник и начавшиеся реформы. Был утвержден единый пантеон русских святых, унифицированы обряды, написание икон и богослужебных книг, что способствовало преодолению местного сепаратизма в церковной организации.
В условиях централизующегося государства возрастала роль церкви, в рамках которой в основном протекала духовная и культурная жизнь общества. Это побудило строже относиться к нравственному облику священнослужителей — той силы, которая была непосредственно обращена к верующим. Поэтому собор осудил пороки, распространенные среди священников. Было запрещено пить водку, разрешалось пить только виноградное вино, пиво и мед. А протопопы (старшие священники) должны были следить за тем, чтобы священники не сквернословили и не дрались.
На соборе вспыхнула борьба между «нестяжателями» и «иосифлянами» по вопросу о церковном землевладении. Победу одержали «иосифляне». Церковь в основном сохранила свои земли. В то же время светская власть установила контроль над ростом церковного землевладения. По решению собора церковь должна была вернуть прежним владельцам земли, полученные от них после 1533 года. Впредь она могла покупать новые земли или получать их как вклады, например, «на помин души», только с разрешения царя. Такая постановка вопроса позволяла предотвратить растаскивание светских земель «из службы» — ведь помещики и вотчинники отправлялись на войну с этих земель.
