Политика ФНО по отношению к колонам сразу после завершения войны характеризуется выдвинутым лозунгом «Чемодан или гроб». В первые же месяцы после подписания перемирия около 1 млн поселенцев покинули свою родину, эмигрировав во Францию и превратились в беженцев.
5 июля 1962 года, в день провозглашения независимости Алжира, в Оран прибыла толпа вооружённых людей, принявшихся убивать европейцев. Резня была остановлена через несколько часов вмешательством французской жандармерии. В поимённом списке погибших и пропавших без вести в тот день значится 153 человека.
Жертвы Число жертв войны с трудом поддаётся оценке. На пике боевых действий в Алжире находилось более 400 тыс. французских военнослужащих. Потери французской армии сразу после завершения войны были оценены в 18 тыс. погибших; именно это цифра наиболее распространена. Некоторые источники приводят более высокие оценки — от 25 до 35 тыс. погибших; неясно, чем вызвано такое расхождение в цифрах.
По официальной французской статистике, в ходе войны было убито и пропало без вести 3300 «черноногих» пьенуаров — французов алжирского происхождения. На территории Франции погибло 4300 человек — жертвы конфликта между алжирскими движениями.
Алжирские источники используют цифры от 1 миллиона до 1,5 миллиона погибших и 3 миллиона алжирцев, перемещённых в концлагеря, но большинство современных историков считает эту цифру завышенной.
Основываясь на пенсиях, выплаченных семьям погибших бойцов-муджахединов, как гражданских, так и военных, БенжаменСтора даёт цифру приблизительно 150 000 убитых, то есть один боец из двух. Надо к этому добавить приблизительно 12 тысяч жертв внутренних конфликтов между Национальным алжирским Движением и Фронтом национального освобождения. Что касается «европейцев», этот автор пишет о 4500 человек.
Что касается гражданского населения, с учётом процесса сравнения по пирамиде возрастов, французские историки оценивают число погибших во время войны алжирцев от 300 000 и 400 000 (около 3% населения).
По мнению АлистераХорна, автора классического исследования, реальное число жертв находится где-то между французской и алжирской оценками.
После провозглашения независимости Алжира коллаборационисты мусульманского происхождения (так называемые харки), принимавшие участие в боевых действиях на стороне французов, были, вопреки соглашениям и контролю Международного Красного Креста, арестованы, и некоторые из них были убиты. Число погибших харки колеблется, согласно различным источникам, от 10 до 150 тыс. человек. Наиболее правдоподобная оценка — от 15 до 30 тысяч.
