Заявление о замене военной службы по призыву альтернативной службой подается гражданином в отдел военкомата субъекта федерации по месту постановки на воинский учёт не позднее полугода до начала того призыва, в ходе которого заявитель должен быть призван на военную службу (то есть подлежащие призыву в осенний призыв подают заявления до 1 апреля, а призываемые весной следующего года — до 1 октября).
Те, у кого преждевременно, по истечении указанных сроков, прекратилось действие отсрочки (например, по причине отчисления из вуза), вправе подать заявление в течение 10 дней со дня прекращения основания для отсрочки.
Соблюдение установленных законом сроков подачи заявления весьма важно, так как большинство отказов, вынесенных призывными комиссиями в предшествующие годы, мотивированы несвоевременной подачей заявления. Однако можно смело подавать заявление на обжалование решения в суд, так как данный пункт закона об АГС нарушает конституционные права, в частности ст. 59 Конституции России. Кроме того, призывная комиссия вправе признать причины нарушения срока уважительными и вынести положительное решение.
Заявление должно быть принято сотрудниками военкомата и представлено на рассмотрение призывной комиссии в любом случае, даже если оно подано позже положенного срока. Решение об отказе в праве на АГС, в том числе и по основанию нарушения срока и (или) порядка подачи заявления, полномочна принять только призывная комиссия.
Решение призывной комиссии об отказе в праве на АГС может быть обжаловано в суде.
Заявления рассматриваются в ходе призыва, предшествующего тому, в который заявитель должен быть призван. Если время призыва — осенью, значит, заявление должно быть рассмотрено в весенний призыв.
В заявлении гражданин должен обосновать свой выбор, указав причины и обстоятельства, побудившие его ходатайствовать о замене военной службы АГС (ст. 11 ФЗ об АГС). Призывная комиссия вправе отказать гражданину, если характеризующие его документы и другие данные на самом деле не соответствуют его доводам о том, что несение военной службы противоречит его убеждениям или вероисповеданию. Решение об отказе должно быть мотивированным, то есть основанным на фактах, установленных комиссией и опровергающих доводы гражданина (ст. 12 ФЗ об АГС).
