ΠŸΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒ Π² написании студСнчСских Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚
АнтистрСссовый сСрвис

Π­Π½Π΄ΠΎΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Π° рСстрикции EcoRII: ИсслСдованиС каталитичСского ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° ΠΈ структуры Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратного комплСкса

Π”ΠΈΡΡΠ΅Ρ€Ρ‚Π°Ρ†ΠΈΡΠŸΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒ Π² Π½Π°ΠΏΠΈΡΠ°Π½ΠΈΠΈΠ£Π·Π½Π°Ρ‚ΡŒ ΡΡ‚ΠΎΠΈΠΌΠΎΡΡ‚ΡŒΠΌΠΎΠ΅ΠΉ Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Ρ‹

Π­Π½Π΄ΠΎΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Ρ‹ рСстрикции (Π­Π ) Ρ‚ΠΈΠΏΠ° II ΠΏΡ€Π΅Π΄ΡΡ‚Π°Π²Π»ΡΡŽΡ‚ собой ΠΎΠ±ΡˆΠΈΡ€Π½ΠΎΠ΅ сСмСйство Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚ΠΎΠ² с ΠΎΠ΄ΠΈΠ½Π°ΠΊΠΎΠ²Ρ‹ΠΌΠΈ функциями, ΠΊΠΎΡ‚ΠΎΡ€Ρ‹Π΅ Π²ΡΡ‚Ρ€Π΅Ρ‡Π°ΡŽΡ‚ΡΡ Ρ‚Π°ΠΊΠΆΠ΅ Ρƒ Π΄Ρ€ΡƒΠ³ΠΈΡ… Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ², спСцифичСски Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΡ… с Π”ΠΠš, Π² Ρ‡Π°ΡΡ‚ности Ρƒ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚ΠΎΠ², ΠΎΠ±Π»Π°Π΄Π°ΡŽΡ‰ΠΈΡ… Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Π½ΠΎΠΉ Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΡΡ‚ΡŒΡŽ (Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Ρ‹, Ρ€Π΅ΠΊΠΎΠΌΠ±ΠΈΠ½Π°Π·Ρ‹, Ρ€Π΅Π·ΠΎΠ»ΡŒΠ²Π°Π·Ρ‹, транспозазы, ΠΈΠ½Ρ‚Π΅Π³Ρ€Π°Π·Ρ‹, Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ, ΡƒΡ‡Π°ΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΠ΅ Π² Ρ€Π΅ΠΏΠ°Ρ€Π°Ρ†ΠΈΠΈ ΠΈ Π΄Ρ€.). Π‘Π»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎ, ΠΈΠ·ΡƒΡ‡Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° дСйствия Π­Π … Π§ΠΈΡ‚Π°Ρ‚ΡŒ Π΅Ρ‰Ρ‘ >

Π­Π½Π΄ΠΎΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Π° рСстрикции EcoRII: ИсслСдованиС каталитичСского ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° ΠΈ структуры Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратного комплСкса (Ρ€Π΅Ρ„Π΅Ρ€Π°Ρ‚, курсовая, Π΄ΠΈΠΏΠ»ΠΎΠΌ, ΠΊΠΎΠ½Ρ‚Ρ€ΠΎΠ»ΡŒΠ½Π°Ρ)

Π‘ΠΎΠ΄Π΅Ρ€ΠΆΠ°Π½ΠΈΠ΅

  • Бписок сокращСний

Π“Π»Π°Π²Π° 1. Π­Π½Π΄ΠΎΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Ρ‹ рСстрикции Ρ‚ΠΈΠΏΠ° II, Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΠ΅ с Π΄Π²ΡƒΠΌΡ участками узнавания Π² Π”ΠΠš. (ΠΎΠ±Π·ΠΎΡ€ Π»ΠΈΡ‚Π΅Ρ€Π°Ρ‚ΡƒΡ€Ρ‹).

1.1. Π­Ρ„Ρ„Π΅ΠΊΡ‚ устойчивости Π½Π΅ΠΊΠΎΡ‚ΠΎΡ€Ρ‹Ρ… ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ» Π”ΠΠš ΠΊ Ρ€Π°ΡΡ‰Π΅ΠΏΠ»Π΅Π½ΠΈΡŽ Π½Π΅ΠΎΠ±Ρ‹Ρ‡Π½Ρ‹ΠΌΠΈ эндонуклСазами Ρ‚ΠΈΠΏΠ° II. j

1.2. Π‘Ρ‚Ρ€ΡƒΠΊΡ‚ΡƒΡ€Π½ΠΎΠ΅ сходство эндонуклСаз Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² ΠΠ• ΠΈ IIF с «ΠΊΠ»Π°ΡΡΠΈΡ‡Π΅ΡΠΊΠΈΠΌΠΈ» эндонуклСазами Ρ‚ΠΈΠΏΠ° II ΠΈ Ρ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ Π΄Ρ€ΡƒΠ³ΠΈΡ… сСмСйств.

1.3. Π‘Ρ‚Ρ€ΡƒΠΊΡ‚ΡƒΡ€Π° эндонуклСаз Ρ‚ΠΈΠΏΠ° IIF.

1.4. Π‘Ρ‚Ρ€ΡƒΠΊΡ‚ΡƒΡ€Π° эндонуклСаз Ρ‚ΠΈΠΏΠ° ΠΠ•.

1.5. ВзаимодСйствиС эндонуклСаз Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² ΠΠ• ΠΈ IIF с Π”ΠΠš.

1.5.1. НСспСцифичСскоС взаимодСйствиС с Π”ΠΠš- поиск участков узнавания.

1.5.2. БпСцифичСскоС взаимодСйствиС с Π”ΠΠš (ΡƒΠ·Π½Π°Π²Π°Π½ΠΈΠ΅).

1.5.3. Цис- ΠΈ Ρ‚ранс- активация.

1.5.3.1. Изгиб ΠΈΠ»ΠΈ ΠΏΠ΅Ρ‚Π»Π΅ΠΎΠ±Ρ€Π°Π·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π”ΠΠš ΠΏΡ€ΠΈ Π³^ыс-Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π°Ρ†ΠΈΠΈ.

1.5.4. Роль Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄Π½Ρ‹Ρ… ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚Π΅ΠΉ, Ρ„Π»Π°Π½ΠΊΠΈΡ€ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΡ… участок узнавания, Π²ΠΎ Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡ‚Π²ΠΈΠΈ Π­Π  с Π”ΠΠš.

1.5.5. ΠšΠ°Ρ‚Π°Π»ΠΈΡ‚ΠΈΡ‡Π΅ΡΠΊΠΈΠΉ ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌ: ΠΊΠΈΠ½Π΅Ρ‚ΠΈΠΊΠ° Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΠΎΠ³ΠΎ расщСплСния Π”ΠΠš ΠΈ ΡΡ…Π΅ΠΌΡ‹ Ρ€Π΅Π°ΠΊΡ†ΠΈΠΉ.

1.5.6. ΠœΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌ ΠΊΠ°Ρ‚Π°Π»ΠΈΠ·Π° расщСплСния фосфодиэфирных связСй Π­Π .

1.5.6.1. АрхитСктура Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ³ΠΎ Ρ†Π΅Π½Ρ‚Ρ€Π°.

Π“Π»Π°Π²Π° 2. Π­Π½Π΄ΠΎΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Π° рСстрикции iicoRII: исслСдованиС каталитичСского ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° ΠΈ ΡΡ‚Ρ€ΡƒΠΊΡ‚ΡƒΡ€Ρ‹ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратного комплСкса (ΠΎΠ±ΡΡƒΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΠ΅Ρ€Π΅Π·ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Π°Ρ‚ΠΎΠ²).

2.1. ΠŸΡ€Π΅ΠΏΠ°Ρ€Π°Ρ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ΅ Π²Ρ‹Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅ эндонуклСазы? coRII Π² Π²ΠΈΠ΄Π΅ Π΅Π΅ Π³Π΅ΠΊΡΠ°Π³ΠΈΡΡ‚ΠΈΠ΄ΠΈΠ½ΠΎΠ²ΠΎΠ³ΠΎ ΠΏΡ€ΠΎΠΈΠ·Π²ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ. 4 Ρƒ

2.2. ΠšΠΈΠ½Π΅Ρ‚ΠΈΡ‡Π΅ΡΠΊΠΈΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° расщСплСния Π”ΠΠš эндонуклСазой? c0RII.

2.2.1. ΠšΠΈΠ½Π΅Ρ‚ΠΈΡ‡Π΅ΡΠΊΠΈΠ΅ схСмы.

2.2.2. РасщСплСниС 71-Π·Π²Π΅Π½Π½ΠΎΠ³ΠΎ субстрата с ΠΎΠ΄Π½ΠΈΠΌ участком узнавания эндонуклСазой? coRII Π² ΠΎΡ‚сутствиС ΠΈΠ»ΠΈ Π² ΠΏΡ€ΠΈΡΡƒΡ‚ствии 14-Ρ‚ΠΈ-Π·Π²Π΅Π½Π½ΠΎΠ³ΠΎ Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π°Ρ‚ΠΎΡ€Π°. ^

2.3. ΠžΠΏΡ€Π΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅ количСства ΠΌΠ΅ΠΆΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄Π½Ρ‹Ρ… связСй, расщСпляСмых эндонуклСазой? coRII Π·Π° ΠΎΠ΄ΠΈΠ½ каталитичСский Π°ΠΊΡ‚. ^

2.4. Бтруктурная организация Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ³ΠΎ комплСкса эндонуклСазы ZTcoRII с Π”ΠΠš.

2.4.1. ВзаимодСйствиС ΠΊΠΎΡ€ΠΎΡ‚ΠΊΠΈΡ… Π”ΠΠš-дуплСксов, содСрТащих Ρ„ΠΎΡ‚ΠΎΠ°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½Ρ‹Π΅ Π³Ρ€ΡƒΠΏΠΏΡ‹, с ΡΠ½Π΄ΠΎΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·ΠΎΠΉ EcoRII. ^

2.4.1.1. Π”ΠΈΠ·Π°ΠΉΠ½ Π°Π½Π°Π»ΠΎΠ³ΠΎΠ² ΠΊΠΎΡ€ΠΎΡ‚ΠΊΠΎΠ³ΠΎ субстрата.

2.4.1.2. БубстратныС свойства ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡ„ΠΈΡ†ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… Π”ΠΠš-дуплСксов- ΠΎΠ±Ρ€Π°Π·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ комплСксов с ΡΠ½Π΄ΠΎΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·ΠΎΠΉ ЕсоШI.^

2.4.1.3. Π—Π°Π²ΠΈΡΠΈΠΌΠΎΡΡ‚ΡŒ ЀМ эндонуклСазы ЕсоШ ΠΎΡ‚ ΠΏΠΎΠ»ΠΎΠΆΠ΅Π½ΠΈΡ Ρ„ΠΎΡ‚ΠΎΠΌΠ΅Ρ‚ΠΊΠΈ Π² Π”ΠΠš-дуплСксС, ΠΎΡ‚ Π΅Π΅ ΠΏΡ€ΠΈΡ€ΠΎΠ΄Ρ‹, Π° Ρ‚Π°ΠΊΠΆΠ΅ ΠΎΡ‚ Π²Ρ€Π΅ΠΌΠ΅Π½ΠΈ облучСния ΠΈ ΠΈΠ½Ρ‚Снсивности Π£Π€-свСта.

2.4.2. ΠžΠΏΡ€Π΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅ структуры Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ³ΠΎ комплСкса эндонуклСазы ЕсоШ с Π”ΠΠš.

2.4.3. Π—ΠΎΠ½Π΄ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ участков эндонуклСазы ЕсоШ1, Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΡ… с Π”ΠΠš.

Π“Π»Π°Π²Π° 3. Π­ΠΊΡΠΏΠ΅Ρ€ΠΈΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°Π»ΡŒΠ½Π°Ρ Ρ‡Π°ΡΡ‚ΡŒ.

3.1. ΠœΠ°Ρ‚Π΅Ρ€ΠΈΠ°Π»Ρ‹.

3.2. ΠŸΡ€ΠΈΠ±ΠΎΡ€Ρ‹ ΠΈ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄Ρ‹.

3.3. ΠžΠ±Ρ‰ΠΈΠ΅ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄ΠΈΠΊΠΈ.

3.3.1. Π’Ρ‹Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅ Π­Π ? coRII.

3.3.2. Π’Ρ‹Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅ M.?coRII.

3.3.3. Π€Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°Ρ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ΅ 5'-фосфорилированиС ΠΎΠ»ΠΈΠ³ΠΎΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄ΠΎΠ².

3.3.4. Π₯имичСскоС Π»ΠΈΠ³ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅.

3.3.5. Π“ΠΈΠ΄Ρ€ΠΎΠ»ΠΈΠ· Π”ΠΠš-дуплСксов эндонуклСазой? coRII.

3.3.5.1. ΠžΠΏΡ€Π΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅ Π½Π°Ρ‡Π°Π»ΡŒΠ½Ρ‹Ρ… скоростСй Π³ΠΈΠ΄Ρ€ΠΎΠ»ΠΈΠ·Π°.

3.3.5.2. ΠžΠΏΡ€Π΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅ Кдисс Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратных комплСксов ЕсоШ1 с

Π”ΠΠš ΠΈ ΡΠΎΠΎΡ‚Π½ΠΎΡˆΠ΅Π½ΠΈΡ каталитичСских констант kAs/fas.

3.3.6. ΠšΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΊΡΠΎΠΎΠ±Ρ€Π°Π·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π­Π  iicoRII с Π”ΠΠš.

3.3.7. Ѐотоаффинная модификация Π­Π  EcoRll IU-, BU- ΠΈΠ»ΠΈ daU-содСрТащими Π”ΠΠš-дуплСксами. ^

3.3.8. РасщСплСниС ΠΊΠΎΠ²Π°Π»Π΅Π½Ρ‚Π½Ρ‹Ρ… ΠΊΠΎΠ½ΡŠΡŽΠ³Π°Ρ‚ΠΎΠ² iscoRII-ON химичСскими Ρ€Π΅Π°Π³Π΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ ΠΈΠ»ΠΈ протСолитичСскими Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ.

3.3.8.1. ΠŸΠΎΠ΄Π³ΠΎΡ‚ΠΎΠ²ΠΊΠ° ΠΊΠΎΠ²Π°Π»Π΅Π½Ρ‚Π½Ρ‹Ρ… ΠΊΠΎΠ½ΡŠΡŽΠ³Π°Ρ‚ΠΎΠ² ΠΊ Ρ€Π΅Π°ΠΊΡ†ΠΈΡΠΌ расщСплСния химичСскими Ρ€Π΅Π°Π³Π΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ.

3.3.8.2. РасщСплСниС с ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒΡŽ ΠΠ’Π¦Π‘Πš.

3.3.8.3. РасщСплСниС с ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒΡŽ Π˜Π‘Πš.

3.3.8.4. ЧастичноС расщСплСниС с ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒΡŽ Π₯Π‘.

3.3.8.5. Π“ΠΈΠ΄Ρ€ΠΎΠ»ΠΈΠ· протСолитичСскими Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ.

Π’Ρ‹Π²ΠΎΠ΄Ρ‹.

Π“Π΅Π½Ρ‹ систСм рСстрикции-ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ (РМ) ΡΠΎΡΡ‚Π°Π²Π»ΡΡŽΡ‚ Π΄ΠΎ 1% Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° прокариотичСских ΠΎΡ€Π³Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ². Π€Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Ρ‹ РМ Ρ‚ΠΈΠΏΠ° II ΡƒΠ·Π½Π°ΡŽΡ‚ ΠΎΠΏΡ€Π΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½Π½Ρ‹Π΅ ΠΊΠΎΡ€ΠΎΡ‚ΠΊΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ Π² Π”ΠΠš ΠΈ ΠΊΠ°Ρ‚Π°Π»ΠΈΠ·ΠΈΡ€ΡƒΡŽΡ‚ расщСплСниС ΠΎΠ±Π΅ΠΈΡ… Ρ†Π΅ΠΏΠ΅ΠΉ (эндонуклСазы рСстрикции) ΠΈΠ»ΠΈ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΈΠ»ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ гСтСроцикличСских оснований (Π”ΠΠš-мСтилтрансфСразы). БистСмы РМ ΠΈΠ³Ρ€Π°ΡŽΡ‚ ΠΊΠ»ΡŽΡ‡Π΅Π²ΡƒΡŽ Ρ€ΠΎΠ»ΡŒ Π² «Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ½ΠΎΠΌ ΠΌΠ΅Ρ‚Π°Π±ΠΎΠ»ΠΈΠ·ΠΌΠ΅» ΠΏΡ€ΠΎΠΊΠ°Ρ€ΠΈΠΎΡ‚ ΠΊΠ°ΠΊ Π² ΠΏΠ»Π°Π½Π΅ поддСрТания цСлостности Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° (Π·Π°Ρ‰ΠΈΡ‚Ρ‹ ΠΎΡ‚ Ρ‡ΡƒΠΆΠ΅Ρ€ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠΉ Π”ΠΠš), Ρ‚Π°ΠΊ ΠΈ Π²Π²ΠΈΠ΄Ρƒ ΠΈΡ… ΡΠΏΠΎΡΠΎΠ±Π½ΠΎΡΡ‚ΠΈ Ρ€Π°ΡΠΏΡ€ΠΎΡΡ‚Ρ€Π°Π½ΡΡ‚ΡŒΡΡ Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ΅ Π² ΠΊΠ°Ρ‡Π΅ΡΡ‚Π²Π΅ «ΡΠ³ΠΎΠΈΡΡ‚ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… гСнСтичСских элСмСнтов».

Π­Π½Π΄ΠΎΠ½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Ρ‹ рСстрикции (Π­Π ) Ρ‚ΠΈΠΏΠ° II ΠΏΡ€Π΅Π΄ΡΡ‚Π°Π²Π»ΡΡŽΡ‚ собой ΠΎΠ±ΡˆΠΈΡ€Π½ΠΎΠ΅ сСмСйство Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚ΠΎΠ² с ΠΎΠ΄ΠΈΠ½Π°ΠΊΠΎΠ²Ρ‹ΠΌΠΈ функциями, ΠΊΠΎΡ‚ΠΎΡ€Ρ‹Π΅ Π²ΡΡ‚Ρ€Π΅Ρ‡Π°ΡŽΡ‚ΡΡ Ρ‚Π°ΠΊΠΆΠ΅ Ρƒ Π΄Ρ€ΡƒΠ³ΠΈΡ… Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ², спСцифичСски Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΡ… с Π”ΠΠš, Π² Ρ‡Π°ΡΡ‚ности Ρƒ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚ΠΎΠ², ΠΎΠ±Π»Π°Π΄Π°ΡŽΡ‰ΠΈΡ… Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Π½ΠΎΠΉ Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΡΡ‚ΡŒΡŽ (Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅Π°Π·Ρ‹, Ρ€Π΅ΠΊΠΎΠΌΠ±ΠΈΠ½Π°Π·Ρ‹, Ρ€Π΅Π·ΠΎΠ»ΡŒΠ²Π°Π·Ρ‹, транспозазы, ΠΈΠ½Ρ‚Π΅Π³Ρ€Π°Π·Ρ‹, Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ, ΡƒΡ‡Π°ΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΠ΅ Π² Ρ€Π΅ΠΏΠ°Ρ€Π°Ρ†ΠΈΠΈ ΠΈ Π΄Ρ€.). Π‘Π»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎ, ΠΈΠ·ΡƒΡ‡Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° дСйствия Π­Π  Π²Π°ΠΆΠ½ΠΎ для понимания ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° узнавания ΠΈ Ρ€Π°ΡΡ‰Π΅ΠΏΠ»Π΅Π½ΠΈΡ Π”ΠΠš Π”ΠΠš-ΡΠ²ΡΠ·Ρ‹Π²Π°ΡŽΡ‰ΠΈΠΌΠΈ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ. Помимо Ρ‚ΠΎΠ³ΠΎ, Π­Π  ΠΌΠΎΠ³ΡƒΡ‚ ΡΠ»ΡƒΠΆΠΈΡ‚ΡŒ ΠΈΠ΄Π΅Π°Π»ΡŒΠ½Ρ‹ΠΌΠΈ ΠΎΠ±ΡŠΠ΅ΠΊΡ‚Π°ΠΌΠΈ для изучСния ΡΠ²ΠΎΠ»ΡŽΡ†ΠΈΠΎΠ½Π½Ρ‹Ρ… взаимосвязСй ΠΌΠ΅ΠΆΠ΄Ρƒ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… сСмСйств. ΠŸΠΎΡΠΊΠΎΠ»ΡŒΠΊΡƒ Π­Π  ΡΠ²Π»ΡΡŽΡ‚ΡΡ ваТнСйшими инструмСнтами гСнСтичСской ΠΈΠ½ΠΆΠ΅Π½Π΅Ρ€ΠΈΠΈ, информация ΠΎ ΡΡ‚Ρ€ΡƒΠΊΡ‚ΡƒΡ€Π΅ ΠΈ ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ΅ функционирования этих Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚ΠΎΠ² Π½Π΅ΠΎΠ±Ρ…ΠΎΠ΄ΠΈΠΌΠ° Ρ‚Π°ΠΊΠΆΠ΅ для Ρ€Π°ΡΡˆΠΈΡ€Π΅Π½ΠΈΡ ΠΈΡ… ΠΏΡ€Π°ΠΊΡ‚ичСского примСнСния.

ΠžΠ±ΡŠΠ΅ΠΊΡ‚ΠΎΠΌ исслСдования Π² Π½Π°ΡΡ‚оящСй Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Π΅ являСтся Π­Π  ЕсоШ, которая ΡƒΠ·Π½Π°Π΅Ρ‚.

5'-^ CCAGG Π² Π”ΠΠš ΠΏΡΡ‚ΠΈΠ·Π²Π΅Π½Π½ΡƒΡŽ Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄Π½ΡƒΡŽ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΡŒ ΠΈ Π² ΠΏΡ€ΠΈΡΡƒΡ‚ствии.

3 — CjCJICC^ ΠΈΠΎΠ½ΠΎΠ² Mg2+ Π³ΠΈΠ΄Ρ€ΠΎΠ»ΠΈΠ·ΡƒΠ΅Ρ‚ фосфодиэфирныС связи участка узнавания Π² ΠΏΠΎΠ»ΠΎΠΆΠ΅Π½ΠΈΡΡ…, ΡƒΠΊΠ°Π·Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… стрСлками. ΠžΡΠΎΠ±Ρ‹ΠΉ интСрСс ΠΊ ΡΡ‚ΠΎΠΌΡƒ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Ρƒ опрСдСляСтся Ρ‚Π΅ΠΌ, Ρ‡Ρ‚ΠΎ Π­Π  coRII ΠΏΡ€ΠΈΠ½Π°Π΄Π»Π΅ΠΆΠΈΡ‚ ΠΊ Ρ‚ΠΈΠΏΡƒ ΠΠ• Π­Π , фСрмСнтативная Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΡΡ‚ΡŒ ΠΊΠΎΡ‚ΠΎΡ€Ρ‹Ρ… зависит ΠΎΡ‚ ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ²Ρ€Π΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΠΎΠ³ΠΎ связывания Π΄Π²ΡƒΡ… ΠΊΠΎΠΏΠΈΠΉ ΡƒΠ·Π½Π°Π²Π°Π΅ΠΌΠΎΠ³ΠΎ ΠΈΠΌΠΈ участка Π² Π”ΠΠš. Π”Π°Π½Π½Ρ‹Π΅ рСнтгСноструктурного Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° (РБА) ΠΏΠΎΠ»ΡƒΡ‡Π΅Π½Ρ‹ Ρ‚ΠΎΠ»ΡŒΠΊΠΎ для ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠΉ Π­Π  этого Ρ‚ΠΈΠΏΠ° — NaeI [1, 2]. К Π½Π°Ρ‡Π°Π»Ρƒ Π΄Π°Π½Π½ΠΎΠΉ Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Ρ‹ Π½Π΅ Π±Ρ‹Π»ΠΈ ясны ΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΈΠ΅ Π²Π°ΠΆΠ½Ρ‹Π΅ аспСкты ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° ΠΊΠ°Ρ‚Π°Π»ΠΈΠ·Π° Π­Π  iscoRII. ΠžΡ‚ΡΡƒΡ‚ΡΡ‚Π²ΠΎΠ²Π°Π»Π° информация ΠΎ Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡŒΠ½ΠΎΠΉ Ρ‚ΠΎΠΏΠΎΠ³Ρ€Π°Ρ„ΠΈΠΈ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°. ΠšΠΈΠ½Π΅Ρ‚ΠΈΡ‡Π΅ΡΠΊΠΈΡ… исслСдований ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π°Ρ†ΠΈΠΈ Π­Π  ZfcoRII для расщСплСния Π”ΠΠš Π½Π΅ ΠΏΡ€ΠΎΠ²ΠΎΠ΄ΠΈΠ»ΠΎΡΡŒ. ΠŸΡ€Π°ΠΊΡ‚ΠΈΡ‡Π΅ΡΠΊΠΈ Π½Π΅ Π±Ρ‹Π»ΠΎ Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… ΠΎΡ‚Π½ΠΎΡΠΈΡ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎ Ρ‚Π°ΠΊΠΎΠ³ΠΎ Ρ„ΡƒΠ½Π΄Π°ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°Π»ΡŒΠ½ΠΎΠ³ΠΎ вопроса, ΠΊΠ°ΠΊ структурная организация Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ³ΠΎ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратного комплСкса.

ЦСлью настоящСй Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Ρ‹ явилось ΠΈΠ·ΡƒΡ‡Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° дСйствия эндонуклСазы рСстрикции jEcoRII с ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒΡŽ кинСтичСского ΠΏΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄Π°, Π° Ρ‚Π°ΠΊΠΆΠ΅ исслСдованиС структуры Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратного комплСкса ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄ΠΎΠΌ Ρ„ΠΎΡ‚ΠΎΠ°Ρ„Ρ„ΠΈΠ½Π½ΠΎΠΉ ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°.

Π’ Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Π΅ Ρ€Π΅ΡˆΠ°Π»ΠΈΡΡŒ ΡΠ»Π΅Π΄ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΠ΅ Π·Π°Π΄Π°Ρ‡ΠΈ. (1) ΠŸΠΎΡΡ‚Ρ€ΠΎΠ΅Π½ΠΈΠ΅ кинСтичСских ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»Π΅ΠΉ, ΠΎΡ‚Ρ€Π°ΠΆΠ°ΡŽΡ‰ΠΈΡ… взаимодСйствиС эндонуклСазы J5coR. II Ρ Π”ΠΠš, исслСдованиС ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ° Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π°Ρ†ΠΈΠΈ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π° ΠΈ ΠΎΡΠΎΠ±Π΅Π½Π½ΠΎΡΡ‚Π΅ΠΉ расщСплСния фосфодиэфирных связСй. (2) Π Π°Π·Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚ΠΊΠ° стратСгии структурно-Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡŒΠ½ΠΎΠ³ΠΎ исслСдования ЕсоШΠ₯ с ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒΡŽ Ρ„ΠΎΡ‚ΠΎΠ°Ρ„Ρ„ΠΈΠ½Π½ΠΎΠΉ ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ. Анализ ΠΎΠ±Ρ‰Π΅ΠΉ Π°Ρ€Ρ…ΠΈΡ‚Π΅ΠΊΡ‚ΡƒΡ€Ρ‹ Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ³ΠΎ комплСкса ЕсоШ1-Π”ΠΠš ΠΈ Π·ΠΎΠ½Π΄ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ участков Π±Π΅Π»ΠΊΠ°, Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΡ… с Π”ΠΠš.

Π²Ρ‹Π²ΠΎΠ΄Ρ‹.

1. ΠŸΡ€Π΅Π΄Π»ΠΎΠΆΠ΅Π½Ρ‹ ΠΈ ΠΏΡ€ΠΎΠ°Π½Π°Π»ΠΈΠ·ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Ρ‹ Π΄Π²Π΅ Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Π΅ кинСтичСскиС схСмы ΠΊΠΎΠΎΠΏΠ΅Ρ€Π°Ρ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ³ΠΎ взаимодСйствия эндонуклСазы рСстрикции EcoRll с Π΄Π²ΡƒΠΌΡ участками узнавания Π² Π”ΠΠš. Π‘ ΡƒΡ‡Π΅Ρ‚ΠΎΠΌ этих схСм ΠΏΠΎΠ»ΡƒΡ‡Π΅Π½Ρ‹ количСствСнныС характСристики постадийного Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратного взаимодСйствия Π² ΡΠΈΡΡ‚Π΅ΠΌΠ΅ ZscoRII-ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»ΡŒΠ½Ρ‹Π΅ Π”ΠΠš-дуплСксы (протяТСнный субстрат ΠΈ ΠΊΠΎΡ€ΠΎΡ‚ΠΊΠΈΠΉ субстрат-Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π°Ρ‚ΠΎΡ€) — выявлСн ΠΏΡƒΡ‚ΡŒ Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π°Ρ†ΠΈΠΈ.

2. УстановлСно, Ρ‡Ρ‚ΠΎ Π·Π° ΠΎΠ΄ΠΈΠ½ каталитичСский Π°ΠΊΡ‚ эндонуклСаза. EcoRll расщСпляСт Π΄Π²Π΅ фосфодиэфирныС связи ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΈΠ· Π΄Π²ΡƒΡ… участков узнавания, скоординированных Π² ΡΠΎΡΡ‚Π°Π²Π΅ ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратного комплСкса.

3. Π Π°Π·Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Π°Π½ ΠΏΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄, основанный Π½Π° Ρ„ΠΎΡ‚ΠΎΠ°Ρ„Ρ„ΠΈΠ½Π½ΠΎΠΉ ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ эндонуклСазы EcoRll для Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° ΠΎΠ±Ρ‰Π΅ΠΉ структурной ΠΎΡ€Π³Π°Π½ΠΈΠ·Π°Ρ†ΠΈΠΈ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратного комплСкса ΠΈ Π²Ρ‹ΡΠ²Π»Π΅Π½ΠΈΡ спСцифичСских Π”ΠΠš-Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ²Ρ‹Ρ… ΠΊΠΎΠ½Ρ‚Π°ΠΊΡ‚ΠΎΠ². ΠŸΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄ Π²ΠΊΠ»ΡŽΡ‡Π°Π΅Ρ‚ использованиС Π°Π½Π°Π»ΠΎΠ³ΠΎΠ² субстратов Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½ΠΎΠΉ Π΄Π»ΠΈΠ½Ρ‹ с ΠΎΠ΄Π½ΠΈΠΌ ΠΈΠ»ΠΈ двумя участками узнавания EcoRll, содСрТащих Ρ„ΠΎΡ‚ΠΎΠ°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½Ρ‹Π΅ Π³Ρ€ΡƒΠΏΠΏΡ‹ Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½ΠΎΠΉ ΠΏΡ€ΠΈΡ€ΠΎΠ΄Ρ‹.

4. НайдСно, Ρ‡Ρ‚ΠΎ аминокислотныС остатки ΠΈΠ· ΠΎΠ±Π΅ΠΈΡ… ΡΡƒΠ±ΡŠΠ΅Π΄ΠΈΠ½ΠΈΡ† Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π° Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠΈΡ€ΡƒΡŽΡ‚ ΠΊΠ°ΠΆΠ΄ΡƒΡŽ ΠΈΠ· Π΄Π²ΡƒΡ… Π”ΠΠš-ΡΠ²ΡΠ·Ρ‹Π²Π°ΡŽΡ‰ΠΈΡ… полостСй эндонуклСазы EcoRll Π² Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠΌ Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚-субстратном комплСксС.

5. Для поиска Π”ΠΠš-ΡΠ²ΡΠ·Ρ‹Π²Π°ΡŽΡ‰ΠΈΡ… участков эндонуклСазы iTcoRII ΠΏΠΎΠ»ΡƒΡ‡Π΅Π½Ρ‹ ΠΊΠΎΠ²Π°Π»Π΅Π½Ρ‚Π½Ρ‹Π΅ комплСксы iscoRII-Π”ΠΠš Π² ΠΊΠ°Ρ‚алитичСских условиях. ΠŸΡ€ΠΎΠ²Π΅Π΄Π΅Π½Π° ΠΈΡ… Ρ„рагмСнтация протСолитичСскими Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ ΠΈΠ»ΠΈ химичСскими Ρ€Π΅Π°Π³Π΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ ΠΈ ΠΎΠ±Π½Π°Ρ€ΡƒΠΆΠ΅Π½Ρ‹ Π΄Π²Π΅ области (Π² NΠΈ Π‘-ΠΊΠΎΠ½Ρ†Π΅Π²ΠΎΠΉ частях Π±Π΅Π»ΠΊΠ°), Π²ΠΎΠ·ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠΈΡ€ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΠ΅ ΠΊΠΎΠ½Ρ‚Π°ΠΊΡ‚Ρ‹ с Ρ†Π΅Π½Ρ‚Ρ€Π°Π»ΡŒΠ½Ρ‹ΠΌΠΈ Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄Π½Ρ‹ΠΌΠΈ ΠΏΠ°Ρ€Π°ΠΌΠΈ Π΄Π²ΡƒΡ… участков узнавания Π² Π”ΠΠš.

ΠŸΠΎΠΊΠ°Π·Π°Ρ‚ΡŒ вСсь тСкст

Бписок Π»ΠΈΡ‚Π΅Ρ€Π°Ρ‚ΡƒΡ€Ρ‹

  1. Q. Huai, J.D. Colandene, Y. Chen, F. Luo, Y. Zhao, M.D. Topal and H. Ke (2000). Crystal structure of Nael an evolutionary bridge between DNA endonuclease and topoisomerase. EMBOJ., 19,3110−3118.
  2. Q. Huai, J.D. Colandene, M.D. Topal and H. Ke (2001). Structure of Afael-DNA complex reveals dual-mode DNA recognition and complete dimer rearrangement. Nature Struct. Biol., 8, 665−669.
  3. H.W. Boyer (1971). DNA restriction and modification mechanisms in bacteria. Annu. Rev. Microbiol., 25, 153−176.
  4. R. Yuan (1981). Structure and mechanism of multifunctional restriction endonucleases. Annu. Rev. Biochem., 50, 285−315.
  5. R.J. Roberts et al (2003). A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes. Nucleic Acids Res., 31, 18 051 812.
  6. D.T. Dryden, N.E. Murray and D.N. Rao (2001) Nucleoside triphosphate-dependent restriction enzymes. Nucleic Acids Res., 29, 3728−3741.
  7. R.J. Roberts and S.E. Halford (1993). Type II restriction endonucleases. In S.M. Linn, R.S. Lloyd and R.J. Roberts (eds), Nucleases. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, NY, pp. 35−88.
  8. J. Heitman (1993). On the origins, structures and functions of restriction-modification enzymes. In J.K. Setlow (ed.). Genetic Engineering. Plenum Press, New York, Vol. 15, pp. 57−108.
  9. A. Pingoud and A. Jeltsch (1997). Recognition and cleavage by type-II restriction endonucleases. Eur. J. Biochem., 246, 1−22.
  10. A. Pingoud and A. Jeltsch (2001). Structure and function of type II restriction endonucleases. Nucleic Acids Res., 29, 3705−3727.
  11. M. Muecke, S. Reich, E. Monke-Buchner, M. Reuter and D.H. Krueger (2001). DNA cleavage by type III restriction-modification enzyme? coP15I is dependent of spacer distance between two head tohead oriented recognition sites. J. Mol. Biol., 312, 687−698.
  12. P. Janscak, U Sandmeier, M.D. Szczelkun and T.A. Bickle (2001). Submit assembly and mode of DNA cleavage of the type III restrictionendonucleases Eco? II and EcoPI 51. J. Mol. Biol., 306,417−431.
  13. D.A. Wah, J. Bitinaite, I. Schildkraut and A.K. Agarwal (1998). Structure of Fokl has implications for DNA cleavage. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, 10 564−10 569.
  14. D.H. Krueger, G.J. Barcak, M. Reuter and H.O. Smith (1988). ?coRII can be activated to cleave refractory DNA recognition sites. Nucleic Acids Res., 16,3997−4008.
  15. M. Conrad and M.D. Topal (1989). DNA and spermidine provide a switch mechanism to regulate the activity of restriction enzyme Nael Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86, 9707−9711.
  16. D.T. Bilcock, L.E. Daniels, A.J. Bath and S.E. Halford (1999). Reactions of type II restriction endonucleases with 8-base pair recognition sites. J. Biol. Chem., 274, 3 637 936 386.
  17. L.M. Wentzell and S.E. Halford (1998). DNA looping by the Sfil restriction endonuclease. J. Mol. Biol., 281,433−444.
  18. D. Bozic, S. Grazulis, V. Siksnys and R. Huber (1996). Crystal structure of CitrobacterΠΎfreundii restriction endonuclease Cfr 101 at 2.15 A resolution. J. Mol. Biol., 255, 176−186.
  19. M. Deibert, S. Grazulis, G. Sasnauskas, V. Siksnys and R. Huber (2000). Structure of the tetrameric restriction endonuclease NgoMlV in complex with cleaved DNA. Nat. Struct. Biol., 7,792−799.
  20. S. Hattman, C. Gribbin and C.A. Hutchison (1979). In vivo methylation of bacteriophage phi X174 DNA. J. Virol., 32, 845−851.
  21. A.R. Oiler, W.V. Broek, M. Conrad and M.D. Topal (1991). Ability of DNA and spermidine to affect the activity of restriction endonucleases from several bacterial species. Biochemistry, 30, 2543−2549.
  22. C.-D. Pein, M. Reuter, D. Cech and D.H. Krneger (1989). Oligonucleotide duplexes containing CC (a/t)GG stimulate cleavage of refractory DNA by restriction endonuclease EcoRIl. FEBS Lett., 245, 141−144.
  23. D.H. Krueger, D. Kupper, A. Meisel, M. Reuter and C. Schroeder (1995). The significance of orientation of restriction endonuclease recognition sites in viral DNA genomes. FEMS Microbiol. Rev., 17, 177−184.
  24. R.A. Kovall and B.W. Matthews (1999). Type II restriction endonucleases: structural, functional and evolutionary relationships. Curr. Opin. Chem. Biol., 3, 578−583.
  25. C. Ban and W. Yang (1998). Structural basis for MutH activation in E. coli mismatch repair and relationship of MutH to restriction endonucleases. EMBO J., 17, 1526−1534.
  26. S.E. Tsutakawa, H. Jingami and K. Morikawa (1999). Recognition of a TG mismatch: the crystal structure of very short patch repair endonuclease in complex with a DNA duplex. Cell, 99,615−623.
  27. A.B. Hickman, Y. Li, S.V. Mathew, E.W. May, N.L. Craig and F. Dyda (2000). Unexpected structural diversity in DNA recombination: the restriction endonuclease connection. Mol. Cell, 5, 1025−1034.
  28. M. Muecke, G. Grelle, J. Behlke, R. Kraft, D. Krueger and M. Reuter (2002). EcoRII: a restriction enzyme evolving recombination functions? EMBO J., 21, 5262−5268.
  29. S.E. Halford, D.M. Gowers and R. Sessions (2000). Two are better than one. Nat. Struct. Biol., 7, 705−707.
  30. V. Siksnys, R. Skirgaila, G. Sasnauskas, C. Urbanke, D. Cherny, S. Grazulis and R. Huber (1999). The Cfr 101 restriction enzyme is functional as a tetramer. J. Mol. Biol., 291, 11 051 118.
  31. P. Modrich and D. Zabel (1976). EcoRI endonuclease. Physical and catalytic properties of the homogeneous enzyme. J. Biol. Chem., 251, 5866−5874.
  32. L.M. Wentzell, T.J. Nobbs and S.E. Halford (1995). The Sfil restriction endonuclease makes a four-strand DNA break at two copies of its recognition sequence. J. Mol. Biol., 248, 581−595.
  33. M.A. Watson, A.M. Gowers and S.E. Halford (2000). Alternative geometries of DNA looping: an analysis using the Sfil endonuclease. J. Mol. Biol., 298, 461−475.
  34. K. Jo and M.D. Topal (1995). DNA topoisomerase and recombinase activities in Nael restriction endonuclease. Science, 267,1817−1820.
  35. E.X. Zhou, M. Reuter, E.J. Meehan and L. Chen (2002). A new crystal form of restriction endonuclease EcoRII that diffracts to 2.8 A resolution. Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr., 58, 1343−1345.
  36. D. Kostrewa and F.K. Winkler (1995). Mg2+ binding to the active site of EcoRY endonuclease: a crystallographic study of complexes with substrate and product DNA at 2 Angstrom resolution. Biochemistry, 34, 683−696.
  37. N.C. Horton and J.J. Perona (2000). Crystallographic snapshots along a protein-induced DNA-bending pathway. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, 5729−5734.
  38. J.J. Perona and A.M. Martin (1997). Conformational transitions and structural deformability of EcoRY endonuclease revealed by crystallographic analysis. J. Mol. Biol., 273, 207−225.
  39. C.R. Robinson and S.G. Sligar (1998). Changes in solvation during DNA binding and cleavage are critical to altered specificity of the ЕсоШ endonuclease. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95,2186−2191.
  40. J.R. Wenner and V.A. Bloomfield (1999). Buffer effects on EcoRY kinetics as measured by fluorescent staining and digital imaging of plasmid cleavage. Anal. Biochem., 268, 201 212.
  41. P.H. von Hippel and O.G. Berg (1989). Facilitated target location in biological systems. J. Biol. Chem., 264, 675−678.
  42. M. Szczelkun and S.E. Halford (1996). Recombination by resolvase to analyse DNA communications by the Sfil restriction endonuclease. EMBO J., 15, 1460−1469.
  43. T.A. Bickle (1993). The ATP-dependent restriction enzymes. In S.M. Linn, R.S. Lloyd and R.J. Roberts (eds), Nucleases. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, NY, pp. 89−109.
  44. A.A. Yolov, E.S. Gromova and Z.A. Shabarova (1985). Processive cleavage of concatemer DNA duplexes by EcoRll restriction endonuclease. Mol. Biol. Rep., 10,173−176.
  45. M. Reuter, D. Kupper, A. Meisel, C. Schroeder and D. Krueger (1998). Cooperative binding properties of restriction endonuclease ЕсоШ with DNA recognition sites. J. Biol. Chem., 273, 8294−8300.
  46. A. Jeltsch, J. Alves, H. Wolfes, G. Maass and A. Pingoud (1994). Pausing of the restriction endonuclease? coRI during linear diffusion on DNA. Biochemistry, 33, 1 021 510 219.
  47. S.E. Milsom, S.E. Halford, M.L. Embleton and M. Szczelkun (2001). Analysis of DNA looping interaction by type II of restriction enzymes that require two copies of their recognition sites. J. Mol. Biol., 311, 515−527.
  48. N.Y. Sidorova and D.C. Rau (1996). Differences in water release for the binding of. EcoRI to specific and nonspecific DNA sequences. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 12 272−12 277.
  49. V. Pingoud, E. Kubareva, G. Stengel, P. Friedhoff, J.M. Bujniscki, C. Urbanke, A. Sudina and A. Pingoud (2002). Evolutionary relationship between different subgroups of restriction endonucleases. J. Biol. Chem., 277, 14 306−14 314.
  50. M. Muecke, V. Pingoud, G. Grelle, R. Kraft, D. Krueger and M. Reuter (2002). Asymmetric photocross-linking pattern of restriction endonuclease iscoRII to the DNA recognition sequence. J. Biol. Chem., 277,14 288−14 293.
  51. M.L. Embleton, V. Siksnys and S.E. Halford (2001). DNA cleavage reactions by type II restriction enzymes that require two copies of their recognition sites. J. Mol. Biol., 311, 503 514.
  52. O.V. Petrauskene, E.A. Kubareva, E.S. Gromova and Z.A. Shabarova (1992). Mechanism of the interaction of EcoRll restriction endonuclease with two recognition sites. Eur. J. Biochem., 208, 617−622.
  53. M.D. Topal, R.J. Thresher, M. Conrad and J. Griffith (1991). Nael endonuclease binding to pBR322 DNA induces looping. Biochemistry, 30, 2006−2010.
  54. M. Lewis, G. Chang, N.C. Horton, M.A. Kercher, H.C. Pace, M.A. Schumacher, R.G. Brennan and P. Lu (1996). Crystal structure of the lactose operon repressor and its complexes with DNA and inducer. Science, 271, 1247−1254.
  55. F. Guo, D.N. Gopaul and G.D. van Duyne (1999). Asymmetric DNA bending in the Cre-loxP site-specific recombination synapse. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 7143−7148.
  56. S. Oehler, E.R. Eismann, H. Kraemer and B. Mueller-Hill (1990). The three operators of the lac operon cooperate in repression. EMBO J., 9, 973−979.
  57. F. Guo, D.N. Gopaul and G.D. van Duyne (1997). Structure of Cre recombinase complexed with DNA in a site-specific recombination synapse. Nature, 389, 40−46.
  58. D.N. Gopaul, F. Guo and G.D. van Duyne (1998). Structure of the Holliday junction intermediate in Cre-loxP site-specific recombination. EMBO J., 17, 4175−4187.
  59. E.S. Gromova and Z.A. Shabarova (1990). DNA-protein interactions: the use of synthetic oligo- and polynucleotides for studying single-stranded-DNA-binding proteins and restriction endonucleases. Progr. Nucleic Acids Res. Mol. Biol., 39, 1−47.
  60. A.A. Yolov, E.S. Gromova, E.A. Kubareva, V.K. Potapov and Z.A. Shabarova (1985). Interaction of EcoRIl restriction and modification enzymes with synthetic DNA fragment. V. Study of single-strand cleavages. Nucleic Acids Res., 13, 8969−8981.
  61. Π•.А. ΠšΡƒΠ±Π°Ρ€Π΅Π²Π°, Π•. Π‘. Π“Ρ€ΠΎΠΌΠΎΠ²Π°, Π’. Π‘. ΠžΡ€Π΅Ρ†ΠΊΠ°Ρ ΠΈ Π—. А. Π¨Π°Π±Π°Ρ€ΠΎΠ²Π° (1987). ВзаимодСйствиС Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚ΠΎΠ² рСстрикции ΠΈ ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ EcoRIl с ΡΠΈΠ½Ρ‚СтичСскими Ρ„Ρ€Π°Π³ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π°ΠΌΠΈ Π”ΠΠš. X. Π“ΠΈΠ΄Ρ€ΠΎΠ»ΠΈΠ· субстратов со ΡΡ‚Ρ€ΡƒΠΊΡ‚ΡƒΡ€Π½Ρ‹ΠΌΠΈ аномалиями. Π‘ΠΈΠΎΠΎΡ€Π³Π°Π½ΠΈΡ‡. химия, 13, 1205−1211.
  62. Π‘.Π‘. Yang and M.D. Topal (1992). Nonidentical DNA-binding sites of endonuclease Nael recognize different families of sequences flanking the recognition site. Biochemistry, 31, 9657−9664.
  63. B.K. Baxter and M.D. Topal (1993). Formation of cleavasome: enhancer DNA-2 stabilizes an active conformation of Nael dimer. Biochemistry, 32, 8291−8298.
  64. M. Newman, K. Lunnen, G. Wilson, J. Greci, I. Schildkraut and S.E.V. Phillips (1998). Crystal structure of restriction endonuclease Bgll bound to its interrupted recognition sequence. EMBO J., 17, 5466−5476.
  65. S. Gabbara and A.S. Bhagwat (1992). Interaction of EcoRIl endonuclease with DNA substrates containing single recognition sites. J. Biol. Chem., 267, 18 623−18 630.
  66. E.S. Gromova, E.A. Kubareva, M.N. Vinogradova, T.S. Oretskaya and Z.A. Shabarova (1991). Peculiarities of recognition of CCA/TGG sequences in DNA by restriction endonucleases Mval and EcoBll. J. Mol. Recognition, 4,133−141.
  67. E.A. Karpova, E.A. Kubareva, E.S. Gromova and Y.I. Buryanov (1993). Peculiarities of the binding restriction endonuclease ЕсоШ1 to synthetic DNA duplexes. Biochem. Mol. Biol. Intl., 29, 113−121.
  68. O.V. Petrauskene, E.A. Karpova, E.S. Gromova and W. Guschlbauer (1994). Two subunits of Π•ΡΠΎΠ¨! restriction endonuclease interact with two DNA recognition sites. Biochem. Biophys. Res. Commun., 198, 885−890.
  69. C.C. Yang, B.K. Baxter and M.D. Topal (1994). DNA cleavage by Nael: protein purification, rate-limiting step, and accuracy. Biochemistry, 33, 14 918−14 925.
  70. T.J. Nobbs and S.E. Halford (1995). DNA cleavage at two recognition sites by the Sfil restriction endonuclease: salt dependence of cis and trans interaction between distant DNA sites. J. Mol. Biol. 252, 399−411.
  71. M.L. Embleton, S.A. Williams, M.A. Watson and S.E. Halford (1999). Specificity from the synapsis of DNA elements by the Sfil endonuclease. J. Mol. Biol. 289, 785−797.
  72. B.J. Terry, W.E. Jack and P. Modrich (1987). Mechanism of specific site location abd DNA cleavage by Π•ΡΠΎΠ¨ endonuclease. Gene Amplif. Anal., 5,103−118.
  73. T.J. Nobbs, M.D. Szczelkun, L.M. Wentzel and S.E. Halford (1998). DNA excision by the Sfil restriction endonuclease. J. Mol. Biol., 281, 419−432.
  74. S.G. Erskine, G.S. Baldwin and S.E. Halford (1997). Rapid reaction analysis of plasmid DNA cleavage by EcoRY restriction endonuclease. Biochemistry, 36, 7567−7576.
  75. G. Sasnauskas, A. Jeltsch, A. Pingoud and V. Syksnys (1999). Plasmid DNA cleavage by Muni restriction enzyme: single-turnover and steady-state kinetik analysis. Biochemistry, 38, 4028−4036.
  76. B.A. Connoly, F. Eckstein and A. Pingoud (1984). The stereochemical course of the restriction endonuclease ZscoRI-catalyzed reaction. J. Biol. Chem., 259, 10 760−10 763.
  77. J.A. Grasby and B.A. Connoly (1992). Stereochemical outcome of the hydrolysis reaction catalysed by the EcoKV restriction endonuclease. Biochemistry, 31, 7855−7861.
  78. J.E. Anderson (1993). Restriction endonucleases and modification methylases. Curr. Opin. Struct. Biol., 3, 24−30.
  79. G. Tamulaitis, A.S. Solonin and V. Siksnys (2002). Alternative arrangements of catalytic residues at the sites of restriction enzymes. FEBS Lett., 518, 17−22.
  80. J.R. Horton and X. Cheng (2000). Pvull endonuclease contains two calcium ions in active sites. J. Mol. Biol., 300, 1049−1056.
  81. H. Viadiu and A.K. Aggarwal (1998). The role of metals in catalysis by the restriction endonuclease BamHl. Nature Struct. Biol., 5, 910−916.
  82. Y.G. Kosykh, Y.I. Buryanov and A.A. Baev (1980). Molecular cloning of the? coRII endonuclease and methylasegenes. Mol. Gen. Genet., 178, 717−725.
  83. Π’.Π“. ΠšΠΎΡΡ‹Ρ…, A.B. Π Π΅ΠΏΠΈΠΊ, A.B. Калиман, Π―. И. Π‘ΡƒΡ€ΡŒΡΠ½ΠΎΠ² ΠΈ A.A. Π‘Π°Π΅Π² (1989). Π”ΠΎΠΊΠ». АН Π‘Π‘Π‘Π , 308, 1497−1499.
  84. S. Som, A.S. Bhagwat and S. Friedman (1987). Nucleotide sequence and expression of the gene encoding the ЕсоШ1 modification enzyme. Nucleic Acids Res., 15, 313−332.
  85. Π’.Π“. ΠšΠΎΡΡ‹Ρ…, C.A. ΠŸΡƒΠ½Ρ‚Π΅ΠΆΠΈΡ, Π―. И. Π‘ΡƒΡ€ΡŒΡΠ½ΠΎΠ² ΠΈ A.A. Π‘Π°Π΅Π² (1982). Π’Ρ‹Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅, очистка ΠΈ Ρ…арактСристика рСстрикционной эндонуклСазы ЕсоШ1. Биохимия, 47, 619−625.
  86. A.S. Bhagwat, B. Johnson, K. Weule and R.J. Roberts (1990). Primary sequence of the EcoRII endonuclease and properties of its fusions with beta-galactosidase. J. Biol. Chem., 265, 767−773.
  87. M.W. Wyszynski, S. Gabbara and A.S. Bhagwat (1992). Substitutions of a cysteine conserved among DNA cytosine methylases result in a variety of phenotypes. Nucleic Acids Res., 20,319−326.
  88. H.H. ΠœΠ°Ρ‚Π²ΠΈΠ΅Π½ΠΊΠΎ, JI.А. ЖСлСзная, Π•. Π­. Π§Π΅Ρ€Π½Ρ‹ΡˆΠΎΠ²Π°, Π―. И. Π‘ΡƒΡ€ΡŒΡΠ½ΠΎΠ² ΠΈ Н. И. ΠœΠ°Ρ‚Π²ΠΈΠ΅Π½ΠΊΠΎ (1997). Биохимия, 62, 1314−1318.
  89. Π‘.И. ΠšΡƒΡ€Π³Π°Π½ΠΎΠ² (1978). АллостСричСскиС Ρ„Π΅Ρ€ΠΌΠ΅Π½Ρ‚Ρ‹. М.: Наука.
  90. Π‘.Π”. Π’Π°Ρ€Ρ„ΠΎΠ»ΠΎΠΌΠ΅Π΅Π² ΠΈ К. Π“. Π“ΡƒΡ€Π΅Π²ΠΈΡ‡ (1999). Π‘ΠΈΠΎΠΊΠΈΠ½Π΅Ρ‚ΠΈΠΊΠ°: практичСский курс. М.: ЀАИР-ΠŸΠ Π•Π‘Π‘, 720 с.
  91. Π’. Π­Π»Π»ΠΈΠΎΡ‚ ΠΈ Π”. Π­Π»Π»ΠΈΠΎΡ‚ (1999). Биохимия ΠΈ ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ»ΡΡ€Π½Π°Ρ биология. Москва, 372 с.
  92. М.Π‘. Willis, B.J. Hicke, О.Π‘. Uhlenbeck, T.R. Cech and Π’.Н. Koch (1993). Photocrosslinking of 5-iodouracil-substituted RNA and DNA to proteins. Science, 262, 12 551 257.
  93. B.J. Hicke, M.C. Willis, Π’.Н. Koch and T.R. Cech (1994). Telomeric protein-DNA point contacts identified by photo-cross-linking using 5-bromodeoxyuridine. Biochemistry, 33, 3364−3373.
  94. T.M. Dietz, R.J. von Trebra, B.J. Swanson and Π’.Н. Koch (1987). Photochemical coupling 5-bromouracil (BU) to a peptide linkage. A model for BU-DNA protein photocrosslinking. J. Am. Chem. Soc., 109,1793−1797.
  95. K.M. Meisenheimer and Π’.Н. Koch (1997). Photocross-linking of nucleic acids to assotiated proteins. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol., 32,101−140.
  96. C.L. Norris, P.L. Meisenheimer and Π’.Н. Koch (1996). Mechanistic studies of the 5-iodouracil chromophore relevant to its use in nucleoprotein photo-cross-linking. J. Am. Chem. Soc., 118, 5796−5803.
  97. R.O. Rahn (1992). Photochemistry of halogen pyrimidines: iodine release studies. Photochem. Photobiol., 56, 9−15.
  98. Π“. Π. ΠšΠΎΡ€ΡˆΡƒΠ½ΠΎΠ²Π°, H.B. Бумбатян, A.H. Π’ΠΎΠΏΠΈΠ½ ΠΈ M.T. ΠœΡ‡Π΅Π΄Π»ΠΈΠ΄Π·Π΅ (2000). Π€ΠΎΡ‚ΠΎΠ°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²ΠΈΡ€ΡƒΠ΅ΠΌΡ‹Π΅ Ρ€Π΅Π°Π³Π΅Π½Ρ‚Ρ‹ Π½Π° ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π΅ Π°Ρ€ΠΈΠ» (Ρ‚Ρ€ΠΈΡ„Ρ‚ΠΎΡ€ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΈΠ»)Π΄ΠΈΠ°Π·ΠΈΡ€ΠΈΠ½ΠΎΠ²: синтСз ΠΈ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ для изучСния Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΈΠ½ΠΎΠ²ΠΎ-Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ²Ρ‹Ρ… взаимодСйствий. ΠœΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ»ΡΡ€. Биология, 34, 1966−1983.
  99. E.A. Karpova, E.A. Kubareva and Z.A. Shabarova (1999). A model of EcoRll restriction endonuclease action: the active complex is most likely formed by one protein subunit and one DNA recognition site. IUBMB Life, 48, 91−98.
  100. I.B. Vipond, G.S. Baldwin and S.E. Halford (1995). Divalent metal ions at the active sites of the EcoRW and EcoRl restriction endonucleases. Biochemistry, 34, 697−704.
  101. E. Ferrer, M. Wiersma, B. Kazimierczak, C.W. Mueller and R. Eritja (1997). Preparation and properties of oligodeoxynucleotides containing 5-iodouracil and 5-bromo- and 5-iodocytosine. Bioconjugate Chem., 8, 757−761.
  102. U.K. Laemmli (1970). Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, 227, 680−685.
  103. JI.A ΠžΡΡ‚Π΅Ρ€ΠΌΠ°Π½ (1981). ΠœΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄Ρ‹ исслСдования Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΈ Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΈΠ½ΠΎΠ²Ρ‹Ρ… кислот: Π­Π»Π΅ΠΊΡ‚Ρ€ΠΎΡ„ΠΎΡ€Π΅Π· ΠΈ ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Ρ€Π°Ρ†Π΅Π½Ρ‚Ρ€ΠΈΡ„ΡƒΠ³ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ (практичСскоС пособиС). М.:Наука, 288 с.
  104. J, Sambrook, E.F. Fritch and Π’. Maniatis (1989). Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor, 1989.
Π—Π°ΠΏΠΎΠ»Π½ΠΈΡ‚ΡŒ Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΡƒ Ρ‚Π΅ΠΊΡƒΡ‰Π΅ΠΉ Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚ΠΎΠΉ