Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Исследование сигнальной функции пероксида водорода с помощью генетически кодируемых флуоресцентных индикаторов

ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Предполагают, что внутриклеточные сигнальные эффекты Н202 осуществляются в соответствии с моделью компартментализованной окислительно-восстановительной передачи сигнала, когда белок-мишень и источник Н202 находятся в непосредственной близости друг от друга. Действительно, в настоящий момент известны специфические сайты локализации ИАОРН-оксидаз и их регуляторных белков в различных внутриклеточных… Читать ещё >

Исследование сигнальной функции пероксида водорода с помощью генетически кодируемых флуоресцентных индикаторов (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
  • ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • I. АКТИВНЫЕ ФОРМЫ КИСЛОРОДА, КАК УЧАСТНИКИ ВНУТРИКЛЕТОЧНЫХ СИГНАЛЬНЫХ ПРОЦЕССОВ
      • 1. 1. История
      • 1. 2. Источники АФК в клетке
      • 1. 3. Сигнальные функции АФК
      • 1. 4. Пероксид водорода как сигнальная молекула
  • Продукция пероксида водорода
  • Механизм передачи сигнала с помощью Н
  • Модификация тиоловых остатков
  • Деградация Н
    • II. ИАБРН-ОКСИДАЗЫ: ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
      • II. 1. История открытия КАОРН-оксидаз
    • 2. Строение и активация КАБРН-оксидазы на примере КАБРН- ^ оксидазы фагоцитов (N0x2)
  • Строение N0x
  • Активация N0x
  • П.З. Представители семейства Кох, доменная структура и общие принципы активации
  • П. 4. Физиологическая роль Кох-белков
    • 11. 5. Кох-белки и заболевания
    • III. КОМПАРТМЕНТАЛИЗАЦИЯ СИГНАЛИЗАЦИИ С УЧАСТИЕМ АФК
    • III. 1. Компартментализация за счет кинетических и диффузионных ограничений
    • III. 2. Компартментализация за счет специфической локализации ^ источника: локализация КАБРН-оксидаз
  • Локализация КАБРН-оксидаз, участвующих в процессе ^ направленного движения клетки
  • Кавеолы/липидные рафты
  • Эндосомы
  • Эндоплазматический ретикулум
    • IV. МЕТОДЫ ДЕТЕКЦИИ Н202 В КЛЕТКАХ
    • IV. 1. Детекция внутриклеточного Н202 с помощью 5-(и 6-) -хлорметил-2', 7'-дихлордигидрофлуоресцииндиацетата (СМ-ОСРН-ОА)
    • IV. 2. Визуализация внутриклеточного Н202 с помощью Регоху Green 1 и Peroxy Crimson
    • IV. 3. Визуализация внутриклеточного Н202 с помощью SKAP-tag
  • Г/.4. Визуализация Н202 с помощью генетически кодируемых редокс-чувствительных флуоресцентных белков roGFP и roGFP гоСРР-Огр
  • НуРег
  • ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ
    • ГЛАВА II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • II. 1 МАТЕРИАЛЫ И ОБОРУДОВАНИЕ
    • II. 1.1. Оборудование
    • II. 1.2. Материалы
  • Реактивы
  • Ферменты для молекулярного клонирования и метериалы для ПЦР
  • Векторы
  • Буферные растворы
  • Бактериальные штаммы и среды
  • Ростовые факторы и микросферы
  • Ингибиторы Р13-киназы и КАБРН-оксидазы
  • Клеточные линии и среды
  • Материалы для конфокальной и флуоресцентной микроскопии
  • П. 2. МЕТОДЫ П. 2.1. Молекулярное клонирование
  • Амплификация ДНК
  • Электрофорез в агарозном геле
  • Выделение плазмидной ДНК
  • Рестрикция и лигирование
  • Очистка ДНК
  • Направленный мутагенез кодирующей последовательности ДНК
  • Трансформация компетентных клеток Е. col
  • Определение нуклеотидной последовательности ДНК
  • 1122. Создание экспрессионных конструкций, кодирующих белкислияния
  • И.2.3. Культура эукариотических клеток
  • Эукариотические клетки
  • Трансфекция эукариотических клеток
  • И.2.4. Микроскопия
  • Подготовка клеток к эксперименту
  • Конфокальная микроскопия
  • Флуоресцентная микроскопия клеток
  • Обработка полученных изображений
    • ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
    • III. 1. ДИНАМИКА ПРОДУКЦИИ Н202 В ОТДЕЛЬНЫХ ВНУТРИКЛЕТОЧНЫХ КОМПАРТМЕНТАХ В ПРОЦЕССЕ 68 АКТИВАЦИИ ТИРОЗИНКИНАЗНЫХ РЕЦЕПТОРОВ
    • III. 1.1. Исследование динамики продукции Н202 вблизи ПМ и эндосом ^ ^ при активации ТКР в живой клетке
  • Создание сенсора ЕвРІІ-НуРег
  • Исследование динамики продукции Н202 с помощью химерного белка ЕОРЯ-НуРег в клетках линии НеЬа-КуоШ
  • Исследование динамики продукции Н202 с помощью химерного белка РООРЯ-НуРег в клетках линии МН-ЗТЗ
    • III. 1.2. Динамика продукции Н202 вблизи мембраны ЭПР при активации тирозинкиназных рецепторов в живой клетке
  • Исследование динамики продукции Н202 с помощью химерного белка НуРег-ТА в клетках линии НеЬа-КуоШ и МН-ЗТЗ
  • Ш. 2. СОЗДАНИЕ ИНДИКАТОРА ДЛЯ МНОГОПАРАМЕТРИЧЕСКОЙ ФЛУОРЕСЦЕНТНОЙ МИКРОСКОПИИ
  • Ш. 2.2 Многопараметрическое исследование с помощью биосенсора ЕЙкРН-Е41 К-НуРег в живой клетке
  • Активация Р1-ЗК и продукция Н202 в клетках МН-ЗТЗ при активации РБОРЯ Активация Р1-ЗК и продукция Н202 в ТН-лимфоцитах при активации ТСЯ
  • Создание сенсора РОвРЯ-НуРег
  • Создание сенсора НуРег-ТА
  • Ш. 2.1. Создание и оптимизирование «двойного» индикатора

За последние годы представления о роли активных форм кислорода (АФК) в регуляции внутриклеточных процессов существенно расширились. Показано участие АФК в регуляции клеточной пролиферации, миграции, дифференцировки и экспрессии генов. АФК играют важную роль в таких процессах, как иммунные реакции, эмбриогенез, разнообразные патологии на организменном уровне.

Основным источником АФК в клетке являются трансмембранные ферментативные комплексы — КАБРН-оксидазы. Так известно, что при стимуляции тирозинкиназных рецепторов происходит активация КАБРН-оксидазы, которая продуцирует супероксид-анион и как следствие пероксид водорода (Н202).

Из всех АФК только Н202 обладает всеми необходимыми свойствами для выполнения функции вторичного мессенджера. Так, Н202 относительно стабилен по сравнению с другими АФК, благодаря маленьким размерам и отсутствию полярности Н202 способен легко диффундировать во внутриклеточной среде, в том числе сквозь липидные бислои. Н202 играет роль внутриклеточного вторичного мессенджера, действуя путем специфичного обратимого окисления небольшого числа активных тиоловых групп в остатках цистеинов тирозиновых фосфатаз и других белков-регуляторов процессов внутриклеточной передачи сигнала.

Предполагают, что внутриклеточные сигнальные эффекты Н202 осуществляются в соответствии с моделью компартментализованной окислительно-восстановительной передачи сигнала, когда белок-мишень и источник Н202 находятся в непосредственной близости друг от друга. Действительно, в настоящий момент известны специфические сайты локализации ИАОРН-оксидаз и их регуляторных белков в различных внутриклеточных компартментах, а также важное значение таких сайтов для процессов клеточной миграции, пролиферации и дифференцировки. Однако до сих пор не удавалось визуализировать локальную продукцию Н202 в клетке и выявить внутриклеточные мембранные компартменты, ответственные за продукцию Н202 при активации сигнальных каскадов.

Изучение динамики и локализации продукции Н202 в ходе разнообразных клеточных процессов представлялось невозможным до недавнего времени. Благодаря появлению в арсенале генетически кодируемых сенсоров на основе флуоресцентных белков стало возможным проводить исследования сигнальной роли Н202 на уровне индивидуальных живых клеток. По сравнению с химически синтезированными флуоресцентными красителями, генетически кодируемые сенсоры имеют ряд преимуществ. Они экспрессируются самой клеткой и не требуют внешнего добавления или инъекциииспользование сигналов внутриклеточной локализации позволяет направить подобные индикаторы в различные компартменты живой клеткитакже могут быть получены трансгенные организмы, экспрессирующие генетически кодируемые сенсоры в определенных тканях в определенный период времени. Особый научно-практический интерес представляет собой возможность использования таких индикаторов для изучения внутриклеточной локальной продукции и динамики изменения концентрации Н202, что не удавалось исследовать с помощью химических индикаторов.

Ввиду растущей значимости исследования сигнальных каскадов с участием Н202 разработка новых подходов использования генетически кодируемых индикаторов представляется актуальной задачей. Не менее важным является изучение базовых принципов организации окислительно-восстановительной передачи сигнала в клетке.

Продукция Н202 специализированными ферментативными системами является частью сложных сигнальных каскадов, в которых задействовано множество ферментов и вторичных мессенджеров. Так, например, окислительно-восстановительная передача сигнала тесно взаимосвязана с продукцией липидных мессенджеров — фосфорилированных форм фосфатидилинозитола. Поэтому важной задачей является разработка методов одновременной регистрации активностей нескольких сигнальных систем в одной клетке.

Нарушения нормальной внутриклеточной продукции Н202 связаны с тяжелыми нейродегенеративными и сосудистыми заболеваниями, с патологиями иммунной системы. Таким образом, понимание функций эндогенного Н202 в клеточных процессах важно как для фундаментальных исследований процессов внутриклеточной передачи сигнала, так и для биомедицинских исследований.

Выводы.

1. На основе биосенсора НуРег созданы локализованные флуоресцентные индикаторы РБСРЯ-НуРег, ЕвРЯ-НуРег и НуРег-ТА для детекции Н2О2 в близком окружении рецепторов РБОРЯ и ЕвРЯ, а также на цитоплазматической стороне мембраны эндоплазматического ретикулума.

2. С помощью полученных индикаторов впервые визуализирована локальная продукция и динамика Н2О2 в клетке в ответ на активацию тирозинкиназных рецепторов. Установлено, что в клетках эпителиальной линии НеЬа-Куо1о продукция Н2О2 происходит на мембранах эндосом и эндоплазматического ретикулума. В фибробластах линии МН-ЗТЗ продукция Н202 локализована на плазматической мембране и мембране эндоплазматического ретикулума. Таким образом, активация тирозинкиназных рецепторов, характерных для клеток разного происхождения, стимулирует различающиеся между собой паттерны генерации Н202.

3. Диффузия Н2Ог в цитоплазме эукариотических клеток ограничена 1−2 МКМ, ТО есть мишенью Н2О2 являются только те белки, которые находятся в непосредственной близости от места его генерации.

4. Создан генетически кодируемый флуоресцентный индикатор В1кРН-Е41К-НуРег для одновременной детекции Н202 и активности фосфатидилинозитол-З'-киназы. На клетках линии ШН-ЗТЗ продемонстрирована возможность использования полученного индикатора в многопараметрическом исследовании внутриклеточных сигнальных процессов. С использованием В1кРН-Е41 К-НуРег впервые показана локальная активность фосфатидилинозитол-З'-киназы и продукция Н2О2 в области иммунологического синапса в СБ4+ Тн-лимфоцитах.

Заключение

.

В настоящей работе предложен новый подход к исследованию распределения и динамики изменения концентрации Н202 в различных цитоплазматических субкомпартментах живой клетки с помощью локализованных вариантов белка-индикатора НуРег.

С помощью индикатора ЕОРЯ-НуРег в стимулированных эпидермальным ростовым фактором клетках НеЬа-КуоШ впервые было показано, что значительная продукция Н202 происходит на эндосомах, а не на плазматической мембране. Таким образом, эндосомы, содержащие интернализованный ЕвРЯ и продуцирующие Н202, играют важную роль в поддержании каскада фосфорилирования: активный рецептор фосфорилирует субстраты, а продуцирующийся здесь же Н202 ингибирует РТР, создавая, таким образом, петлю положительной обратной связи. Кроме того, использование ЕОРЯ-НуРег позволило определить, что в цитоплазме клеток свободная диффузия Н202 в значительной степени ограничена (до 1−2 мкм).

В фибробластах линии МН-ЗТЗ с помощью индикатора РБОРЯ-НуРег была показана продукция Н202, локализованная преимущественно на плазматической мембране. В отличие от клеток НеЬа-КуоШ, активация ЫА1) РН-оксидаз на плазматической мембране в фибробластах свидетельствует о возможных внеклеточных мишенях Н202, продуцируемого в ответ на активацию РБвРЯ.

С помощью индикатора НуРег-ТА в клетках линии НеЬа-КуоШ и ШН-ЗТЗ была показана продукция Н202, быстро активирующаяся на эндоплазматическом ретикулуме в ответ на стимуляцию тирозинкиназных рецепторов. Такой быстрый рост концентрации Н202 на эндоплазматическом ретикулуме сразу после стимуляции клеток может быть необходим для немедленного ингибирования фосфатазы РТР-1 В на мембране эндоплазматического ретикулума. Окисление НуРег-ТА после активации и ЕвРЯ и РБОРЯ может служить моделью для изучения роли ингибирования РТР-1 В пероксидом водорода.

Таким образом, используя данный подход, удалось впервые визуализировать локальную продукцию Н202 в индивидуальных живых клетках в ответ на физиологическую стимуляцию ростовыми факторами. Полученные данные подтверждают гипотезу о компартментализованной окислительно-восстановительной сигнализации, а также позволяют лучше понять роль Н202 в клетках в нормальном физиологическом состоянии.

Для исследования взаимосвязи продукции Н202 и активации Р1-ЗК был создан «двойной» индикатор В1кРН-Е41К-НуРег, позволяющий одновременно следить за изменением концентраций Н202 и фосфатидилинозитол-3,4,5-фосфата. Тестирование работы индикатора в фибробластах МН-ЗТЗ в ответ на стимуляцию тирозинкиназных рецепторов показало возможность одновременной детекции продукции Н2О2 и Р1Р3. В СБ4+ Тн-лимфоцитах с помощью В1кРН-Е41 К-НуРег удалось впервые показать локальную активность фосфатидилинозитол-З'-киназы и продукцию Н2О2 в области иммунологического синапса. Важно заметить, что преимуществом «двойного» индикатора является возможность использования всего одной экспрессионной конструкции для детекции двух параметров в клетке. Другим очевидным преимуществом является то, что спектральные свойства В1кРН-Е41 К-Нурег позволяют одновременно независимо наблюдать также за другими флуоресцентными белками, которые имеют спектр, неперекрывающийся со спектром белка НуРег, что позволяет добавить еще один параметр для исследования в той же клетке.

Полученный индикатор В1кРН-Е41 К-НуРег может быть использован как прототип для создания других подобных индикаторов с комбинированными свойствами. Подобные многопараметрические генетически кодируемые флуоресцентные индикаторы могут быть востребованы в широком круге задач системной биологии.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Commoner B, Townsend J & Pake GE (1954) Free radicals in biological materials. Nature174,689−91.
  2. Boveris A & Chance B (1973) The mitochondrial generation of hydrogen peroxide. Generalproperties and effect of hyperbaric oxygen. The Biochemical journal 134,707−16.
  3. Mills GC (1957) Hemoglobin catabolism. I. Glutathione peroxidase, an erythrocyte enzymewhich protects hemoglobin from oxidative breakdown. The Journal of biological chemistry 229, 189−97.
  4. McCord JM & Fridovich I (1969) Superoxide dismutase. An enzymic function forerythrocuprein (hemocuprein). The Journal of biological chemistry 244,6049−55.
  5. Sbarra AJ & Karnovsky ML (1959) The biochemical basis of phagocytosis. I. Metabolicchanges during the ingestion of particles by polymorphonuclear leukocytes. The Journal of biological chemistry 234,1355−62.
  6. Rossi F & Zatti M (1964) Biochemical aspects of phagocytosis in polymorphonuclearleucocytes. NADH and NADPH oxidation by the granules of resting and phagocytizing cells. Experientia 20,21−3.
  7. Klebanoff SJ (1970) Myeloperoxidase: contribution to the microbicidal activity of intactleukocytes. Science (New York, N.Y.) 169,1095−7.
  8. Quie PG, White JG, Holmes B & Good RA (1967) In vitro bactericidal capacity of humanpolymorphonuclear leukocytes: diminished activity in chronic granulomatous disease of childhood. The Journal of clinical investigation 46,668−79.
  9. Holmes B, Page AR & Good RA (1967) Studies of the metabolic activity of leukocytes frompatients with a genetic abnormality of phagocytic function. The Journal of clinical investigation 46,1422−32.
  10. Segal AW, Jones OT, Webster D & Allison AC (1978) Absence of a newly describedcytochrome b from neutrophils of patients with chronic granulomatous disease. Lancet 2, 446−9.
  11. Segal AW & Jones OT (1978) Novel cytochrome b system in phagocytic vacuoles of humangranulocytes. Nature 276, 515−7.
  12. Royer-Pokora B, Kunkel LM, Monaco AP, Goff SC, Newburger PE, Baehner RL, Cole FS,
  13. Curnutte JT & Orkin SH (1986) Cloning the gene for an inherited human disorder-chronic granulomatous disease-on the basis of its chromosomal location. Nature 322,32−8.
  14. Czech MP (1976) Differential effects of sulfhydryl reagents on activation and deactivation ofthe fat cell hexose transport system. The Journal of biological chemistry 251,1164−70.
  15. Mukherjee SP, Lane RH & Lynn WS (1978) Endogenous hydrogen peroxide andperoxidative metabolism in adipocytes in response to insulin and sulfhydryl reagents. Biochemical pharmacology 27, 2589−94.15
Заполнить форму текущей работой