Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Молекулярно-эпидемиологический мониторинг ВИЧ-инфекции на территории Ямало-Ненецкого автономного округа

Диссертация: Молекулярно-эпидемиологический мониторинг ВИЧ-инфекции на территории Ямало-Ненецкого автономного округа
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

За время, прошедшее с момента регистрации первого случая заражения ВИЧ в России в 1987 году, создана обширная сеть специализированных учреждений, занимающихся организацией профилактических мероприятий, эпидемиологического надзора и учета инфицированных, наблюдения, и оказания всех видов• медицинской помощи, включая специфическую противовирусную терапию и лабораторный контроль ее эффективности… Читать ещё >

Молекулярно-эпидемиологический мониторинг ВИЧ-инфекции на территории Ямало-Ненецкого автономного округа (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
  • 1. Характеристика эпидемии-?ВИЧ/СПИД в мире
  • 2. Геном ВИЧ-1 как объект молекулярного мониторинга эпидемии
    • 2. 1. Структурные гены и белки ВИЧ
    • 2. 2. Неструктурные гены и их белки* ВИЧ
    • 2. 3. Возможности и ограничения применения-различных областей генома ВИЧ-1 для слежения за эпидемическим5процессом
  • 3. Генетическое разнообразие ВИЧ
    • 3. 1. Происхождение ВИЧ
    • 3. 2. Классификация генетических вариантов ВИЧ
    • 3. 3. Влияние различных факторов^на распространение подтипов! ВИЧ
    • 3. 4. Репликативные свойства и вирулентность различных подтипов ВИЧ
    • 3. 5. Молекулярно-генетическая характеристика эпидемии ВИЧ-1 в России
  • 4. Мутационная-изменчивость и полиморфизмгена pol ВИЧ-1 в. контексте феномена рез ИСТе 11ТНОСТИ
    • 4. 1. Особенности эволюционных процессов применительно к ВИЧ
    • 4. 2. Группы АРВП
      • 4. 2. 1. Структура и функции протеазы
      • 4. 2. 2. Ингибиторы протеазы
      • 4. 2. 3. Структурой функции обратной транскриптазы
      • 4. 2. 4. Нуклеозидные и ненуклеозидные ингибиторы обратной* транскриптазы
    • 4. 3. Показания к началу антиретро вирусной терапии
    • 4. 4. Виды мутаций лекарственной устойчивости и полиморфные проявления в гене pol ВИЧ
    • 4. 5. Механизм селекции лекарственно-устойчивых штаммов. Феномен резистентности
  • 5. Методология анализа резистентности
    • 5. 1. Фенотипирование и генотипирование
    • 5. 2. Автоматическое секвенирование
    • 5. 3. Количественная оценка вклада мутаций резистентности
  • 6. Использование результатов генетического анализа гена pol ВИЧ-1 в молекулярно-эпидемиологическом мониторинге ВИЧ-инфекции
  • ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТ
  • 1. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • 1. 1. Объект исследования
    • 1. 2. Сбор клинико-эпидемиологических данных
    • 1. 3. По дгото вка про б кро ви
    • 1. 4. Определение уровня СБ4-лимфоцитов в крови пациента
    • 1. 5. Определение вирусно й нагруз ки ВИЧ
    • 1. 6. Определение нуклеотидной последовательности фрагмента гена pol ВИЧ
    • 1. 7. Определение подтипа ВИЧ
  • 2. РЕЗУЛЬТАТЫ
    • 2. 1. Характеристика групп пациентов
    • 2. 2. Адаптация однокапиллярного секвенатора ABI pnsm-310 к тест-системе «Viroseq»
    • 2. 3. Проявления эпидемического процесса ВИЧ-инфекции на территории ЯНАО в
  • 1995−2008 г. г
    • 2. 4. Характеристика подтипов ВИЧ-1, выявленных на территории. ЯНАО
      • 2. 4. 1. Результаты выявления подтипов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Ямало-Ненецкого АО
      • 2. 4. 2. Анализ распространения подтипов ВИЧ-1 в различные периоды эпидемии на территории Ямало-Ненецкого АО
    • 2. 5. Мутации лекарственной устойчивости, выявленные в нуклеотидных последовательностях гена pol ВИЧ-инфицированных пациентов ЯНАО
      • 2. 5. 1. Частота встречаемости мутаций, выявленных в нуклеотидных последовательностях гена pol ВИЧ
      • 2. 5. 2. Анализ мутаций «major score» и «intermedia score»
      • 2. 5. 3. Анализ мутаций «low-score»
    • 2. 6. Результаты молекулярно-эпидемиологического мониторинга, проведенного на основании анализа нуклеотидной последовательности гена pol ВИЧ-1, циркулирующего на территории ЯНАО
      • 2. 6. 1. Анализ связи штаммов ВИЧ-1, несущих мутацию V77I в области pro, и штаммов, свободных от этой мутации, с факторами эпидпроцесса
      • 2. 6. 2. Сохранение мутации V771 в области pro при передаче ВИЧ-1 от человека к человеку
      • 2. 6. 3. Сохранение мутации V77I в области pro при динамическом наблюдении за пациентом
      • 2. 6. 4. Прикладное использование молекулярно-эпидемиологического мониторинга в практике эпидемиологического анализа
        • 2. 6. 4. 1. Случай медицинской аварии
        • 2. 6. 4. 2. Эпидемиологическое расследование очага ВИЧ-инфекции в г. Салехарде
        • 2. 6. 4. 3. Эпидемиологическое расследование очага ВИЧ-инфекции в г. Губкинский
  • ОБСУЖДЕНИЕ
  • ВЫВОДЫ

Актуальность проблемы. Среди социально значимых заболеваний инфекция, вызываемая вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), занимает особое место, как по масштабам эпидемии, так и по степени опасности для жизни. Согласно данным статистики, ежегодно происходит удвоение числа инфицированных ВИЧ и больных СПИДом [Ри* е1 а1, 2005]. С момента начала эпидемии и до 2010 года в мире ВИЧ-инфекцией заразились почти 60 миллионов человек, и 25 миллионов человек умерли от заболеваний, связанных с ВИЧ-инфекцией [1ЖАГО8/08/39К]. Нет стран, в которых не обнаруживались бы случаи заражения этим вирусомтаким образом, распространение ВИЧ-инфекции в мире носит пандемический характер.

Эпидемия ВИЧ-инфекции и сопутствующих ей заболеваний, включая вирусные гепатиты и туберкулез, вот уже два десятилетия растет и развивается на территории Российской Федерации. Оценочное число ВИЧ-инфицированных лиц в стране превышает один миллион. Масштабы эпидемии и скорость ее распространения могут быть сравнимы только с другими странами СНГ.

В России в 2010 году общее число ВИЧ-инфицированных, состоящих на диспансерном учете, составило 573 965 человек, в том числе 4693 ребенка. Ежегодно увеличивается как количество вновь выявленных случаев заражения (в 2010 году выявлено 64 528 случаев), так и количество смертей ВИЧ-инфицированных пациентов (в 2010 году умерло 4833 человека), что в целом заставляет рассматривать эпидемиологическую ситуацию по ВИЧ-инфекции как стабильно ухудшающуюся.

В отсутствие мер специфической профилактики единственным способом ограничить эпидемию остается антиретровирусная терапия (АРВТ), успехи которой являются одним из наиболее впечатляющих достижений человечества последних лет. Своевременное назначение терапии и тщательный контроль ее эффективности способны значительно повысить качество и продлить срок жизни пациентов, хотя взять заболевание под полный контроль пока не удается. Одним из наиболее серьезных и часто встречающихся ограничений эффекта антиретровирусной терапии является феномен, получивший название лекарственной устойчивости (резистентности) и связанный с появлением специфических мутаций в составе вирусного генома. Следствием их существования становится неспособность лекарственных препаратов к воздействию на функциональные участки вирусных белков.

Лечение ВИЧ-инфекции и СПИДа непрерывно совершенствуется, и так же непрерывно создаются и развиваются новые лабораторные методы, призванные сопровождать и контролировать терапию. С повышением надежности лабораторных методологий и расширением их возможностей значительно усложнились технологии исследований и способы интерпретации полученных с их помощью результатов.

За время, прошедшее с момента регистрации первого случая заражения ВИЧ в России в 1987 году, создана обширная сеть специализированных учреждений, занимающихся организацией профилактических мероприятий, эпидемиологического надзора и учета инфицированных, наблюдения, и оказания всех видов• медицинской помощи, включая специфическую противовирусную терапию и лабораторный контроль ее эффективности. Самые передовые технологии лабораторного анализа, включая молекулярные методы, стали рутинными и включены в алгоритмы текущего обследования всех ВИЧ-инфицированных пациентов. Апофеозом современных лабораторных технологий [Лукашов В. В., 2009] стало внедрение в практику метода секвенирования генома ВИЧ в целях слежения за возникновением мутаций лекарственной устойчивости (ЛУ) ВИЧ [MP № ' 5958-РХ от 07.08.2007 г.] - первые лаборатории страны начали проводить этот вид исследований в 20 052 006 гг.

Появление в арсенале диагностических средств нового метода и предназначенных для его выполнения тест-систем расширило спектр возможностей не только для клиницистов, получивших средство для научно обоснованного назначения и замены схем терапии ВИЧ-инфекции. Дополнительные горизонты открылись также перед эпидемиологами, осуществляющими молекулярный мониторинг за эпидемией ВИЧ-инфекции.

Традиционно слежение за распространением генетических вариантов, в частности, подтипов (субтипов) вируса проводилось только в научно-исследовательских лабораториях главным образом путем анализа генов ВИЧ-1, кодирующих структурные белки Gag и Env. Такой выбор определялся тем, что гены gag и env в составе генома ВИЧ-1 удалены друг от' друга, что позволяет с высокой надежностью выявлять не только «чистые» субтипы, но и рекомбинантные формы вируса, образующиеся при инфицировании клеток-мишеней разными вариантами вируса с последующими рекомбинационными процессами при репликации. Появление тест-систем, предназначенных для анализа гена pol в клинических лабораториях, на первый взгляд, позволяло объединить решение двух задач — анализ мутаций ЛУ и субтипирование ВИЧ-1, однако в действительности дело оказалось сложнее.

Получив возможность использовать передовое оснащение и тест-системы, региональные клинические лаборатории столкнулись с прежде не виданными задачами, находящимися на грани клинической диагностики и наукирешение их столкнулось с рядом трудностей и требовало принципиально нового мышления. Одной из первых анализ генома ВИЧ-1 начала выполнять лаборатория Центра СПИД в г. Ноябрьске Ямало-Ненецкого автономного округа.

Согласно данным, полученным в ходе многолетнего молекулярного мониторинга ВИЧ-инфекции, известно, что, начиная с 1995 года, в российской популяции широко распространился вариант подтипа, А ВИЧ-1 [Bobkov et al., 2004; Vazquez de Parga et al., 2005], который имеет ряд существенных особенностей в структуре практически всех областей генома [Суханова, 2005; Лаповок с соавт., 2009]. До настоящего времени этот вариант (IDU-A) продолжает доминировать на всей территории России, вызывая до 94% случаев ВИЧ-инфекции в России [Bobkov et al., 2004; Суханова, 2006]. Кроме него, в стране распространены еще два варианта ВИЧ-1 — подтип В и рекомбинант CRF03AB [Smolskaya Т. et al, 2006; Marlowe N. et al., 2010].

Однако в мире наиболее изученным является геном ВИЧ-1 подтипа В, поскольку именно он доминировал в странах Северной Америки и Западной Европы, ставших «пионерами» эпидемии ВИЧ-инфекции. Это нашло свое отражение в создании диагностических средств, в основе которых лежала нуклеотидпая последовательность генома ВИЧ-1 подтипа В [Barlow et al, 1997], а также в создании противовирусных препаратов, экспериментальная эффективность которых была прежде всего подтверждена в отношении ВИЧ-1 подтипа В.

Возникшая вслед за внедрением АРВТ проблема лекарственной устойчивости ВИЧ-1 также была изучена преимущественно на примере ВИЧ-1 подтипа Вдля этого были проведены широкие клинические и лабораторные испытания, как in vivo, так и in vitro. Неудивительно, что в качестве «дикого штамма», чувствительного к антиретро вирусным препаратам (АРВП), компьютерными программами, входящими в состав коммерческих тест-систем (ViroSeq HIV-1, HIV db Program) предлагается аминокислотная последовательность известного штамма НХВ-2 подтипа В [Celera's ViroSeq HIV-1 Genotyping System, 2002].

Тем не менее, генетические различия между подтипами ВИЧ-1 являются довольно существенными. Филогенетические дистанции между подтипами, А и В ВИЧ-1 достигают 25% - 40% [Korber et al, 1998]- существует возможность различия репликативных свойств и вирулентности у различных подтипов ВИЧ-1 [Kanki et al, 1999, Neilson et al, 1999]. Мутации ЛУ, возникающие в составе ВИЧ-1 разных подтипов, могут различаться, хотя эти различия выражены не столь существенно [Kantor et а1., 2005]. Гораздо больше проблем возникает при анализе мутаций, уже возникших в геноме, поскольку характер фенотипического проявления мутаций, а значит, и их интерпретации, как выяснилось, в значительной степени зависит от генетического окружения. Это означает, что одни и те же мутации в составе геномов разных подтипов ВИЧ-1 могут быть интерпретированы по-разному вплоть до того, что у определенных генетических вариантов вируса эти мутации вовсе не будут вызывать лекарственной устойчивости.

Все эти вопросы являются в наше время предметом тщательного и многогранного изучения учеными всего мира. Особенное беспокойство факт неодинаковости интерпретации результатов генотипирования разных подтипов вызывает в связи с тем, что распространение в мире неВ-подтипов ВИЧ-1 носит лавинообразный характер, и все больше этих вариантов вируса встречается в высокоразвитых странах, где ранее почти полностью преобладал подтип В. Ошибки в интерпретации мутаций, вызванные неадекватностью существующих алгоритмов, могут привести к массовой неэффективности лечения и распространению устойчивых штаммов вируса.

Таким образом, Россия оказалась в ситуации, когда при условии доминирования в стране варианта подтипа, А применяются тест-системы, разработанные на основе анализа генома подтипа В. Альтернативы этим системам на данный момент не существует, и освоение этих тест-систем в г. Ноябрьске, адаптацию их к условиям использования в региональной лаборатории и изучение способов анализа результатов генотипирования пришлось начинать «с нуля». В ходе этой работы были проведены исследования, которые позволили анализировать наличие мутаций ЛУ не только у леченых пациентов с целью подбора оптимальной для них схемы терапии, но и у «наивных» пациентов, тем самым была заложена основа национальной базы данных о полиморфизме циркулирующего в России генетического варианта в области гена pol. Эти данные составили базу для характеристики генетической изменчивости вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в изученном регионе России — Ямало-Ненецком округе.

Цель и задачи исследования

Основной целью работы было изучение разнообразия вариантов ВИЧ-1 (по гену pot), циркулирующих в Ямало-Ненецком автономном округе, оценка распространенности и анализ мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1, характеризующихся различными значениями «score», а также исследование возможности применения современных молекулярных методов в практике эпидемиологическом анализа.

Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

1. Провести ретроспективной анализ эпидемии ВИЧ-инфекции на территории Ямало-Ненецкого АО (1995;2008 гг.).

2. Адаптировать существующее оборудования к выполнению анализа с применением тест-системы Viroseq HIV-1.

3. Провести анализ нуклеотидных последовательностей областей гена pol, кодирующих протеазу и обратную транскриптазу, среди вариантов ВИЧ-1, распространенных в ЯНАО у «наивных» и леченых пациентов.

4. На оснований анализа генома ВИЧ-1 охарактеризовать подтипы ВИЧ-1, выявленные на территории ЯНАО, и частоту встречаемости значимых мутаций гена pol, у лиц, инфицированных разными вариантами вируса.

5. Оценить эффективность применения различных специализированных в on-line программ для определения подтипа ВИЧ-1 по гену pol. •.

6. Оценить связь мутаций лекарственной устойчивости в составе подтипа А:. характеризующихся разными уровнями значимости,. с проявлениями лекарственной устойчивости ВИЧ-1. '.

7. Оценить способность вариантов ВИЧ-1, несущих мутацшг гена/?о/, к передаче. от человека к человеку.

8. Исследовать" возможность применения результатов сравнительного анализа. нуклеотидной последовательности тепа pol ВИЧ-1 в практике проведения эпидемиологическихрасследований.

Положения, выносимые на защиту.

1. Установлен факт доминирования генетического подтипа, А ВИЧ-1 в Ямало-Ненецком автономном округе.

2. Разработан подход к определению подтипа ВИЧ-1 на основе использования Интернет-ресурсов с учетом особенностей молекулярно-эпидемиологической ситуации в Россииданы рекомендации по использованию наиболее надёжных pecyjDCOB. ~.

3. Показано, что наряду со структурными генами ВИЧ-1 ген pol может быть использован в качестве мишени для анализа, в ходе эпидемиологических расследований. * • .¦¦-,''.

4: Установлено, что в составе генетического варианта ВИЧ-1. подтипа А, характерного для России, мутации «low score» не связаны с развитием. лекарственной резистентности. .

Научная новизна, работы.

1. Показано распространение ВИЧ-инфекции среди коренных малочисленных народов Крайнего Севера (ненцы, ханты, ямальцы).- ', , ;

2. В результате проведенной работы впервые охарактеризованы (по гену pol) генетические варианты ВИЧ-1, циркулирующие в Ямало-Ненецком автономном округе в различные периоды эпидемии, при этом исследуемая выборка составила 8−8% всей изучаемой популяции, что свидетельствует о ее репрезентативнети. Установлено, что на сегодняшний день на Ямале, как и во всей стране, доминирует ВИЧ-1 подтипа, А (90,8%).

3: Опробован алгоритм определения подтипов ВИЧ-1 на основании анализа, нуклеотидных последовательностей фрагментов гена pol с применением on-line программ. Впервые продемонстрирована неэффективность программы HIVdb Program: Sequence Analysis для определения подтипа А, доминирующего в России:. ,.

4- Впервые показано, что наличие мутаций «major score» и «intermedia score» является свидетельством лекарственной резистентности независимо от подтипа ВИЧ-1. Наличие «low 5соге"-мутаций в штаммах ВИЧ-1 подтипа, А не связано с развитием лекарственной резистентности, в то время как у подтипа В «low scorew-мутации ассоциированы с таковой. — г 5. Для достоверного изучения эпидемиологии. У771-содержащих генотипов подтипа, А ВИЧ-1 использованы данные уточненного. ретроспективного эпиданамнеза. Существование устойчивого генотипа ВИЧ-1 с заменой V77I в протеазе (Muty77i) подтверждено наличием V77I у наивных пациентовсохранением V77I при назначении либо отмене противовирусных препаратовсохранением замены V77I при передаче вируса от человека к человеку различными путями.

6. Показана возможность применения результатов секвенирования гена pol ВИЧ-1 не только в клинической практике для определения резистентности, но и в процессе эпидемиологического анализа для осуществления молекулярно-эпидемиологических расследований очагов ВИЧ-инфекции. ¦ .¦ '.

Практическая значимость работы. В рамках данной работы предложены методы адаптации однокапиллярного секвенатора «АВ1 prism-ЗЮ» для проведения исследований в тест-системе «Viroseq». Опробован и внедрен алгоритм определенияшодтипов ВИЧ1! на основании, анализа нуклеотидных последовательностей фрагментов гена pol с применением on-line программ, что поможет практикующим врачам-лаборантам достоверно определять подтип исследуемых штаммов ВИЧ-1. Также показана доступность методов филогенетического анализа для проведения. реальных эпидемиологических расследований.

В целому результаты работы могут, служить научным подтверждением необходимости проведения молекулярно-эпидемиологического мониторинга ВИЧ-инфекции на основании анализа нуклеотидной последовательности гена pol. и возможности использования результатов секвенирования гена pol ВИЧ-1 не только в клинической практике, но и в процессе эпидемиологического анализа.

Апробация работы. Апробация работы состоялась 20 апреля, 2011 на совместном заседании Совета по предварительной экспертизе диссертационных работ, Отдела молекулярной вирусологии и Отдела общей вирусологии ГУ НИИвирусологии им: Д. И. Ивановского РАМН: Результатыисследований представлены в докладах на окружной научно-практической конференции1 «Актуальные вопросы противодействия. эпидемии ВИЧ/СПИД, в ЯН АО» (Ноябрьск, 2009 г.), научно-практической конференции «25 лет борьбы с ВИЧ-СПИД в России» (Суздаль, 2010 г.), на окружном семинаре «Актуальные вопросы ВИЧ-инфекции. Диспансеризация и лечение ВИЧ-инфицированных в ЯН АО» (Ноябрьск, 2011 г.).

J 1.

Обзор литературы.

Выводы.

1. В развитии ВИЧ-инфекции в Ямало-Ненецком автономном округе за весь период наблюдения (1995;2008 гг.) выделено и охарактеризовано 3 периода, различающиеся существенными колебаниями количественных и качественных показателей: a) первый период (1995;1999 гг.), характеризующийся низкой интенсивностью (показатель заболеваемости: 0,6−6,9), наличием спорадических очагов ВИЧ-инфекции и небольшим количеством инфицированных лицb) второй период (2000;2002гг.), ознаменованный проникновением ВИЧ-1 в среду ПИН и характеризующийся резким подъемом заболеваемости (показатель заболеваемости: 35,4−58,2), высокой интенсивностью эпидемического процесса, формированием крупных очагов ВИЧ-инфекции и преобладанием парентерального пути передачи (до 93,2%), связанного с внутривенным употреблением психотропных веществc) третий период (2003 — 2008 гг.), сопровождающийся снижением заболеваемости (показатель заболеваемости: 25,8−23,2) и интенсивности эпидемического процесса, значительным вовлечением в эпидемический процесс лиц женского пола, увеличением доли полового пути передачи до 38,3% против 6,65% в предыдущем периоде, расширением возрастных границ ВИЧ-инфекции.

2. В 2005 году зарегистрировано проникновение ВИЧ-1 в относительно изолированные этнические группы (ненцы, ханты, ямальцы), вызвавшее стремительное распространение ВИЧ-инфекции в данной популяции. Темпы роста заболеваемости ВИЧ-инфекцией среди коренных малочисленных народов Крайнего Севера в 3.3 раза превышают аналогичный показатель среди прочего населения, что представляет серьезную угрозу для существования этого этноса.

3. На территории ЯНАО зарегистрирована циркуляция четырех генетических вариантов ВИЧ-1 — подтипов, А (90,8%) и В (1,5%), а также рекомбинатных форм AB (6,2%) и АЕ (1,5%), при этом, как и во всей России, сохраняется доминирующая роль подтипа А.

4. Для определения подтипа, А ВИЧ-1 по нуклеотидной последовательности фрагментов гена pol рекомендовано применение программ REGA HIV-1 Subtyping Tool (версия 2) и COMET HIV-1, так как результаты определения подтипа, полученные в референс-программе HIVdb Program: Sequence Analysis, является недостаточно точными.

5. Формирование мутаций «major score" — и «intermedia score» всегда связано с воздействием АРВТ и ассоциировано с лекарственной резистентностью как у В-подтипа, так и у А-подтипа ВИЧ-1. «Low score» мутации генетического варианта подтипа А, циркулирующего в России, не являются следствием отбора на фоне АРВТ и представляют собой полиморфные замены.

6. Существование устойчивого /wZ-генотипа ВИЧ-1 с аминокислотной заменой V77I в протеазе подтверждается сохранением мутации V77I при назначении либо отмене противовирусных препаратов, а также сохранением мутации V77I при передаче вируса от человека к человеку различными путями.

7. Показана целесообразность и эффективность применения результатов секвенирования гена pol ВИЧ-1 с целью объективного установления источника заражения и эпидемических связей при проведении эпидемиологических расследований.

Показать весь текст

Список литературы

  1. В.И., Богданов A.A., Гвоздев В. А. и др. Молекулярная биология: Структура и биосинтез нуклеиновых кислот (учеб. для биол. спец. Вузов) // М.: Высш. шк. -1990.-с. 308−315.
  2. А.Ф., Казенова Е. В., Селимова JI.M. и др. Нуклеотидные последовательности генов и изолятов вируса иммунодефицита человека типа 1, выявленных в России: обнаружение новых рекомбинантных вариантов // Вопр. вирусол. 2000. — № 6. — С. 17−20.
  3. А.Ф., Казеннова Е. В., Бобкова М. Р. и др. Молекулярно-генетическая характеристика ВИЧ-1 на>территории России // Вестник РАМН. 2002. — № 8. -С.40−42.
  4. В. В. Консультирование при ВИЧ-инфекции (пособие для врачей различных специальностей). М., CIDA, 77с., 2003.
  5. В. В. Повышение приверженности к антиретровирусной терапии и предупреждение лекарственной устойчивости. — М., 52 е., 2009.
  6. А.Ф., Казеннова Е. В., Селимова JI.M., и др. Молекулярно-вирусологические особенности эпидемии ВИЧ-инфекции в России и других странах СНГ // Вестник РАМН. 2003. — № 12. — С. 83−85.
  7. А.Ф., Покровский В. В. Терапевтические ВИЧ-вакцины // М., 2001 — С. 1015.
  8. А.Ф., Покровский В. В., Селимова JI.M. и др. Генетическая характеристика вариантов вируса иммунодефицита человека первого типа, вызвавших эпидемию среди наркоманов в странах СНГ// Вопр. Вирусол. -1998. -№ 43. -С.253−256.
  9. М. Р. Иммунитет и ВИЧ-инфекция (популярные лекции). — М.: Олимпия Пресс. 240 е., ил, 2006.
  10. М. Р. Лекарственная устойчивость ВИЧ и лабораторные методы ее определения (лекция)//Клиническая лабораторная диагностика.-2002-№ 1-С25−32
  11. М. Р., Буравцова Е. В., Суханова А. Л. и др Применение тест-систем AMPLICOR HIV-1 для диагностики ВИЧ-инфекции у новорожденных детей в России: первые результаты (2001−2001г.г.)//Клиническая лабораторная диагностика.-2002-№ 6-С49−53
  12. Л.Ю. Применение результатов секвенирования гена pol в клинике и эпидемиологии ВИЧ / Л. Ю. Волова, Л.А. Грезина// Журн. Микробиологии. — 2008. № 4. — С. 92−95.
  13. Г. А. Лекарственная устойчивость и ее значение в процессе лечения ВИЧ-инфекции // Consilium medicum. 2001.- Экстра выпуск, ВИЧ-инфекция. — С.IIIS.
  14. Г. И., Фомин Ю. А., Додонов К. Н., Улюкин И. М. К вопросу молекулярно-генетического мониторинга антиретровирусной терапии ВИЧ-инфекции // Terra Medica Nova 2005. № 3. — интернет-издание.
  15. E.B. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), циркулирующих в России, 19 872 003 г. Автореф. диссертации докт. биол. наук. М., 2005. 52 с.
  16. Е.В., Бобков А. Ф. Подтипы вируса иммунодефицита человека 1 типа: классификация, происхождение и распространение в Европе // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии.' — 2003. № 1. — С.90−96.
  17. Е.В., Бобков А. Ф., Селимова Л. М. и др. Анализ субтипов гена gag вариантов ВИЧ-1, выделенных в России, методом t сравнительной оценки электрофоретической подвижности гетеродуплексов // Вопр. Вирусол. 2001. -Т.46. — С. 12−16.
  18. Е. В., Васильев А. В', Коровина Г. И. и др. Сравнительный анализ систем генотипирования ВИЧ-1 Viroseq и Trugene в применении к вариантам вируса, распространенным в России // Клиническая лабораторная диагностика,-2009-№ 12-С46−51
  19. Е. В., Васильев А. В., Лаповок И. А. и др. Проблемы субтипирования ВИЧ-1 на основе анализа гена pol и способы их разрешения // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2010, Т.2, № 3, С. 42−48.
  20. И. И., Покровский В. В., Бобков А. Ф. и др. Распространение субтипов ВИЧ-1 в России // Эпидемиол. и инфекц. бол. — 1998. — № 5. — С. 19—23.
  21. В. В. Молеклярная эволюция и филогенетический анализ (учебное пособие) // М.: Бином-2009.-с. 5−8.
  22. Методические Рекомендации «О проведении надзора за циркуляцией генетических вариантов вируса иммунодефицита человека, включая циркуляцию штаммов, резистентных к АРВП» утв. Минздравсоцразвития 06.08.2007 г. № 5958-РХ
  23. В.В., Бобков А. Ф. Ладная П.Н. и др. Эпидемиологическая ситуация инфекции, вызываемая вирусом иммунодефицита человека, в России в 1991—1995 годах // Эпидемиол. и инфекц. бол. 1996. — № 1. — С. 83−85 (а).
  24. В.В., Ермак Т. Н., Беляева В. В., Юрин О. Г. ВИЧ-инфекция: клиника, диагностика и лечение. Под общ. ред. В. В. Покровского. — 2-е изд., испр. и доп.
  25. М.: ГЭ ОТ АР-МЕД, 2003. — 488 е.: 73 ил.
  26. В.В., Ладная H.H., Соколова Е. В. Буравцова Е.В. ВИЧ-инфекция // Информационный бюллетень. 2008. — № 30. — 36 с.
  27. В.В., Янкина З. К. Эпидемиологическое расследование первого • случая СПИД, выявленного у гражданина СССР// Журнал микробиологии.1987,-№ 12, — С.8−11.
  28. А. Л., Казеннова Е. В., Рудинский Н. И. и др. Генетическая изменчивость области, кодирующей прогеазу, у изолятов ВИЧ-1 подтипа, А и рекомбинантов CRF03AB на территории СНГ // Вопр. вирусол. — 2004. № 6. -С. 4−9 (а).
  29. А.Л., Казеннова Е. В., Бобкова М. Р. и др. Варианты вируса иммунодефицита человека типа 1, обнаруживаемые в России среди инфицированных половым путем // Вопр. вирусол. — 2004. — № 49. — С. 4−7 (Ь).
  30. Суханова A. JL, Бобков А. Ф. Генетическое тестирование лекарственной устойчивости при ВИЧ-инфекции: проблемы и перспективы // Эпидемиология и1. инфекционные болезни. 2004. — N. 4. — С. 54−57 ©.
  31. А. Л. Изменчивость гена pol вариантов вируса иммунодефицитачеловека первого типа (ВИЧ-1) подтипа А, циркулирующих в России. Автореф. диссертации докт. биол. наук. М., 2006 25 с.
  32. .Н., Найп Д. М., Мэрфи Ф. А. и др. Вирусология (в 3-х томах) // М.: Мир.- 1989.-Т. 1. — с. 442−459.
  33. Aiken С, Konner J, Landau NR, et al. Nef induces CD4 endocytosis: Requirement for a critical dileucine motif in the membrane-proximal CD4 cytoplasmic domain// Cell -1994.-Vol.76. -P.853−864.
  34. Asante-Appiah E., Skalsa M. Molecular mechanisms in retrovirus DNA integration// Antiviral Res. -1997. Vol.36. -P. 139−156.
  35. Ammaranond P., Cunningham P., Oelrichs R. et al. No increase in protease resistanceand a decrease in revei se transcriptase resistance mutations in primary HIV-1 infection, 1992−2001 //AIDS. -2003a.-Vol. 17(2).-P. 264−267
  36. Ammaranond P., Cunningham P., Oelrichs R. et al. Rates of transmission ofantiretroviral drug resistant strains of HIV-1 // J. Clin. Virol. — 2003. Vol.26. -P.153−161.
  37. Barin F., Meyer L., R. Lancar et al. Development and Validation of an Immunoassay for Identification of Recent Human Immunodeficiency Virus Type 1 Infections and Its Use on Dried serum Spots // J Clin Microbiol. 2005. — Vol. 43, N. 9 — P. 4441−4447.
  38. Barre-Sinoussi F., Cherman J.C., Rey F. et al. Isolation of T-lymphotrofic retrovirus from patient at risk to AIDS // Science. 1983. — Vol. 220. — P.868−871.
  39. Bayles E., Gao F., Bibollet-Ruche F. et al. Hibrid origin of SIV in chimpanzees // Science. 2003. — P. 1713.
  40. Bebenek K., Abbotts J., Roberts J.D. et al. Specificity and mechanism of error-prone ' replication by human immunodeficiency virus-1 reverse transcriptase // J. Biol. Chem.- 1989.-Vol. 264(28). P. 16 948−16 956.
  41. Beer В., Bailes E., Sharp P. et al. Diversity and evolution of primate lentiviruses. In HIV Sequence Compendium 2000, Los Alamos: Los Alamos National Laboratory.
  42. Bobkov A. F., Kazennova E. V., Selimova L. M. et al. Temporal trends in the HIV-1 epidemic in Russia: predominance of subtype A // J. Med. Virol. — 2004. Vol. 74, N. 2.-P. 191−196.
  43. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Garaev M., et al. Identification of an env G subtype and’heterogeneity of HIV-1 strains in the Russian Federation and Belarus // AIDS. -1994. Vol. 8, N. 12.-P.-1649−1655.
  44. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Selimiva L. et al.' An HIV type 1 epidemic among injecting drug users in the former Soviet Union caused by a homogeneous subtype A strain//AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1997. — Vol.13. — P. 1195−1201.
  45. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Selimova L. et al. Genetic heterogeneity of HIV-1 type 1 in Russia: identification of H variants and relationship with epidemiological data //AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1996. — Vol.12. — P.1687−1690.
  46. Bobkova M., Kazennova E., Selimova L. et al. Serological approaches to subtyping of HIV-1 in injecting drug users in Russia: evidence of subtype homogeneity at the main sites of the epidemic // Int. J. STD&AIDS. 2001. -Vol.12. — P.34−40.
  47. Brenner B.G., Routy J.-P., Petrella M. et al. Peisistance and fitness of multidrug-resistant human immunodeficiency virus type 1 acquired in primary infection // J. Virol.-2002.-Vol. 76.-P. 1753−1761
  48. Bryant M, Ratner L. Myristoylation-dependent replication and assembly of human immunodeficiency virus 1// ProcNatl Acad Sei USA -1990. Vol. 87. -P.523−527
  49. Bushman FD, Fujiwara T, Craigie R. Retroviral DNA integration directed by HIV integration protein in vitro// Science -1990. Vol. 249. -P.1555−1558.
  50. Capon DJ, Ward RH. The CD4-gpl20 interaction and AIDS pathogenesis// Annu Rev Immunol -1991. Vol.9. -P.:649−678.
  51. Carr JK, Nadai Y, Eyzaguirre L et al. Outbreak of a West African recombinant of HIV1 in Tashkent, Uzbekistan // JAIDS. 2005. — Vol. 39(5). — P.570−575.
  52. Celera’s ViroSeq HIV-1 Genotyping System. Инструкция к продукту. Celera Diagnostics, LLC. Копирайт 2001, 2002 С.49−53.
  53. Clavel F., Guetard F., Brun-Vezinet S., et al. Isolation of a new human retrovirus from West African patients with AIDS// Science. -1986. Vol.233. -P.343−346.
  54. Coffin J.M. HIV population dynamics in vivo: implications for genetic variation, pathogenesis, and therapy// Science. 1995. — Vol. 267(5197). -P.483−489.
  55. Clever J., Sassetti C., and Parslow T.G. RNA secondary structure and binding sites for gag gene products in the 5' packaging signal of human immunodeficiency virus type 1 // J. Virol. 1995. — Vol. 69, N. 4. — P. 2101 — 2109.
  56. De Gruttola V. Communication betwecn resistance HIV and the answer to antivirus therapy: the researches used for standardization of the analytical data / V. De Gruttola// Antiviral Ther. -2005. Vol. 5, N 1. — P. 41−48.
  57. Deeks S.G. International perspectives on antiretroviral resistance. Nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor resistance // J. Acquir. Immune. Defic. Syndr. 2001. -Vol. 26. — P. S25−33.
  58. Domingo E. Quasispecies theory in virology // J. Virol. 2002. — Vol. 76. — P. 463 465.
  59. Domingo E., Holland J.J. RNA virus mutations and fitness for survival // Annu. Rev. Microbiol. 1997,-Vol. 51.-P. 151−178.
  60. Domingo E., Menendez-Arias L., Quinones-Mateu M.E. et al. Viral quasispecies and the problem of vaccine-escape and drug-resistant mutants // Prog. Drug. Res. — 1997. — Vol. 48. — P.99−128.
  61. Dunn B.M., Goodenow M.M., Gustchina A., Wlodawer A. Retroviral proteases // Genome Biol. 2002. — Vol. 3(4). — P.3006.1−3006.7.
  62. Eigen M. On the nature of virus quasispecies. // Trends Microbiol. — 1996. — Vol.4(6). — P.216−218.
  63. Eshleman S.H., Jackson J.B. Nevirapine resistance after single dose prophylaxis // AIDS Rev. 2002. — Vol.4(2). — P.59−63.
  64. Ferdats A, Konicheva V, Dievberna I et al. An HIV type 1 subtype A outbreak among injecting drug users in Latvia // AIDS Res Hum Retroviruses. 1999. — Vol. 15(16). — P. 1487−1490.
  65. Flint S.J., Enquist L.W., Krug R.M. et al. Principles of Virology: Molecular Biology, Pathogenesis, and Control. ASM Press, Washington, USA, 2000. — 804 p.
  66. Fonjungo P.N., Mpoudi E.N., Torimoro J.N. et al. Human immunodeficiency virus type 1 group M protease in Cameroon: genetic diversity and protease inhibitor mutational features // J. Clin. Microbiol. 2002. — Vol. 40. — P.837−845.
  67. Franke EK, Luban J. Inhibition of HIV-1 replication by cyclosporine A or related compounds correlates with the ability to disrupt the Gag-cyclophilin A interaction// Virology -1996. Vol. 222. -P.279−282.
  68. Franke EK, Yuan HE, Luban J. Specific incorporation of cyclophilin A into HIV-1 virions// Nature -1994. Vol. .372. -P.359−362.
  69. Gallay P, Swingler S, Song J, et al. HIV nuclear import is governed by the phosphotyrosine-mediated binding of matrix to the core domain of integrase // Cell. -1995. Vol. 83, N. 4. — P. 569−576.
  70. Gallo R.C. Frequent detection and isolation of cytopathic retroviruses (HTLV-III) from patient with AIDS and at risk for AIDS// Science. -1984. Vol.224. -P.500−503.
  71. Gao F., Vidal N., Li Y., et al. Evidence of two distinct subsubtypes within the HIV-1 subtype A radiation// AIDS Res Hum Retroviruses. -2001. -Vol.17. -P.675−688.
  72. Gao F., A comprehensive panel of near-ful-length clones and reference sequences for non-suptipe B isolates of human immunodeficiency virus type 1/F. Gao, L. D. Robertson, C. D. Carruthers et al. II J. Virol.-1998.-V.72-P.5680−98.
  73. Guidance for industry premarket notifications for in HIV drug resistance genotype assays. Specials controls. Draft Guidance, CBER, August 2004.
  74. Haas G., Samri A., Gomard E. et al. Cytotoxic T-cell responses to HIV-1 reverse transcriptase, integrase and protease // AIDS. 1998. — Vol. 12(12). — P. 1427−1436.
  75. Haase A.T. Population biology of HIV-1 infection: viral and CD4+ T cell demographics and dynamics in lymphatic tissues // Annu. Rev. Immunol. -1999. -Vol. 17. — P.625−656.
  76. Hansen J.L., Long A.M., Schultz S.C. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of polio virus // Structure. 1997. — Vol. 5(8). — P. l 109−1122.
  77. Harrison G. P, Lever A.M. The human immunodeficiency virus type 1 packaging signal and major splice donor region have a conserved stable secondary structure// J Virol -1992. Vol.66. —P.4144−4153.
  78. Hcyndrickx L., Janssens W., Zekeng L., et al. Simplified Strategy for detection of recombinant human immunodeficiency virus type 1 Group M isolates by gag/env heteroduplex mobility assay// J. Virol. -2000. -Vol.74. -P. 363−370.
  79. Huang H., Chopra R., Verdine G.L., Harrison S.C. Structure of a covalently trapped catalytic complex of HIV-1 reverse transcriptase: implications tor drug resistance // Science. 1998. — Vol. 282(5394). — P. 1669−1675.
  80. Helga-Maria C., Hammarskjold M., Rekosh D. An intact TAR element and cytoplasmic localisation are necessary for efficient packing of human immunodeficiency virus type 1 genomic RNA// J.Virol.-1999. Vol.73.- P.4127−4135.
  81. Iversen A.K., Shafer R.W., Wehrly K. et al. Multidrug-resistant human immunodeficiency virus type 1 strains resulting from combination antiretroviral therapy // J. Virol. -1996. Vol. 70. — P. 1086−1090.
  82. Jacks T, Power MD, Masiarz FR, et al. Characterization of ribosomal frameshifting in HIV-1 Gag-Pol expression// Nature -1988. Vol.331. -P.280−283.
  83. Jeeninga R. E., Hoogenkamp M., Armand-Ugon M. et al. Functional differencesbetween the long terminal repeat transcriptional promoters of humaniimmunodeficiency virus type 1 subtypes A through G // J. Virol. — 2000. Vol. 74, N. 8.-P. 3740−3751.
  84. Johnson V.A., Brun-Vezinet F., Clotet B. et al. Update of the drug resistance mutations in HIV-1: 2005 // International AIDS Society USA. — Topics in HIV Medicine. -Special Contribution. — 2005. — Vol. 13 (1). — P. 51−57.
  85. Kantor R, Katzenstein DA, Efron B, et al., Impact of HIV-1 subtype and antiretroviral therapy on protease and reverse transcriptase genotype: results of a global collaboration // PLoS Med. 2005. — Vol. 2(4). — P. 0325−0337.
  86. Kantor R., D. Katzenstein. Polymorphism in HIV-1 non-subtype, B protease and reverse transcriptase and its potential impact on drug susceptibility and drug resistance evolution // AIDS Rev. 2003. — Vol. 5. — P.25−35.
  87. Kim SY, Byrn R, Groopman J, et al. Temporal aspects of DNA and' RNA synthesis during human immunodeficiency virus infection: Evidence for differential gene expression// J Virol -1989. Voli63. -P.3708−3713.
  88. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies (of nucleotide sequence // J. Mol. Evol. 1980. — Vol. 16. — P. l 11−120.
  89. Kohlstaedt L.A., Wang J., Friedman J.M. et al. Crystal structure at 3.5 A resolution of HIV-1 reverse transcriptase complexed with an inhibitor // Science. — 1992. -Vol.256(5065). P.1783−1790.
  90. Kondo E., Mammano F., Cohen E., et al. The p6Gag domain of human immunodeficiency virus type 1 is sufficient for the incorporation of Vpr into heterologous viral particles//J.Virol.-1995. Vol.69. — P.2759−2764.
  91. Koiber B., Muldon M., Theiler J. et al. .Timing the ancestor of the HIV-1 pandemic strains // Science. 2000. — Vol. 288. — P. 1789−1796.
  92. Kosalaraksa P., Kavlick M.F., Maroun V. et al. Comparative fitness of multi-dideoxynucleoside-resistant human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) in an In vitro competitive HIV-1 replication assay // J. Virol. 1999. — Vol. 73. — P. 5356−5363.
  93. Krebs R, Immendorfer U, Thrall SH et al. Single-step kinetics of HIV-1 reverse transcriptase mutants responsible for virus resistance to nucleoside inhibitors zidovudine and 3-TC // Biochemistry. 1997. — Vol. 36(33). — P. 10 292−10 300.
  94. Kurbanov F, Kondo M, Tanaka Y, et al. Human immunodeficiency virus in Uzbekistan: epidemiological and genetic analyses '// AIDS Res Hum Retroviruses. — 2003.-Vol. 19(9). P.731−738.106.107.108.109.110.111.112.113.114.115 116 117 118
  95. Lu M., Ji H., Shen S. Subdomain folding and biological activity of the core structure from human ummunodeficiency virus type 1 gp41: implications for viral membrane fusion// J.Virol. -1999. Vol.73. -P.4433−4438.
  96. Lukashov V., Karamov E., Eremin V., et al. Extreme founder effect in an HIV type 1 subtype A epidemic among drug users in Svetlogorsk, Belarus // AIDS Res.Hum.Retroviruses.-1998.-V.14.-P. 1299−1302.
  97. Lukashov V.V., de Ronde A., de Jong J. et al. 2000 Epidemiology of HIV-1 and emerging problems // International Journal of Antimicob. Agents. 2000. — Vol. 16. — P. 463−466
  98. Lukashov V.V., Kuiken C.L., Goudsmit J. Intrahost human immunodeficiency virus type 1 evolution is related to length of the immunocompetent period // J. Virol. 1995. -Vol. 69(11).-P. 6911−6916.
  99. Lukashov W, Huismans R, Jebbink MF et al. Selection by AZT and rapid replacement in the absence of drugs of HIV type 1 resistant to multiple nucleoside analogs //AIDS Res. Hum. Retr. 2001. — Vol. 17(9). — P. 807−818.
  100. Malim MH, Hauber J, Le SY, et al. The HIV-1 rev trans-activator acts through a structured target sequence to activate nuclear export of unspliced viral mRNA// Nature -1989. Vol.338. -P.254−257.
  101. Mammano F., Petit C., Clavel F. Resistance-associated loss of viral fitness in human immunodeficiency virus type 1: phenotypic analysis of protease and gag coevolution in protease inhibitor-treated patients // J. Virol. 1998. -Vol.72(9). P.7632−7637.
  102. Martinez-Picado J., Savara A.V., Shi L. et al. Fitness of human immunodeficiency virus type 1 protease inhibitor-selected single mutants //Virology. 2000. — Vol. 275(2). -P.318−322.
  103. Masemola A., Mashishi T., Khoury G. et al. Hierarchical targeting of subtype C human immunodeficiency virus type 1 proteins by CD8+ T cells: correlation with viral load // J. Virol. 2004. — Vol. 78(7). — P. 3233−3243.
  104. A.E., Klimov N.A., Kozlov A.P. 2003. Molecular cloning and analysis of flail-length genome of HIV type 1 strains prevalent in countries of the former Soviet Union // AIDS Res. Hum. Retroviruses. -2003. Vol. 19. — P. 933−939.
  105. Mason R.D., Bowmer M.I., Howley C.M. et al. Antiretroviral drug resistance mutations sustain or enhance CTL recognition of common HIV-1 Pol epitopes // J. Immunol. 2004. — Vol. 172. — P. 7212−7219.
  106. Masur H., Michelis M.A., Greene J.B. et al. An outbreak of community-acquired Pneumocystis carinii pneumonia: initial manifestation of cellular immune dysfunction// N. Eng. J. Med. -1981. Vol .305. -P. 1431−1438.
  107. Maxam A.M., Gilbert W. A new method of sequencing DNA, Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1977, v. 74, p. 560−564
  108. Miller V, Larder BA. Mutational patterns in the HIV genome and cross-resistance following nucleoside and nucleotide analogue drug exposure // Antivir Ther. — 2001. -Vol. 6. P.25−44
  109. Miller V. International perspectives on antiretroviral resistance. Nucleoside reverse transcriptase inhibitor resistance // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. — 2001. — Vol. 26. P. S34-S50.
  110. Miller R., Sarver N. HIV accessory proteins as therapeutic targets// Nat.Med. -1997. — Vol.3. -P.389−394.
  111. Muesing MA, Smith DH, Cabradilla CD, et al. Nucleic acid structure and expression of the human AIDS/lymphadenopathy retrovirus//Nature. -1985. Vol. 313. -P.450−458.
  112. Nath A., Conant K., Chen P., et al. Transient exposure to HIV-1 Tat protein results in cytokine production in macrophages and astrocytes// J.Biol.Chem. -1999. Vol.274. -P.17 098−17 102.
  113. Najeira S, Sent Lui et al. Genotypic and phenotypic characterization of human immunodeficiency virus type 1 variants isolated from patients treated with the protease inhibitor Nelfinavir // Antimicrob. Agents Chemother. 1998. — Vol.42. — P.2637−2644.
  114. Novitsky V.A., Montano M.A., Essex M. Molecular epidemiology of an HIV-1 subtype A subcluster among injection drug users in the Southern Ukraine // 1998 Aug 10−14(-12): 1079−85 from 1996, Odessa, no recomb
  115. Nowak M., Schuster P. Error thresholds of replication in finite populations mutation frequencies and the onset of Muller’s ratchet // J. Theor. Biol. 1989. — Vol. 137(4). -P.375−395.
  116. Parkin NT, Chamorro M, Varmus HE. Human immunodeficiency virus type 1 gag-pol frameshifting is dependent on mRNA secondary structure: Demonstration by expression in vivo// J Virol -1992. Vol.66. -P.5147−5151.
  117. Patel PH, Jacobo-Molina A, Ding J et al. Insights into DNA polymerization mechanisms from structure and function analysis of HIV-1 reverse transcriptase // Biochemistiy. 1995. — Vol. 34. -P. 5351.
  118. Patick A. K., R. Rose, J. Greytok et al. Characterization of a human immunodeficiency virus type 1 variant with reduced sensitivity to an aminodiol protease inhibitor // J. Virol. 1995. — Vol. 69. — P. 2148−2152.
  119. Patick A.K., Potts K.E. Protease inhibitors as antiviral agents // Clin. Microbiol. Rev. — 1998. Vol. 11 (4). — P.614−627.
  120. Paxton W., Connor R.I., Landau N.R. Incorporation of, Vpr into human immunodeficiency virus type 1 virions: requirement for the p6 region of gag and mutational analysis// J Virol. -1993. Vol.67. -P.7229−7237.
  121. Piot P., Bartos M., Ghys P., et al. The global impact of HIV/AIDS// Nature. -2001. -Vol.410. -P.968−973.
  122. Poch O., Sauvaget I., Delarue M., Tordo N. Identification of four conserved motifs among the RNA-dependent polymerase encoding elements // EMBO J. 1989. — Vol. 8(12). — P. 3867−3874.
  123. Poon D., Li G., Aldovini A. Nucleocapsid and matrix protein contributions to selective human immunodeficiency virus type 1 genomic RNA packaging// J.Virol. -1998. — Vol.72. -P.1983−1993.
  124. Poznansky M, Lever A, Bergeron L, et al. Gene transfer into human lymphocytes by a defective human immunodeficiency virus type 1 vector// J Virol — 1991. Vol.65. — P.532−536.
  125. Quinones-Mateu M.E., Arts E.J. Fitness of drug resistant HIV-1: methodology and clinical implications // Diug Resist Updat. 2002. — Vol. 5(6). — P.224−233.
  126. Race E., Meynard J.-L., Soriano V., Zolopa A.R. Recomendations for management. In HIV Infection/ Antiviral resistance —scientufic basis and recommendations for management. Bash Medical Publishing. — 2004. — p. 110−123
  127. Robertson D., Anderson J., Bradac J. et al. A reference guide to HIV-1 classification // HIV Sequence Database. Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM. — 2000 (a).
  128. Robertson D.L., Anderson J.P., Bradac J.A., et al. HIV-1 nomenclature proposal // Science. -2000. Vol. 288. -P.55−56 (b).
  129. Robertson D. L. HIV-1 Nomenclature Prorosal / D. L. Robertson, J. P. Anderson, J. A. Bradac et al// Human Retroviruses end AIDS 1999. Theoretical Biology and Biophysics Group, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos NM.-1999.- P. 492 505.
  130. Rossi J.J., June C.H., Kohn D.B. Genetic therapies against HIV // Nat. Biotechno 1. — 2007. Vol. 25, N. 12. — P. 1444−1454.
  131. Roy S, Delling U, Chen CH, et al. A bulge structure in HIV-1 TAR RNA is required for Tat binding and Tat-mediated trans-activation// Genes Dev -1990. Vol .4. -P.1365.i
  132. Ruben S, Perkins A, Purcell R, et al. Structural and functional characterization ofhuman immunodeficiency virus tat protein // J. Virol. -1989. Vol. 63, N.l. -P. 1−8.
  133. Ruiz-Jarabo C.M., Arias A., Baranowski E. et al. Memory in viral quasispecies // J. Virol. 2000. — Vol.74(8). — P. 3543−3547.
  134. Sanger F., Coulson A.R. A rapid method for determining sequences in DNA by primed syntesis with DNA polymerase, J. Mol. Biol., 1975, v. 94, p. 444−448
  135. Servais J., Lambert C., Fontaine E. et al. Variant human immunodeficiency virus type 1 proteases and response to combination therapy including a protease inhibitor // Antimicrob. Agents Chemother. -2001. Vol. 45. — P.893−900. i
  136. Shafer R.W. Genotypic testing for human immunodeficiency virus type 1 drug resistance // Clin. Microbiol. Rev. 2002. — Vol. 15(2). — P.247−277.
  137. Sharp P.M., Bailes E., Chaudhuri R.R. et al. The origins of acquired immune deficiency syndrome viruses: where and when? // Phil. Trans. R. Soc. Lond. B. 2001. -Vol. 356. P. 867−876.
  138. Soares MA, De Oliveira T, Brindeiro RM et al. A specific subtype С of human immunodeficiency virus type 1 circulates in Brazil // AIDS. 2003. — Vol. 17. — P. 1121.
  139. Stanford University HIV Drug Resistance Database. (http://hivdb.Stanford.edu).
  140. Thali M, Bukovsky A, Kondo E, et al. Functional association of cyclophilin A with HIV-1 virions// Nature -1994. Vol.372. -P.363−365.
  141. Ulich C., Dunne A., Parry E., et al. Functional domains of tat required for efficient human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptoin// J.Virol. -1999. — Vol.73. -P.2499−2508.
  142. UNAIDS/06.29R // Объединенная программа Организации Объединенных Наций по ВИЧ/СПИДу (ЮНЭЙДС). 2006. — ISBN 92 9 173 545 0. — С. 1−94.
  143. Ustina V, Zilmer К, Tammai L, et al., Epidemiology of HIV in Estonia // AIDS Res Hum Retroviruses. 2001. — Vol. 17(1). — P. 81 -85.
  144. Weber J., Rangel H.R., Chakraborty B. et al. Role of baseline pol genotype in HIV-1 fitness evolution // J. Aquir. Immune Defic. Syndr. 2003. — Vol. 33. — P. 448−460.
  145. Wei P, Garber ME, Fang SM, Fischer WH, Jones KA. A novel CDK9-assodated C-type cyclin interacts directly with HIV-1 Tat and mediates its high-affinity, loop-specific binding to TAR RNAII Cell. 1998. — Vol.92. -P.451−62.
  146. Wei X., Ghosh S.K., Taylor M.E. et al. Viral dynamics in human immunodeficiency virus type 1 infection // Nature. 1995. — Vol. 373(6510). — P. 117−122.
  147. Wen W, Meinkoth JL, Tsien RY, et al. Identification of a signal for rapid export ofproteins from the nucleus// Cell 1995. — Vol.82. -P.463−473.
  148. Winters M.A., Coolley K.L., Girard Y.A. et al. A 6-basepair insert in the reverse transcriptase gene of human immunodeficiency virus type 1 confers resistance to multiple nucleoside inhibitors// J Clin Invest 1998. — Vol. 102. — P.1769−1775.
  149. Wamberg M.A., Miller M.D., Quan Y. et al. In vitro selection and characterization of HIV-1 with reduced susceptibility to PMPA // Antivir. Ther. 1999. — Vol. 4(2). -P.87−94.
  150. Walker B.D. and Korber B.T. Immune control of HIV: the obstacles of HLA and viral diversity // Nature Immunology. 2001. — Vol. 2(6): 473−475.
  151. Watkins L., Williams S. HIV Antivirial drug resistans // Epidemiology.- 2007. -Vol. 2(2):326−332
  152. Wilson K.M., Johnson E.I.M., Croom H.A. et al. Incidence immunoassay for distinguishing recent from established HIV-1 infection in therapy-naive populations // AIDS. 2004. — Vol. 18 — P. 2253−2259.
  153. Zapp MJI, Green MR. Sequence-specific RNA binding by the HIV-1 Rev protein// Nature 1989. — Vol.342. -P.714−716.
  154. Zhang Y.M., Imamichi H., Imamichi T. et al. Drug resistance during indinavir therapy is caused by mutations in the protease gene and in its Gag substrate cleavage sites // J. Virol. 1997. — Vol. 71(9). — P. 6662−6670.
  155. Ziermann R., Limoli K., Das K. et al. A mutation in human immunodeficiency virus type 1 protease, N88S, that causes in vitro hypersensitivity to amprenavir // J. Virol. — 2000. Vol. 74(9). — P.4414−4419.135
  156. Zhou C., Rana TM. A bimolecular mechanism of HIV-1 Tat (protein interaction with RNA polymerase II transcription elongation complexes // J Mol Biol. — 2002. — Vol. 320.-P.925−942.1. БЛАГОДАРНОСТИ
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!