Спектрально-флуоресцентные свойства KFP и использование этого белка для создания сенсоров, основанных на индуктивно-резонансном переносе энергии
Диссертация
Так, в гРР538 остаток лизина хромофора подвергается циклизации, взаимодействуя с собственной а-карбонильной группой, образуя при этом тетрагидропиридиновое кольцо. В т-Огаг^е треонин взаимодействует с карбонильным атомом углерода, образуя дигидроксиоксазольный цикл. В фотоконвертируемом белке Каес1е путем светоиндуцируемой реакции зеленый хромофор Нлэ-Туг-Иу необратимо переходит в красный, что… Читать ещё >
Список литературы
- В. Giepmans, S. Adams, М. Ellisman, R. Tsien, Science 312, 217 (2006).
- W. Du, Y. Wang, Q. Luo, B.-F. Liu, Anal. Bioanal. Chem. 386, 444 (2006).
- R. Tsien, Annu. Rev. Biochem. 67, 509 (1998).
- M. Matz, A. Fradkov, Y. Labas, A. Savitsky, A. Zaraisky, M. Markelov, and S. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 17, 969 (1999).
- A. Miyawaki, Neuron 48, 189 (2005).
- K. Truong and M. Ikura, Cur. Opin. in Struct. Biol. 11, 573 (2001).
- R. Heim, D. Prasher and R. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 91, 12 501 (1994).
- H. Зубова, А. Булавина, А. Савицкий, Успехи биологической химии 43, 163 (2003).
- J. Remington, Curr. Opinion in Struct. Biol. 16, 714 (2006).
- N. Shaner, P. Steinbach, and R. Tsien, Nat. Meth. 2, 905 (2005).
- N. Zubova, V. Korolenko, A. Astafyev, A. Petrukhin, L. Vinokurov, O. Sarkisov and A. Savitsky, Biochem. 44, 3982 (2005).
- Y. Yanushevich, D. Staroverov, A. Savitsky, A. Fradkov, N. Gurskaya, M. Bulina, K. Lukyanov, and S. Lukyanov, FEBS Lett. 511, 11 (2002).
- R. Campbell, O. Tour, A. Palmer, P. Steinbach, G. Baird, D. Zacharias, and R. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 99, 7877 (2002).
- J. Wiedenmann, В. Vallone, F. Renzi, К. Nienhaus, S. Ivanchenko, С. Rocker, and G. Nienhaus, J. Biomed. Opt. 10, 14 003 (2003).
- J. Wiedenmann, S. Ivanchenko, F. Oswald, F. Schmitt, C. Rocker, A. Salih, K.-D. Spindler, and G. Nienhaus, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 101, 15 905 (2004).
- T. Kogure, S. Karasawa, T. Araki, K. Saito, M. Kinjo, and A. Miyawaki, Nat. Biotechnol. 24, 577 (2006).
- E. Galperin, V. Verkhusha, and A. Sorkin, Nat. Meth. 1, 209 (2004).
- M. Bulina, K. Lukyanov, O. Britanova, D. Onichtchoulc, S. Lukyanov, and D. Chudakov, Nat. Protocols 1, 947 (2006).
- M. Zimmer, Chem. Rev. 102, 759 (2002).112
- Н. Зубова, А. Савицкий, Успехи биологической химии 45, 391 (2005).
- R. Tsien, Annu. Rev. Biochem. 67, 509 (1998).
- C.-W. Lin, C. Jao, and A. Ting, J. Am. Chem. Soc. 126, 5982 (2004).
- T. Evers, M. Appelhof, P. de Graaf-Heuvelmans, E. Meijer, and M. Merkx, J. Mol. Biol. 374,411 (2007).
- A. Terskikh, A. Fradkov, G. Ermakova, A. Zaraisky, P. Tan, A. Kajava, X. Zhao, S. Lukyanov, M. Matz, S. Kim, I. Weissman, and P. Siebert, Science 290, 1585 (2000).
- V. Belousov, A. Fradkov, K. Lukyanov, D. Staroverov, K. Shakhbazov, A. Terskikh, and S. Lukyanov, Nat. Methods 3, 281 (2006).
- K. Piatkevich, E. Efremenko, V. Verkhusha, and S. Varfolomeev, Russ. Chem. Rev. 79, 243 (2010).
- K. Lukyanov, D. Chudakov, S. Lukyanov, and V. Verkhusha, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 6, 885 (2005).
- S. J. Remington, Curr. Opin. in Struct. Biol. 16, 714 (2006).
- А.А. Красновский мл., Биохимия, 72, 1311 (2007).
- A. Jimenez-Banzo, S. Nonell, J. Hofkens, and C. Flors, Biophys. J. 94, 168−172 (2008).
- J. van Thor, T. Gensch, K. Hellingwerf, and L. Johnson, Nat. Struct. Biol. 9, 37 (2002).
- D. Chudakov, V. Verkhusha, D. Staroverov, E. Suslova, S. Lukyanov, and K. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 22, 1435 (2004).
- R. Ando, H. Hama, M. Yamamoto-Hino, H. Mizuno, and A. Miyawaki, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 12 651 (2002).
- H. Mizuno, T. Mal, K. Tong, R. Ando, Т. Furuta, M. Ikura, and A. Miyawaki, Mol. Cell 12, 1051 (2003).
- S. Ivanchenko, C. Rocker, F. Oswald, J. Wiedenmann and G. Nienhaus, J. Biol. Phys. 31, 249 (2005).
- S. Mckinney, C. Murphy, K. Hazelwood, M. Davidson, and L. Looger, Nat. Methods 6, 131 (2009).
- H. Tsutsui, S. Karasawa, H. Shimizu, N. Nukina, and A. Miyawaki, EMBO reports 6, 233 (2005).
- S. Habuchi, H. Tsutsui, A. Kochaniak, A. Miyawaki, and A. van Oijen, PLoS ONE 3: e3944 (2008).
- N. Gurskaya, V. Verkhusha, A. Shcheglov, D. Staroverov, T. Chepurnykh, A. Fradkov, S. Lukyanov, and K. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 24, 461 (2006).
- K. Lukyanov, A. Fradkov, N. Gurskaya, M. Matz, Y. Labas, A. Savitsky, M. Markelov, A. Zaraisky, X. Zhao, Y. Fang, W. Tan, and S. Lukyanov, J. Biol. Chem. 275, 25 879 (2000).
- D. Chudakov, A. Feofanov, N. Mudrik, S. Lukyanov, and K. Lukyanov, J. Biol. Chem. 278, 7215 (2003).
- D. Chudakov, V. Belousov, A. Zaraisky, V. Novoselov, D. Staroverov, D. Zorov, S. Lukyanov, and K. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 21, 191 (2003).
- J. Lippincott-Schwartz and G. Patterson, Science 300, 87 (2003).
- S. Habuchi, R. Ando, P. Dedecker, W. Verheijen, H. Mizuno, A. Miyawaki, and J. Hofkens, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 9511 (2005).
- M. Quillin, D. Anstrom, X. Shu, S. O’Leary, K. Kallio, D. Chudakov, and J. Remington, Biochemistry 44, 5774 (2005).
- P. Wilmann, J. Petersen, R. Devenish, M. Prescott, and J. Rossjohn, J. Biol. Chem. 280, 2401 (2005).
- P. Schwille, S. Kummer, A. Heikal, W. Moerner, and W. Webb, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 151 (2000).
- M. Chen, C. Lambert, J. Urgitis, and M. Zimmer, Chem. Phys. 270, 157 (2001).
- M. Cotlet, J. Hofkens, M. Maus, T. Gensch, M. Van der Auweraer, J. Michiels, G. Dirix, M. Van Guyse, J. Vanderleyden, A. Visser, and F. De Schryver, J. Phys. Chem. B 105, 4999 (2001).
- J. Wiedenmann, C. Elke, K.-D. Spindler, and W. Funke, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 14 091 (2000).
- V. Martynov, A. Savitsky, N. Martynova, P. Savitsky, K. Lukyanov, and S. Lukyanov, J. Biol. Chem. 276, 21 012 (2001).114
- V. Zagranichny, N. Rudenko, A. Gorokhovatsky, M. Zakharov, T. Balashova, and A. Arseniev. Biochemistry 43, 13 598 (2004).
- J. Kennis, D. Larsen, I. van Stokkum, M. Vengris, J. van Thor and R. van Grondelle, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 101, 17 988 (2004).
- A. Bell, D. Stoner-Ma, R. Wachter, and P. Tonge, J. Am. Chem. Soc. 125, 6919 (2003).
- S. Habuchi, M. Cotlet, T. Gensch, T. Bednarz, S. Haber-Pohlmeier, J. Rozenski, G. Dirix, J. Michiels, J. Vanderleyden, J. Heberle, F. De Schryver, and J. Hofkens, J. Am. Chem. Soc. 127, 8977 (2005).
- M. Chattoraj, B. King, G. Bublitz, and S. Boxer, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 93, 8362 (1996).
- H. Lossau, A. Kummer, R. Heinecke, F. Pollinger-Dammer, C. Kompa, G. Bieser, T. Jonsson, C. Silva, M. Yang, D. Youvan, M. Michel-Beyerle, Chem. Phys. 213, 1 (1996).
- J. Petersen, P. Wilmann, T. Beddoe, A. Oakley, R. Devenish, M. Prescott, and J. Rossjohn, J. Biol. Chem. 278, 44 626 (2003) .
- K. Nienhaus, B. Vallone, F. Renzi, J. Wiedenmann, and G. Nienhaus, Acta Crystallogr. D59, 1253 (2003).
- M. Prescott, M. Ling, T. Beddoe, A. Oakley, S. Dove, O. Hoegh-Guldberg, R. Devenish, and J. Rossjohn, Structure 11, 275 (2003).
- P. Wilmann, J. Petersen, A. Pettikiriarachchi, A. Buckle, S. Smith, S. Olsen, M. Perugini, R. Devenish, M. Prescott, and J. Rossjohn, J. Mol. Biol. 349, 223 (2005).
- S. Olsen and S. Smith, J. Am. Chem. Soc. 129, 2054 (2007).
- X. He, A. Bell, P. Tonge, FEBS Letters 549, 35 (2003).
- T. Schuttrigkeit, T. von Feilitzsch, C. Kompa, K. Lukyanov, A. Savitsky, A. Voityuk, and M.E. Michel-Beyerle, Chem. Phys. 323, 149 (2006).
- I. Yampolsky, J. Remington, V. Martynov, V. Potapov, S. Lukyanov, and K. Lukyanov, Biochemistry 44, 5788 (2005).
- X. He, A. Bell, and P. Tonge, Org. Lett. 4, 1525 (2002).
- D. Yarbrough, R. Wachter, K. Kallio, M. Matz, and J. Remington, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 98, 462 (2001),.
- M. Seifert, J. Georgescu, D. Ksiazek, P. Smialowski, T. Rehm, B. Steipe, and T. Hola, Biochemistry 42, 2500 (2003).
- A. Terskikh, A. Fradkov, A. Zaraisky, A. Kajava, and B. Angres, J. Biol. Chem. 277, 7633 (2002).
- M. Andresen, M. Wahl, A. Stiel, F. Grater, L. Schafer, S. Trowitzsch, G. Weber, C. Eggeling, H. Grubmuller, S. Hell, and S. Jakobs, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 102, 13 070 (2005).
- N. Henderson and J. Remington, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 102, 12 712 (2005).
- K. Bravaya, A. Bochenkova, A. Granovsky, A. Savitsky, A. Nemukhin, J. Phys. Chem. A, 112, 8804 (2008).
- J. Battad, P. Wilmann, S. Olsen, E. Byres, S. Smith, S. Dove, K. Turcic, R. Devenish, J. Rossjohn, M. Prescott, J. Mol. Biol. 368, 998 (2007).
- A. Nemukhin, I. Topol, B. Grigorenko, A. Savitsky, J. Collins, J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 863, 39 (2008).
- R. Bizzarri, R. Nifosi, S. Abbruzzetti, W. Rocchia, S. Guidi, D. Arosio, G. Garau, B. Campanini, E. Grandi, F. Ricci, C. Viappiani, F. Beltram, Biochemistry, 46, 5494 (2007).
- B. Grigorenko, A. Savitsky, I. Topol, S. Burt, A.Nemukhin. J. Phys. Chem. B, 110, 18 635 (2006).
- L. Schafer, G. Groenhof, A. Klingen, G. Ullmann, M. Boggio-Pasqua, M. Robb, andH. Grabmuller, Angew. Chemie Int. Ed. 2007,119, 530−536.
- L. Schafer, G. Groenhof, M. Boggio-Pasqua, M. Robb, and H. Grubmuller, PLoS Comput. Biol. 2008, 4, el000034.
- M. Martin, F. Negri, and M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 126, 5452 (2004).
- B. Grigorenko and A. Nemukhin, Proceedings of SPIE 6449, 6 449 001 (2007).
- B. Grigorenko, A. Savitsky, I. Topol, S. Burt, A. Nemukhin. Chem. Phys. Lett. 424, 184 (2006).
- Li, E. Pham, and K. Truong, J. Biotechnol. Lett. 28, 1971 (2006).116
- Joseph R. Lakowicz. Principles of Fluorescence Spectroscopy. Second Edition, 1999, Kluwer Academic/ Plenum Publishers, New York, 367−373.
- G. Patterson, D. Piston, and B. Barisas, Anal. Biochem. 284, 438 (2000).
- K. Jensen, L. Martini, and T. Schwartz, Biochem. 40, 938 (2001).
- J. Vinkenborg, T. Evers, S. Reulen, E. Meijer, and M. Merkx, ChemBioChem 8, 119(2007).
- S. Shimozono, H. Hosoi, H. Mizuno, T. Fukano, T. Tahara, and A. Miyawaki, Biochem. 45, 6267 (2006).
- T. Evers, E. van Dongen, A. Faesen, E. Meijer, and M. Merkx, Biochem. 45, 13 183 (2006).
- A. Livesey and J.-C.Brochon, Biophys. J. 52, 693 (1987).
- J.-C. Brochon, Methods Enzymol. 240, 262 (1994).
- A. Visser, S. Laptenok, N. Visser, A. van Hoek, D. Birch, J.-C. Brochon5 and J. Borst, Europ. Biophys. J. 39, 241 (2010).
- M. Matz, A. Fradkov, Y. Labas, A. Savitsky, A. Zaraisky, M. Markelov, and S. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 17, 969 (1999).
- A. Sinicropi, T. Andruniow, N. Ferre, R. Basosi, M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 127, 11534(2005).
- A. Nemukhin, B. Grigorenko, A. Savitsky, Acta Naturae, 2, 33 (2009).
- B. Pollok and R. Heim, Trends in Cell Biol. 9, 57 (1999).
- Fluorescent Proteins, Methods in Cell Biology, Second Edition, edited by Kevin F. Sullivan, 2008, Academic Press, 382−393.
- M.Rizzo, G. Springer, B. Granada, and D. Piston, Nat. Biotechnol. 22, 445 (2004).
- G.-J. Kremers, J. Goedhart, E. van Munster, and T. Gadella, Biochem. 45, 6570 (2006).
- M. Lelimousin, M. Noirclerc-Savoye, C. Lazareno-Saez, B. Paetzold, S. Le Vot, R. Chazal, P. Macheboeuf, M. Field, D. Bourgeois, A. Royant, Biochem. 48, 10 038 (2009).
- A. Muller-Taubenberger and K. Anderson. J. Appl. Microbiol. Biotechnol. 77, 1 (2007).
- H. Mizuno, A. Sawano, P. Eli, H. Hama, and A. Miyawaki, Biochem. 40, 2502 (2001).
- N. Gurskaya, A. Fradkov, A. Terskikh, M. Matz, Y. Labas, V. Martynov, Y. Yanushevich, K. Lukyanov, S. Lukyanov, FEBS Lett. 507, 16 (2001).
- R. Steinmeyer, A. Noskov, C. Krasel, I. Weber, C. Dees, and G. Harms, J. Fluor. 15, 707 (2005).
- R. Strack, B. Hein, D. Bhattacharyya, S. Hell, R. Keenan, and B. Glick, Biochem. 48, 8279 (2009).
- A. Doerr, Nature Methods, 6, 482 (2009).
- J. Goedhart, J. Vermeer, M. Adjobo-Hermans, L. van Weeren, T. Gadella Jr., PLoS ONE, 2, elOl 1 (2007).
- O. Zapata-Hommer, O. Griesbeck, BMC Biotechnol. 3, 5 (2003).
- T. Nagai, A. Sawano, E. Park, and A. Miyawaki, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 98, 3197(2001).
- M. Mank, D. Reiff, N. Heim, M. Friedrich, A. Borst, and O. Griesbeck, Biophys. J. 90, 1790 (2006).
- Y. Huang, and C. Bystroff, Biochem. 48, 929 (2009).
- J. Lippincott-Schwartz and G. Patterson, Science 300, 87 (2003). 112.1. Majoul, Int. J. Med. Microbiol. 293, 1 (2004).
- Y. Yan and G. Marriott, J. Cur. Opinion in Chem. Biol. 7, 635 (2003).
- A. Harpur, F. Wouters, and P. Bastiaens, Nat. Biotechnol. 19, 167 (2001).
- M. Pedersen, M. Carmosino, and B. Forbush, J. Biol. Chem. 283, 2663 (2007).
- E. Zelazny, J. Borst, M. Muylaert, H. Batoko, M. Hemminga, and F. Chaumont, Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 104, 12 359 (2007).
- S. Scolari, S. Engel, N. Krebs, A. Pia Plazzo, R. De Almeida, M. Prieto, M. Veit, and A. Herrmann, J. Biol. Chem. 284, 15 708 (2009).
- S. Ganesan, S. Ameer-beg, T. Ng, B. Vojnovic, and F. Wouters, Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 103, 4089 (2006).
- R. Cummings, H. McGovern, S. Zheng, Y. Park, and J. Hermes, Anal. Biochem. 269, 79 (1999).
- E. Heyduk and I. Heyduk, Anal. Biochem. 248, 216 (1997).
- P.R. Selvin, Annu. Rev. Biophys. Biomembr. 31, 275 (2002).
- P.R. Selvin, Nature Struct. Biol. 7, 730 (2000).
- K. Lundin, K. Blomberg, T. Nordstrom, and C. Lindqvist, Anal. Biochem. 299, 92 (2001).
- K. Stenroos, P. Hurskainen, S. Eriksson, I. Hemmila, K. Blomberg, and C. Lindqvist, Cytokine 10, 495 (1998).
- K. Blomberg, P. Hurskainen, and I. Hemmila, Clin. Chem. 45, 855 (1999).
- S. Kane, C. Fleener, Y. Zhang, L. Davis, A. Musselman, and P. Huang, Anal. Biochem. 278, 29 (2000).
- E. Lopez-Crapez, H. Bazin, E. Andre, J. Noletti, J. Greinier, and G. Mathis, Nucleic Acid Res. 29, 1 (2001).
- L. Arslanbaeva, V. Zherdeva, T. Ivashina, L. Vinokurov, A. Rusanov, and A. Savitsky, App. Biochem. and Microbiol. 46, 154 (2010).
- L. Martin, B. Sculimbrene, M. Nitz, and B. Imperiali, QSAR Comb. Sci. 24, 1149(2005).
- I. Clark, I. Hill, M. Sikorska-Walker, J. MacManus, and A. Szabo, FEBS Lett. 333,96 (1993). •
- Maliwal, B.P., Gryczynski, Z., and Lakowicz, J.R., Anal. Chem. 73, 4277 (2001).
- H. Rajapakse, N. Gahlaut, S. Mohandessi, D. Yu, J. Turner, and L. Miller, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 107, 13 582 (2010).
- J. Kramer, L. Yi, F. Shen, A. Maitra, X. Jiao, T. Jin, and S. Gaffen, J. Immunol. 176,711 (2006).1341. Azpiazu and N. Gautam, J. Biol. Chem. 279, 27 709 (2004).
- T. Weiss, C. Chamberlain, T. Takeda, P. Lin, K. Hahn, and M. Farquhar, Proc.
- Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98, 14 961 (2001).
- B. Camuzeaux, C. Spriet, L. Heliot, J. Coll, and M. Duterque-Coquillaud, Biochem. Biophys. Res. Commun. 332, 1107 (2005).
- R. Latif, P. Graves, and T. Davies, J. Biol. Chem. 276, 45 217 (2001).1381. Majoul, M. Straub, R. Duden, S. Hell, and H.-D. Soling, Dev. Cell 1, 1 (2001).
- T. Wurch, A. Matsumoto, and P.J. Pauwels, FEBS Lett. 507, 109 (2001).
- V. Lissandron, A. Terrin, M. Collini, L D’alfonso, G. Chirico, S. Pantano, and M. Zaccolo, J. Mol. Biol. 354, 546 (2005).
- M. Zaccolo, T. Cesetti, G. Di Benedetto, M. Mongillo, V. Lissandron, A. Terrin, and I. Zamparo, Biochem. Soc. Trans. 33, 1323 (2005).
- E. Yeow and A. Clayton, Biophys. J. 92, 3098 (2007).
- I. Gautier, M. Tramier, C. Durieux, J. Coppey, R. B. Pansu, J-C. Nicolas, K. Kemnitz, and M. Coppey-Moisan, Biophys. J. 80, 3000 (2001).
- K. Yoshitake, S. Waki, and H. Ueda, Biosens. Bioelectr. 23, 1266 (2008).
- T. Endoh, M. Mie, and E. Kobatake, J. Biotechnol. 133, 413 (2008).
- A. Rodriguez, J. Condeelis, R. Singer, J. Dictenberg, Semin. Cell. Dev. Biol. 18, 202 (2007).
- M. Rehm, H. Dussmann, R. Janicke, J. Tavare, D. Kogel, and J. Prehn, J. Biol. Chem. 277, 24 506 (2002).
- K. Luo, V. Yu, Y. Pu, and D. Chang, Biochem.Biophys. Res. Commun. 304, 217 (2003).
- J. Chiang and K. Truong, Biotechnol. Lett. 27, 1219 (2005).
- T. Awaji, A. Hirasawa, H. Shirakawa, G. Tsujimoto, and S. Miyazaki, Biochem. Biophys. Res. Comm. 289, 457 (2001).
- T. Remus, A. Zima, J. Bossuyt, D. Bare, J. Martin, L. Blatter, D. Bers, and G. Mignery, J. Biol. Chem. 281, 608 (2006).
- A. Tanimura, A. Nezu, T. Morita, R. Turner, and Y. Tojyo, J. Biol. Chem. 279, 38 095 (2004).
- S. De, I. Macara, D. Lannigan, J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 96, 235 (2005).
- T. Endoh, H. Funabashi, M. Mie, and E. Kobatake, Anal. Chem. 77, 4308 (2005).
- M. Fehr, S. Lalonde, I. Lager, M. Wolff, and W. Frommer, J. Biol. Chem. 278, 19 127 (2003).
- M. Fehr, S. Lalonde, D. Ehrhardt, and W. Frommer, J. Fluor. 14, 603 (2004).
- M. Fehr, W. Frommer, and S. Lalonde, Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 99, 9846 (2002).
- S. Okumoto, L. Looger, K. Micheva, R. Reimer, S. Smith, and W. Frommer, Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 102, 8740 (2005).
- H. Takanaga, B. Chaudhuri, and W. Frommer, Biochim. Biophys. Acta 1778, 1091 (2007)
- P. Dittmer, J. Miranda, J. Gorski, and A. Palmer, J Biol Chem. 284, 16 289 (2009).
- A. Tanimura, T. Morita, A. Nezu, A. Shitara, N. Hashimoto, and Y. Tojyo, J. Biol. Chem. 284, 8910 (2009).
- H. Imamura, K. Nhat, H. Togawa, K. Saito, R. lino, Y. Kato-Yamada, T. Nagai, and H. Noji, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 106, 15 651 (2009).
- A. Yamada, K. Hirose, A. Hashimoto, and M. lino, Biochem. J. 385, 589 (2005).
- D. Braun, S. Garfield, and P. Blumberg, J. Biol. Chem. 280, 8164 (2005).
- M. Sato, T. Ozawa, K. Inukai, T. Asano, and Y. Umezawa, Nat. Biotechnol. 20, 287 (2002).
- A. Ting, K. Kain, R. IClemke, and R. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 98, 15 003 (2001).
- Y. Wang, E. Botvinick, Y. Zhao, M. Berns, S. Usami, R. Tsien, and S. Chien, Nature 434, 1040 (2005).
- B. Hall, M. McLean, K. Davis, J. Casanova, S. Sligar, and M. Schwartz, Anal. Biochem. 374, 243 (2007).
- R. Itoh, K. Kurokawa, Y. Ohba, H. Yoshizaki, N. Mochizuki, and M. Matsuda, Mol. and Cell. Biol. 22, 6582 (2002).
- A. Collinson, S. Bligh, D. Graham, H. Mott, P. Chalk, N. Korniotis, and P. Lowe, ASSAY and Drug Dev.Technol. 2, 659 (2004).
- A. Seth, T. Otomo, H. Yin, and M. Rosen, Biochem. 42, 3997 (2003).121
- C.-W. Lin, C. Jao, and A. Ting, J. Am. Chem. Soc. 126, 5982 (2004).
- K. Osibow, R. Malli, G. Kostner, and W. Graier, J. Biol. Chem. 281, 5017 (2006).
- A. Miyawaki, J. Llopis, R. Heim, J. McCaffery, J. Adams, M. Ikura, and R. Tsien, Nature 388, 882 (1997).
- A.Miyawaki, O. Griesbeck, R. Heim, and R. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96,2135 (1999).
- R. Rudolf, M. Mongillo, P. Magalhaes, and T. Pozzan, J. Cell Biol. 166, 527 (2004).
- R. Cornea, F. Nitu, S. Graber, K. ICohler, M. Satzer, D. Thomas, B. Fruen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 106, 6128 (2009).
- S. Diegelmann, A. Fiala, C. Leibold, T. Spall, and E. Buchner, Genesis 34, 95 (2002).
- M. Hara, V. Bindokas, J. Lopez, K. Kaihara, L. Landa Jr., M. Harbeck, and M. Roe, Am. J. Physiol. Cell Physiol. 287, 932 (2004).
- N. Tsujino, A. Yamanaka, K. Ichiki, Y. Muraki, T. Kilduff, K. Yagami, S. Takahashi, K. Goto, and T. Sakurai, J. Neurosci. 25, 7459 (2005).
- R. Kerr, V. Lev-Ram, G. Baird, P. Vincent, R. Tsien, and W. Schafer, Neuron 26, 583 (2000).
- K. Gromova, M. Friedrich, A. Noskov, G. Harms, Biochim. Biophys. Acta 1773, 1759 (2007).
- M. Bogner and U. Ludewig, J. Fluoresc. 17, 350 (2007).
- R. Sakai, V. Repunte-Canonigo, C. Raj, and T. Knopfel, Europ. J. of Neurosci. 13, 2314(2001).
- R. Mitra, C. Silva, D. Youvan, Gene 173, 13 (1996).
- B. Zhang, Biochem. Biophys. Res. Comm. 323, 674 (2004).
- A. Gorokhovatsky, V. Marchenkov, N. Rudenko, T. Ivashina, V. Ksenzenko, N. Burkhardt, G. Semisotnov, L. Vinokurov, and Y. Alakhov, Biochem. Biophys. Res. Comm. 320, 703 (2004).
- B. Schuler, E. Lipman, P. Steinbach, M. Kumke, and W. Eaton, Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 102, 2754 (2005).
- R. Best, K. Merchant, I. Gopich, B. Schuler, A. Bax, and W. Eaton, Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 104, 18 964 (2007).
- D. Graham, P. Lowe, and P. Chalk, Anal. Biochem. 296, 208 (2001).
- F. Chan, R. Siegel, D. Zacharias, R. Swofford, K. Holmes, R. Tsien, and M. Lenardo, Cytometry 44, 361 (2001).
- T. Ohashi, S. Galiacy, G. Briscoe, and H. Erickson, Prot. Sei. 16, 1429 (2007).
- M. Schwentker, H. Bock, M. Hofmann, S. Jakobs, J. Bewersdorf, C. Eggeling, S. Hell, Microsc. Res. Tech., 70,269 (2007).
- E. Merzlyak, J. Goedhart, D. Shcherbo, M. Bulina, A. Shcheglov, A. Fradkov, A. Gaintzeva, K. Lukyanov, S. Lukyanov, T. Gadella, and D. Chudakov, Nature Methods 4, 555 (2007).
- G. Jekely, Neural Notes 4, 2 (1998).
- C.-Z. Ni, C. Li, J. Wu, A. Spada, and K. Ely, J. Mol. Recognit. 16, 121 (2003).
- J. Rotonda, D. Nicholson, K. Fazil, M. Gallant, Y. Gareau, M. Labelle, E. Peterson, D. Rasper, R. Ruel, J. Vaillancourt, N. Thornberry, and J. Becker, Nat. Struct. Mol. Biol. 3, 619 (1996).
- A. Porter and R. JaEnicke, Cell Death Diff. 6, 99 (1999).
- N. Thornberry, T. Rano, E. Peterson, D. Rasper, T. Timkey, M. Garcia-Calvo, V. Houtzager, P. Nordstrom, S. Roy, J. Vaillancourt, K. Chapman, and D. Nicholson, J Biol Chem. 272, 17 907 (1997).
- G. Cohen, Biochem. J. 326, 1 (1997).
- N. Thornberry, Chem. Biol. 5, 97 (1998).