Теоретический конформационный анализ молекулы гексадека-валиномицина и его некоторых невалентных комплексов с органическими ионами
Диссертация
Практическая ценность. Продемонстрированы большие возможности метода теоретического конформационного анализа в исследовании структуры и функции весьма сложных молекул. Решенная задача и использованный при этом подход позволяют до синтеза ионофоров валиномицинового ряда оценивать потенциальные возможности ионофоров в отношении взаимодействия с ионами и целенаправленно конструировать молекулы… Читать ещё >
Список литературы
- Лениндаер А. Биохимия, М.,"Мир", 1974, с.221−254.
- Волькенштейн М.В., Биофизика, М.,"Наука", 1981, с.320−343.
- Danielli J.F., Davson Н. The molecular organization of membranes.- J. Cell Gomp. Physiol., 1935″ v.5, p.495.
- Davson H., Danielli J.F.- The Permeability of Natural membranes. London: Cambridge Univ. Press., 1952.
- Robertson J.D.- In: Cellular Membranes in Development. M. Locke (Ed.) N.Y.: Acad. Press. 1964, p.1.
- Wallach D.F.H., Zahler P.H. Protein conformations in cellular membranes.- Proc. Nat. Acad. Sci. USA 1966, v.56, p.1552.
- Lenard J., Singer S.J. Protein conformation in cell membrane preparations as studied by optical rotatory dispersion and circular dichroism.- Proc. Hat. Acad. Sci. USA, 1966, v.56, p. 1828.
- Singer S.J.- In: Structure and Function of Biological Mem -branes. L.I. Rothfield (Ed) N.Y.: Acad. Press. 1971, p.145,
- Singer S.J., Nicolson G.L. The fluid mosaic model of the structure of cell membranes.- Science, 1972, v.175* p.720.
- Singer S.J.- In: Structure of Biological Membranes. S. Abra-hamson, J. Pascher (Ed.) N.I.: Plenum Press, 1977, p. 44−3.
- Frye C.D., Edidin M. The red cell membrane.- J. Cell Sci., 1970, v.7, p.319.
- Kornberg R.D., Mc. Conell H.M. Lateral Diffusion of phospholipids in a Vesicle Membrane.- Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1971, v.68, p.2564.
- Cone R.A. Rotational diffusion of rhodopsin in the visual receptor membrane.- Nature (London), New Biol., 1972, v.236, P.39.14. Schatz G., Мае on T.L. Biosynthesis of mitochondrial proteins.- Ann. Rev. Biochem., 1974, v.43, p.51.
- Овчинников Ю.А., Иванов В. Т., Шкроб A.M., — Мембрано-активные кошьяексоны. M.,"Наука", 1974, с.1−463.
- Овчинников, Ю.А. Ионный транспорт в мембранах и проблема ионофоров. Итоги и перспективы развития биоорганической химии и молекулярной.биологии. М.,"Наука", 1978, с.128−168.
- Овчинников Ю.А., Физико-химические основы ионного транспорта через биологические мембраны: ионофоры и ионные каналы. Сб.- Химия нашими глазами. М.,"Наука", 1981, с, 386−413.
- Ehzenberg A., Shimoyama Y., Eriksson L.E.G.- In: Structureof Biological Membranes. S. Abrahamson, I. Pascher (Ed.) N.Y.: Plenum Press, 1977, p.119.
- Hackenbrock O.K., Hochli M.- In Biochemistry of Membrane Transport. G. Semenza, E. Carafoli (Ed.) Berlin e.a.: Springer Verlag, 1977, p.10.
- Chapman D., Dodd G.H.- In: Structure and Function of Biological Membranes. L.I. Rothfield (Ed.) K.Y.: Acad. Press., 1971, p.13.
- Lee A.G. In: Progress in Biophysics and Molecular Biology. J.A. Buther, D. Noble (Ed.) N.Y.:Pergamon Press, 1975, v.29,р.з.
- Thompson Т.Е., Lentz B.B., Barenholz Y.- In: Biochemistry of Membrane Transport. G. Semenza, E. Carofoli (Ed.) Berlin e.a.: Springer- Verlag, 1977, p.^7.
- Mitchell P. Biochemical Study of Membrane. FEBS Letters, 1975, v. 50, p.95.
- Avron M.- In: Structural Basis of Membrane Function. Y. Hatefi, L. Djavadi-Ohaniance (Ed.) N.Y.: Acad. Press, 1976, p.227.
- Ernster Ь., Asami К., Juntti К., Colemann J., Nordenbrand K.-In: Structure of Biological Membranes. S. Abrahamson, J. Pas-cher (Ed.) N.Y.: Plenum Press, 1977, p.135
- Drachev L.A., Kondrashin A.A., Samuilov V.D., Skulachev V.P. Generation Energy of Membranes.- FEBS Letters, 1975″ v.50, p.219.
- Skulachev V.P. In: Membrane Transport Processes, D.C. Tos-teson e.a. (Ed.) N.Y.: Raven Press, 1978, v.2, p.385.
- Eytan G.D., Schatz G., Racker E. In: Structure of Biological Membranes. S. Abrahanson, I. Pascher (Ed.) N.Y.: Plenum Press, 1977, p.373.29″ Yoshida M., Okamoto H., Sone N., Hirata H., Kagawa Y.
- Reconstitution of thermostable ATPase capable of energy coupling from its purified subunits.- Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1977, v.74, p.936.
- Mueller P., Rudin D.O., Tien H.T., Wescott W.C. The Structure of Membranes.- J. Phys. Chem., 1963, v.67, p.534.
- Mueller P., Rudin D.O. Induced excitability in reconstituted cell membrane structure J. Theoret. Biol., 1963, v.4, p.268
- Bangham A.D.- In: Progress in Biophysics and Molecular Biology. J.A. Butler, D. Noble (Ed.) N.Y.: Pergamon Press, 1968, v.68, p.29.
- Pressman B.C. Prpperties of ionophores with broad range cati- ¦-173on selectivity. Fed. Proc., 1973, v.32, p.1698.
- Moore G., Pressman B.C. .Synthesis and complexation with transition metal anions.- Biochem. and Biophys. Res. Commun., 1964, v.15, p.562.
- Eisenman G., Sandblom J., Neher E.- In: Membrane Transport Processes., D.C.Tosteson e.a. (Ed.) N.Y.: Raven Press, 1'978, v.2, p.285.
- Finkelstein A., Holz R.- In: Membranes- A Series of Advances, G. Eisenman (Ed.) N.Y.: Marcel Dekker, 1973, v.2, p.377.
- ЛевА.А., Бужинский Э. П. Цитология, 1967, 9, с. 102 Катионная специфичность модельных биомолекулярных фосфолшзид-ных мембран с введенным в них валиномицин ом.
- А1. Sarges К., Witkop В. Gramicidin A. Y. The structure of valine-and isoleucine-gramicidin A.- J. Amer. Ghem. Soc., 1965, v.87, p.2011−2019.
- Veatch W.R., Fossel E.T., Blout E.R. The Conformation of Gramicidin A.- Biochemistry, 1974, v.13, p.5249−5256.
- Veatch W.R., Blout E.R.-The Aggregation of Gramicidin A in Solution.- Biochemistry, 1974, v.13, p.5257−5264.
- Veatch W.R., Mathies R., Eisenberg M., Stryer L. Simultaneous fluorescence and conductance studies of planar bilayer membranes containing a highly active and fluorescent analogueof gramicidin A.- J. Mol.Biol., 1975, v.99, p.75−92.
- Urry D.W. The Gramicidin A Transmembrane channel: A proposed .-174 —9Г (IjD) Helix- Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1974. v.68, p.6?2−676.
- Urry D.W., Goodall M.C., Glickson J.D., ftyers D.F. The gramicidin Л transmembrane channel: characteristics of head-to-head dimerized Helices.- Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1971, v.68, p.1907−1911.
- Попов E.M., Липкинд Г. М. Конформационяое состояние и механизм функционирования грамицидина А. — Мол.биол., том 13, вып.2, 1979, с.363−376.
- Hladky S.B., Haydon D.A. Discreteness of conductance change in bimolecular lipid membranes in presence of certain antibiotics.- Nature, 1970, v.225, p.451−453.
- Wieland Th., Liiben G., Ottenheyrn H., Faesel J., De Vries J.X. Konz W., Prox A., Schmid J. Autamanid seine entdeckung, isolierung, strukturaufklarung und synthese.- Angew. Chem., 1968, bd.80 p.209−213.
- Karle I.L., Karle J., V/ieland Th., Biirgermeister V/., Faul-stich H., VJitkop Б. Conformations of the Li- antamanide complex and Na- phe4, Val6J antamanide complex in the crystalline state.- Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1973, v.70, p.1836−1840.
- Karle J.L. Conformation of the lithium ion complex of antamanide, a cyclic decapeptide and ion carrier, in the crystalline state.- J. Amer. Chem. Soc., 1974, v.96, p.4000−4006.
- Karle J.L.The conformation of the sodium complex of a biologically active analog of antamanide in the crystalline state.- Biochemistry, 1974, v.13, p.2155−2162.
- Плетнев B.3., Громов Э. П., Попов E.M. Теоретический конформационный анализ антаманида. Биоорганическая химия, I, с.328−339.
- Громов Э.П., Плетнев В. З., Попов Е. М. Теоретический кон-формационный анализ антаманида. П. Структуры с внутримолекулярными связями.
- Grell Е., Funk Th., Eggers F. Symposium on Molecular Mechanisms of Antibiotic Action on Protein Biosynthesis and Membranes (Granada, June), 1971, D. Vazquea (Ed.) Amsterdam, Elsevier Publ. Co. In press.
- Ovchinnikov Yu.A., Ivanov V.T., AntonovV.K., Shkrob A.M.,
- Michaleva I.I., Evstratov A.V., Malenkov G.G., Shemyakin M.M.-In: Peptides.Proc.IX Eur op. Peptide Sympos.Orsay., 1968, E. Bricas (Ed") Amsterdam, North-Holand Publ.Co., 1968, p.56
- Shemyakin M.M., Antonov V.K., Bergelson L.D., Ovchinnikov Yu.A., Shkrob A.M.-In:The molecular basis of membrane function.D.C.Tos teson (Ed.), Prentice Hall. Inc, Englewood Cliffs, 1969, p.173.
- Shemyakin M.M., Ovchinnikov Yu.A., Ivanov V.T., Antonov V.K., Vino-gradova E.I., Shkrob A.M., Evstratov A.V., Ryabova I.D., Laine I.A. Conformation of enniatin in the nonpolar solition.-J.Membr.Biol, 1969, p.402.
- VJipf H.K., Pioda L.A., Stefanac Z., Simon W. Conformation of the metal complex of enniatin in solition.-Hely.Chem.ACta, 1968, v.51″ P.377.
- Ivanov V.T.Conformation of the Cs ion complex of enniatin.-Ann. N.Y.Acad.Sci., 1975iv.264,p.221−243.
- Ivanon V.T., Evstratov A.Y., Melnik E.I., Chem.-buridse T.S., Port-nova S.L., Ovchinnikov Yu.A.Sandwich complexes as a functionial form of the enniatin ionophores.-FEES Lett., 1973, v.36,p.65−71. б8. Попов E.M., Плетнев B.3., Липкинд Г. М., Архипова С.Ф.
- Теоретическое исследование конформаций циклических пептид-тидных и депсипеетидных соединений .,-Известия Академии наук СССР, Сер.хим., 1971, с.33−40.
- Попов Е.М., Плетнев В. З. и др. Исследование конформаций 3.6 -дизамещенных 2.5 -дикетоморфолинов и 2.5 дикетопиперазинов, К. Общ. химии, 1971, 41, с.420−427.
- Плетнев В.З., Попов Е. М. Теоретический конформационный анализ циклических тетрадепсипептидов.-Изв.АН СССР, сер.хим.1970,с.991.
- Попов Е.М., Плетнев В. З. Теоретический конформационный анализ циклических тетрадепсипептидов. Биофизика, 1971, 16, с.407−417.
- Плетнев В. З, Диссертация. Конформации. циклических депсипепти-дов с регулярно чередующимися амино- и. оксикислотными остатками, -М., 1970, с.1−166.
- Плетнев В.З., Попов Е.М.Теоретический конформационный анализ циклических октадепсипептидов.-Хим.прир.соед., 1973, с. 220.
- Плетнев В, 3., Попов Е. М. Теоретический конформационный анализ циклических гексадепсидептидов с конфигурациями остатков I I I I Ы иЬД1ЬДЬ Биоорган, химия, 1975, том.1, № 2, с.160−165.
- Иванов В.ЗБ., Евстратов А. В., Михалева И.И., Балашова Т. А., Аб-дуллаев Н.Д., Быстров В. Ф. Овчинников Ю.А. Конформация энниа-тина в неполярных растворителях.- Химия природных соединений, вып.1, 1974.
- Brockmann И., Schmidt-Кastner G. On the structure of cyclic depsipeptides.- Chem. Ber., 1955, v.88, p.57.
- Mak Donald J.C. Crystallic structure of valinomicin.- Canad. J. Microbiol., 1960, v.6, p.27.
- Nishimura H., Hayama И., ICimuraT., Kimura A., KawamuraY., Tawara K., Tanaka V., Okamoto В., Kyotani H. Tv/o antibiotics identical with monactin and valynomycin obtained a strepto- 178myces tsusimaensis.- J, Antibiotics, 1964, A17″ p.11.
- Смирнова Г. М., Блинова И. М., Условия образования и выделения валиномицина.-Антибиотики-, 1970, 5, ст. 387.
- Мак. Donald J.С. The chemistry of macrocyclic inclusion complexes.- Canad. J. Microbiol., 1969, v.15, p.236.
- Shemyakin M.M., Aldanova N.A., Vinogradova B.I., Feigina M. Yu. The structure and total synthesis of valinomycin.
- Tetrahedron Letters, 1963, p.1921.
- Иванов B.T. Дайне И. А., Абдуллаев И. Д., Плетнев В. З., Липкинд Г. М. Архипова С.Ф., Сенявина Л. Б. Овчинников Ю.А. Конформационные состояния валиномицина и его комплексов с катионами щелочных металлов в растворах.- Хим.природн.соед., 1971, ЖЗ, с.221−246.
- Ovchinnikov Yu.A., Ivanov V.T. Conformational states and biological activity of cyclic peptides.- Tetrahedron, 1975, v.31, p.2177−2209.
- Duax W.L., Hauptman H., Weeks C.M., Norton D.A. Valinomycin Crystal Structure Determination by direct methods.- Science, 1972, v.176, p.911−914.
- Smith G.D., Duax W.L., Langs D.A., de 'Pitta G.T., Edmonds J. W., Rohrer D.C., Weeks C.H. The Crystal and Molecular Structure of the Triclinic and Monoclinic Forms of Valinomycin.-J. Amer. chem. Soc., 1975, v.97, p.7242−724?.
- Neupert-Laves K., Dobler M. The crystal structure of, а К complex of valinomycin.- Helv. chirn. acta, 1975, bd.58.p.432−442.
- Grell E., Punck Th. Eggers P.- In: Membranes (Ed.) G. Eisen-mann K.Y.: Marcel Dekker, 1975″ v.3, p.2.
- Ахмедов H.A. Теоретический конформационный анализ олигопеп-тидов. Дис: канд.физ.-мат.наук, -М., 1975, с. 124.
- Scott R.A., Scheraga H.A. Conformational analysis of macro-molecules. III. Helical structures of polyglycine and poly--Ь-alanine.- J. Chem. Phys., 1966, v.45, p.2091−2101.
- Попов E.M., Касумова Л. И., Ахмедов H.A., Максумов И. С., Годааев Н. М. Теоретический конформационный анализ фрагмента Arg1-Pro2-Asp5-Phe4-Cys5 -Leu6 -Glu7-Pro8-Pro9 молекулы BPTI. Препринт ИТФ 79 — 43 Р, 1979, Киев.
- Годааев Н.М., Касумова Л. И., Попов Е. М. Априорный расчет трехмерной структуры фрагмента Arg1-Cys1Zl" молекулы ВРТ I -Препринт ИТФ 79 — 45Р, 1979, Киев.
- Алиев Р.Э., Годааев Н. М., Аббасов С. Г., Ахмедов Н. А. Теоретический конформационный анализ фрагмента Asn^-Asn44-Phe^ панкреатического трипсинового ингибитора.- ДАН Азерб. ССР, 1979, т. ХХХУ, № I, с.37−39.
- Годааев Н.М., Алиев Р. Э., Ахмедов Н. А. Априорный расчет трехмерной структуры фрагмента А1аад-А1а^8бычьего панкреатического трипсинового ингибитора (BPTI). ДАН Азерб. ССР, 1979, т. ХХХУ, НО, с.29−32.
- Алиев Р.Э., Годааев Н. М., Ахмедов Н. А. Теоретический конформационный анализ фрагмента Asp^-Cys^-Metпанкреатического трипсинового ингибитора. Изв. АН Азерб.ССР, сер.физ.тех.тт. н., 1979, Я 4, с. II7-I22.
- Касумов И.А., Годжаев Н. М, Ахмедов Н. А., Теоретический конформационный анализ молекул H-Met-Gly-His~ ОН и н Hire -Gly His- ОН. — Изв. АН Азерб.ССР, сер.физ.тех.мат.наук, 1980, ЖЗ, C. I08-III.
- Ахмедов Н.А., Ахвердиева Г. А., 3ацаринная Н.И., Уклеина О. М., Годжаев Н. М. Теоретический конформационный анализ Asp Туг^" Gly^ Met'7 и Ser -Asp 8-мелонацитстимулирующего гормона-Изв.АН Азерб. ССР, сер.физ.тех.мат.наук, 1981, М, с.114−120.
- Попов Е.М., Ахмедов Н. А., Касумов O.K., Касумов И. А., Годааев Н. М. Теоретический конформационный анализ пептидов мозга.I. Стимулятор сна.-Биоорган.химия, 1980, т.6,ЖЕ1,с.1620−1621.
- Годщаев Н.М., Аббасов С. Г., Ахмедов Н. А. Конформационный анализ фрагмента С -СО Asn^ Asn^Phe^NHC трипсинового ингибитора.- Уч.зап. АТУ им. С. М. Кирова, сер.физ.мат.наук,№ 3, 1978, с. 76.
- Годжаев Н.М., Аббасов С. Г., Алиев Р. Э., Алиева М. С., Ахмедов
- Н.А., Агаева Г. А. Теоретический конформационный анализ фраг-43 47мента Asn Ser молекулы трипсинового ингибитора.-Тезисы конференции по межмолекулярному взаимодействию и конформаци-ям молекул, 1978, с. 88.
- Аббасов С.Г., Максумов И. С., Годмсаев Н. М., Агаева Г. А. Конформационный анализ фрагментов с цистеиеовыми мостиками из молекулы актиноксантияа.- Тезисы Всесоюзного симпозиума по химии и физике белков и пептидов, Баку, 1980, с. 175.
- Аббасов С.Г., Максумов И. С. Априорный расчет трехмерной структуры фрагмента Cys^-Pro^Ala^-Val^-Gly8 молекулы актиноксантияа. Научные труды АГУ им. С .М.Кирова, 1980, с. 28.
- Агаева Г. А., Аббасов С. Г., Касумова Л. И. Теоретический конформационный анализ фрагмента s ег^-Р11е65молекулы актиноксантияа. •- 181
- Тезисы У республиканской конференции молодых ученых физиков, посвященной 60-летию Азерб. ССР и компартии Азербайджана, Баку, 1980, с. 18.
- Аббасов С.Г., Агаева Г. А., Исмаилова Л. И. Расчет трехмерной4структуры фрагмента Ala Asp молекулы актиноксантина.-Материалы конф. молодых ученых по физико-химической биологии, Баку, 1980, с. 4.
- Агаева Г. А., Аббасов С. Г., Шамилова Л. Ш., Дмитрюк С. Р., Исмаи-лова Л. И. Конформационный анализ фрагмента А1а2^ А1а^оле-кулы актиноксантина.- Материалы конф. молодых ученых по физико-химической биологии, Баку, I98I, c. I0.
- Аббасов С.Г. Теоретический конформационный анализ Фрагмента Ser'7-Ser Молекулы актиноксантина.-Матер.I Всесоюзн. биофизического съезда, Москва, 1982, т.1, с. 12.
- Momany F.A., Mc. Guire R.F., Burgess A.W., Scheraga H.A.Energy parameters in polypeptides.VII.Geometric parameters, partial atomic charges, nonbonded interactions, hydrogen bond interaction, -J.Phys.Ghem., 1974, v.79,p.236 -238 .
- Дашевский В.Г. Конформация органических молекул.- М., Химия, 1974, с. 432.
- Липкинд Г. М., Архипова С. Ф, Попов Е. М. Теоретическое исследование конформаций метиламида N -ацетил-l -аланина в различных средах.-Е.структур.химии, I970, t. II, c. I2I-I26.
- Максумов И.С., Исмаилова Л. И., Годжаев Н. М. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов на ЭВМ, — Ж.структурн.химии, 1983, т.24, М, с.147−148.
- Дашевский В.Г. Конформационный анализ органических молекул.-М., Химия, 1972, -272 с.
- Михелъсон М.Я., 3еймаль Э. В. Ацетилхолин. Изд."Наука", Л., 1970, с. 94.1X4. Сапера F.G., Pauling P. and Sorum Structure of acetylcholineand other substrates of cholinergic systems.-Nature (London), 2 0,11 907,1966.
- Eisenman G., Krasne S. and Ciani S. Ion and Enzyme Electrodes in biology and medicine.- Further Studies on Ion Selectivity, 1976, p.3−21