Общий недостаток всех систем оценки качественного состояния водоёмов — отсутствие видового разнообразия исследуемых биоценозов. При этом действие загрязнения на воды усложняется влиянием других разнообразных факторов среды на развитие конкретных видов организмов. Кроме того, для проведения подобного рода анализов необходимо наличие квалифицированных специалистов по систематике гидробионтов. Поэтому для оценки влияния загрязнения довольно широко используют показатели видового разнообразия и информационные индексы.
Информационные индексы, построенные на учёте видового разнообразия и эквитабильности видов, отличаются большей выразительностью. Результаты сравнения становятся ещё контрастнее, если при вычислении видового разнообразия учитывают индикаторную характерность отдельных видов, поскольку и показательное значение организмов, и видовое разнообразие могут служить основой для суждения о качестве воды, и, что целесообразно, при истолковании списков видов, обнаруженных на обследуемых участках водоёмов, использовать оба эти подхода. В наиболее простой форме биоцснотическая индикация загрязнения сводится к сравнению видового богатства, разнообразия, численности и биомассы населения в загрязнённой и контрольной зонах. Для этого используют абсолютные величины перечисленных показателей или различные индексы, применение которых расширяет возможности сравнения и количественного анализа последствий загрязнения. Сопоставление коэффициентов видового и демографического сходства для отдельных групп организмов может дать много дополнительного материала для экологического анализа.
Различные авторы по-разному подошли к этим двум подходам в одной системе оценки степени загрязнения. По Беку (1955), Бику (1964), Вудивиссу (1964), Грэхему (1965) и Патрику (1950) оценка степени загрязнения зависит от числа встреченных на станции видов, но виды, неустойчивые к загрязнению, влияют на оценку степени загрязнения сильнее, чем устойчивые виды. Таким образом, окончательная оценка зависит и от видового разнообразия, и от того, какие виды это разнообразие создают. По Хаттеру (1971) же оценка уровня загрязнения зависит от показательного значения таксонов, которое в некоторых случаях находится в зависимости от видового разнообразия.
