Различают первичную экспертизу (проводимую впервые) и дополнительную (проводимую, если первичная была недостаточно ясной или неполной: не все объекты представлены, не все обстоятельства учтены, не все вопросы получили разрешение). Такую экспертизу целесообразно проводить эксперту, который проводил первичную экспертизу. УПК РФ предусматривает также повторную экспертизу, которая назначается, когда заключение, составленное в процессе первичной экспертизы, не удовлетворило следствие из-за необъективности или необоснованности выводов либо когда выводы противоречат обстоятельствам по делу. Тогда проведение экспертизы по тем же вопросам предлагается другому, более опытному эксперту или комиссии из других экспертов.
Во всех случаях сложных экспертиз, в том числе когда эксперт единолично не может решить поставленный вопрос, он разрешается группой экспертов. Эту экспертизу, предусмотренную и УПК РФ, и Федеральным законом «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации», называют комиссионной. Она может иметь в составе экспертов — специалистов разных отраслей знаний медицины. Нередко сюда относят повторную судебно-медицинскую, судебно-психиатрическую экспертизы, экспертизы при подозрении на правонарушения медицинских работников. Экспертная комиссия возглавляется руководителем экспертного учреждения или его заместителем по экспертной работе. Состав комиссии может назначаться следователем или судом, но чаще эго поручается делать председателю комиссии.
В тех случаях, когда необходимо участие одновременно специалистов разных специальностей, экспертиза называется комплексной. Например, при автомобильной травме могут участвовать, кроме судебно-медицинского эксперта, эксперт-криминалист в области транспортной экспертизы, при огнестрельной травме — эксперт в области баллистики и т. д.
Экспертиза назначается правоохранительными органами: судом, сотрудниками прокуратуры, Следственного комитета, органов внутренних дел, федеральной службы безопасности и др., с вынесением соответственно определения суда, постановления судьи, лица, производящего дознание, следователя о назначении экспертизы.
