Обширная практика меркантилизма как государственной политики, постепенное отождествление его с протекционизмом, накопление эмпирического материала в этом направлении не могли не вызвать к жизни попыток его серьезного теоретического осмысления. Такую попытку сделал Фридрих Лист (Даниель Фридрих Лист, 1789—1846). Его деятельность принято относить к немецкой исторической школе, а дискуссионность воззрений объяснять расхождениями с идеологами и идеями классической политической экономии. Вместе с тем нельзя не видеть связи теоретических исследований Ф. Листа с практикой меркантилизма, с попытками осмыслить его результаты, подвести теоретическую базу под попытки национальных государств жить «своим умом». В сочинении «Национальная система политической экономии» (1841) Лист отталкивается от следующего посыла: каждая страна последовательно проходит в своем развитии пять этапов — дикий, пастушеский, земледельческий, мануфактурно-земледельческий и торгово-мануфактурно-земледельческий. Соответственно, только для стран, проходящих одинаковый этап развития, может быть взаимовыгодна свободная торговля. Лист указывал на то, что переход к «торгово-мануфактурпо-земледельческой» стадии не совершается сам по себе, благодаря свободе обмена. Нарушение этого правила чревато утерей суверенитета: земледельческие нации, такие как Польша и Португалия, вступившие в свободный обмен с торгово-мануфактурно-земледельческими нациями, обрекли себя в итоге на политическую несостоятельность и экономическую отсталость. Ф. Лист также обращает внимание на то, что переход к «торгово-мануфактурно-земледельческой» стадии невозможен без национального единства, что для возникновения внутреннего рынка национальным отраслям нужно покровительство власти, называя подобный комплекс мер «воспитательным протекционизмом».
По сути, вразрез с существовавшей в то время позицией представителей классической политической экономии Лист взял меркантилистов под защиту, считая их исторической заслугой осознание важности фабричнозаводской промышленности для земледелия, торговли и мореходства; понимание значения протекционизма в отстаивании национальных интересов. При этом, видимо отдавая себе отчет в том, что поздний меркантилизм все равно готовит почву для перехода к свободным формам обмена между странами, Лист рассуждал о протекционизме как об инструменте, который нужен до момента выравнивания уровней экономического развития свободно торгующих друг с другом стран.
