История. 
Краткая история появления и развития Вильнюсского университета

7 июля 1578 года во Львове король Стефан Баторий, по ходатайству епископа Валериана Протасевича, маршала Яна Ходкевича и других магнатов покровите лей иезуитов, подписал привилегию, по которой коллегия преобразовывалась в академию, с правом производить бакалавров, магистров, лиценциатов идокторов свободных наук, философии и богословия.

Канцлер Великого княжества Литовского кальвинист Николай Радзивилл Рыжий не соглашался скрепитьграмоту большой печатью княжества, вице-канцлер православный Евстафий Волович малой печатью, полагая, что создание иезуитской академии ущемляет права других исповеданий; привилегия без печати немогла вступить в действие. 1 апреля 1579 года датируется другая привилегия короля Стефана Батория обучреждении Академии и университета виленского Общества Иисуса (Almae Academia et Universitas VilnensisSocietatis Jesu). Она была подписана в Вильно; у отказавшегося приложить к грамоте печать Евстафия Воловича король потребовал печать со словами «я сам её приложу, но ты её более не увидишь», то есть пригрозил ему удалением от должности.

Вице-канцлер вынужден был подчиниться.

Булла папы римского Григория XIII 30 октября 1579 года подтвердила привилегию короля Стефана Батория. Первым ректором был Пётр Скарга. Первоначально университет состоял из двух факультетовфилософиии теологии. В 1641 году были учрежден факультеты права и медицины. Однако из-за нехватки преподавателей факультет права начал работать только в 1644 году, а медицинский факультет — в 1781 году. В 1753 году стараниями астронома и математика Томаша Жебровского была основана астрономическая обсерватория, четвёртая по счёту в Европе и старейшая в Восточной Европе. Дооснования в 1755 году Московского университета на протяжении двух столетий был самым восточным в Европе университетом.

Здесь преподавали известные учёные своего времени. К ним относится Мартин Смиглецкий (MartinusSmiglesius; 1564—1618), теолог-полемист (труды переведены на немецкий язык). Он приобрёл известностьблагодаря учебнику логики, написанному в 1586—1587 годах на основе своих лекций.

Учебник до XIX века широко использовался во французских иезуитских школах, в Сорбонне, а также в англиканскойВеликобритании, даже в Оксфорде (где неоднократно переиздавался — в 1634, 1638, 1658 годах.

Поучебнику Смиглецкого, в частности, экзаменовался писатель Даниэль Дефо. Учебник риторики теолога Сигизмунда Ляуксмина (1597—1670) «Ораторская практика и правила искусства риторики», изданный в 1645 году в Вильне, к середине XVIII века выдержал не менее пятнадцати изданий в различных городах Европы (Браунсберг, Мюнхен и другие). Профессор Мацей Казимир Сарбевский (1595−1640) был широко известен как поэт и в 1623 году папой Урбаном VIII в Риме был увенчан лавровым венком, подобно знаменитым поэтам Данте Алигьери и Франческо Петрарке. Историк Альберт Виюк-Коялович изучал в Академии иуниверситете теологию, а затем сам преподавал здесь (1641—1644; 1645—1655) и был ректором (1653—1655).

В Академии и университете получил учёную степень магистра философии (1644), затем здесь же изучал теологию и каноническое право епископ Александр Котович. К числу наиболее известных воспитанников Академии и университета виленского Общества Иисуса относятся поэт, теолог и полемист Симеон Полоцкийи учёный и религиозный деятель, автор «Ґраммамтіки Славемнския прамвилное Cvмнтаґма» Мелетиий Смотрицкий.