Генеральный секретариат. 
Второй Универсал

• 15 (28) июня Центральная рада объявила о создании высшего исполнительного органа — Генерального секретариата, в котором С. Петлюра занял пост генерального секретаря по военным делам. Первым генеральным секретарём был избран В. Винниченко. В Декларации Генерального секретариата, провозглашённой 16 (29) июня, вновь созданному секретариату по военным делам была поставлена задача «украинизации армии, как в тылу, так, по возможности, и на фронте, приспособления военных округов на территории Украины и их структуры к потребностям украинизации армии… Правительство считает возможным продолжить способствовать более тесному национальному объединению украинцев в рядах самой армии или комплектованию отдельных частей исключительно украинцами, насколько такая мера не будет вредить боеспособности армии».
• 28 июня (11 июля) в Киев прибыла делегация Временного правительства в составе А. Керенского, И. Церетели, М. Терещенко с целью наладить отношения с Центральной радой. Делегация заявила, что правительство не будет возражать против автономии Украины, однако просит воздержаться от одностороннего декларирования этого принципа и оставить окончательное решение Всероссийскому учредительному собранию.

Петлюра вошёл в комиссию Центральной рады по ведению переговоров с Временным правительством. Самые острые споры касались полномочий Генерального секретариата. Среди вопросов, которые обсуждались, важное место занимали военные проблемы: украинизация всех гарнизонов на территории Украины, а также запасных полков, замена всей военной администрации украинцами и перевод украинизированных частей с других фронтов на Юго-Западный и Румынский фронты.

Переговоры закончились соглашением, основанным на взаимных уступках. В частности, было согласовано, что «Временное правительство, считая необходимым сохранить во время войны боевое единство армии, не считает возможным допустить действий, которые могут нарушить единство её организации и командования, как, например, изменений общего мобилизационного плана путём немедленного перехода к системе территориального комплектования воинских частей или предоставления руководящих полномочий каким-либо общественным организациям. Что же касается украинских военных комитетов на местах, то они проводят свою работу на общих основаниях, причем их деятельность должна проводиться в согласии с деятельностью других военно-общественных организаций. Вместе с тем Правительство считает возможным далее способствовать тесному национальному объединению украинцев в армии путём комплектования отдельных частей исключительно украинцами, насколько это, по мнению военного министерства, будет возможным с технической стороны и не нарушит боевой мощи армии».

2 (15) июля Временное правительство сообщило о признании Генерального секретариата как высшего распорядительного органа Украины. 3 (16) июля была подписана совместная декларация Временного правительства и Центральной рады. В тот же день Центральная рада провозгласила Второй Универсал, в котором было заявлено, что «мы, Центральная Рада,… всегда стояли за то, чтобы не отделять Украину от России». Генеральный секретариат объявлялся «органом Временного правительства», признавалась необходимость пополнения Рады за счет представителей других национальностей, проживающих на территории Украины, и, самое главное, декларировалось, что Рада выступает решительно против самовольного объявления автономии Украины до Всероссийского учредительного собрания. По военному вопросу фактически принималась точка зрения Временного правительства о возможности прикомандирования представителей Украины к кабинету военного министра и Генштабу, при этом вопрос об «украинизации» армии отходил на второй план. По сути, Универсал подтверждал отказ от провозглашения автономии Украины до созыва Всероссийского Учредительного собрания и практически перечёркивал все прежние обещания УЦР и постановления всех всеукраинских съездов, которые Центральная рада была призвана выполнять.

Временное правительство в своём постановлении от 6 (19) июля об утверждении Генерального секретариата исключило из его состава секретариат по военным делам, и с этого момента Петлюра являлся лишь главой УГВК, принимавшим участие в заседаниях Генерального секретариата лишь с правом совещательного голоса. Сам УГВК был лишён каких бы то ни было командных функций и рассматривался как общественная организация, члены которой фактически являлись дезертирами из российской армии и могли в любой момент быть преданы военно-полевому суду, если бы не моральный авторитет, которым пользовался УГВК среди военнослужащих-украинцев, и опасения российских властей, что прекращение его деятельности может привести к массовым протестам и, в результате, к развалу фронта.

Сама Центральная рада в этот период являлась не полноценным государственным органом, а лишь своеобразным общественным институтом, который, однако, очень умело используя трудности и колебания Временного правительства, последовательно шёл к своей цели. Не было реальной власти и у Генерального секретариата. Государственные учреждения его игнорировали, деятельность его не финансировалась, а налоги, как и прежде, шли в российскую казну.

В военной сфере территориальный принцип комплектования армии, которого добивался Петлюра, был отвергнут Временным правительством, которое пошло лишь на одну уступку — разрешив комплектование отдельных частей украинцами.

Тем временем массовый подъём национального самосознания приводил к тому, что радикально настроенные группы среди военнослужащих-украинцев продолжали выдвигать требования, ставившие руководство Центральной рады в затруднительное положение. Одной из таких попыток оказать давление на Центральную раду, принудить её к более решительным шагам стало вооружённое выступление Второго украинского полка им. гетмана Полуботка в Киеве в начале июля 1917 г.

Полк численностью 5 тыс. человек, сформированный в Чернигове, ещё 21 июня (4 июля) прибыл в Киев для отправки на фронт, но под влиянием агитации «самостийников» солдаты потребовали переформирования в отдельный украинский полк им. гетмана Павла Полуботка и включения его в состав одного из корпусов, которые планировалось укомплектовывать украинцами. Военное командование отказалось удовлетворить эти требования, настаивая на немедленной отправке полка на фронт. Это требование поддержала и Центральная рада, которой не хотелось иметь под боком организованных вооружённых людей, контролируемых «самостийной» оппозицией.

Центральная рада направила на переговоры с «полуботковцами» делегацию, в состав которой вошёл и Петлюра. Выступая перед полком, он призвал солдат от имени УГВК «не становиться на путь анархии, потому что это нарушает план, по которому УГВК проводит формирование украинской армии». Переговоры, однако, не дали результатов. Тем временем провал наступления российских войск, начавшееся контрнаступление немецкой армии и провозглашение Центральной радой Второго Универсала подтолкнули «полуботковцев» к восстанию.

УГВК, располагавший подробной информацией о настроениях в полку, в ночь на 4 (17) июля созвал совещание представителей частей киевского гарнизона. Постановлением УГВК на это совещание был делегирован Петлюра. Представители «полуботковцев» в своих выступлениях обвиняли Центральную раду, Генеральный секретариат и УГВК в угодничестве перед Временным правительством, низкой активности и равнодушии к проблемам армии. Они требовали, чтобы Временное правительство признало Центральную раду и Генеральный секретариат верховной властью на Украине, а также чтобы сама Центральная рада признала их часть действующим Вторым украинским пехотным полком им. гетмана Павла Полуботка. Центральная рада, однако, отказалась поддержать восстание.

В ночь на 5 (18) июля, захватив оружие в казармах 1-го украинского запасного полка, а также реквизировав автомобили в Железнодорожном батальоне и 3-м автопарке, «полуботковцы» захватили штаб милиции и комендатуру Киева, арестовали начальника милиции и коменданта, разоружили юнкеров, захватили интендантские склады и другие учреждения. Одновременно планировались выступления в Житомире, Чернигове, Коростене, Полтаве, Умани, Александровске, Юзовке, Одессе и разоружение российских военных эшелонов на линии Звенигородка — Христиновка — Знаменка. На помощь восставшим вышел Звенигородский кош Свободного казачества. Казаки добрались поездом до станции Мотовиловка, в 30 км от Киева, и, лишь узнав о прекращении восстания, повернули назад. Не желая братоубийственного кровопролития в вооружённом противостоянии между «полуботковцами» и Первым украинским полком им. гетмана Богдана Хмельницкого, который получил от Генерального секретариата приказ подавить восстание, руководители восстания вернули полк в казармы.

• 8 (21) июля Генеральный секретариат постановил отправить «полуботковцев» на фронт в составе отдельного полка им. гетмана Павла Полуботка. Петлюра совместно с другими представителями УГВК убедили «полуботковцев» сложить оружие. 14 (27) июля полк отбыл на фронт. Здесь военное командование, не сдержав обещания, включило их в состав Немировского полка, располагавшегося на передовой в Галиции.
• 10 (23) июля на заседании Комитета Центральной рады был рассмотрен вопрос о Первом украинском полке им. гетмана Богдана Хмельницкого, и было решено согласиться с требованием командования, настаивавшего на его отправке на фронт, при условии использования полка в качестве отдельного украинского военного формирования. Однако во время отправления из Киева два эшелона полка были обстреляны российскими кирасирами и донскими казаками. Погибло 16 человек, не менее тридцати получило ранения.

Петлюра обратился к верховному главнокомандующему с предложением создать комиссию для расследования инцидента, сам выезжал на место происшествия. Проведению начатого расследования, однако, мешал командующий войсками Киевского военного округа полковник Оберучев, а вскоре оно и вовсе было приостановлено. Полк был разоружён, солдаты были отправлены на фронт в составе других военных формирований, командира полка полковника Ю. Капкана поместили под домашний арест, а на его место назначили подполковника Василевского.