Вторая война началась с того, что Гизы, не удовлетворённые уступками гугенотам, стали подготавливать международный альянс католических держав. Гугеноты во главе с Колиньи отреагировали на это союзом с Елизаветой Английской и протестантским пфальцграфом Вольфгангом Цвайбрюкенским, который привёл на помощь гугенотам 14 000 своих подданных, положив начало традиции вмешательства пфальцграфов во французские гражданские войны, просуществовавшей до конца века.
В сентябре 1567 года принц Конде возобновил свой план похищения короля, на этот раз Карла IX, из Мо. Одновременно открыто объявили себя гугенотами жители Ла-Рошели и ряда других городов, а в Ниме произошла резня католических священников. В ноябре в битве при Сен-Дени сложил голову коннетабль Монморанси. Королевская казна была пуста, командовать армией было некому, что заставило короля пойти на мир в Лонжюмо (март 1568), который не решил ни одного вопроса и служил лишь отсрочкой крупномасштабных боевых действий.
Третья война 1568—1570
Вооружённое противостояние возобновилось с наступлением осени, когда свобода вероисповедания была в очередной раз отменена, а на подмогу гугенотам прибыл отряд голландских протестантов во главе с Вильгельмом Оранским. Екатерина Медичи попыталась взять инициативу в свои руки и вернула ко двору Гизов, кальвинистских проповедников выдворяли из Франции, дело шло к аресту Конде и Колиньи.
В марте 1569 года принц Конде был убит при Жарнаке, и адмирал Колиньи принял командование силами протестантов от имени юных принцев — Конде-младшего и Генриха Наваррского. Несмотря на поражение при Монконтуре, он сумел соединиться с графом Монтгомери и овладеть Тулузой. В августе 1570 года король подписал Сен-Жерменский мир с существенными уступками гугенотам. По условиям мира королю Наваррскому была обещана рука сестры короля, Маргариты.
