Все документы Национального архивного фонда РК независимо от места их хранения подлежат государственному учету.
Учет архивных документов — установление количества и состава архивных документов в единицах учета и фиксация принадлежности каждой единицы учета к определенному комплексу и общему их количеству в учетных документах.
Централизованный государственный учет документов Национального архивного фонда Республики Казахстан — это система учета документов Национального архивного фонда РК в масштабе государства, основанная на сосредоточении в местных и республиканском уполномоченных государственных органах управления архивами и документацией сведений о количестве, составе архивных фондов и количестве единиц хранения.
Основой учета архивных документов является единая система регистрации архивных фондов и единиц хранения. Средство учета — присвоение архивных шифров единицам хранения. Проведение государственного учета документов основывается на принципах централизации, унификации, регулярности, полноты и достоверности.
Документы Национального архивного фонда учитываются по архивным фондам, архивным коллекциям, единицам хранения.
Государственному учету подлежат все документы, которые в установленном порядке отнесены к Национальному архивному фонду, независимо от формы собственности и места хранения.
Первичными документами учета являются учетные документы архива — комплекс документов установленной формы, фиксирующих поступление, выбытие, количество, состав, состояние архивных документов. В них учитываются отдельные документы, единицы хранения, фонды. Учету подлежат все хранящиеся в архиве фонды и единицы хранения. Учет производится путем присвоения единицам хранения учетных номеров, являющихся частью архивных шифров. Архивный шифр включает номера архивного фонда, описи, единицы хранения, указываемые за аббревиатурой архива.
На основе первичных документов учета составляются документы централизованного учета. В Республике Казахстан учет документов в архивах осуществляется на основе «Инструкции о централизованном государственном учете документов Национального архивного фонда РК» (2000 г.).
Учет документов до и после 1917 года ведется раздельно. Документы и фонды до 1917 г. имеют индекс И и номер фонда, а после 1917 года в некоторых госархивах индексируются литерой Р и имеют номер фонда. Учетные документы до и после 1917 года ведутся с самостоятельной порядковой нумерацией фондов. При включении в государственный архив бывших партийных архивов их фонды отмечаются индексом П и порядковым номером фонда. Перенумерация фондов производится в крайних случаях с разрешения вышестоящих архивных органов. Один раз полученный номер фонда остается за ним навсегда и не используется повторно даже в случае выбытия фонда.