Генотипическое разнообразие Francisella tularensis: VNTR-анализ
Диссертация
Трудно не отметить тот факт, что за последние 10 лет интерес к возбудителю туляремии в мире резко возрос. Это особенно видно по регулярным международным тематическим конференциям (Швеция, 1995, 2000; Чехия, 1997; Англия, 2003; США, 2006), многочисленным публикациям сотрудников солидных научных центров США, Швеции, Англии, Германии, Китая и других, которые к тому же объединяют свои усилия при… Читать ещё >
Список литературы
- Алексеев, А.Ф. Особенности эпизоотий туляремии в Крыму / А. Ф. Алексеев, В. И. Чирний, JI.M. Богатырева // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1996. — № 6. — С. 28−32.
- Арутюнов, Ю.И. Некоторые особенности эпидемических проявлений чумы / Ю. И. Арутюнов, Б. Н. Мишанькин, Ю. М. Ломов, A.M. Кокушкин // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2005. — № 1. — С. 8−10.
- Асваров, Б.М. Расположение природных очагов туляремии в восточной части Северо-Кавказского региона / Б. М. Асваров, Б. К. Омарова, М.С. Га-зиев, Б. А. Батырова и др. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2001. — №. 6. — С. 72−74.
- Безсмертный, В.Е. К оценке эпидемической и эпизоотической ситуации по туляремии в Российской Федерации / В. Е. Безсмертный, В.В. Горшен-ко, В. П. Попов // Проблемы особо опасн. инфекц. Саратов, 2008. — Вып. 2 (96).-С. 8−12.
- Беляков, В.Д. Эпидемиология / В. Д. Беляков, Р. Х. Яфаев // М.: Медицина, 1989.-416 с.
- Березкин, М.В. Хронобиология и хрономедицина: руководство под ред. Ф. И. Комарова / М. В. Березкин // М.: Медицина, 1989. — С. 105−115.
- Березкина, Г. В. Современное состояние природных очагов туляремии на территории Ямало-Ненецкого автономного округа / Г. В. Березкина, В. В. Якименко, М. Г. Малькова // Природноочаговые болезни человека. Омск, 2001. — С.123−127.
- Бондарев, В.А. Характеристика современного состояния природных очагов туляремии в правобережье Астраханской области / В. А. Бондарев //
- Природно-очаговые особо опасные инфекции на Юге России, их профилактика и лабораторная диагностика. Астрахань, 2001. — С. 94−96.
- Водопьянов, А.С. Вариабельные тандемные повторы, выявленные при компьютерном анализе генома Vibrio cholerae / А. С. Водопьянов, С. О. Водопьянов, М. Б. Мишанькин, И. Ю. Сучков и др.// Биотехнология. 2001. — № 6. -С. 85−88.
- Воробьев, А. А. Оценка вероятности использования биоагентов в качестве биологического оружия / А. А. Воробьев // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2001. — № 6. — С. 54−56.
- Горбатов, Н.А. Новый очаг туляремии в Южном Приморье / Н. А. Горбатов, А. Я. Жиров, М. М. Дружинин // Всесоюзная конференция «Актуальные проблемы профилактики туляремии». -М, 1991. С. 41−42.
- Жданов, В.М. Эволюция возбудителей инфекционных болезней / В. М. Жданов, Д. К. Львов // М.: Медицина, 1984. — С. 127−132.
- Ильина, Е.И. Актуальные аспекты типирования микробов и вирусов / Е. И. Ильина // Генодиагностика инфекционных болезней. Сб. трудов 5-ой Всероссийской научно-практической конференции. М., 2004. — Т.2. — С. 3233.
- Карцев, А.Д. Цикличность заболеваемости некоторыми природно-очаговыми инфекциями в Российской Федерации / А. Д. Карцев // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2002. — № 1. — С. 23−27.
- Кирьякова, JI.C. Холера как внутрибольничная инфекция / JI.C. Кирья-кова, А. Б. Хайтович // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2003. — № 5. — С. 48−50.
- Козлов, Ю.А. Питательные среды в медицинской микробиологии/ Ю. А. Козлов // М.: Медгиз, 1950. — 100 с.
- Кондрик, Е.К. Аналитическое обоснование концепции биологической безопасности / Е. К. Кондрик, В. В. Волков, Л. И. Кавызина М., 2003. — 64 с.
- Кормилицина, М.И. Характеристика природного аттенуированного изолята Francisella tularensis / М. И. Кормилицина, И. С. Мещерякова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1996. — №. 2. — С. 36.
- Куница, Т.Н. Заболеваемость туляремией в Казахстане / Т. Н. Куница, Т.В. Мека-Меченко, Л. Ю. Лухнова // Проблемы особо опасных инфекций. -Саратов, 2001. № 1(81). — С. 52−55.
- Лебедев, В.В. Геоинформационное пространство России / В. В. Лебедев // Вестник Российск. Акад. Наук. 2005. — Т. 75. — № 3. — С. 195−204.
- Львов, Д.К. Проблема нерегистрируемых и непредсказуемых инфекций / Д. К. Львов // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1997. — № 5. — С. 104 — 109.
- Максимов, А.А. Многолетние колебания численности животных, их причины и прогноз / А. А. Максимов // Новосибирск: Наука, 1984. — 251 С.
- Максимова, Г. П. Эпидемиологический надзор за туляремией в Московской области / Г. П. Максимова, Л. П. Мосолов, B.C. Бельмаков // Всесоюзная конференция «Актуальные проблемы профилактики туляремии». — М, 1991.-С. 106−108.
- Миллер, А.А. Эпидемиология туляремии зимой 1933−1934 гг. / А. А. Миллер // Изв. Азово-Черноморского НИИ микробиологии и эпидемиологии. Ростов-на-Дону, 1937. — С. 58.
- Моисеева, А.В. Эпидемическая и эпизоотическая обстановка по туляремии на Украине на современном этапе и очередные задачи / А. В. Моисеева, > Н. Ф. Компанцев // Всесоюзная конференция «Актуальные проблемы профилактики туляремии». М., 1991. — С. 127−129.
- Настюков, Н.З. Эпизоотии туляремии в Волго-Ахтубинской пойме в 1987—1990 годах / Н. З. Настюков, Н. В. Никулин, В. В. Базаров // Всесоюзная конференция «Актуальные проблемы профилактики туляремии». М., 1991. -С. 135−137.
- Новикова, В.П. Туляремия и ее профилактика / В. П. Новикова // Астрахань: Волга, 1946. — 40 с.
- Олсуфьев, Н.Г. Таксономия, микробиология и лабораторная диагностика возбудителя туляремии / Н. Г. Олсуфьев // М., 1975. — 192 с.
- Павлович, Н.В. Получение бескапсульных вариантов Francisella tularensis I Н.В. Павлович, Б. Н. Мишанькин, Г. И. Данилевская, В. А. Ходова и др. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1993. — № 2.-С. 77−11.
- Павлович, Н.В. Прозрачная питательная среда для культивирования Francisella tularensis / Н. В. Павлович, Б. Н. Мишанькин // Антибиотики и медицинская биотехнология. 1987. — № 2. — С. 133−137.
- Павлович, Н.В. Сравнительная характеристика биологических свойств штаммов Francisella tularensis, выделенных на территории СССР / Н. В. Павлович, Б. Н. Мишанькин, Н. К. Тынкевич // Антибиотики и химиотерапия. -1991.-№. 10.-С. 23−25.
- Писарчик, А.В. Простые повторяющиеся последовательности и экспрессия генов. / А. В. Писарчик, Н. А. Картель // Молекулярная биология. -2000. Т. 34. — №. 3. — С. 357−363.
- Пичурина H.JI. Эпидемиологические аспекты туляремии и совершенствование методов лабораторной диагностики (на примере Ростовской области): Автореферат дисс. на соиск. ученой степени канд. мед. наук / H.JI. Пичурина. Ростов-на-Дону, 1999. — 22 с.
- Подобедова, Я.С. Природные очаги туляремии на острове Врангеля / Я. С. Подобедова, Т. Н. Демидова, М. И. Кормилицина, И. С. Мещерякова // Медицинская паразитология. — 2006. — № 4. С. 32−34.
- Подсвирова, В.В. Современное состояние природной очаговости туляремии в республике Калмыкия /В.В. Подсвирова, А. В. Подсвиров, Т.Б. Ка-лаева // Актуальные проблемы эпидемиологической безопасности. Ставрополь, 2002.-С. 209−211
- Пузанский, В.Н. Вспышка туляремии в Забайкальском национальном парке осенью 1990 года / В. Н. Пузанский, П. П. Горяинов // Всесоюзная конференция «Актуальные проблемы профилактики туляремии». М., 1991. — С. 156−157.
- Романова, JI.B. ДНК-зонд для идентификации представителей рода Francisella / JI.B. Романова, Б. Н. Мишанькин, Н. В. Павлович // Биотехнология.- 1992.-№ 4.-С. 52−55.
- Романова, JI.B. Полимеразная цепная реакция: генотипический скрининг штаммов Francisella tulalensis с использованием неспецифических праймеров / JI.B. Романова, Б. Н. Мишанькин, И. Ю. Сучков // Биотехнология.- 1993.-№ 6.-С. 8−9.
- Романова, JI.B. Полимеразная цепная реакция: детекция и генотипиро-вание представителей рода Francisella / JI.B. Романова, Б. Н. Мишанькин, И. Ю. Сучков // Биотехнология. 1996. — № 3. — С. 27−32.
- Романова, JI.B. Праймеры для родоспецифического обнаружения Francisella tularensis в полимеразной цепной реакции / JI.B. Романова, Б.Н.. Мишанькин // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. -1995.-№ 5.-С. 77−80.
- Романова, JI.B. Солетолерантность и осмотический (солевой) стресс у возбудителя туляремии / JI.B. Романова, Н. Я. Шиманюк, С. Р. Саямов, А. К. Киселева и др. // Биотехнология. 2004. — № 6. — С. 27−33.
- Романова, JI.B. Francisells tularensis: некоторые аспекты экологии и диагностики: Автореферат дисс. на соиск. ученой степени доктора биол. наук / JI.B. Романова. Ростов-на-Дону, 2008. — 28 С.
- Романова, JI.B. Некультивируемые формы Francisella tulalensis / JI.B. Романова, Б. Н Мишанькин., H.JI. Пичурина, С. О. Водопьянов и др. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. — 2000. № 2. — С. 11−15.
- Сельков, Ю.А. Туляремия в Коми ССР / Ю. А. Сельков // Всесоюзная конференция «Актуальные проблемы профилактики туляремии». — М., 1991. -С. 167−168.
- Сосницкий, В.И. Туляремия на севере Европейской части России / В. И. Сосницкий, Р. В. Бузинов // ЗНиСО. 2004. — № 6. — С. 26−31.
- Спирин, А.С. Современная наука и биологическая безопасность / А. С. Спирин //Вестник РАН. 1997. — № 7. — С. 579−601.
- Тихенко, Н.И. Заболевания людей туляремией в природном очаге степного типа в Ставропольском крае / Н. И. Тихенко, Б. И. Левченко, А. Ф. Брюханов // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2000. — № 2. — С. 1516.
- Тихенко, Н.И. Природный очаг туляремии на Ставрополье и сопутствующие инфекции / Н. И. Тихенко, Б. И. Левченко, А. Ф. Брюханов // Актуальные проблемы эпидемиологической безопасности. — Ставрополь, 2002. С. 278−280
- Устин-Петрова, Т.Ф. К эпидемиологии туляремии в природных очагах Краснодарского края. / Т.Ф. Устин-Петрова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1964. — № 4. — С. 117−122
- Черкасский, Б.Л. Руководство по общей эпидемиологии / Б. Л. Черкасский // М.: Медицина, 2001. — С. 224−228.
- Шагинян, И.А. Генетические маркеры в эпидемиологии бактериальных инфекций / И. А. Шагинян, М. М. Першина // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1997. — № 4. — С. 54−79.
- Шагинян, И.А. Генетическое типирование штаммов рода Francisella с помощью универсальных зондов / И. А. Шагинян, Л. В. Комиссарова, Г. И. Алешкин // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. -1997.- № 6. -С. 76−81.
- Шагинян, И.А. Геномный полиморфизм в решении фундаментальных и прикладных проблем микробиологии и эпидемиологии / И. А. Шагинян // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1996. — № 3. — С. 21- 24.
- Шагинян, И.А. Геномный полиморфизм возбудителей бактериальных инфекций / И. А. Шагинян, А. Л. Гинцбург // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1991. — № 12. — С. 3−9.
- Шагинян, И.А. Молекулярно-генетические технологии в изучении эволюции возбудителей инфекционных заболеваний / И. А. Шагинян, А. Л. Гинцбург // «Генодиагностика инфекционных болезней», М., 2004. — Том 2. -С. 145−149.
- Шагинян, И.А. ПЦР-генетическое типирование патогенных микроорганизмов / И. А. Шагинян, А. Л. Гинцбург // Генетика. 1995. — № 5. — С. 600 610.
- Ягодинский, В.Н. Динамика эпидемического процесса / В.Н. Ягодин-ский // М.: Медицина, 1977. — 240 с.
- Abd, H. Survival and growth of Francisella tularensis in Acanthamoeba castellanii / H. Abd, T. Johansson, I. Golovliov, G. Sandstrom et al. // Appl. Envir. Microbiol. 2003. — Vol. 69, N 1. — P. 600 — 606.
- Adair, D.M. Diversity in variable number tandem repeat from Yersinia res-tis / D.M. Adair, P.I. Worsham, K.K. Hill // J. Clin. Microbiol. 2000. — Vol. 38, N 4.-P. 1516−1519.
- Akopyanz, N. DNA diversity among clinical isolates of Helicobacter pylory detected by PCR-based RAPD fingerprinting / N. Akopyanz, N.O. Bukanov, T.U. Westblom, S. Kresovich et al. // Nucleic Acids Res. 1992. — Vol. 20, N 19. — P. 5137−5142.
- Anonymous. ГИС для борьбы с биотерроризмом / Anonymous // ArcRe-view. 2003. — N 3. — С. 9- 10.
- Appuhamy, S. Genomic fingerprinting of Haemophilus somnus by a combination of PCR methods / S. Appuhamy, R. Parton, J.G. Coote, H.A. Gibbs // J. Clin. Microbiol. 1997. — Vol. 35, N 1. — P. 288−291.
- Austin, B. Identification and typing Vibrio anguillarum: a comparison of methods./ B. Austin, M. Alsina, D.A. Austin, A.R. Blanch et al. // Syst. Appl. Microbiol. 1995. -Vol.18. — P. 285 — 302.
- Barns, S.M. Detection of diverse new Francisella like bacteria in environment samples / S.M. Barns, C.C. Grow, R.T. Okinaka, P. Keim et al. // Appl. Environm. Microbiol. — 2005. — Vol. 71, N 9. — P. 5494−5500.
- Beckstrom-Sternberg, S.M. Complete genomic characterization of a pathogenic All strain of Francisella tularensis subspecies tularensis / S.M. Beckstrom-Sternberg, R.K. Auerbach, S. Godbole, J.V. Pearson et al. // PLoS ONE. 2007. -Vol.2, N9.-P. 947.
- Belkum van, A. Role of genomic typing in taxonomy evolutionary genetics and microbial epidemiology / A. van Belkum, M. Struelens, A. Visser, H. Verbrugh et al. // J. Clin. Microbiol. 2001. — Vol. 14, N 3. — P. 547−560.
- Belkum, van A. Short-sequence DNA repeats in prokaryotic genomes / A. van Belkum, S. Scherer, L. van Alphen, H. Verbrugh // J. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998. — Vol. 62, N 2. — P. 275 -293.
- Belkum, van A. Typing of Legionella pneumophila strains by polymerase chain reaction-mediated DNA fingerprinting / A. van Belkum, M. Struelens, W. Quint // J. Clin. Microbiol. 1993. — Vol. 31, N 8. — P. 2198−2200.
- Berdal, B. P. Field investigators of tularemia in Norway / B.P. Berdal, R. Mehl, N.K. Meidell, A. Lorentzen-Styr et al. // FEMS Immunol. Med. Microbiol.1996.-Vol. 13, N3.-P. 191−195.
- Bossi, P. Bioterrorosm: management of major biological agents. / P. Bossi, D. Garin, A. Guihot, F. Gay // Cell Mol. Life Sci. 2006. — Vol. 63. — P. 2196 -2212.
- Burch, C. L. Antigenic variation in Neisseria gonorrhoeae: production of multuple polysaccharides. / C.L. Burch, R.J. Danaher, D.C. Stein // J. Bacteriol.1997. Vol. 179, N 2. — P. 982−986.
- Caetano-Anolles, G. DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers / G. Caetano-Anolles, В J. Bassam, P.M. Gresshoff // BioTechnology. 1991. — Vol. 9, N 6. — P. 553−557.
- Carvalho, de I.L. Francisella tularensis, Portugal. / I.L. de Carvalho, R. Es-cudero, C. Garcia-Amil, H. Falcao et al. // Emerg. Infect. Dis. 2007. — Vol.13, N 4. — P. 666−667.
- Caskey, C.T. Triplet repeat mutations in human disease. / C.T. Caskey, A. Pizzuti, Y. Fu // Science. 1992. — Vol. 256, N 5. — P. 784 -789.
- Chomczynski, P. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyatate-phenol-chlorophorm extraction / R. Chomczynski, N. Sacchi // Anal. Biochem. 1987. — Vol. 162, N 1.- P.156 — 159.
- Clarridge, J. E. Characterization of two unusual clinically significant Francisella strains / J.E. Clarridge, TJ. Raich, A. Sjostedt, G. Sandstrom et al. // J. Clin. Microbiol. 1996. — Vol. 34, N 8. — P. 1995−2000.
- Dahouk, A.S. Evaluation of Brucella MLVA typing for human brucellosis / A.S. Dahouk, P.L. Fleche, K. Nockler, I. Jacques et al. // J. Microbiol. Methods. -2007. Vol. 69, N 1. — P. 137−145.
- Davidson, F. Survey of major genotypes and subtypes of hepatitis С vims using RFLP of sequences amplified from the 5' non-coding region / F. Davidson, P. Simmonds, J.C. Ferguson, L.D. Jarvis // J. Gen. Virol. 1995. — Vol. 76, N 5. — P. 1197−1204.
- Eisen, R.J. Residence-linked human plague in New Mexico: a habitat- suitability model / R.J. Eisen, P. J. Reynolds, P. Ettestad, T. Brown et al.// Am. J. Trop. Med. Hyg.-2007.-Vol. 77, N 1.-P.121 -125.
- Ellis, J. Tularemia / J. Ellis, C.F. Oyston, M. Green, R.W. Titball // Clin. Microbiol. Rev. 2002. — Vol. 15, N 4. — P. 631−646.
- Farlow, J.K. Francisella tularensis in the United States / J.K. Farlow, D.M. Wagner, M. Dukerich, M. Stanley et al. // Emerg. Infect. Dis. 2005. — Vol. 11. — P. 1835−1841.
- Farlow, J. K. Francisella tularensis strain typing using multiple-locus, variable number tandem repeat analysis / J.K. Farlow, L. Smith, J. Wong, M. Abrams et al. // J. Clin. Microbiol. 2001. — Vol. 39, N 9. — P. 3186−3192.
- Fey, P.D. Molecular analysis of Francisella tularensis subspecies tularensis and holarctica / P.D. Fey, M.M. Dempsey, M.E. Olson, M.S. Chrustowski et al. // Am. J. Clin. Pathol. 2007 — Vol. 128. — N. 6. — P. 926−935.
- Fleche, P. L. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus antracis / P.L. Fleche, Y. Hauck, L. Onteniente, A. Prieur et al. // BMC Microbiology. 2001. — N 3. — P. 1−2.
- Fleming, G. Fuzzy expert systems and GIS for cholera health risk prediction in southern Africa // G. Fleming, M. van der Merve, G. McFerren // Environ. Modelling & Software. 2007. — Vol. 22. — P. 442 — 448.
- Forsman, M. Identification of Francisella species and discrimination of type A and type В strains of F. tularensis by 16S rRNA analysis / M. Forsman, G. Sandstrom, B. Jaurin // Appl. Environ. Microbiol. 1990. — Vol. 56, N 4. — P. 949 955.
- Fouet K.L. Diversity among French Bacillus anthracis isolates / A. Fouet, K.L. Smith, C. Keys, J. Vaissaire et al. // J. Clin. Microbiol. 2002. — Vol. 40, N 12. — P. 4732−4734.
- Frenay, H.M.E. Molecular typing of methicillin resistant Staphylococcus aureus on the basis of protein A gene polymorphisms. / H.M.E. Frenay, A.E. Bun-schoten, L.M. Schouls // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis.. 1996. — Vol. 15, N l.-P. 60−64.
- Frothingham, R. Genetic diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex based on variable numbers of tandem DNA repeats / R. Frothingham, W.A. Meeker-O'Connell // Microbiology. 1998. — Vol. 144, N 5. — P. 1189−1196.
- Fujita, O. Development of a real-time PCR assay for detection and quanti-fiation of Francisella tularensis / O. Fujita, M. Tatsumi, K. Tanabayashi, A. Ya-mada // Jpn. Infect. Dis. 2006. — Vol. 59. — P. 46 — 51.
- Gilson E. A family of interspersed of extragenic palindromic DNA sequences in E. coli / E. Gilson, J.M. Clement, D. Brutlag, D. Hofnung // EMBO J. -1984.-Vol. 3.-P. 1417−1421.
- Greub, G. Microorganisms resistant to free-living amaebae / G. Greub, D. Raoult // Microbiol. Rev. 2004. — Vol. 17, N 2. — P. 413−433.
- Gurcan, S. Tularemia re-emerging in European part of Turkey after 60 years / S. Gurcan, M. Eskiocak, G. Varol // Jpn. J. Infect. Dis. 2006. — Vol. 59, N 12. — P. 391 -393.
- Gurycova, D. First isolation of Francisella tularensis subsp. tularensis in Europe / D. Gurycova // Eur. J. Epidemiol. 1998. — Vol. 14, N 12. — P. 797−802.
- Haber, J. E. Minisatellite origins in yeast and humans / J.E. Haber, E.J. Louis // Genomics. 1998. — Vol. 48, N 2. — P. 132−135.
- Hauge, X.Y.A study of the origin of’shadow bands' seen when typing dinu-cleotide repeat polymorphisms by the PCR. / X.Y. Hauge, M. Litt // Hum. Mol. Genet. 1993. — Vol. 2, N 4. — P. 411 — 415.
- Hoffmaster, A.R. Molecular subtyping of Bacillus anthracis and the 2001 bioteiTorism-associated anthrax outbreak, United States / A.R. Hoffmaster, C.C. Fitzgerald, E. Ribot, L.W. Mayer et al. // Emerg. Infect. Dis. 2002. — Vol. 8. — P. 1111−1116.
- Hulton, C.S.J. ERIC sequence: a novel family of repetitive elements in the genomes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium and other enterobacteria /
- C.S.J. Hulton, C.F. Higgins, P.M. Sharp // Mol. Microbiol. 1991. — Vol. 5, N 4. -P. 825−834.
- Kaysser, P. Re-emergence of tularemia in Germany: Presence of Francisella tularensis in different rodent species in endemic areas / P. Kaysser, E. Sei-bold, K. Matz-Renzing, M. Pfeffer et al. // BMC Infect. Dis. 2008. — Vol. 8. — P. 157
- Keim, P. Dissection of Bacillus anthracis in to distinct type using MLVA / P. Keim, G. Zinser, D. Solomon // 4 Internat. Conf. on Anthrax. USA, 2001. — P. 16.
- Keim, P. Molecular investigation of the Aum shinrikyo anthrax release in Kameido, Japan / P. Keim, K. L. Smith, C. Keys, H. Takahashi et al. // J. Clin. Microbiol. 2001. — Vol. 39, N 12. — P. 4566−4567.
- Kim, G.P. Prognostic role of microsatellite instability in colon cancer / G.P. Kim, L. Colangelo, C. Allegra et al. // Proc. Am. Soc Clin. Oncol. 2001. — Vol. 20.-P 1666.
- Kimura, B. Multiple-locus variable-number of tandem-repeats analysis distinguishes Vibrio parahaemolyticus pandemic 03: K6 strains / B. Kimura, Y. Se-kine, H. Takahashi, Y. Tanaka et al. // J. Microbiol. Methods. 2008. — Vol 72, N 3. -P. 313−320.
- Kitron, U. Geographic information system in malaria surveillance: mosquito breeding and imported cases in Israel, 1992 / U. Kitron, H. Pener, C. Costin, L. Orshan et al. // Am. J. Trop. Med. Hyg. 1994. — Vol. 50, N 5. — P. 550−556.
- Klevytska, A. M. Identification and characterization of variable number tandem repeats in the Yersinia restis genome / A.M. Klevytska, L.B. Price, J.M. Schupp, P.L. Worsham et al. // J. Clin. Microbiol. 2001. — Vol. 39, N 9. — P. 31 793 185.
- Kugeler, K.J. Real-time PCR for Francisella tularensis types A and В / K.J. Kugeler, R. Pappert, Y. Zhou, J.M. Peterson // Emerg. Infect. Dis. 2006. — Vol. 12.-P. 1799- 1801.
- Kwon, D.H. Rep-PCR fragments as biomarkers for differentiating gastro-duodenal disease- specific Helicobacter pylori / D.H. Kwon, F.A.K. El-Zaatari, J.S. Woo, C.I. Perng et al. // Dig. Dis. Sci. 1998. — Vol. 43.- P. 980 — 987.
- Lai, P. C. Understanding the spatial clustering of severe acute respiratory syndrome (SARS) in Hong Kong / P.C. Lai, C.M. Wong, A.J. Hedley, S.V. Lo et al. //Environ. Health Perspect. 2004. — Vol. 112, N 11. — P. 1550−1556.
- Laroucau, K. High resolution typing of Chlamydophila psittaci by multilo-cus VNTR analysis (MLVA) / K. Laroucau, S. Thierry, F. Vorimore, K. Blanco et al.//Infect. Genet. Evol. 2008. — Vol. 8, N 2.-P. 171−181.
- Larsson, P. The complete genome sequence of Francisella tularensis, the causative agent of tularemia / P. Larsson, P.C. Oyston, P. Chain, M.C. Chu et al. // Nat. Genet. 2005. — Vol. 37, N 2. — P. 153−159.
- Le Fleche, P. High resolution, on-line identification of strains from the Mycobacterium tuberculosis complex based on tandem repeat typing / P. Le Fleche, M. Fabre, F. Denoeud, J.L. Koeck et al. // BMC Microbiol. 2002. — Vol. 2:11.
- Leach, F.S. Mutations of a MutS homolog in hereditaiy nonpolyposis colorectal cancer. / F.S. Leach, N.C. Nicolaides, N. Papadopoulos // Cell. 1993. — Vol. 75, N 12.-P. 1215−1225.
- Lehmann, P.F. Protein and enzyme electrophoresis profiles of selected Candida species / P.F. Lehmann, C. Hsiao, I.F. Salkin // J. Clin. Microbiol. 1989. -Vol. 27, N3.-P. 400−404.
- Li, H. Investigation of putative multisubtype hepatitis С virus infections in vivo by heteroduplex mobility analysis of core/envelope subgenomes/ H. Li, L.V. Thomassen, A. Majid, B.J. McMahon et al. // J. Virol. 2008. — Vol. 82, N 15. -P.7524 — 7532.
- Li, Y.C. Microsatellites within genes: structure, function and evolution / Y.C. Li, A.B. Korol, T. Fahima, E. Nevo // Mol. Biol. Evol. 2004. — Vol.21, N 6. -P. 991−1007.
- Li, Y.C. Microsatellites: Genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: review / Y.C. Li // Mol. Ecol. 2002. — N 11. — P. 2453 — 2465.
- Lista, F. Genotyping of Bacillus anthracis strain based on automated capillary 25-loci multiple locus variable-number tandem repeats analysis / F. Lista, G. Faggioni, S. Valjevac, A. Ciammaruconi et al. // BMC Microbiology. 2006. -Vol.6: 33
- Liu, L. GAA trinucleotide repeat region regulates M9/pMGA gene expression in Mycoplasma gallisepticum / L. Liu, K. Dybvig, V.S. Panangala, V.L. van Santen et al Л Infection and Immunity. 2000. — Vol. 68. — P. 271 — 276.
- Marinov, K.T. Characterization and genotyping of strains of Francisella tularensis isolated in Bulgaria / K.T. Marinov, E.D. Georgieva, I.N. Ivanov, T.V. Kantardjiev // J. Med. Microbiol. 2009. — N 1. — P. 82 — 85.
- Martin, B. A highly conserved repeated DNA element located in the chromosome of Streptococcus pneumoniae / B. Martin, O. Humbert, M. Camara, E. Guenzi et al. // Nucleic Acids Res. 1992. — Vol. 20, N 7. — P. 3479−3483.
- McAvin, J.C. Identification of Francisella tularensis using real-time fluorescence polymerase chain reaction / J.C. McAvin, M.M. Morton, R.M. Roudabush, D.H. Atchley et al. // Mil. Med. 2004, — Vol. 169, N4.- P.330 — 333.
- McClelland, M. Arbitrarily primed PCR fingerprints resolved on SSCP gels / M. McClelland, H. Arensdorf, R. Cheng, J. Welsh // Nucleic Acids Res. 1994. -Vol. 22, N9.-P. 1770−1771.
- Metzgar, D. Selection against frameshift mutation limits microsatellite expansion in coding DNA / D. Metzgar, G. Bytof, C. Wills // Genome Res. 2000. -Vol. 10.-P.72 -80.
- Morgante, M. Microsatellites are preferentially associated with nonrepetive DNA in plants / M. Morgante, M. Hanafey, W. Powell // Nat. Genet. 2002. — Vol. 30.-P. 194 -200.
- Moxon, E.R. Adaptive evolution of highly mutable loci in pathogenic bacteria / E.R. Moxon, P.B. Rainey, M.A. Nowak, R.E. Lenski // Curr. Biol. 1994. -Vol. 4.-P. 24−33.
- Molins-Schneekloth, C.R. Genomic markers for differentiation of Francisella tularensis subsp. tularensis A. I and A. II strains / C.R. Molins-Schneekloth, J.T. Belisle, J.M. Peterson // Appl. Environ. Microbiol. 2008. — Vol. 74, N 1. — P. 336−341.
- Nakamura, Y. Variable number of tandem repeat (VNTR) markers for human gene mapping / Y. Nakamura, M. Leppert, P. O’Connell, R.H. Wolff // Science. 1987. — Vol. 27, N 5. — P. 1616−1622.
- Noller, A. C. Multilocus variable number tandem repeat analysis distinguishes outbreak and sporadic Escherihia coli 0157: H7 isolates / A.C. Noller, M.C. McEllistrem, A.G.F. Pacheco // J. Clin. Microbiol. 2003. — Vol. 41, N 12. -P. 5389−5397.
- Olive, D. M. Principles and applications of methods for DNA-based typing of microbial organisms / D. M. Olive, P. Bean // J. Clin. Microbiol. 1999. — Vol. 37, N6.-P. 1661−1669.
- Orti', G. Phylogenetic assessment of length variation at a microsatellite locus. / G. Orti, D. E. Pearse, J. C. Avise // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1997. Vol. 94.-P. 10 745- 10 749.
- Parker, R.R. Contamination of natural waters and mud with Pasteurella tularensis / Parker R.R., Steinhaus E.A., Kohls G.M., Jellison W.L. // Natl. Inst. Health Bull.-1951.-V. 193.-P. 7−33.
- Pearson, T. VNTR analysis of selected outbreaks of Burkholderia pseu-domallei in Australia / T. Pearson, J.M. U’Ren, J.M. Schupp, G.J. Allan et al. I I Infect. Genet. Evol. 2007. — Vol 7, N.4. — P. 416−423.
- Pedersen, S. Tularemia acquired in Danmark by an eight-year-old child / S. Pedersen, S. Bocher, P. Schiellerup, K. Andersen et al. // Ugeskr. Laeger. 2005. -Vol. 167, N7.-P. 773−774.
- Petersen, J. M. Tularemia: emergence/re-emergence / J. M. Petersen, M. E. Schriefer // Vet. Res. 2005. — Vol. 36, N 3. — P. 455 -467.
- Petrosino, J.F. Chromosome rearrangement and diversification of Francisella tularensis revealed by the type В (OSU18) genome sequence / J.F. Petrosino, Q. Xiang, S.E. Karpathy, H. Jiang et al. // J. Bacteriol. 2006. — Vol.188, N 19.-P. 6977−6985.
- Pikula, J. Ecological conditions of natural foci of tularemia in the Czech Republic / T.F. Pikula, M. Beklova, Z. Holesovska, J. Pikulova // Eur. J. Epidemiol.- 2003. Vol. 18, N 11. — P. 1091−1095.
- Rinaldi, L. Canine faecal contamination and parasitic risk in the city of Naples (southern Italy) / L. Rinaldi, A. Biggeri, S. Carbone, V. Musella et al. // BMC Veterinary Res. 2006. — Vol. 2.- p. 29 doi: 10.1186/1746−6148/2/29
- Roche, R.D. Phentyping variation in H. influenzae: the interrelationship of colony opacity, capsule and lipopolysaccharide. / R.D. Roche, E.R. Moxon // Mi-crob. Pathog. 1995. — Vol. 18, N 2. — P. 129 — 140.
- Rolfhamre, P. Implementing a public web based GIS service for feedback of surveillance data on communicable diseases in Sweden / P. Rolfhamre, K. Grabowska, K. Ekdahl // BMC Infect. Dis. 2004. — Vol. 4. — P. 17.
- Rotz, L.D. Public health assessment of potential biological terrorism agents / L.D. Rotz, A.S. Khan, S.R. Lillibridge, S.M. Ostroff et al. // Emerg. Infect. Dis. -2002. Vol. 8. — P. 225−230.
- Sellek, R. Recovery of Francisells tularensis from soil samples by filtration and detection by real-time PCR and cELISA / R. Sellek, O. Jimenez, C. Aizpurua, B. Fernandez-Frutoz et al. // J. Environ. Monit. 2008. — Vol. 10, N 3. — P. 362 369.
- Schlotterer, C. Genome evolution: are microsatellites really simple sequences? / C. Schlotterer. // Curr. Biol. 1998. — Vol.8, N 4. — P. R132-R134.
- Schlotterer, С. Slippage synthesis of simple sequence DNA. / C. Schlot-terer, D. Tautz. //Nucleic Acids Res. 1992. — Vol.20, N 2. — P.211−215.
- Sharpies, G. J. A novel repeated DNA sequence located in the intergenic regions of bacterial chromosomes / G.J. Sharpies, R.G. Lloyd //Nucleic Acids Res. 1990. — Vol. 18, N 22. — P. 6503−6508.
- Smith, K.L. Bacillus anthracis diversity in Kruger National Park / K.L. Smith, V. DeVos, H. Biyden // J. Clin. Microbiol. 2000. — Vol. 38, N 10. — P. 3780−3784.
- Sorokin, V.M. Chemical composition and structure of Francisella tularensis lipopolysaccharide / V.M. Sorokin, L.A. Prozorova, N.V. Pavlovich //. 2000. The 3rd Intemat. Conf. on Tularemia .Umea, Sweden. — P. 34.
- Stern, M. Repetitive extragenic palindromic sequences: a major component of the bacterial genome / M. Stern, G.F.I. Ames, N.H. Smith, E.C. Robinson et al. // Cell. 1984. — Vol.37. — P. 1015 — 1026.
- Strand, M. Destabilization of tracts of simple repetitive DNA in yeast by mutations affecting DNA mismatch repair / M. Strand, T.A. Prolla, R.M. Liskay, T.D. Petes // Nature. 1993. — Vol. 365. — P. 274 -276.
- Staples, J. E. Epidemiologic and molecular analysis of human tularemia. United States, 1964 -2004 / J.E. Staples, K.A. Kubota, L.G. Chalcraft, P. S. Mead et al.// Emerg. Infect Dis. 2006. — Vol. 12. — P. l 113 -1118.
- Struelens, M. J. Consensus guidelines for appropriate use and evaluation of microbial epidemiological typing system / M. J. Struelens, A. Bauernfeind, A. van Belkum // Clin. Microbiol. Infect. 1996. — Vol. 2, N 8. — P. 2−11.
- Svensson, K. Evolution of subspecies of Francisella tularensis / K. Swens-son, P. Larsson, D. Johansson, M. Bystrom et al. // J. Bacteriol. 2005. — Vol. 187, N 11. — P. 3903 -3908.
- Tarnvik, A. Tularemia in Europe: an epidemiological overview / A. Tarn-vik, H. Priebe, R. Grunow // Scand. J. Infect. Dis. 2004. — Vol. 36. 5. — P. 350−355.
- Templeton, A.R. Recombinational and mutational hot spot within the human lipoprotein lipase gene/ A.R. Templeton, A.G. Clark, K.M. Weiss, D.A. Vick-erson et al. // Amer. J. Human Genet. 2000.- Vol. 66.- P. 69−83.
- Thomas, R. Discrimination of human pathogenic subspecies of Francisella tularensis by using restriction fragment length polymorphism / R. Thomas, A. Johansson, B. Neeson // J. Clin. Microbiol. 2003. — Vol. 41, N 1. — P. 50−57.
- Thompson, F.L. Biodiversity of Vibrio / F.L. Thompson, T. Iida, J. Swings // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004. — Vol. 68, N 3.- P.403 — 431.
- Titball, R.W. Will the enigma of Francisella tularensis virulence soon be solved? / R.W. Titball, A. Johansson, M. Forsman // Trends in Microbiol. 2003. -Vol. 11, N3.-P. 118−123.
- Troesch, A. Mycobacterium species identification and rifampin resistance testing with high-density DNA probe arrays / A. Troesch, H. Nguyen, C.G. Miyada, S. Desvarenne et al. // J. Clin. Microbiol. 1999. — Vol. 37, N 1. — P. 49−55.
- Tyagi, S. Molecular beacon: probes that fluoresce upon hybridization / S. Tyagi, F.R. Kramer// Nat. Biotechnol. 1996. — N 14, 3. — P. 303 — 308.
- Valenciano, M. Strengthening early warning function of surveillance in the Republic of Serbia: lessons learned after a year of implementation / M. Valenciano, I. Bergeri, D. Jankovic, N. Milic et al. // Euro. Surveill. 2004. — Vol. 9, N 5. — P. 24−26.
- Varma-Bazil, M. Molecular beacons for multiplex detection of four bacterial bioterrorism agents / M. Varma-Bazil, H. El-Hajj, S.A. Man-as, M.H. Hazbon et al. // Clin. Chem. 2004. — Vol. 50. — P. 1060 — 1062.
- Versalovic, J. Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes / J. Versalovic, T. Koeuth, J.R. Lupski //Nucleic Acids Res. 1991. — Vol. 19, N 24. — P. 6823−6831.
- Vodopyanov, A.S. Variable number tandem repeats revealed by computer analysis of the Vibrio cholerae genome / A.S. Vodopyanov, S.O. Vodopyanov, M. B. Mishankin, I.Y. Suchkov et al. // Russian J. Biotechnol. 2001. — Vol. 1, N 4. -P. 281−283.
- Vogler, A.J. Effect of repeat copy number on variable number tandem repeat mutations in Escherichia coli 0157: H7. / A.J. Vogler, C. Keys, Y. Nemoto, R.E. Colman et al. // J. Bacteriol. 2006. — Vol.188, N 12. — P.4253−4263.
- Vogler, A.J. An optimised, multiplexed multi-locus variable-number tandem repeat analysis system for genotyping Francisella tularensis / A.J. Vogel, D. Birdsell, D.M. Wagner, P. Keim // Letters Appl. Microbiol.- 2009. Vol. 148. — P. 140−144.
- Weiser, J.N. Characterization of repetitive sequences controlling phase variation of Hemophilus influenzae lipopolysacharide. / J.N. Weiser, D.J. Maskell, PJ. Butler // J. Bacteriol. 1990. — Vol. 172, N 6. — P. 3304 — 3309.
- Weiser, J. N. The molecular mechanism of phase variation of H. influenzae lipopolysaccharide. / J.N. Weiser, J.M. Love, E.R. Moxon // Cell. 1989. — Vol. 59, N11.-P. 657−665.
- Welsh, J. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers / J. Welsh, M. McClelland // Nucleic Acids Res. 1990. — Vol. 18, N 24. — P. 72 137 218.
- Whipp, M.J. Characterization of a novicida-like subspecies of Francisella tularensis isolated in Australia / M.J. Whipp, J.M. Davies, G. Lum, В J. de, Y. Zhou et al. // J. Med. Microbiol. 2003. — Vol. 52, N 52. — P. 839−842.
- Whittaker, P. Evaluation of use of fatty acid profiles to identify Francisella tularensis / P. Whittaker, J.B. Day, S.K. Curtis, F.S. Fry // J. AOAC Int. 2007. -Vol. 90, N 2. — P. 465 -469.
- Williams, J. G. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers / J.G. Williams, A.R. Kubelik, K.R. Livak // Nucleic Acids Res. 1990. — Vol. 18, N 22. — P. 6531−6535.
- Willke, A. An outbreak of oropharyngeal tularaemia linked to natural spring water / A. Willke, M. Meric, R. Granow, M. Sayan et al. // J. Med. Microbiol. -2009. N 1. — P. 112- 116.
- Yang, Y. DNA gyrase binds to the family of prokaryotic repetitive ex-tragenic palindromic sequences / Y. Yang, G.F.I. Ames // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. — Vol. 85. — P. 8850 — 8854.
- Yother, J. Structural properties and evolutionary relationship of PspA, of surface protein of Streptococcus pneumoniae, as revealed by sequence analysis. / J. Yother, D.E. Briles // J. Bacteriol. 1992. — Vol. 174, N 2. — P. 601- 609.
- Zhang, F. Francisella tularensis in rodents, China. / F. Zhang, W. Liu, M.C. Chu, J. He et al. // Emerg. Infect. Dis. 2006. — Vol. 12, N 6. — P. 994 -996.