Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Молекулярно-генетическая характеристика последовательности HS.633957 человека

Диссертация: Молекулярно-генетическая характеристика последовательности HS.633957 человека
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

В заключение я выражаю благодарность своему научному руководителю А. П. Козлову за предоставленную возможность выполнить данную работу, за оказанное содействие и руководство. Я благодарю Круковскую Л. Л. и Носову Ю. К. за содействие и поддержку при выполнении работы, Машарского А. Э. за помощь в секвенировании, Мурашёва Б. В. за ценные советы, а также весь коллектив «Биомедицинского центра… Читать ещё >

Молекулярно-генетическая характеристика последовательности HS.633957 человека (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • Список сокращений и обозначений
  • Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1. 1. Геном человека
    • 1. 2. Регуляция транскрипции генов
      • 1. 2. 1. Регуляторные элементы генов
      • 1. 2. 2. Регуляция транскрипции генов за счёт метилирования ДНК
      • 1. 2. 3. Регуляция транскрипции генов за счёт модификаций хроматина
      • 1. 2. 4. Роль клеточного протоонкогена с-Мус в регуляции транскрипции генов
    • 1. 3. Некодирующие РНК
      • 1. 3. 1. История обнаружения миРНК
      • 1. 3. 2. Функции миРНК
      • 1. 3. 3. Основные признаки миРНК
    • 1. 4. РНК-маркёры опухолей
  • Глава 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ
  • Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
    • 3. 1. Результаты анализа структуры кластера Нэ.633 957 базы данных ипЮепе
    • 3. 2. Результаты экспериментальной проверка экспрессии локуса Ш. 633 957 в нормальных и опухолевых тканях
    • 3. 3. Определение первичной структуры транскриптов локуса №
    • 3. 4. Определение основной сплайсинговой формы РНК
    • 3. 5. Анализ открытых рамок считывания
    • 3. 6. Анализ вторичной структуры РНК
    • 3. 7. Поиск потенциальных мишеней предсказанной миРНК
    • 3. 8. Изучение регуляторных участков локуса
    • 3. 9. Модификации хроматина в районе локуса Hs
  • ЗЛО Связь хроматина в районе первого экзона локуса Hs.633 957 с транскрипционными факторами
    • 3. 11. Идентификация сайтов связывания транскрипционного фактора с-Мус
    • 3. 12. Филогенетический анализ локуса Hs
    • 3. 13. Поиск гомологичных транскриптов
    • 3. 14. Происхождение повторов L2 и AluJo в локусе Hs
    • 3. 15. Происхождение шпильки пре-миРНК Hs
  • Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ
    • 4. 1. Локус Hs.633 957 транскрибируется с образованием различных форм транскрипта, но имеет одну доминирующую форму
    • 4. 2. В локусе Hs.633 957 закодирована миРНК, потенциально способная регулировать экспрессию гена DPYS
    • 4. 3. Экспрессия локуса Hs.633 957 обусловлена Мус-зависимым промотором, специфическим для приматов
    • 4. 4. Структурная и регуляторные области гена миРНК Hs.633 957 произошли de novo у приматов
    • 4. 5. Последовательность Hs.633 957 как онкомаркер

В' 2001 году двумя независимыми группами исследователей были опубликованы черновые данные по секвенированию генома человека (Lander et al., 2001; Venter et al., 2001) — в 2003 году завершился проект по расшифровке генома человека The Human Genome> Project. На сегодняшний день полностью отсеквенировано уже несколько индивидуальных человеческих геномов (Levy et al., 2007; Wheeler et al., 2008; Bentley et al, 2008; Wang et al., 2008; Ley et al., 2008; Ahn et al., 2009; Kim et al., 2009; McKernan et al., 2009; Drmanac, et al., 2010). Согласно данным по секвенированию размер гаплоидного генома человека составляет около 3*109 п.н., из которых только 5% относится к белок-кодирующим областям (Lander et al., 2001), тогда как транскрибируется 74−93% всего генома человека (Birney et al., 2007). Очевидно, что^ основная часть транскриптов не кодирует белки. Возможно, они имеют некие регуляторные функции, но какие именно, в большинстве случаев мы не знаем, поэтому аннотация транскрибируемых участков генома человека остаётся актуальной задачей.

Одним из неаннотированных транскрибируемых участков генома человека является локус Hs.633 957, ставший объектом данного исследования. Предпосылкой его изучения явились теоретические работы А. П. Козлова, в которых он развивает гипотезу об эволюционной роли опухолей в возникновении новых клеточных типов, получившей недавно название «эволюция путём дифференцировки опухолевых клеток» (Kozlov, 1979, 1996, 2010; Kozlov et al., 1992; Козлов, 1976, 1983, 1987, 2008). Согласно этой гипотезе, неоплазмы предоставляют пространство и ресурсы для экспрессии и апробации новых генов, которые не могут проявится в нормальных тканях в силу отлаженной там регуляции экспрессии. Одним из основных следствий данной гипотезы является предсказание активации экспрессии множества молчащих участков генома в опухолях. Данное следствие в дальнейшем получило подтверждение.

В 2001 г. была опубликована статья с описанием нового подхода к поиску нуклеотидных последовательностей с онкоспецифическим характером экспрессии посредством анализа общедоступных баз данных клонотек кДНК (Baranova et al., 2001). Новизна подхода заключалась в том, что, вместо попарного сравнения опухоль-норма для каждой ткани, сравнивали все клонотеки кДНК, полученные из всех типов опухолей, со всеми клонотеками кДНК из всех возможных нормальных тканей. Всего для сравнения было использовано порядка 2 млн. последовательностей из 4 ООО клонотек кДНК. В результате был выявлен целый ряд последовательностей с опухолеспецифической экспрессией, которые потенциально могут быть онкомаркерами широкого профиля. Часть полученных результатов была подтверждена экспериментально методом ПЦР на панелях кДНК из различных нормальных и опухолевых тканей (Krukovskaja et al., 2005; Palena et al., 2007; Круковская и др., 2008).

Среди последовательностей с выраженной опухолевой экспрессией был локус, соответствующий кластеру Hs. l04073 по классификации базы данных UniGene. Данный кластер содержал 6 EST (от англ. Expressed Sequence Tagярлык экспрессирующейся последовательности), полученных из опухолевых клеток. Он был описан в базе как «транскрибируемый локус», поскольку входящие в него последовательности не кодируют белки, а их роль в организме не описана. Впоследствии, в ходе реструктуризации базы данных, кластер был расформирован, а основная часть составляющих его EST была перенесена в кластер Ils.633 957. Далее под локусом Hs.633 957 мы будем понимать участок 7 хромосомы человека, с которым выравниваются нуклеотидные последовательности EST, входящие в кластер Hs.633 957 базы данных UniGene. Основной, представительной, последовательностью кластера мы считаем EST.

ВХ119 057, имеющую идентификационные номера ВХ119 057.1 и 01:27 841 546 в базе данных вепВапк (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=nucleotide). Под транскриптом (РНК) №.633 957 мы будем понимать РНК-продукт локуса №.633 957.

Характер экспрессии локуса Не.633 957 вызывает к нему практический и теоретический интерес. Перед нами встали следующие вопросы: действительно ли локус экспрессируется только в опухолях и может быть использован как онкомаркер, за счёт чего это происходит, какова структура транскриптов локуса, кодирует ли он белок и может ли он иметь какую-то функцию в организме?

Целью данной работы является молекулярно-генстическая характеристика локуса человека, соответствующего кластеру №.633 957 базы данных ишОепе.

В соответствии с целью были поставлены следующие задачи:

1. Определить полную нуклеотидную последовательность РНК-продукта локуса №.633 957.

2. Выявить возможные альтернативные РНК-продукты данного локуса.

3. Описать регуляторную область локуса №.633 957.

4. Определить, в каких органах и тканях экспрессируется локус №.633 957.

5. Провести филогенетический анализ последовательности локуса №.633 957.

6. Определить функцию локуса 118.633 957.

Выводы.

1. Транскрибируемый локус №.633 957 является геном, кодирующим миРНК и характеризующимся повышенной экспрессией в опухолях.

2. Ген Ш. 633 957 имеет четыре точки старта транскрипции, а его РНК-продукт — четыре варианта сплайсинга и две возможных точки полиаденилирования.

3. Доминирующим РНК-продуктом данного гена является ВХ119 057-подобная форма РНК со сплайсингом по третьему З'-сплайс-акцепторному сайту первого интрона. с сохранением второго интрона и дистальной точкой полиаденилирования.

4. Экспрессия гена Нб.633 957 регулируется ОС-бокс-содержащим коровым промотором и проксимальным с-Мус-зависимым промоторным элементом.

5. Ген Ня. 633 957 впервые появился до расхождения приматов и тупайеобразных, а его регуляторные и функциональные элементы сформировались у общего предка человека и мартышки, т. е. до расхождения обезьян Старого и Нового света.

Благодарности.

В заключение я выражаю благодарность своему научному руководителю А. П. Козлову за предоставленную возможность выполнить данную работу, за оказанное содействие и руководство. Я благодарю Круковскую Л. Л. и Носову Ю. К. за содействие и поддержку при выполнении работы, Машарского А. Э. за помощь в секвенировании, Мурашёва Б. В. за ценные советы, а также весь коллектив «Биомедицинского центра» за создание дружеской атмосферы в лаборатории. Отдельно выражаю признательность доктору Чуди (С. Tchudi) из Йельского университета за предоставленную возможность выполнить часть работы в его лаборатории. Часть работы была выполнена при финансовой поддержке гранта Международного центра Фогарти (Fogarty International Center) (грант №D43TW1028).

Заключение

.

В данной работе мы изучали локуе №.633 957, который привлёк наше внимание, поскольку по данным, полученным т яШсо, транскрибируется опухолеспецифически. В ходе экспериментальных исследований мы показали, что в норме РНК-продукт локуса можно детектировать методом ОТ-ПЦР только в небольшом количестве органов взрослого человека (печень, сердце и некоторые отделы желудочно-кишечного тракта), при этом уровень экспрессии локуса в этих органах на пределе чувствительности метода. В то же время, мы обнаружили, что локус №.633 957 транскрибируется в большинстве доступных для исследования опухолевых тканей человека, а уровень его экспрессии в опухолях значительно превышает уровень экспрессии в норме.

Результаты анализа регуляторных последовательностей локуса №.633 957 свидетельствуют о том, что его экспрессия определяется, в первую очередь, коровым промотором, содержащим ОС-бокс, и Мус-зависимым проксимальным промотором. Наличие Мус-зависимого проксимального промотора может являться причиной повышенной экспрессии локуса в опухолях.

Мы выяснили, что существет несколько альтернативных форм РНК-продукта локуса Не.633 957, но одна из них всегда преобладает над остальными. На основании результатов структурного анализа транскрипта №.633 957 мы предположили, что в нормальных тканях человека РНК №.633 957 имеет регуляторную функцию, а именно — она является предшественницей миРНК, регулирующей трансляцию мРНК гена ОРУ8.

Возможность формирования вторичной структуры РНК, необходимой для образования предсказанной миРНК, возникла в ходе эволюции у общего предка обезьян Старого и Нового света, причём вместе с коровым и проксимальным промотором, и, возможно, сигналом терминации транскрипции. Одновременно у предков обезьян возник сайт-мишень в гене ОРУБ.

Таким образом, описанный нами локус представляет собой не что иное, как эволюционно новый регуляторный ген приматов, кодирующий миРНК.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Д. Канцерогенез. Москва: Научный Мир, 2000. 420 с.
  2. Н., Киселёв Ф. Деметилирование ДНК и канцерогенез. // Биохимия. 2005. Т. 70, № 7. С. 900−911.
  3. А. Генная конкуренция и возможная эволюционная роль опухолей и клеточных онкогенов // Теоретические и математические аспекты морфогенеза. Москва: Наука, 1987.
  4. А. Опухоли и эволюция // Вопросы онкологии. 2008. Т. 54, № 6. С. 695−705.
  5. А. Принципы многоуровневого развития организмов // Проблемы анализа биологических систем. Москва: МГУ, 1983.
  6. А. Регуляторные механизмы как выражение и результат эволюции конкурентных отношений между генами // Солёностные адаптации водных организмов. Ленинград: АН СССР, 1976. С. 237−248.
  7. Круковская JL и др. Изучение экспрессии транскрипционного фактора Brachyury (T) в нормальных и опухолевых тканях человека // Вопросы онкологии. 2008. Т. 54, № 6. С. 739−743.
  8. Д. и др. Экспрессия транскриптов, соответствующих кластеру
  9. Hs.633 957, в тканях и опухолях человека // Молекулярная биология. 2009. Т. 43, i1. С. 97−102.
  10. Н., Галачьянц Ю., Козлов А. Анализ эволюционной новизны последовательностей, экспрессирующихся в опухолях // Экологическая генетика. 2009. Т. 2, № 7. С. 26−37.
  11. Ahn S. et al. The first Korean genome sequence and analysis: full genome sequencing for a socio-ethnic group // Genome Res. 2009. V. 19, № 9. P. 1622−1629.
  12. Ai W., Liu Y., Wang T.C. Yin yang 1 (YY1) represses histidine decarboxylase gene expression with SREBP-la in part through an upstream Spl site // Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2006. V. 290, № 6. P. G1096−1104.
  13. Altschul S.F. et al. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25, № 17. P. 33 893 402.
  14. Altschul S.F. et al. Protein database searches using compositionally adjusted substitution matrices // FEBS J. 2005. V. 272, № 20. P. 5101−5109.
  15. Ambros V. et al. A uniform system for microRNA annotation // RNA. 2003. V. 9, № 3. P. 277−279.
  16. Ameres S.L. et al. Target RNA-directed trimming and tailing of small silencing RNAs // Science. 2010. V. 328, № 5985. P. 1534−1539.
  17. Baek D. et al. The impact of microRNAs on protein output // Nature. 2008. V. 455, № 7209. P. 64−71.
  18. Baker M. et al. The molecular detection of micrometastatic breast cancer // Am. J. Surg. 2003. V. 186, № 4. P. 351−358.
  19. Balch C. et al. Epigenetic «bivalently marked» process of cancer stem cell-driven tumorigenesis // Bioessays. 2007. V. 29, № 9. P. 842−845.
  20. Baranova A.V. et al. In silico screening for tumour-specific expressed sequences in human genome // FEBS Lett. 2001. V. 508, № 1. P. 143−148.
  21. Benson D.A. et al. GenBank: update // Nucleic Acids Res. 2004. V. 32, № Database issue. P. D23−26.
  22. Bentley D.R. et al. Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry // Nature. 2008. V. 456, № 7218. P. 53−59.
  23. Bentwich I. et al. Identification of hundreds of conserved and nonconserved human microRNAs // Nat. Genet. 2005. V. 37, № 7. P. 766−770.
  24. Bernstein B.E. et al. A bivalent chromatin structure marks key developmental genes in embryonic stem cells // Cell. 2006. V. 125, № 2. P. 315−326.
  25. Bernstein B.E. et al. Genomic maps and comparative analysis of histone modifications inhuman and mouse // Cell. 2005. V. 120, № 2. P. 169−181.
  26. Bieda M. et al. Unbiased location analysis of E2F1-binding sites suggests a widespread role for E2F1 in the human genome // Genome Res. 2006. V. 16, № 5. P. 595−605.
  27. Birbe R. et al. Guanylyl cyclase С is a marker of intestinal metaplasia, dysplasia, and adenocarcinoma of the gastrointestinal tract // Hum. Pathol. 2005. V. 36, № 2. P. 170−179.
  28. Birney E. et al. Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project // Nature. 2007. V. 447, № 7146. P. 799−816.
  29. Blackwell Т.К. et al. Binding of myc proteins to canonical and noncanonical DNA sequences // Mol. Cell. Biol. 1993. V. 13. № 9. P. 5216−5224.
  30. Blackwood E.M., Kadonaga J.T. Going the distance: a current view of enhancer action // Science. 1998. V. 281, № 5373. P. 60−63.
  31. Blanchette M. et al. Aligning multiple genomic sequences with the threaded blockset aligner // Genome Res. 2004. V. 14, № 4. P. 708−715.
  32. BLAST: Basic Local Alignment Search Tool Электронный ресурс. URL: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (дата обращения: 11.09.2010).
  33. Boyle A.P. et al. F-Scq: a feature density estimator for high-throughput sequence tags // Bioinformatics. 2008. V. 24, № 21. P. 2537−2538.
  34. Boyle A.P. et al. Fligh-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome // Cell. 2008. V. 132, № 2. P. 311−322.
  35. Brand A.H. et al. Characterization of a «silencer» in yeast: a DNA sequence with properties opposite to those of a transcriptional enhancer // Cell. 1985. V. 41, № l.P. 41−48.
  36. Bucher P. Weight matrix descriptions of four eukaryotic RNA polymerase II promoter elements derived from 502 unrelated promoter sequences // J. Mol. Biol. 1990. V. 212, № 4. P. 563−578.
  37. Buck M.J., Nobel A.B., Lieb J.D. ChlPOTle: a user-friendly tool for the analysis of ChlP-chip data // Genome Biol. 2005. V. 6, № 11. P. R97.
  38. Butler J.E.F., Kadonaga J.T. The RNA polymerase II core promoter: a key component in the regulation of gene expression // Genes Dev. 2002. V. 16, № 20. P. 2583−2592.
  39. Campos E.I., Reinberg D. Histones: annotating chromatin // Annu. Rev. Genet. 2009. V. 43. P. 559−599.
  40. Carninci P. et al. Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution //Nat. Genet. 2006. V. 38, № 6. P. 626−635.
  41. Carninci P. et al. The transcriptional landscape of the mammalian genome // Science. 2005. V. 309, № 5740. P. 1559−1563.
  42. Carrithers S.L. et al. Guanylyl cyclase C is a selective marker for metastatic colorectal tumors in human extraintestinal tissues // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996. V. 93, № 25. P. 14 827−14 832.
  43. Cartwright P. et al. E2F-6: a novel member of the E2 °F family is an inhibitor of E2F-dependent transcription // Oncogene. 1998. V. 17, № 5. P. 611−623.
  44. Cazalla D., Yario T., Steitz J. Down-regulation of a host microRNA by a Herpesvirus saimiri noncoding RNA // Science. 2010. V. 328, № 5985. P. 1563−1566.
  45. Chang Y.S. et al. Mosaic blood vessels in tumors: frequency of cancer cells in contact with flowing blood // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000. V. 97, № 26. P. 14 608−14 613.
  46. Chen C. et al. MicroRNAs modulate hematopoietic lineage differentiation // Science. 2004. V. 303, № 5654. P. 83−86.
  47. Cheng J. et al. Transcriptional maps of 10 human chromosomes at 5-nucleotide resolution// Science. 2005. V. 308, № 5725. P. 1149−1154.
  48. Cheung H. et al. DNA methylation of cancer genome // Birth Defects Res. C Embryo Today. 2009. V. 87, № 4. P. 335−350.
  49. Chiaromonte F., Yap V.B., Miller W. Scoring pairwise genomic sequence alignments // Pac Symp Biocomput. 2002. P. 115−126.
  50. Chirgwin J.M. et al. Isolation of biologically active ribonucleic acid from sources enriched in ribonuclease // Biochemistry. 1979. V. 18, № 24. P. 5294−5299.
  51. Cifiientes D. et al. A novel miRNA processing pathway independent of Dicer requires Argonaute2 catalytic activity // Science. 2010. V. 328, № 5986. P. 16 941 698.
  52. Clamp M. et al. Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome // Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 2007. V. 104, № 49. P. 19 428−19 433.
  53. Coolen M.W. et al. Consolidation of the cancer genome into domains of repressive chromatin by long-range epigenetic silencing (LRES) reduces transcriptional plasticity //Nat. Cell Biol. 2010. V. 12, № 3. P. 235−246.
  54. Crawford G.E. et al. DNase-chip: a high-resolution method to identify DNase I hypersensitive sites using tiled microarrays // Nat. Methods. 2006. V. 3, № 7. P. 503 509.
  55. Crawford G.E. et al. Genome-wide mapping of DNase hypersensitive sites using massively parallel signature sequencing (MPSS) // Genome Res. 2006. V. 16, № i.p. 123−131.
  56. Cullen B.R. Viruses and microRNAs // Nat. Genet. 2006. V. 38 Suppl. P. S25−30.
  57. DAlessio J.A., Wright K.J., Tjian R. Shifting players and paradigms in cell-specific transcription // Mol. Cell. 2009. V. 36, № 6. P. 924−931.
  58. Darzacq X. et al. Cajal body-specific small nuclear RNAs: a novel class of 2'-O-methylation and pseudouridylation guide RNAs // EMBO J. 2002. V. 21, № 11. P. 2746−2756.
  59. Davey C.A. et al. Solvent mediated interactions in the structure of the nucleosome core particle at 1.9 a resolution // J. Mol. Biol. 2002. V. 319, № 5. P. 1097−1113.
  60. Diederichs S., Haber D.A. Dual role for argonautes in microRNA processing and posttranscriptional regulation of microRNA expression // Cell. 2007. V. 131, № 6. P. 1097−1108.
  61. Dimitri P. et al. Constitutive heterochromatin: a surprising variety of expressed sequences // Chromosoma. 2009. V. 118, № 4. P. 419−435.
  62. Drmanac R. et al. Human genome sequencing using unchained base reads on self-assembling DNA nanoarrays // Science. 2010. V. 327, № 5961. P. 78−81.
  63. Dunn B.K. Hypomethylation: one side of a larger picture // Ann. N. Y. Acad. Sci. 2003. V. 983. P. 28−42.
  64. Dynan W.S., Tjian R. The promoter-specific transcription factor Spl binds to upstream sequences in the SV40 early promoter // Cell. 1983. V. 35, № 1. P. 79−87.
  65. Emami K.H., Navarre W.W., Smale S.T. Core promoter specificities of the Spl and VP16 transcriptional activation domains // Mol. Cell. Biol. 1995. V. 15, № 11. P. 5906−5916.
  66. Euskirchen G.M. et al. Mapping of transcription factor binding regions in mammalian cells by ChIP: comparison of array- and sequencing-based technologies // Genome Res. 2007. V. 17, № 6. P. 898−909.
  67. Fava T.A. et al. Ectopic expression of guanylyi cyclase C in CD34+ progenitor cells in peripheral blood //J. Clin. Oncol. 2001. V. 19, № 19. P. 3951−3959.
  68. Fernandez P.C. et al. Genomic targets of the human c-Myc protein // Genes Dev. 2003. V. 17, № 9. P. 1115−1129.
  69. Fire A. et al. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans//Nature. 1998. V. 391, № 6669. P. 806−811.
  70. Gallant P., Steiger D. Myc’s secret life without Max // Cell Cycle. 2009. V. 8, № 23. P. 3848−3853.
  71. Gardiner-Garden M., Frommer M. CpG islands in vertebrate genomes // J. Mol. Biol. 1987. V. 196, № 2. P. 261−282.
  72. Gardner P.P., Vinther J. Mutation of miRNA target sequences during human evolution // Trends Genet. 2008. V. 24', № 6. P. 262−265.
  73. Gartel A.L., Kandel E.S. miRNAs: Little known mediators of oncogenesis // Semin. Cancer Biol. 2008. V. 18, № 2. P. 103−110.
  74. Gaszner M., Felsenfeld G. Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms //Nat. Rev. Genet. 2006. V. 7, № 9. P. 703−713.
  75. Gaudet F. et al. Induction of tumors in mice by genomic hypomethylation // Science. 2003. V. 300, № 5618. P. 489−492.
  76. Gilmour D.S. Promoter proximal pausing on genes in metazoans // Chromosoma. 2009. V. 118, № 1. P. 1−10.
  77. Giresi P.G. et al. FAIRE (Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements) isolates active regulatory elements from human chromatin // Genome Res. 2007. V. 17, № 6. P. 877−885.
  78. Giresi P.G., Lieb J.D. Isolation of active regulatory elements from eukaryotic* chromatin using FAIRE (Formaldehyde Assisted Isolation of Regulatory Elements) // Methods. 2009. V. 48, № 3. P. 233−239.
  79. Gold P., Freedman S.O. Specific carcinoembryonic antigens of the human digestive system // J. Exp. Med. 1965. V. 122, № 3. P. 467−481.
  80. Grad Y. et al. Computational and experimental identification of C. elegans microRNAs //Mol Cell. 2003. V. 11, № 5. P. 1253−1263.
  81. Grishok A. et al. Genes and mechanisms related to RNA interference regulate expression of the small temporal RNAs that control C. elegans developmental timing // Cell. 2001. V. 106, № 1. P. 23−34.
  82. Gruber A.R. et al. The Vienna RNA websuite // Nucleic Acids Res. 2008. V. 36, № Web Server issue. P. W70−74.
  83. Guccione E. et al. Myc-binding-site recognition in the human genome is determined by chromatin context //Nat. Cell Biol. 2006. V. 8, № 7. P. 764−770.
  84. Gucnther M.G. et al. A chromatin landmark and transcription initiation at most promoters in human cells // Cell. 2007. V. 130, № 1. P. 77−88.
  85. Guttman M. et al. Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals // Nature. 2009. V. 458, № 7235. P. 223−227.
  86. Hall T. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT // Nucl. Acids. Symp. Ser. 1999. V. 41. P. 95−98.
  87. Hammond S.M. et al. An RNA-directed nuclease mediates post-transcriptional gene silencing in Drosophila cells // Nature. 2000. V. 404, № 6775. P. 293−296.
  88. Han J. et al. Molecular basis for the recognition of primary microRNAs by the Drosha-DGCR8 complex// Cell. 2006. V. 125, № 5. p. 887−901.
  89. Hargreaves D.C., Horng T., Medzhitov R. Control of inducible gene expression by signal-dependent transcriptional elongation // Cell. 2009. V. 138. № 1. P. 129−145.
  90. Hon G., Wang W., Ren B. Discovery and annotation of functional chromatin signatures in the human genome // PLoS Comput. Biol. 2009. V. 5, № 11. P. el000566.
  91. Houghton R.L. et al. Transcriptional complementarity in breast cancer: application to detection of circulating tumor cells // Mol. Diagn. 2001. V. 6. № 2. P. 79−91.
  92. Hsu S. et al. miRNAMap 2.0: genomic maps of microRNAs in metazoan genomes //Nucleic Acids Res. 2008. V. 36, № Database issue. P. D165−169.
  93. Hutvagner G. et al. A cellular function for the RNA-interference enzyme Dicer in the maturation of the let-7 small temporal RNA // Science. 2001. V. 293, № 5531. P. 834−838.
  94. Hutvagner G., Zamore P.D. A microRNA in a multiple-turnover RNAi enzyme complex // Science. 2002. V. 297, № 5589. P. 2056−2060.
  95. Jenuwein T., Allis C.D. Translating the histone code // Science. 2001. V. 293, № 5532. P. 1074−1080.
  96. Jinek M., Doudna J.A. A three-dimensional view of the molecular machinery of RNA interference // Nature. 2009. V. 457, № 7228. P. 405−412.
  97. Jolliff K., Li Y., Johnson L.F. Multiple protein-DNA interactions in the TATAA-less mouse thymidylate synthase promoter // Nucleic Acids Res. 1991. V. 19, № 9. P. 2267−2274.
  98. Jones D.T.W. et al. Tandem duplication producing a novel oncogenic BRAF fusion gene defines the majority of pilocytic astrocytomas // Cancer Res. 2008. V. 68, № 21. P. 8673−8677.
  99. Jurka J. Repbase update: a database and an electronic journal of repetitive elements // Trends Genet. 2000. V. 16, № 9. P. 418−420.
  100. Juven-Gershon T., Kadonaga J.T. Regulation of gene expression via the core promoter and the basal transcriptional machinery // Dev. Biol. 2010. V. 339, № 2. P. 225−229.
  101. Kalakonda N. et al. Histone H4 lysine 20 monomethylation promotes transcriptional repression by L3MBTL1 // Oncogene. 2008. V. 27, № 31. P. 42 934 304.
  102. Kapranov P. et al. Large-scale transcriptional activity in chromosomes 21 and 22 // Science. 2002. V. 296, № 5569. P. 916−919.
  103. Karlic R. et al. Histone modification levels are predictive for gene expression // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010. V. 107, № 7. P. 2926−2931.
  104. Kenneth N.S., White R.J. Regulation by c-Myc of ncRNA expression // Curr. Opin. Genet. Dev. 2009. V. 19, № 1. P. 38−43.
  105. Kent W.J. BLAT—the BLAST-like alignment tool // Genome Res. 2002. V. 12, № 4. P. 656−664.
  106. Kent W.J. et al. The human genome browser at UCSC // Genome Res. 2002. i1. V. 12, № 6. P. 996−1006.
  107. Kim J. et al. A highly annotated whole-genome sequence of a Korean individual //Nature. 2009. V. 460, № 7258. P. 1011−1015.
  108. Kim T. et al. Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers //Nature. 2010. V. 465, № 7295. P. 182−187.
  109. Kollmar R. et al. Start site selection at the TATA-less carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing)/aspartate carbamoyltransferase/dihydroorotase promoter // J. Biol. Chem. 1994. V. 269, № 3. P. 2252−2257.
  110. Kouzarides T. Chromatin modifications and their function // Cell. 2007. V. 128, № 4. P. 693−705.
  111. Kozlov A. et al. The maximal expression of mammalian genome, the complexity of tumor-specific transcripts and the cloning of tumor-specific cDNAs. Bethesda, MD: AIDS Res Hum Retroviruses, 1992. V. 8(5). P. 671−951.
  112. Kozlov A.P. Evolution of living organisms as a multilevel process // J. Theor. Biol. 1979. V. 81, № 1. P. 1−17.
  113. Kozlov A.P. Gene competition and the possible evolutionary role of tumours // Med. Hypotheses. 1996. V. 46, № 2. P. 81−84.
  114. Kozlov A.P. The possible evolutionary role of tumors in the origin of new cell types // Med. Hypotheses. 2010. V. 74, № 1. P. 177−185.
  115. Krukovskaja L.L. et al. Experimental study of human expressed sequences newly identified in silico as tumor specific // Tumour Biol. 2005. V. 26, № 1. P. 1724.
  116. Laimins L., Holmgren-Konig M., Khoury G. Transcriptional «silencer» element in rat repetitive sequences associated with the rat insulin 1 gene locus // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986. V. 83, № 10. P. 3151−3155.
  117. Lander E.S. et al. Initial sequencing and analysis of the human genome // Nature. 2001. V. 409, № 6822. P. 860−921.
  118. Lee D. et al. Functional characterization of core promoter elements: the downstream core element is recognized by TAF1 // Mol. Cell. Biol. 2005. V. 25, № 21. P. 9674−9686.
  119. Lee I. et al. New class of microRNA targets containing simultaneous 5'-UTR and 3'-UTR interaction sites // Genome Res. 2009. V. 19, № 7. P. 1175−1183.
  120. Lee J.S., Galvin K.M., Shi Y. Evidence for physical interaction between the zinc-finger transcription factors YY1 and Spl // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993. V. 90, № 13. P. 6145−6149.
  121. Lee R., Feinbaum R., Ambros V. A short history of a short RNA // Cell. 2004. V. 116, № 2 Suppl. C. S89−92, 1 p following S96.
  122. Lee R.C., Feinbaum R.L., Ambros V. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14 // Cell. 1993. V. 75, № 5. P. 843−854.
  123. Lee Y. et al. The nuclear RNase III Drosha initiates microRNA processing // Nature. 2003. V. 425, № 6956. P. 415−419.
  124. Lettini A.A. et al. Epigenetic remodelling of DNA in cancer // Histol. Histopathol. 2007. V. 22, № 12. P. 1413−1424.
  125. Levy S. et al. The diploid genome sequence of an individual human // PLoS Biol. 2007. V. 5, № 10. P. e254.
  126. Lewis B.P., Burge C.B., Bartel D.P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets // Cell. 2005. V. 120, № l.P. 15−20.
  127. Ley T.J. et al. DNA sequencing of a cytogenetically normal acute myeloid leukaemia genome // Nature. 2008. V. 456, № 7218. P. 66−72.
  128. Li S., Pan C., Lin W. Bioinformatic discovery of microRNA precursors from human ESTs and introns // BMC Genomics. 2006. V. 7. P. 164.
  129. Liang G. et al. Distinct localization of histone H3 acetylation and H3-K4 methylation to the transcription start sites in the human genome // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004. V. 101, № 19. P. 7357−7362.
  130. Ludwig J.A., Weinstein J.N. Biomarkers in cancer staging, prognosis and treatment selection //Nat. Rev. Cancer. 2005. V. 5, № 11. P. 845−856.
  131. Lynch P.J., Rusche L.N. A silencer promotes the assembly of silenced chromatin independently of recruitment // Mol. Cell. Biol. 2009. V. 29, № l.P. 4356.
  132. Ma L., Weinberg R.A. MicroRNAs in malignant progression // Cell Cycle. 2008. V. 7, № 5. P. 570−572.
  133. Maity S.N., de Crombrugghe B. Role of the CCAAT-binding protein CBF/NF-Y in transcription // Trends Biochem. Sci. 1998. V. 23, № 5. P. 174−178.
  134. Mattick J.S. Makunin I.V. Non-coding RNA // Hum. Mol. Genet. 2006. V. 15 Spec No l.P. R17−29.
  135. McKernan K.J. et al. Sequence and structural variation in a human genome uncovered by short-read, massively parallel ligation sequencing using two-base encoding // Genome Res. 2009. V. 19, № 9. P. 1527−1541.
  136. Mendes N.D., Freitas A.T., Sagot M. Current tools for the identification of miRNA genes and their targets // Nucleic Acids Res. 2009. V. 37, № 8. P. 24 192 433.
  137. Meyer N., Penn L.Z. Reflecting on 25 years with MYC // Nat. Rev. Cancer. 2008. V. 8, № 12. P. 976−990.
  138. Mikkelsen T.S. et al. Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells //Nature. 2007. V. 448, № 7153. P. 553−560.
  139. Montgomery M.K., Xu S., Fire A. RNA as a target of double-stranded RNA-mediated genetic interference in Caenorhabditis elegans // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998. V. 95. № 26. P. 15 502−15 507.
  140. Moss E.G., Lee R.C., Ambros V. The cold shock domain protein LIN-28 controls developmental timing in C. elegans and is regulated by the lin-4 RNA // Cell. 1997. V. 88, № 5. P. 637−646.
  141. Mourelatos Z. Small RNAs: The seeds of silence // Nature. 2008. V. 455, № 7209. P. 44−45.
  142. Nechaev S. et al. Global analysis of short RNAs reveals widespread promoter-proximal stalling and arrest of Pol II in Drosophila // Science. 2010. V. 327, № 5963. P. 335−338.
  143. Nezos A. et al. Detection of circulating tumor cells in bladder cancer patients // Cancer Treat. Rev. 2009. V. 35, № 3. P. 272−279.
  144. Palena C. et al. The human T-box mesodermal transcription factor Brachyury is a candidate target for T-cell-mediated cancer immunotherapy // Clin. Cancer Res. 2007. V. 13, № 8. P. 2471−2478.
  145. Philipsen S., Suske G. A tale of three fingers: the family of mammalian Sp/XKLF transcription factors // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27, № 15. P. 29 913 000.
  146. Pogribny I.P., Beland F.A. DNA hypomethylation in the origin and pathogenesis of human diseases // Cell. Mol. Life Sci. 2009. V. 66, № 14. P. 22 492 261.
  147. Pokholok D.K. et al. Genome-wide map of nucleosome acetylation and methylation in yeast // Cell. 2005. V. 122, № 4. P. 517−527.
  148. Pollard K.S. et al. Detection of nonneutral substitution rates on mammalian phylogenies // Genome Res. 2010. V. 20, № 1. P. 110−121.
  149. Pugh B.F., Tjian R. Transcription from a TATA-less promoter requires a multisubunit TFIID complex // Genes Dev. 1991. V. 5, № 11. p. 1935−1945.
  150. Raj G.V., Moreno J.G., Gomella L.G. Utilization of polymerase chain reaction technology in the detection of solid tumors // Cancer. 1998. V. 82, № 8. P. 14 191 442.
  151. Rajewsky N. microRNA target predictions in animals // Nat. Genet. 2006. V. 38 Suppl. P. S8−13.
  152. Reinhart B.J. et al. The 21-nucleotide let-7 RNA regulates developmental timing in Caenorhabditis elegans // Nature. 2000. V. 403, № 6772. P. 901−906.
  153. Rhead B. et al. The UCSC Genome Browser database: update 2010 // Nucleic Acids Res. 2010. V. 38, № Database issue. P. D613−619.
  154. Rinn J.L. et al. The transcriptional activity of human Chromosome 22 // Genes Dev. 2003. V. 17, № 4. P. 529−540.
  155. Ritter D.I. et al. The Importance of Being Cis: Evolution of Orthologous Fish and Mammalian Enhancer Activity // Mol Biol Evol. 2010.
  156. Robertson A.G. et al. Genome-wide relationship between histone H3 lysine 4 mono- and tri-methylation and transcription factor binding // Genome Res. 2008. V. 18, № 12. P. 1906−1917.
  157. Rollins R.A. et al. Large-scale structure of genomic methylation patterns // Genome Res. 2006. V. 16, № 2. P. 157−163.
  158. Rosenbloom K.R. et al. ENCODE whole-genome data in the UCSC Genome Browser //Nucleic Acids Res. 2010. V. 38, № Database issue. P. D620−625.
  159. Rozowsky J. et al. PeakSeq enables systematic scoring of ChlP-seq experiments relative to controls //Nat. Biotechnol. 2009. V. 27, № 1. P. 66−75.
  160. Ruggero D. The role of Myc-induced protein synthesis in cancer // Cancer Res. 2009. V. 69, № 23. P. 8839−8843.
  161. Sambrook J., Russel D. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Зий изд. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Flarbor Laboratory Press, 2001.
  162. Sandelin A. et al. Mammalian RNA polymerase II core promoters: insights from genome-wide studies //Nat. Rev. Genet. 2007. V. 8, № 6. P. 424−436.
  163. Saunders A., Core L.J., Lis J.T. Breaking barriers to transcription elongation // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006. V. 7, № 8. P. 557−567.
  164. Schroder C.P. et al. Detection of micrometastatic breast cancer by means of real time quantitative RT-PCR and immunostaining in perioperative blood samples and sentinel nodes //Int. J. Cancer. 2003. V. 106, № 4. P. 611−618.
  165. Schubeier D. et al. The histone modification pattern of active genes revealed through genome-wide chromatin analysis of a higher eukaryote // Genes Dev. 2004. V. 18, № 11. P. 1263−1271.
  166. Schulz W.A., Hoffmann M.J. Epigenetic mechanisms in the biology of prostate cancer // Semin. Cancer Biol. 2009. V. 19, № 3. P. 172−180.
  167. Selbach M. et al. Widespread changes in protein synthesis induced by microRNAs //Nature. 2008. V. 455, № 7209. P. 58−63.
  168. Shen C. et al. The detection of circulating tumor cells of breast cancer patients by using multimarker (Survivin, hTERT and hMAM) quantitative real-time PCR // Clin. Biochem. 2009. V. 42, № 3. P. 194−200.
  169. Siepel A. et al. Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes // Genome Res. 2005. V. 15, № 8. P. 1034−1050.
  170. Smale S.T., Kadonaga J.T. The RNA polymerase II core promoter // Annu. Rev. Biochem. 2003. V. 72. P. 449−479.
  171. Smalheiser N.R., Torvik V.I. Mammalian microRNAs derived from genomic repeats // Trends Genet. 2005. V. 21, № 6. P. 322−326.
  172. Stark A. et al. A single Hox locus in Drosophila produces functional microRNAs from opposite DNA strands // Genes Dev. 2008. V. 22, № 1. P. 8−13.
  173. Stark A. et al: Identification of Drosophila MicroRNA targets // PLoS Biol. 2003. V. 1, № 3. P. E60.
  174. Stark M., Gonen N., Assaraf Y.G. Functional elements in the minimal promoter of the human proton-coupled folate transporter // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2009. V. 388, № 1. P. 79−85.
  175. Stole V. et al. A gene expression map for the euchromatic genome of Drosophila melanogaster // Science. 2004. V. 306, № 5696. P. 655−660.
  176. Suzuki M.M., Bird A. DNA methylation landscapes: provocative insights from epigenomics //Nat. Rev. Genet. 2008. V. 9, № 6. P. 465−476.
  177. Szulwach K.E. et al. Cross talk between micro RNA and epigenetic regulation in adult neurogenesis // J. Cell Biol. 2010. V. 189, № 1. P. 127−141.
  178. Szutorisz H., Dillon N., Tora L. The role of enhancers as centres for general transcription factor recruitment // Trends Biochem. Sci. 2005. V. 30, № 11. P. 593 599.
  179. Taganov K.D., Boldin M.P., Baltimore D. MicroRNAs and immunity: tiny players in a big field // Immunity. 2007. V. 26, № 2. P. 133−137.
  180. Tay Y. et al. MicroRNAs to Nanog, Oct4 and Sox2 coding regions modulate embryonic stem cell differentiation //Nature. 2008. V. 455, № 7216. P. 1124−1128.
  181. Thiel G., Lietz M., Hohl M. How mammalian transcriptional repressors work // Eur. J. Biochem. 2004. V. 271, № 14. P. 2855−2862.
  182. Thomas R.K. et al. High-throughput oncogene mutation profiling in human cancer//Nat. Genet. 2007. V. 39, № 3. P. 347−351.
  183. Ting A.H., McGarvey K.M., Baylin S.B. The cancer epigenome—components and functional correlates // Genes Dev. 2006. V. 20, № 23. P. 3215−3231.
  184. Tol J. et al. Circulating tumour cells early predict progression-free and overall survival in advanced colorectal cancer patients treated with chemotherapy and targeted agents // Ann. Oncol. 2010. V. 21, № 5. P. 1006−1012.
  185. Trojer P., Reinberg D. Facultative heterochromatin: is there a distinctive molecular signature? // Mol. Cell. 2007. V. 28, № 1. P. 1−13.
  186. Tsouma A. et al. Circulating tumor cells in colorectal cancer: detection methods and clinical significance // Anticancer Res. 2008. V. 28, № 6B. P. 39 453 960.
  187. Untergasser A. et al. Primer3Plus, an enhanced web interface to Primer3 // Nucleic Acids Res. 2007. V. 35, № Web Server issue. P. W71−74.
  188. Varlakhanova N.V., Knoepfler P. S. Acting locally and globally: Myc’s ever-expanding roles on chromatin // Cancer Res. 2009. V. 69, № 19. P. 7487−7490.
  189. Venter J.C. et al. The sequence of the human genome // Science. 2001. V. 291, № 5507. P. 1304−1351.
  190. Vogelstein B., Kinzler K.W. Cancer genes and the pathways they control // Nat. Med. 2004. V. 10, № 8. P. 789−799.
  191. Wang J. et al. The diploid genome sequence of an Asian individual // Nature. 2008. V. 456, № 7218. P. 60−65.
  192. Wang Z. et al. Combinatorial patterns of histone acetylations and methylations in the human genome //Nat. Genet. 2008. V. 40, № 7. P. 897−903.
  193. Weber M. et al. Distribution, silencing potential and evolutionary impact of promoter DNA methylation in the human genome // Nat. Genet. 2007. V. 39, № 4. P. 457−466.
  194. Wheeler D.A. et al. The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing // Nature. 2008. V. 452, № 7189. P. 872−876.
  195. Wightman B., lia I., Ruvkun G. Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans // Cell. 1993. V. 75. № 5. P. 855−862.
  196. Wilson A.S., Power B.E., Molloy P.L. DNA hypomethylation and human diseases // Biochim. Biophys. Acta. 2007. V. 1775, № 1. P. 138−162.
  197. Wong S., Witte O.N. The BCR-ABL story: bench to bedside and back // Annu. Rev. Immunol. 2004. V. 22. P. 247−306.
  198. Wu H. et al. Alternative processing of primary microRNA transcripts by Drosha generates 5' end variation of mature microRNA // PLoS ONE. 2009. V. 4, № 10. P. el566.
  199. Xu J. et al. METHODS, COMPOSITIONS, AND KITS FOR THE DETECTION AND MONITORING OF COLON CANCER: naV. W0/2008/30 559 USA.
  200. Yamada K. et al. Empirical analysis of transcriptional activity in the Arabidopsis genome // Science. 2003. V. 302, № 5646. P. 842−846.
  201. Yang H., Mizzen C.A. The multiple facets of histone H4-lysine 20 methylation // Biochem. Cell Biol. 2009. V. 87, № 1. P. 151−161.
  202. Yie S. et al. Detection of survivin-expressing circulating cancer cells (CCCs) in peripheral blood of patients with gastric and colorectal cancer reveals high risks of relapse // Ann. Surg. Oncol. 2008. V. 15, № 11. P. 3073−3082.
  203. Zeller K.I. et al. Global mapping of c-Myc binding sites and target gene networks in human B cells // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006. V. 103, № 47. P. 17 834−17 839.
  204. Zeng Y., Cullen B.R. Efficient processing of primary microRNA hairpins by Drosha requires flanking nonstructured RNA sequences // J. Biol. Chem. 2005. V. 280, № 30. P. 27 595−27 603.
  205. Zeng Y., Yi R., Cullen B.R. Recognition and cleavage of primary microRNA precursors by the nuclear processing enzyme Drosha// EMBO J. 2005. V. 24, № 1. P. 138−148.
  206. Zhang H. et al. Single processing center models for human Dicer and bacterial RNase III // Cell. 2004. V. 118. № 1. P. 57−68.
  207. Zhou X. et al. Characterization and identification of microRNA core promoters in four model species // PLoS Comput. Biol. 2007. V. 3, № 3. P. e37.
  208. Zuker M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction //Nucleic Acids Res. 2003. V. 31, № 13. P. 3406−3415.
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!