Молекулярно-генетическое изучение разнообразия и микроэволюции Yersinia pestis
Диссертация
Активизация в конце XX века ряда природных очагов чумы Африки, Азии и Америки послужила причиной увеличения заболеваемости людей бубонной и легочной формами данной инфекции, что указывает на нестабильность эпидемиологической обстановки. Не меняется эта тенденция и в начале XXI века. Возрастание числа эпидемических проявлений чумы, наряду с возможностью перемещения авиатранспортом инфицированных… Читать ещё >
Список литературы
- Абрамсон Н.И. Филогеография: итоги, проблемы, перспективы // Вестник ВОГиС.-2007. Т. 11, № 2.-С. 307−331.
- Анисимов А.П. Факторы, обеспечивающие блокообразующую активность Yersinia pestis II Молекул, генетика. 1999. — № 4. — С. 11−15
- Анисимов А.П. Факторы Yersinia pestis, обеспечивающие циркуляцию и сохранение возбудителя чумы в экосистемах природных очагов // Молекул, генетика.- 2002. № 3. — С. 3−23- № 4.-С. 3−11.
- Апарин Г. П., Голубинский Е. П. Микробиология чумы. Руководство. Иркутск, Иркутский государственный университет, 1989. — 92 с.
- Балахонов С.В. Молекулярно-биологические критерии геномной близости в систематике бактерий рода Yersinia-. Дис.. канд. мед. наук. Иркутск, 1987. -111 с.
- Балахонов С. В., Шестопалов М. Ю., Романова И. Ф. Результаты VNTR-анализа по локусу (5'-сааа-3')п штаммов Yersinia pestis из активных природных очагов чумы Сибири // Молекул, генетика. 2009. — № 3. — С. 14−17.
- Балахонов С.В., Цэнджав С., Эрдэнэбат А. Новые плазмидовары штаммов возбудителя чумы, изолированных в Монголии // Молекул, генетика. 1991. — № 11.- С. 22−29.
- Бобров А.Г., Филиппов А. А. Распространенность IS285 и IS 100 в геномах Yersinia pestis и Yersinia pseudotuberculosis II Молекул, генетика 1997. -№ 2. — С. 3640.
- Берлин А.Л., Борзенков А. К. Рамнозопозитивные варианты и дифференциально-диагностическое значение среды с рамнозой // Вестн. микробиол., эпидемиол. и паразитол. 1938. — Т. 17, № 3−4. — С. 238−246.
- Бессонова А.А. О двух разновидностях В. pestis, обнаруживаемых при росте на глицериновых средах // Вестн. микробиол., эпидемиол. и паразитол. 1928. -Т. 7, № 3.-С. 250−253.
- Бобров А.Г. Изучение распространенности и локализации мобильных элементов IS 100 и IS2S5 в геномах иерсиний: автореф. дис.. канд. мед. наук. Саратов, 1995.- 18 с.
- Волков Ю.П., Ерошенко Г. А. Анализ эффективности некоторых методов построения филогенетических деревьев, используемых при оценке эволюционного родства микроорганизмов // Проблемы особо опасных инфекций. 2009. — № 99. -С. 35−41.
- Горшков О.В. Геномный полиморфизм коллекционных штаммов Yersinia pestis: автореф. дисс.. канд. биол. наук. Саратов, 2000. — 136 с.
- Домарадский И.В. Чума. //- М., Медицина. 1998. — 176 с.
- Ерошенко Г. А., Видяева Н. А., Одиноков Г. Н., Куклева JI.M., Краснов Я. М., Гусева Н. П., Кутырев В.В.Структурно-функциональный анализ гена агаС у штаммов Yersinia pestis различного происхождения // Молекул, генетика. 2009а. -№ 3.-С. 21−25.
- Ерошенко Г. А., Одиноков Г. Н., Краснов Я. М., Гусева Н. П., Кутырев В. В. Вариабельность генов aspA у штаммов Yersinia pestis основного и неосновных подвидов // Проблемы особо опасных инфекций. 2009b — № 99. — С. 52−54.
- Ерошенко Г. А., Павлова А. И., Куклева J1.M. и др. Генотипирование штаммов Yersinia pestis на основе вариабельности генов биосинтеза рРНК // Журн. микро-биол., эпидемиол. и иммунобиол. 2007. — № 3. — С. 6−10.
- Зудина И.В. Генетическая характеристика хромосомной области пигментации штаммов пяти подвидов возбудителя чумы: автореф. дис.. канд. биол. наук. -Саратов, 2000. 25 с.
- Иванова B.C., Лебедева С. А., Гончарова Н. А., Гурлева Г. Г. Скрининг плазмид у музейных штаммов чумного микроба, выделенных из разных природных очагов // Молекул, генетика. 1990. — № 3. — С. 16−18.
- Иннокентьева Т.И. Повышение вирулентности и изменение других свойств чумного микроба при пассировании его через организм монгольских пищух Горного Алтая: автореф. дис.. канд. мед. наук. Саратов, 1969. — 22 с.
- Козлов М.П. Чума (природная очаговость, эпизоотология, эпидемиологические проявления) // М., Медицина. 1979. — 192 с.
- Куклева Л.М., Ерошенко Г. А., Куклев В. Е., Краснов Я. М., Гусева Н.П.,
- Одиноков Г. Н., Кутырев В. В. Сравнение полной нуклеотидной последовательности гена rhaS у штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов // Проблемы особо опасных инфекций. 2008b. — № 97. — С. 38−42.
- Кутырев В.В., Смирнова Н. И. Генодиагностика и молекулярное типирова-ние возбудителей чумы, холеры и сибирской язвы // Молекул, генетика. 2003. — № 1. -С. 6−14.
- Леванова Г. Ф., Блохина И. Н. Применение основных критериев геносисте-матики к некоторым конкретным таксономическим группам бактерий // Биохимия и биофизика микроорганизмов (Межвузовский сборник). Горький, 1987. — С. 82−92.
- Леви М.И. Классификация разновидностей возбудителя чумы // Тез. докл. науч. конф. по природн. очаговости и профилактике чумы и туляремии (30 октября 2 ноября 1962 г.). — Ростов-на-Дону, 1962. — С. 72−74.
- Мартиневский И.Л. Биология и генетические особенности чумного и близкородственных ему микробов // М., Медицина. 1969. — 295 с.
- Михайлова Р.С. Характеристика свойств и классификация штаммов чумного микроба, выделенных на Кавказе: автореф. дис.. канд. мед. наук. Ставрополь, 1968−20 с.
- Одиноков Г. Н., Ерошенко Г. А., Видяева Н. А., Краснов Я. М., Гусева Н. П., Кутырев В. В. Структурно-функциональный анализ генов пар оперона у штаммов Yersinia pestis разных подвидов. // Проблемы особо опасных инфекций. 2008. — № 98. -40−42.
- Одиноков Г. Н., Ерошенко Г. А., Кутырев В. В. Сравнительный анализ структуры гена inv у штаммов чумного и псевдотуберкулезного микробов // Проблемы особо опасных инфекций. 2009. — № 100. — С. 50−52.
- Онищенко Г. Г., Кутырев В. В. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири // М., 2004.
- Пейсахис Л.А., Степанов В. М. Внутривидовая классификация возбудителя чумы по принципу географического районирования // Пробл. особо опасных инфекций. 1975.-№ 2. — С. 5−9.
- Пейсахис Л.А., Степанов В. М., Пошевина Г. О. О глицериннегативных штаммах возбудителя чумы в Среднеазиатском пустынном очаге // Пробл. особо опасных инфекций. 1971. — № 4 (20). — С. 28−32.
- Ралль Ю.М. Природная очаговость и эпизоотология чумы // М., Медицина.- 1965.-363 с.
- Руководство по профилактике чумы / Под ред. А. В. Наумова, JI.B. Самойловой. Саратов, 1992. — 279 с.
- Савостина Е.П., Попов Ю. А., Каштанова Т. Н. и др. Анализ геномного полиморфизма типовых и атипичных штаммов возбудителя чумы с использованием по-лимеразной цепной реакции с универсальными праймерами // Молекулярная генетика.-2004.-№ 1.-С. 22−26.
- Слудский А.А. Природные очаги чумы полевочьего типа (Структура и функционирование): автореферат дис.. д-ра биол. наук. Саратов, 1998. — 43 с.
- Смирнова Н.И., Кутырев В. В. Сравнительный анализ молекулярно-генетических особенностей геномов и их эволюционных преобразований у возбудителей холеры, чумы и сибирской язвы // Молекул, генетика 2006. — № 1. — С. 9−19.
- Сучков И.Ю., Водопьянов А. С., Водопьянов С. О., Шишияну М. В., Ми-шанькин Б.Н. Мультилокусный VNTR-анализ в изучении популяционной структуры Yersinia pestis в природных очагах // Молекул, генетика. 2004. — № 4. — С. 19−28.
- Тимофеева JT.A. О таксономии чумного микроба // Проблемы особо опасных инфекций. 1972. -№ 1 (23). — С. 15−22.
- Трухачев A. JL, Лебедева С. А. Способы диагностики и дифференциации возбудителя чумы: внутривидовая дифференциация Yersinia pestis II Молекул, генетика. -2006.- № 1: с. 3−6- 2007. -№ 1: С. 3−8.
- Туманский В.М. О классификации разновидностей чумного микроба // ЖМЭИ. 1957.-№ 6.-С. 3−7
- Филиппов А.А. Мобильные генетические элементы патогенных иерсиний: автореферат дис.. д-ра мед. наук. Саратов, 2001. -24 с.
- Ян Г. Биологические особенности штаммов чумного микроба из природных очагов России и Китая: автореферат дис.. канд мед. наук. Ставрополь, 2000. -42 с.
- Achtman M., Zurth K., Molelli G., Torrea G., Guiyoule A., Carniel E. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. — Vol. 96. — P. 14 043 — 14 048.
- Adair D.M., Worsham P.L., Hill K.K., Klevytska A.M., Jackson P.J., Friedlan-der A.M., Keim P. Diversity in a variable-number tandem repeat from Yersinia pestis // J. Clin. Microbiol.-2000.-Vol. 38. P. 1516−1519.
- Anisimov A.P., Lindler L.E., Pier G.B. Intraspecific diversity of Yersinia pestis published erratum appears in Clin. Microbiol. Rev. 2004 Jul.- 17:695. // Clin. Microbiol. Rev. 2004. — Vol. 17. — P. 434−464.
- Baltazard M. Declin et destin d’une maladie infectieuse: la peste // Bull. World Health Organ. 1960. — Vol. 23, № 2−3. — P. 247−262.
- Baltazard M., Aslani P. Biochemical characteristics of the strains of wild plague
- Bobrov A.G., Huang X.Z., Lindler L.E., Filippov A.A., Garcia E. Genotyping of global Yersinia pestis isolates by using IS285, KP-38 // In Proceedings, 25th Army Science Conference,№ 27−30, 2006, Orlando, Florida. 5 p.
- Brubaker R.R. Factors promoting acute and chronic disease caused by yersiniae // Clin. Microbiol. Rev. 1991. — Vol. 4. — P. 309−324.
- Busch U., Nitschko H. Methods for the differentiation of microorganisms // J. Chromatogr. В Biomed. Sci. Appl. 1999. — Vol. 722, № 1−2. — P. 263−278
- Butler T. Plague and other Yersinia infections // New York, NY: Plenum Press, 1983.
- Cohan F.M. Towards a conceptual and operational union of bacterial systemat-ics, ecology, and evolution // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 2006. — Vol. 361, № 1475.-P. 1985−1996.
- Dai E., Tong Z" Wang X., Li M., Cui В., Dai R., Zhou D., Pei D., Song Y.,
- Zhang J., Li В., Yang J., Chen Z., Guo Z., Wang J., Zhai J., Yang R. Identification of different regions among strains of Yersinia pestis by suppression subtractive hybridization // Res. Microbiol. 2005. — Vol. 156, № 7. — P. 785−789.
- Derbise A, Chenal-Francisque V, Huon C, Fayolle C, Demeure CE, Chane-Woon-Ming B, Medigue C, Hinnebusch BJ, Carniel E. Delineation and analysis of chromosomal regions specifying Yersinia pestis // Infect. Immun. 2010. — Vol.78, № 9. -P. 3930−3941.
- Devignat R. Varietes de l’espece Pasteurella pestis: nouvelle hyphothese 11 Bull. W. H. O. 1951. — Vol. 4. — P. 247−263.
- Dobrindt U., Hacker J. Whole genome plasticity in pathogenic bacteria // Curr. Opin. Microbiol. 2001. — Vol. 4, № 5. — P. 550−557.
- Eisen R.J., Gage K.L. Adaptive strategies of Yersinia pestis to persist during inter-epizootic and epizootic periods // Vet. Res. 2009. — Vol. 40, № 2.
- Eppinger M., Guo Z., Sebastian Y., Song Y., Lindler L.E., Yang R., Ravel J. Draft genome sequences of Yersinia pestis isolates from natural foci of endemic plague in China//J. Bacteriol. 2009. — Vol. 191, № 24.-P. 7628−7629.
- Eppinger M, Worsham P.L., Nikolich M.P., Riley D.R., Sebastian Y., Мои S., Achtman M., Lindler L.E., Ravel J. Genome sequence of the deep-rooted Yersinia pestis strain Angola reveals new insights into the evolution and pangenome of the plague bacte
- Esaki H., Noda K., Otsuki N., Kojima A., Asai Т., Tamura Y., Takahashi T. Rapid detection of quinolone-resistant Salmonella by real time SNP genotyping // J. Microbiol. Methods. 2004. — Vol. 58.-P. 131−134.
- Feil E.J., Maiden M.C., Achtman M., Spratt B.G. The relative contributions of recombination and mutation to the divergence of clones of Neisseria meningitidis II Mol. Biol. Evol.- 1999.-Vol. 16, № 11.-P. 1496−1502.
- Feil E.J., Smith J.M., Enright M.C., Spratt B.G. Estimating recombinational parameters in Streptococcus pneumoniae from multilocus sequence typing data // Genetics. — 2000.-Vol. 154, № 4.-P. 1439−1450.
- Filippov A.A., Solodovnikov N.S., Kookleva L.M., Protsenko O.A. Plasmid content in Yersinia pestis strains of different origin // FEMS Microb. Lett. 1990. — Vol. 67. -P. 45−48.
- Foley S.L., Lynne A.M., Nayak R. Molecular typing methodologies for microbial source tracking and epidemiological investigations of Gram-negative bacterial food-borne pathogens // Infect. Genet. Evol. 2009. — Vol. 9, № 4. — P. 430−440.
- Gage K.L., Kosoy M.Y. Natural history of plague: perspectives from more than a century of research // Annu. Rev. Entomol. 2005. — Vol. 50. — P. 505−528.
- Goyal M., Saunders N.A., van Embden J.D., Young D.B., Shaw R.J. Differentiation of Mycobacterium tuberculosis isolates by spoligotyping and IS6110 restriction fragment length polymorphism // J. Clin. Microbiol. 1997. — Vol. 35, № 3. — P. 647−651.
- Grissa I., Vergnaud G., Pourcel C. CRISPRFinder: a web tool to identify clustered regularly interspaced short palindromic repeats // Nucleic Acids Res. 2007a. -Vol. 35(Web Server issue). — P. 2−7.
- Grissa I., Vergnaud G., Pourcel C. The CRISPRdb database and tools to display CRISPRs and to generate dictionaries of spacers and repeats // BMC Bioinformatics. -2007a.-Vol. 8, № 1. P. 172.
- Grissa I., Vergnaud G., Pourcel C. CRISPRcompar: a website to compare clustered regularly interspaced short palindromic repeats // Nucleic Acids Res. 2008a. -Vol. 36(Web Server issue). — P. 145−148.
- Grissa I., Bouchon P., Pourcel C., Vergnaud G. On-line resources for bacterial micro-evolution studies using MLVA or CRISPR typing // Biochimie. 2008b. — Vol. 90. -P. 660−668.
- Guiyoule A., Grimont F., Iteman I., Grimont P.A., Lefevre M., Carniel E. Plague pandemics investigated by ribotyping of Yersinia pestis strains // J. Clin. Microbiol. -1994. Vol. 32. — P. 634−641.
- Guiyoule A., Rasoamanana В., Buchrieser C., Michel P., Chanteau S., Carniel E. Recent emergence of new variants of Yersinia pestis in Madagascar // J. Clin. Microbiol. 1997. — Vol. 35. — P. 2826−2833.
- Hai R., Yu D.Z., Wei J.C., Xia L.X., Shi X.M., Zhang Z.K., Zhang E.M. Molecular biological characteristics and genetic significance of Yersinia pestis in China // Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 2004. — Vol. 25, № 6. — P. 509−513.
- Heled J., Drummond A.J. Bayesian inference of species trees from multilocus data // Mol. Biol. Evol. 2010. — Vol. 27, № 3. — P. 570−580.
- Huang F., Yu D., Hai R., Cai H. Study on the application of random amplified polymorphic DNA in Yersinia pestis genotyping // Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. -2000. Vol. 21. — P. 424−426.
- Huang X.-Z., Chu M.C., Engelthaler D.M., Lindler L.E. Genotyping of a homogeneous group of Yersinia pestis strains isolated in the United States // J. Clin. Microbiol. -2002. Vol. 40. — P. 1164−1173.
- Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity // J. Clin. Microbiol. 1988. -Vol. 26.-P. 2465−2466.
- Jansen R., Embden J.D., Gaastra W., Schouls L.M. Identification of genes that are associated with DNA repeats in prokaryotes // Mol. Microbiol. 2002. — Vol. 43, № 6. -P. 1565−1575.
- Kingston J.J., Tuteja U., Kapil M., Murali H.S., Batra H.V. Genotyping of Indian Yersinia pestis strains by MLVA and repetitive DNA sequence based PCRs // Antonie Van Leeuwenhoek. -2009. Vol. 96, № 3. — P. 303−312.
- Klevytska A.M., Price L.B., Schupp J.M., Worsham P.L., Wong J., Keim P. Identification and characterization of variable-number tandem repeats in the Yersinia pestis genome // J. Clin. Microbiol. 2001. — Vol. 39. — P. 3179−3185.
- Kotetishvili M., Kreger A., Wauters G., Morris J.G., Jr, Sulakvelidze A., Stine O.C. Multilocus sequence typing for studying genetic relationships among Yersinia species // J. Clin. Microbiol. 2005. — Vol. 43. — P. 2674−2684.
- Lawrence J.G., Hendrickson H. Lateral gene transfer: when will adolescence end? // Mol. Microbiol. 2003. — Vol. 50, № 3. — P. 739−749.
- Lechner D., Lathrop G.M., Gut I.G. Large-scale genotyping by mass spectrometry: experience, advances and obstacles // Curr. Opin. Chem. Biol. 2002. — Vol. 6. — P. 3138.
- Le Fleche P., Fabre M., Denoeud F., Koeck J.L., Vergnaud G. High resolution, on-line identification of strains from the Mycobacterium tuberculosis complex based ontandem repeat typing // BMC Microbiol. 2002. — Vol. 2.
- Lehmann K.B., Neumann R. Atlas und grundriss der bakteriologie und lehrbuch der speziellen bakteriologischen diagnostic 1st ed. // J.F. Lehmann, Munchen, 1896.
- Lindler L.E. Typing methods for the plague pathogen, Yersinia pestis! I J. AOAC Int. 2009. — Vol. 92, № 4. — P. 1174−1183.
- Lucier T.S., Brubaker R.R. Determination of genome size, macrorestriction pattern polymorphism, and nonpigmentation-specific deletion in Yersini pestis by pulsed-fieldgel electrophoresis // J. Bacteriol. 1992. — Vol. 174. — P. 2078−2086.
- Mollaret H.H., Karimi Y., Eftekhari M., Baltazard M. Burrowing plague // Bull. Soc. Pathol. Exot. Fil. 1963. — Vol. 56. — P. 1186−1193.
- Mollaret II.H., Mollaret C. Melibiose fermentation in the genus Yersinia and its importance in the diagnosis of the varieties of Yersinia pestis И Bull. Soc. Pathol. Exot. Fil. 1965.-Vol. 58.-P. 154−156.
- Pei D., Pang X., Song Y., Zhal J., Chen Z., Liu H., Guo Z., Wang J., Yang R. Fluorescent amplified fragment length polymorphism for genotyping Yersinia pestis // Chi.
- J. End. -2004. Vol. 23. — P. 210−214.
- Perry R.D., Fetherston J.D. Yersinia pestis etiologic agent of plague // Clin. Microbiol. Rev. — 1997. — Vol. 10. — P. 35−66.
- Picard B. Molecular epidemiology of large bacterial endemics in Sub-Saharan Africa //Bull. Soc. Pathol. Exot. 2000. — Vol. 93, № 3. — P. 219−223.
- Pourcel C., Andre-Mazeaud F., Neubauer H., Ramisse F., Vergnaud G. Tandem repeats analysis for the high resolution phylogenetic analysis of Yersinia pestis II BMC Microbiol. 2004. — Vol. 4. — P. 22.
- Pourcel C., Salvignol G., Vergnaud G. CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies // Microbiology. 2005. — Vol. 151. — P. 653−663.
- Prentice M.B., Rahalison L. Plague // Lancet. 2007. — Vol. 369. — P. 11 961 207.
- Qiu J., Guo Z., Liu H., Zhou D., Han Y., Yang R. DNA microarray-based global transcriptional profiling of Yersinia pestis in multicellularity // J. Microbiol. 2008. -Vol. 46, № 5.-P. 557−563.
- Radnedge L., Agron P.G., Worsham P.L., Andersen G.L. Genome plasticity in Yersinia pestis // Microbiology. 2002. — Vol. 148. — P. 1687−1698.
- Rakin, A., Heesemann J. The established Yersinia pestis biovars are characterized by typical patterns of I-Ceul restriction fragment length polymorphism // Mol. Gen. Mikrobiol. Virusol. 1995. — Vol. 3. — P. 26−29.
- Ruiz M., Rodriguez J.C., Sirvent E., Escribano I., Cebrian L., Royo G. Usefulness of different techniques in the study of the epidemiology of salmonellosis // APMIS. -2003. Vol. 111, № 9. — P. 848−856.
- Sander A., Ruess M., Bereswill S., Schuppler M., Steinbrueckner B. Comparison of different DNA fingerprinting techniques for molecular typing of Bartonella henselae isolates // J. Clin. Microbiol. 1998. — Vol. 36, № 10. — P. 2973−2981.
- SchorkN.J., Fallin D., Lanchbury J.S. Single nucleotide polymorphisms and the future of genetic epidemiology // Clin.Genet. 2000. — Vol. 58. — P. 250−264.
- Shangkuan Y.H., Tsao C.M., Lin H.C. Comparison of Vibrio cholerae 01 isolates by polymerase chain reaction fingerprinting and ribotyping // J. Med. Microbiol. -1997. Vol. 46, № 11. — P. 941−948.
- Shen X, Wang Q, Xia L, Zhu X, Zhang Z, Liang Y, Cai H, Zhang E, Wei J, Chen C, Song Z, Zhang H, Yu D, Hai R. Complete genome sequences of Yersinia pestis from natural foci in China // J. Bacteriol. 2010. — Vol. 192, № 13. — P. 3551−3552.
- Simpson E.H. Measurement of diversity // Nature (London). 1949. — Vol. 163. -P. 688.
- Skerman V.B.D., Mcgowan V., Sneath P.H.A. (editors). Approved lists of bacterial names // Int. J. Syst. Bacteriol. 1980. — Vol. 30. — P. 225−420.
- Smith J.E., Thai E. A taxonomic study of the Pasteurella using a numerical technique // Acta Pathol. Microbiol. Scand. 1965. — Vol. 64. — P. 213−233.
- Smith J.M., Feil E.J., Smith N.H. Population structure and evolutionary dynamics of pathogenic bacteria // Bioessays. 2000. — Vol. 22, № 12. — P. 1115−1122.
- Smith M.J., Arndt A., Gorski S., Fajber E. The phylogeny of echinodermclasses based on mitochondrial gene arrangements // J. Mol. Evol. 1993. — Vol. 36, № 6. -P. 545−554.
- Sneath P.H.A., Socal R.R. Numerical Taxonomy //Nature. 1962. — Vol. 139, № 48.-P. 53−58.
- Sokurenko E.V., Gomulkiewicz R., Dykhuizen D.E. Source-sink dynamics of virulence evolution // Nat. Rev. Microbiol. 2006. — Vol. 4, № 7. — P. 548−555.
- Souza R.A., Falcao D.P., Falcao J.P. Emended description of the species Yersinia massiliensis II Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. — DOI 10.1099/ijs.0.21 840−0.
- Weiner M.P., Hudson T.J. Introduction to SNPs: discovery of markers for disease // Biotechniques (Suppl. 4−3). 2002.
- Yersin A. La peste bubonicque a Hong-Kong // Ann. Inst. Pasteur 1894. -Vol. 8.-P. 662−667.
- Zhang W., Qi W., Albert T.J., Motiwala A.S., Alland D., Hyytia-Trees E.K. Probing genomic diversity and evolution of Escherichia coli 0157 by single nucleotide polymorphisms // Genome Res. 2006. — Vol. 16. — P. 757−767.
- Zhang X, Hai R, Wei J, Cui Z, Zhang E, Song Z, Yu D. MLVA distribution characteristics of Yersinia pestis in China and the correlation analysis // BMC Microbiol. -2009.-Vol. 23 9:205.
- Zhang G., Zhang J., Wang R. Survey of natural focuses of Plague and epidemic situations in China (in Chinese) // Chin. J. Ctrl. Endem. Dis. 2002. — Vol. 17. — P. 101−103.
- Zhou D., Han Y., Song Y., Huang P., Yang R. Comparative and evolutionary genomics of Yersinia pestis II Microbes Infect. 2004a. — Vol. 6 — P. 1226−1234.
- Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
- Федеральное государственное учреждение науки
- ГОСУДАРСТВЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР ПРИКЛАДНОЙ МИКРОБИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ1. ФГУН ГНЦ ПМБ)1. УТВЕРЖДАЮ
- ГЕНОТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS МЕТОДОМ МУЛЬТИЛОКУСНОГО VNTR-АНАЛИЗ, А (Методические рекомендации)1. Оболенск 2009
- Методические рекомендации предназначены для специалистов, занимающихся выделением, идентификацией и генотипированием чумного микроба.1. РАЗРАБОТАНО:
- Федеральное государственное учреждение науки «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии"1. АВТОРЫ:
- Науч. сотр. лаборатории микробиологии чумы Мл. науч. сотр. лаборатории микробиологии чумы Мл. науч. сотр. лаборатории микробиологии чумы Зав. лаб. микробиологии чумы, канд. мед наук Зам. директора по научной работе, д-р мед наук, проф.
- М.Е. Платонов В. В. Евсеева
- С.В. Дентовская А. П. Анисимов1. Е.В. Чиркова1. СОГЛАСОВАНО:
- Зав. лаб. биологической безопасности, канд. мед наук1. Е.А. Тюрин1. РЕЦЕНЗЕНТЫ:
- Зав. отделом особо опасных инфекций, канд. мед наук
- Зав. лаб. микробиологии туляремии, канд. физ.-мат. наук
- Ст. науч. сотр. отдела молекулярной микробиологии, канд. биол. наук1. A.Н. Мокриевич1. B.М. Павлов Н. К. Фурсова1. Принцип VNTR анализа.
- Санитарные правила СП 1.3.1285−03 «Безопасность работы с микроорганизмами 1-Й групп патогенности (опасности)» М., 2003.
- Методические указания МУ 1.3. 1794−03 «Организация работы при исследовании методом ПЦР материала, инфицированного микроорганизмами I-II групп патогенности» -М., 2003.
- ОПРЕДЕЛЕНИЯ, ОБОЗНАЧЕНИЯ И СОКРАЩЕНИЯ
- MLVA Multiple-Locus VNTR Analysis) — мультилокусный VNTR-анализ
- VNTR (Variable-Number tandem repeat) — вариабельные тандемные повторы — участки
- ДНК с переменным количеством прямых повторов
- ПЦР полимеразная Цепная Реакцияампликон продукт ПЦР (амплификации)дНТФ дезоксинуклеозидтрифосфатып.о. пара оснований31. Формула метода
- Генотипирование Yersinia pestis проводится путем определения количества тандемных повторов в 25 VNTR-локусах.