Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Разработка химических основ увеличения чувствительности анализа пептидов

Диссертация: Разработка химических основ увеличения чувствительности анализа пептидов
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Перспективная задача клинической диагностики сегодня связана с идентификацией биомаркеров патологических состояний белковой природы, в качестве которых могут выступать низкокопийные пептиды. Большая часть имеющихся методов анализа не позволяют, к сожалению, в ходе одного эксперимента обнаружить присутствие низкокопийных пептидов. Поэтому для повышения предела чувствительности детекции маркерных… Читать ещё >

Разработка химических основ увеличения чувствительности анализа пептидов (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ
  • 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР
    • 1. 1. Основные способы определения низкокопийных пептидов
      • 1. 1. 1. Иммуно-ПЦР
      • 1. 1. 2. ДНК-аптамеры
      • 1. 1. 3. Полимеразная цепная реакция
        • 1. 1. 3. 1. Принцип метода полимеразной цепной реакции
        • 1. 1. 3. 2. Компоненты реакции
        • 1. 1. 3. 3. Температурные режимы программы ПЦР
        • 1. 1. 3. 4. Оценка результатов реакции
        • 1. 1. 3. 5. Полимеразная цепная реакция в реальном масштабе времени
        • 1. 1. 3. 6. Факторы, влияющие на чувствительность и достоверность количественной ДНК-диагностики
        • 1. 1. 3. 7. Визуализация накопления ДНК при проведении ПЦР «в реальном времени»
        • 1. 1. 3. 8. Типы зондов в специфических системах детектирования
        • 1. 1. 3. 8. 1. Праймеры-зонды («скорпионы»)
        • 1. 1. 3. 8. 2. «Вытесняющие» зонды
        • 1. 1. 3. 8. 3. Линейные зонды (TaqMan)
        • 1. 1. 3. 8. 4. Зонды «молекулярные маячки» (Molecular beacons)
        • 1. 1. 3. 8. 5. Примыкающие пробы
        • 1. 1. 3. 8. 6. Зонды типа «Perfect probe». 37 1.2. Анализ аминокислотного состава биологически активных пептидов
      • 1. 2. 1. Исчерпывающий гидролиз биологически активных пептидов
      • 1. 2. 2. Методы разделения и анализа аминокислот
      • 1. 2. 3. Капиллярный электрофорез
      • 1. 2. 4. Особенности капиллярного электрофореза аминокислот
      • 1. 2. 5. Способы детектирования аминокислот
  • 2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТ
    • 2. 1. Реактивы и материалы
    • 2. 2. Приборы и оборудование
    • 2. 3. Приготовление рабочих буферных растворов
    • 2. 4. Общая методология работы
      • 2. 4. 1. Приготовление кислотных гидролизатов природных пептидов
      • 2. 4. 2. Анализ смеси стандартных аминокислот и гидролизатов биологически активных пептидов
      • 2. 4. 3. Синтез нуклеопротеиновых конъюгатов
      • 2. 4. 4. Масс-спектрометрический анализ
      • 2. 4. 5. Нуклеазный гидролиз
      • 2. 4. 6. ПЦР в режиме реального времени конъюгата
      • 2. 4. 7. Синтез олигонуклеотидов, содержащих гексахлорфлуоренильную метку
      • 2. 4. 8. Очистка зондов методом вертикального гель-электрофореза
      • 2. 4. 9. Выделение зондов из ПААГ
      • 2. 4. 10. ВЭЖХ-очистка НЕХ-зондов
      • 2. 4. 11. ПЦР в режиме реального времени на основе НЕХ-зондов. 61 2.5. Статистическая обработка результатов КЭ
      • 2. 5. 1. Расчет селективности разделения
      • 2. 5. 2. Оценка воспроизводимости
      • 2. 5. 3. Оценка правильности
  • 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
    • 3. 1. Разработка принципиальной схемы анализа низкокопийных пептидов с использованием химико-ферментативных систем амплификации сигнала
    • 3. 2. Оптимизация флуоресцентного ПЦР-анализа ДНК в режиме реального времени с использованием зондов, содержащих гексахлорфлуоренильную метку
    • 3. 3. Оптимизация анализа аминокислотного состава биологически активных пептидов без стадии модификации методом капиллярного электрофореза

Актуальность работы. Выявление пептидов и последующее изучение аминокислотного состава является важной задачей для контроля качества лекарственных препаратов и клинической диагностики социально-значимых заболеваний. В связи с этим возрастает необходимость разработки простых и недорогих чувствительных методов анализа пептидов, проявляющих биологическую активность. Также актуально на сегодняшний день развитие новых подходов в протеомном анализе для обнаружения низкокопийных пептидных биомаркеров. Это необходимо для определения особенностей индивидуального развития в области персонифицированной, спортивной медицины, геронтологии, а также для ранней диагностики заболеваний.

Перспективная задача клинической диагностики сегодня связана с идентификацией биомаркеров патологических состояний белковой природы, в качестве которых могут выступать низкокопийные пептиды. Большая часть имеющихся методов анализа не позволяют, к сожалению, в ходе одного эксперимента обнаружить присутствие низкокопийных пептидов. Поэтому для повышения предела чувствительности детекции маркерных пептидов необходимо использовать сочетание инструментальных микрометодов анализа (ВЭЖХ, MALDI TOF MS, электрофоретические и др.) и новых приемов аффинного обогащения пептидов [1,2].

Прогресс в области разработки и внедрения медицинских микроаналитических методов диагностики в значительной мере обусловлен использованием ДНК и ее фрагментов. Предпосылкой для этого служит способность полинуклеотидов высоко специфически ассоциироваться с различными биополимерами и низкомолекулярными соединениями. Наиболее перспективный сегодня метод определения содержания в образцах сиквенс-специфичной ДНК (ПЦР, полимеразная цепная реакция) основан на использовании комплементарных взаимодействий олигои полинуклеотидов. Развитие методов ПЦР в реальном масштабе времени (Real Time ПЦР) позволяет сегодня не только идентифицировать целевую последовательность ДНК в клиническом образце, но и достоверно оценить ее количество [3,4].

В настоящее время остается актуальной разработка и оптимизация методов аминокислотного анализа как синтетических, так и природных биологически активных пептидов. Это связано с тем, что некоторые пептиды могут иметь модификации в аминокислотном составе. Поэтому при контроле качества лекарственных препаратов необходимо подтверждение их подлинности, что особенно важно в связи с перспективами использования бактерицидных пептидов [5]. При классических условиях кислотного гидролиза происходит частичная потеря некоторых аминокислот, что не дает полной информации о составе исследуемого пептида. Для проведения анализа с помощью традиционных методов требуется сложное аппаратурное оформление и большой объем дорогостоящих токсичных реактивов для предколоночной или постколоночной дериватизации.

На основании всего выше изложенного становится очевидной необходимость разработки и оптимизации методов анализа для повышения чувствительности и надежности количественного определения низкокопийных пептидных биомаркеров и аминокислотного состава биологически активных пептидов в клинико-диагностических и фармакологических целях.

Представленная работа является частью научных исследований, проводимых в лаборатории искусственного антителогенеза Федерального государственного учреждения НИИ ФХМ ФМБА России в рамках проекта № 09−04−12 133-офим «Нуклеопротеиновые конъюгаты для повышения эффективности протеомного анализа».

Цель работы заключается в разработке химических основ повышения чувствительности определения единичных молекул пептидных биомаркеров и оптимизации методов анализа аминокислотного состава биологически активных пептидов.

Задачи исследования.

1. Разработка принципиальной схемы анализа низкокопийных пептидов с использованием химико-ферментативных систем амплификации сигнала, включающей стадии:

— аффинного связывания пептидов с модифицированными ДНК-аптамерами, снабженными реакционноспособной группой и маркерной нуклеотидной последовательностью;

— получение нуклеопротеиновых конъюгатов;

— исчерпывающее ферментативное расщепление исходного олигомера и частичное расщепление конъюгатаанализ содержания целевого пептида в составе конъюгата с использованием приемов флуоресцентного анализа ПНР в режиме реального времени.

2. Оптимизация известных методов анализа:

— флуоресцентного ПЦР-анализа ДНК с регистрацией сигнала в реальном масштабе времени с использованием олигонуклеотидных зондов, содержащих лабильную гексахлорфлуоренильную метку (HEX). Разработка усовершенствованных методов получения зондов и испытание полученных препаратов в ДНК-анализе клинических образцов.

— аминокислотного состава биологически активных пептидов без стадии модификации методом капиллярного зонального электрофореза. Для увеличения выхода мономеров в работе необходимо рассмотреть влияние условий пробоподготовки образцов на процессы химической деградации аминокислотпровести его верификацию на примерах анализа образцов препаратов пептидов;

Научная новизна.

1. Разработана новая схема высокочувствительного анализа низкокопийных пептидных биомаркеров в виде нуклеопротеиновых коньюгатов с помощью амплификации сигнала методом ПТ IP в реальном масштабе времени.

2. Разработан новый способ деблокирования синтетических гексахлорфлуоресцеин олигонуклеотидов, препятствующий модификации метки и накоплению трудно отделяемого побочного продукта. Оптимизированы условия очистки олигонуклеотидных зондов с помощью обращенно-фазовой ВЭЖХ.

3. Оптимизирована методика определения аминокислотного состава биологически активных пептидов без стадии модификации с помощью капиллярного зонального электрофореза с прямым УФ-фотометрическим способом детектирования. Подобраны условия кислотного гидролиза пептидов, позволяющие увеличить выход образующихся аминокислот.

Практическая значимость.

Разработан и предложен способ повышения чувствительности определения пептидных биомаркеров в виде нуклеопротеиновых коньюгатов методом ПЦР в режиме реального времени. Для создания системы ПЦР-амплификации ДНК-фрагмента конъюгата была отработана методика синтеза и режимов анализа для модификаций и очистки олигонуклеотидных зондов. Предложенные подходы для оптимизации способов получения зондов успешно использовались при создании и в производстве новых наборов для определения широкого круга патогенов, таких как Bacteroides spp., Chlamydia trachomatis, CMV, Epstein-Barr virus, Gardnerella vaginalis, HSV 1, HSV 2, Lactobacillus spp., Mobiluncus curtissi, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis и dp (приложение А). Проведение подобных исследований особенно актуально в связи с постоянной потребностью в расширении арсенала диагностических методов с жесткими критериями надежности. Оптимизированный метод аминокислотного анализа биологически активных пептидов позволяет определять состав без их модификации. Это существенно при контроле качества лекарственных белковых препаратов, как брадикинин, инсулин, дарбэпоэтин.

На защиту выносятся:

— принципиальная схема обнаружения низкокопийных пептидов в виде нуклеопротеиновых коньюгатов с использованием химико-ферментативных систем амплификации сигнала;

— разработка нового способа деблокирования меченных олигонуклеотидов, которая приводит к уменьшению образования примеси и увеличению чувствительности ПЦР-анализа;

— оптимизированная методика определения аминокислотного состава биологически активных пептидов без предварительной стадии химической дериватизации с использованием капиллярного зонального электрофореза.

Апробация работы.

Основные результаты работы были представлены на XIV Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых по фундаментальным наукам «Ломоносов — 2007» (2007, Москва, Россия), 17-ой Менделеевской конференции молодых ученых (2007, Самара, Россия), Всероссийском симпозиуме «Хроматография в химическом анализе и физико-химических исследованиях» (2007, Москва, Россия), Life Sciences 2007 (2007, Глазго, Великобритания), 22ndInternational Symposium on MicroScale Bioseparations and Methods for Systems Biology, (2008, Берлин, Германия), 34th International Symposium on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques (2009, Дрезден, Германия), XVII Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых по фундаментальным наукам «Ломоносов — 2010» (2010, Москва, Россия), Съезде аналитиков России «Аналитическая химияновые методы и возможности» (2010, Москва, Россия), Всероссийской конференции «Аналитическая хроматография и капиллярный электрофорез» (2010, Краснодар, Россия), 2-ой Международной конференции Российского химического общества им. Д. И. Менделеева «Инновационные химические технологии и биотехнологии новых материалов и продуктов» (2010, Москва, Россия), V Всероссийской конференции студентов и аспирантов с международным участием «Химия в современном мире» (2011, Санкт-Петербург, th • Россия), 36 International Symposium on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques, HPLC 2011 (2011, Будапешт, Венгрия), VI Всероссийской конференции студентов и аспирантов с международным участием «Менделеев.

2012″ (2012, Санкт-Петербург, Россия), FEBS 2012 (2012, Севилья, Испания).

Публикации. По теме диссертации опубликованы 4 статьи в научных рецензируемых журналах, 1 патент на изобретение методики и 15 тезисов докладов на международных и федеральных конференциях.

4.ВЫВОДЫ.

1. Впервые предложена принципиальная схема анализа низкокопийных пептидов с использованием антител нуклеотидной природы, их ковалентной сшивки с мишенью и ПЦРсистемы амплификации сигнала. Исследованы условия проведения ключевых стадий метода. Проведено достоверное определение содержания модельного пептида DRVYIHPF в составе конъюгата с чувствительностью 1,1 • 10″ 1бМ (66 копий в 1 мкл образца =11 • 10″ 21 mol).

2. Оптимизирован способ получения НЕХ-производных олигонуклеотидов, заключающийся в применении новых условий деблокирования олигонуклеотидов в процессе их синтеза. На примерах широкого круга патогенов (Bacteroides spp., Chlamydia trachomatis, CMV, Epstein-Barr virus, Gardnerella vaginalis, HSV 1, HSV 2, Lactobacillus spp., Mobiluncus curtissi, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis и др.) показано, что использование зондов, полученных в соответствии с новым методом, способствует повышению чувствительности ПЦРанализа ДНК с регистрацией сигнала в реальном масштабе времени.

3. Оптимизирована методика определения аминокислотного состава пептидов без стадии модификации с помощью капиллярного зонального электрофореза с прямым УФфотометрическим способом детектирования. Эффективность метода продемонстрирована на примерах определения аминокислотного состава ряда препаратов биологически активных пептидов (брадикинин, Аи В-цепи инсулина крупного рогатого скота, дарбэпоэтин).

Показать весь текст

Список литературы

  1. Sigdel Т.К., Sarwal М.М. Recent advances in biomarker discovery in solid organ transplant by proteomics // Expert Rev Proteomics. 2011. — V. 8. -1. 6. — P. 705−715.
  2. Sigdel T. K, Gao X., Sarwal M.M. Protein and peptide biomarkers in organ transplantation // Biomark Med. 2012. — V. 6, -1.3. — P. 259−271.
  3. Lee H.W., Cheng J., Kovbasnjuk O., Donowitz M., Guggino W.B. Insulin-like growth factor 1 (IGF-1) enhances the protein expression of CFTR // PLOS ONE. 2013. — V. 8. -1.3.-P. 1−11.
  4. Sommeregger W., Prewein В., Reinhart D., Mader A., Kunert R. Transgene copy number comparison in recombinant mammalian cell lines: critical reflection of quantitative realtime PCR evaluation // Cytotechnology. 2013. in press.
  5. Мок W. W, Li Y. Therapeutic Peptides: New Arsenal Against Drug Resistant Pathogens // Curr Pharm Des. 2013. in press.
  6. Franko F., Bambouskova M., Draber P. Rapid and sensitive detection of cytokines using functionalized gold nanoparticle-based immuno-PCR, comparison with immuno-PCR and ELISA // J Immunol Methods. 2011. — V. 371. -1. 1−2. — P. 38−47.
  7. Niemeyer C.M., Adler M., Wacker R. Immuno-PCR: high sensitivity detection of proteins by nucleic acid amplification // TRENDS in Biotechnology. 2005. — V. 23. -1. 4.-P. 208−216.
  8. Suzuki A., Itoh F., Hinoda Y., Imai K. Double determinant immuno-polymerase chain reaction: a sensitive method for detecting circulating antigens in human sera // Jpn J Cancer Res. 1995. — V. 86. -1. 9. — P. 885−889.
  9. Spengler M., Adler M., Jonas A., Niemeyer C.M. Immuno-PCR assays for immunogenicity testing // Biochem Biophys Res Commun. 2009. — V. 387. — I. 2. — P. 278−282.
  10. Adler M., Wacker R., Niemeyer C.M. Sensitivity by combination: immuno-PCR and related technologies // Analyst. 2008. — V. 133. -1. 6. — P. 702−718.
  11. Niemeyer C.M., Adler M., Wacker R. Detecting antigens by quantitative immuno-PCR // Nat Protoc. -2007. V. 2. -1. 8.-P. 1918−1930.
  12. Speeckaert M.M., Speeckaert R., Delanghe J.R. Human epididymis protein 4 in cancer diagnostics: a promising and reliable tumor marker // Adv Clin Chem. 2013. — V. 59. -P.1−21.
  13. Sano Т., Smith C.L., Cantor C.R. Immuno-PCR: very sensitive antigen detection by means of specific antibody-DNA conjugates // Science. 1992. — V. 258. — I. 5079. — P. 120−122.
  14. McElhinny A.S., Warner C.M. Detection of major histocompatibility complex class I antigens on the surface of a single murine blastocyst by immuno-PCR // Biotechniques. -1997.-V. 23.-P. 660−662.
  15. Ke X., Warner C.M. Regulation of Ped gene expression by TAP protein // J Reprod Immunol. -2000. V. 46.-I. l.-P. 1−15.
  16. Byrne M.J., Warner C.M. MicroRNA expression in preimplantation mouse embryos from Ped gene positive compared to Ped gene negative mice // J Assist Reprod Genet. 2008. -V. 25.-I. 5.-P. 205−214.
  17. Ye Q., Zhuang H., Zhou C., Wang Q. Real-time fluorescent quantitative immuno-PCR method for determination of fluoranthene in water samples with a molecular beacon // J Environ Sci. 2010. — V. 22. -1. 5. P. 796−800.
  18. Wang T.-W., Lu H.-Y., Lou P.-J., Lin F.-H. Application of highly sensitive, modified glass substrate-based immuno-PCR on the early detection of nasopharyngeal carcinoma // Biomaterials. 2008. — V. 29. — P. 4447−4454.
  19. Burbulis I., Yamaguchi K., Gordon A., Carlson R., Brent R. Using protein-DNA chimeras to detect and count small numbers of molecules // Nat Methods. 2005. — V. 2. -I. l.-P. 31−37.
  20. Joerger R.D., Truby T.M., Hendrickson E.R., Young R.M., Ebersole R.C. Analyte detection with DNA-labeled antibodies and polymerase chain reaction // Clin Chem. -1995.-V. 41.-I. 9.-P. 1371−1377.
  21. Martinez Т., Wright N., Lopez-Fraga M., Jimenez A.I., Paneda С. Silencing human genetic diseases with oligonucleotide-based therapies // Hum Genet. 2013. — V. 132. -I. 5.-P. 481−493.
  22. C.H. Генетическая инженерия Учебно-справочное пособие. 2-е изд., испр. и доп. Сибирское университетское издательство. — 2004. — С. 496.
  23. Cheng А.К., Sen D., Yu H.Z. Design and testing of aptamer-based electrochemical biosensors for proteins and small molecules // Bioelectrochemistry. 2009. — V. 77. — I. l.-P. 1−12.
  24. Li D., Song S., Fan C. Target-responsive structural switching for nucleic acid-based sensors //Acc Chem Res. 2010. — V. 43. -1. 5. — P. 631−641.
  25. Du Y., Li В., Wei H., Wang Y., Wang E. Multifunctional label-free electrochemical biosensor based on an integrated aptamer // Anal Chem. 2008. — V. 80. — I. 13. — P. 5110−5117.
  26. Graham J.C., Zarbl H. Use of cell-SELEX to generate DNA aptamers as molecular probes of HPV-associated cervical cancer cells // PLoS One. 2012. — V. 7. -1. 4. — P. 19.
  27. Zhang Y., Hu J., Zhang C.Y. Sensitive detection of transcription factors by isothermal exponential amplification-based colorimetric assay // Anal Chem. 2012. — V. 84. — I. 21.-P. 9544−9549.
  28. Zhang Z.Z., Zhang C.Y. Highly sensitive detection of protein with aptamer-based target-triggering two-stage amplification // Anal Chem. 2012. — V. 84. -1. 3. — P. 1623−1629.
  29. Kalendar R., Lee D., Schulman A.H. Java web tools for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis // Genomics. 2011. — V. 98. — I. 2. — P. 137— 144.
  30. Lee S.H., Ge S., Zhou S., Hong G. A novel low temperature PCR assured high-fidelity DNA amplification // Int J Mol Sci. 2013. — V. 14. -1. 6. — P. 12 853−12 862.
  31. Haider A., Jain M., Chaudhary I. Rapid detection of chromosome X, Y, 13, 18, and 21 aneuploidies by primed in situ labeling/synthesis technique // Indian J Hum Genet. -2013.-V. 19. -I. l.-P. 14−17.
  32. Liu Y., Wu Т., Song J., Chen X., Zhang Y., Wan Y. A mutant screening method by critical annealing temperature-PCR for site-directed mutagenesis // BMC Biotechnol. -2013.-V. 13.-1.21.-P. 1−8.
  33. Wagner E.M. Monitoring gene expression: quantitative real-time rt-PCR // Methods in Molecular Biology.-2013.-V. 1027.-P. 19−45.
  34. Dousti M., Abdi J., Bakhtiyari S., Mohebali M., Mirhendi Sh., Rokni M. Genotyping of Hydatid Cyst Isolated from Human and Domestic Animals in Ilam Province, Western Iran UsingPCR-RFLP // Iran J Parasitol. 2013. — V. 8. -1. 1. P. 47−52.
  35. Jonathan R. Brody and Scott E. Kern. History and principles of conductive media for standard DNA electrophoresis // Analytical Biochemistry. 2004. — V. 333. — P. 1−13.
  36. Silling S., Kreuter A., Hellmich M., Swoboda J., Pfister H., Wieland U. Human papillomavirus oncogene mRNA testing for the detection of anal dysplasia in HIVpositive men who have sex with men // J Clin Virol. -2012. -V. 53. -1. 4. P. 325−331.
  37. Combrinck C.E., Seedat R.Y., Burt F.J. FRET-based detection and genotyping of HPV-6 and HPV-11 causing recurrent respiratory papillomatosis // J Virol Methods. 2013. — V. 189.-I. 2.-P. 271−276.
  38. Ding C., Cantor C.R. Quantitative Analysis of Nucleic Acids the Last Few Years of Progress // Journal of Biochemistry and Molecular Biology. — 2004. — V. 37.1. 1. — P. 110.
  39. De Cecco L., Dugo M., Canevari S., Daidone M.G., Callari M. Measuring microRNA expression levels in oncology: from samples to data analysis // Crit Rev Oncog. 2013. -V. 18.-I. 4.-P. 273−287.
  40. Д. В. Саматов Г. А., Трофимов Д. Ю. и др. ПЦР «в реальном времени». -М.:БИНОМ. Лаборатория знаний. 2009. — 215с.
  41. Tandon R., Cattori V., Willi B., Lutz H., Hofmann-Lehmann R. Quantification of endogenous and exogenous feline leukemia virus sequences by real-time PCR assays // Vet Immunol Immunopathol. 2008. — V. 123. -1. 1−2. — P. 129−133.
  42. Klatt M., Bauer P. Accurate Real-Time Reverse Transcription Quantitative PCR // Plant Signal Transduction. 2009. — V. 479. — P. 61−77.
  43. Chen Y. Gelfond J.A., McManus L.M., Shireman P.K. Reproducibility of quantitative RT-PCR array in miRNA expression profiling and comparison with microarray analysis // BMC Genomics. 2009. — V. 10. — P. 407.
  44. Bastien P., Procop G.W., Reischl U. Quantitative real-time PCR is not more sensitive than «conventional» PCR // J Clin Microbiol. 2008. — V. 46. -1. 6. — P. 1897−1900.
  45. Salvatore A. E. Marras. Interactive Fluorophore and Quencher Pairs for Labeling Fluorescent Nucleic Acid Hybridization Probes // Mol Biotechnol. 2008. — V. 38. — P. 247−255.
  46. Sjoback R., Nygren J., Kubista M. Characterization of fluorescein-oligonucleotide conjugates and measurement of local electrostatic potential // Biopolymers. 1998. — V. 46.-I. 7.-P. 445−453.
  47. Faulds K., Jarvis R., Smith W.E., Graham D., Goodacre R. Multiplexed detection of six labelled oligonucleotides using surface enhanced resonance Raman scattering (SERRS) // Analyst.-2008.-V. 133.-I. 11,-P. 1505−1512
  48. Juskowiak B. Nucleic acid-based fluorescent probes and their analytical potential // Anal Bioanal Chem. 2011. — V. 399. -1. 9. — P. 3157−3176.
  49. Crisalli P., Hernandez A.R., Kool E.T. Fluorescence quenchers for hydrazone and oxime orthogonal bioconjugation // Bioconjug Chem. 2012. — V. 23. -1. 9. — P. 1969−1980.
  50. Chevalier A., Massif C., Renard P.Y., Romieu A. Bioconjugatable azo-based dark-quencher dyes: synthesis and application to protease-activatable far-red fluorescent probes // Chemistry. 2013. — V. 19. -1. 5. — P. 1686−1699.
  51. Marras S. A, Tyagi S., Kramer F.R. Real-time assays with molecular beacons and other fluorescent nucleic acid hybridization probes // Clin Chim Acta. 2006. — V. 363.1. 1−2. -P. 48−60.
  52. Whitcombe D., Theaker J., Guy S.P., Brown T., Little S. Detection of PCR products using self-probing amplicons and fluorescence //Nat Biotechnol. 1999. — V. 17. -1. 8. -P. 804−807.
  53. Carters R, Ferguson J., Gaut R., Ravetto P., Thelwell N., Whitcombe D. Design and use of scorpions fluorescent signaling molecules // Methods Mol Biol. 2008. — V. 429. — P. 99−115.
  54. Zhu G., Yang K., Zhang C.Y. Sensitive detection of methylated DNA using the short linear quencher-fluorophore probe and two-stage isothermal amplification assay // Biosens Bioelectron. 2013. — V. 49. — P. 170−175.
  55. Wang Z., Zhang K., Wooley K.L., Taylor J.S. Imaging mRNA Expression in Live Cells via PNA DNA Strand Displacement-Activated Probes // Journal of Nucleic Acids. -2012. V. 2012. — Article ID 962 652. — Pp. 11.
  56. Bassler H.A., Flood S.J., Livak K.J., Marmaro J., Knorr R., Batt C.A. Use of a fluorogenic probe in a PCR-based assay for the detection of Listeria monocytogenes // Appl Environ Microbiol. 1995. — V. 61. -1. 10. — P. 3724−3728.
  57. Daum L.T., Ye K., Chambers J.P., Santiago J., Hickman J.R., Barnes W.J., Kruzelock R.P., Atchley D.H. Comparison of TaqMan and Epoch Dark Quenchers during real-time reverse transcription PCR // Molecular and Cellular Probes. 2004. — V. 18. — P. 207 209.
  58. Vaisman B.L. Genotyping of Transgenic Animals by Real-Time Quantitative PCR with TaqMan Probes // Methods Mol Biol. 2013. — V. 1027. — P. 233−251.
  59. Jones R., Baker M.B., Weber M., Harrison D.G., Bao G., Searles C.D. Molecular beacons can assess changes in expression and 3'-polyadenylation of human eNOS mRNA // Am J Physiol Cell Physiol. 2009. — V. 296. -1. 3. — P. 498−504.
  60. Pierce K.E., Rice J.E., Sanchez J.A., Wangh L.J. Detection of cystic fibrosis alleles from single cells using molecular beacons and a novel method of asymmetric real-time PCR // Mol Hum Reprod. 2003. — V. 9. -1. 12. — P. 815−820.
  61. Yao Q., Zhang A.M., Ma H., Lin S, Wang X.X., Sun J.G., Chen Z.T. Novel molecular beacons to monitor microRNAs in non-small-cell lung cancer // Mol Cell Probes. 2012. -V. 26.-I. 5.-P. 182−187.
  62. Guo J., Ju J., Turro N.J. Fluorescent hybridization probes for nucleic acid detection // Anal Bioanal Chem. 2012. — V. 402. -1. 10. — P. 3115−3125.
  63. Massey M., Krull U.J. A fluorescent molecular switch for room temperature operation based on oligonucleotide hybridization without labeling of probes or targets // Anal Chim Acta.-2012.-V. 750.-P. 182−190.
  64. А.Г., Чувилин A.H., Смирнов И. П., Позмогова Г. Е., Травкин В. Ф. Анализ эффективности очистки НЕХ-олигонуклеотидов, полученных с использованием модифицированного метода деблокирования // Вестник МИТХТ. 2012. -№ 4. -Т.7. — С.72−75.
  65. Johansson L., GafVelin G., Arner E.S. Selenocysteine in proteins-properties and biotechnological use // Biochim. Biophys. Acta. 2005. — V. 1726. -1. 1. — P. 1−13.
  66. Kiyukov G.V., Castellano S., Novoselov S.V., Lobanov A.V., Zehtab O., Guigo R., Gladyshev V.N. Characterization of mammalian selenoproteomes // Science -2003. V. 300. -I. 5624.-P. 1439−1443.
  67. Srinivasan G., James C.M., Krzycki J.A. Pyrrolysine encoded by UAG in Archaea: charging of a UAG-decoding specialized tRNA // Science. -2002. -V. 296. -I. 5572. -P. 1459−1462.
  68. A. Генетический код: от теории эволюции до расшифровки ДНК.- М.: Центрполиграф. 2006. — 208 с.
  69. Практическая химия белка: Пер. с англ./Под ред. Дарбре А. М.: Мир. — 1989. — 623 с.
  70. Adebiyi A., Jin D.-H., Ogawa T., Muramoto К. Acid hydrolysis of protein in a microcapillary tube of the recovery of tryptophan // Biosci. Biotechnol. Biochem. 2005. — V. 69. — P. 255 257.
  71. Mirgorodskaya O., Korner R., Novikov A., Roepstorff P. Absolute Quantitation of Proteins by a Combination of Acid Hydrolysis and Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry // Anal. Chem. 2004. — V. 76. — P. 3569−3575.
  72. Baek C., HanifZ., Cho S.W., Kim D.I., Um S.H. Shape control of cellulose nanocrystals via compositional acid hydrolysis // J Biomed Nanotechnol. 2013. — V. 9. — I. 7. — P. 1293−1298.
  73. Mucha A. Synthesis and modifications of phosphinic dipeptide analogues // Molecules. -2012. V. 17. -I. 11.-P. 13 530−13 568.
  74. Alterman M., Gogichayeva N., Kornilayev B. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry-based amino acid analysis // Anal. Biochem. 2004. -V. 335.-P. 184−191.
  75. Yu H., Mou S.F. Effect of temperature on the retention of amino acids and carbohydrates in high-performance anion-exchange chromatography // J Chromatogr A. 2006. — V. 1118. -I. l.-P. 118−124.
  76. Yu H., Ding Y-.S., Mou S-.F., Jandik P., Cheng J. Simultaneous determination of amino acids and carbohydrates by anion-exchange chromatography with integrated pulsed amperometric detection // J of Chromatogr A. -2002. V. 966. — P. 89−97.
  77. Lohrig K., Sickmann A., Lewandrowski U. Strong cation exchange chromatography for analysis of sialylated glycopeptides // Methods Mol Biol. 2011. — V. 753. — P. 299−308.
  78. Bhushan R., Martens J. Separation of amino acids, their derivatives and enantiomers by impregnated TLC // Biomed Chromatogr. 2001. — V. 15. -1. 3. — P. 155−165.
  79. А., Патаки Г. Новые методы анализа аминокислот, пептидов и белков. Пер. с англ.: М.: Мир. — 1974. — 455 с.
  80. V., Сагрёпё М.А., Bouajila J., Gavard P., Feurer В., Couderc F. Recent advances in amino acid analysis by capillary electrophoresis // Electrophoresis. 2012. — V. 33. -I. l.-P. 14−35.
  81. Deng Y.H., Wang H., Zhang H.S. Determination of amino acid neurotransmitters in human cerebrospinal fluid and saliva by capillary electrophoresis with laser-induced fluorescence detection // J Sep Sci. 2008. — V. 31. -1. 16−17. — P. 3088−3097.
  82. Linz Т.Н., Snyder C.M., Lunte S.M. Optimization of the separation of NDA-derivatized methylarginines by capillary and microchip electrophoresis // J Lab Autom. 2012. — V. 17. -1. l.-P. 24−31.
  83. Hanczko R., Jambor A., Perl A., Molnar-Perl I. Advances in the o-phthalaldehyde derivatizations. Comeback to the o-phthalaldehyde-ethanethiol reagent // J Chromatogr A. 2007. — V. 1163. -1. 1−2. — P. 25−42.
  84. Shen Z., Sun Z., Wu L., Wu K., Sun S., Huang Z. Rapid method for the determination of amino acids in serum by capillary electrophoresis // J. of Chromatogr. A. 2002. — V.979. — P. 227−232.
  85. X., Пер. с нем. Р. Ш. Вартапетян, Руководство по капиллярному электрофорезу, Москва. 1996. — 229 с.
  86. Kitagawa F., Otsuka К. Recent progress in capillary electrophoretic analysis of amino acid enantiomers // J Chromatogr B. 2011. — V. 879. -1. 29. — P. 3078−3095.
  87. Beckers J.L., Bocek P. The preparation of background electrolytes in capillary electrophoresis: Golden rules and pitfalls // Electrophoresis 2003. — V. 24. — P. 518−535.
  88. Ladarola P., Ferrari F., Fumagalli M., Viglio S. Determination of amino acids by micellar EKC: Recent advances in method development and novel applications to different matrices // Electrophoresis. 2008. — V. 29. — P. 224−236.
  89. Zuskova I., Novotna A., Vcelakova K., Gas B. Determination of limiting mobilities and dissociation constants of 21 amino acids by capillary zone electrophoresis // J. of Chromatogr. B. 2006. — V. 841. — P. 129−134.
  90. Liu K., Wang L. Enantioseparations of amino acids by capillary array electrophoresis with 532 nm laser induced fluorescence detection // J Chromatogr A. 2013. — V. 1295. -P. 142−146.
  91. А.Г., Мельников И. О., Назимов И. В., Глубоков Ю. М. Капиллярный электрофорез немодифицированных генетически кодируемых // Журнал Аналитическая Химия. 2009. — Т. 64. — № 6. — С. 655−659.
  92. Kang X., Xiao J., Huang X., Gu Z. Optimization of dansyl derivatization and chromatographic conditions in the determination of neuroactive amino acids of biological samples // Clinica Chimica Acta. 2006. — V. 366. — P. 352−356.
  93. Masuda A., Dohmae N. Amino acid analysis of sub-picomolar amounts of proteins by precolumn fluorescence derivatization with 6-aminoquinolyl-N-hydroxysuccinimidyl carbamate // Biosci Trends. 2011. — V. 5. -1. 6. — P. 231−238.
  94. O.B., Сидоров А. И., Сульман Э. М. Экспресс-определение аминокислот методом капиллярного электрофореза без их предварительной дериватизации // Ж. Анал. Химии. -2003. -Т. 58. -№ 10. -С. 1093−1096.
  95. Lojkova L., Klejdus В., Formanek P., Kuban V. Supercritical Fluid Extraction of Bioavailable Amino Acids from Soils and Their Liquid Chromatographic Determination with Fluorometric Detection // J. Agric. Food Chem. 2006, — V. 54. — P. 6310−6138.
  96. Shen D., Li Y., Zhang Z., Zhang P., Kang Q. Determination of amino acids by capillary electrophoresis with differential resonant contactless conductivity detector // Talanta. -2013.-V. 104.-P. 39−43.
  97. Tuma P., Samcova E., Andelova K. Determination of free amino acids and related compounds in amniotic fluid by capillary electrophoresis with contactless conductivity detection //J. of Chromatogr. B. 2006. — V. 839. — P. 12−18.
  98. Fonteh A.N., Harrington R.J., Quantification of free amino acids and dipeptides using isotope dilution liquid chromatography and electrospray ionization tandem mass spectrometry // Amino Acids 2007. — V. 32. — P.203−212.
  99. Johnson D.W. Free amino acid quantification by LC-MS/MS using derivatization generated isotope-labelled standards // J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. -2011.-V. 879.-I. 17−18.-P. 1345−1352.
  100. Pereira D.M., Valentao P., Teixeira N., Andrade P.B. Amino acids, fatty acids and sterols profile of some marine organisms from Portuguese waters // Food Chem. 2013. — V. 141.-1.3.-P. 2412−2417.
  101. Moini M. High-throughput capillary electrophoresis-mass spectrometry: from analysis of amino acids to analysis of protein complexes // Methods Mol Biol. 2013. — V. 984. — P. 79−119.
  102. Ivanov A.R., Nazimov I.V., Lobazov A.P., Popkovich G.B. Direct determination of amino acids and carbohydrates by high-performance capillary electrophoresis with refractometric detection // J of Chromatogr A.-2000. -V. 894. P. 253−257.
  103. Makam S.S., Majumder S., Kingston J.J., Urs R.M., Tuteja U., Sripathi M.H., Batra H.V. Immuno capture PCR for rapid and sensitive identification of pathogenic Bacillus anthracis // World J Microbiol Biotechnol. 2013.
  104. С.П., Рахметова С. Ю., Бодоев Н. В., Арчаков А. И. Аптамеры как перспективные аффинные реагенты для клинической протеомики // Биомедицинская химия. 2007. — Т. 53. — №. 1, — С. 5−24.
  105. О.А., Малыгин А. А., Бабайлова С., Карпова Г. Г. Связывание рибосомного белка р40 человека и его укороченных форм с малой субчастицей рибосомы // Мол. Биол. 2008. — Т. 42. — №. 6. — С. 1023−1029.
  106. Ubhi B.K., Davenport P.W., Welch M., Riley J., Griffin J.L., Connor S.C. Analysis of chloroformate-derivatised amino acids, dipeptides and polyamines by LC-MS/MS // J Chromatogr В Analyt Technol Biomed Life Sci. 2013. — V. 934. — P. 79−88.
  107. Ilisz I., Aranyi A., Pataj Z., Peter A. Enantiomeric separation of nonproteinogenic amino acids by high-performance liquid chromatography // J Chromatogr A. 2012. — V. 1269. -P. 94−121.
  108. И.О., Глубоков Ю. М., Мосина А. Г., Назимов И. В. Способ разделения свободных генетически кодируемых аминокислот // Патент на изобретение № 2 346 931
  109. Desiderio С., Iavarone F., Rossetti D.V., Messana I., Castagnola M. Capillary electrophoresis-mass spectrometry for the analysis of amino acids // J Sep Sci. 2010. -V. 33.-I. 16.-P. 2385−2393.
  110. B.M. Молекулярная биология. Структура и функции белков. 3-е изд. -М.: Изд-во Моск. ун-та: Наука. — 2005. — 336 с.
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!