Таксономическое разнообразие микробного сообщества водной толщи озера Байкал
Диссертация
Для филогенетической идентификации культивируемых гетеротрофных бактерий был использован фрагмент гена 16S рРНК размером от 450 до 800 п.н., по которому ранее проводился анализ некультивируемого сообщества. Несмотря на наличие нескольких вариабельных районов, этот участок оказался не достаточно протяженным для корректной видовой идентификации бактерий рода Pseudomonas. Кроме того, при… Читать ещё >
Список литературы
- Афанасьев А.Н. Водный баланс озера Байкал // Тр. Байкальской Лимнологической станции. 1960. — Т. 18. — С. 155−241.
- Бакунина И.Ю., Иванова Е. П., Михайлова В. В., Недашковская О.К, Горшкова Н. М., Парфенова В. В. Распространение a-N-ацетилгалактозаминидаз среди морских и пресноводных микроорганизмов // Микробиология. 1994. Т. 63. № 5. — С. 847−853.
- Беликов С.И., Грачев М. А., Земская Т. И., Манакова Е. Н., Парфенова В. В. Определение таксономического положения бактерий из озера Байкал методом анализа последовательностей фрагментов // Микробиология. 1996. Т. 63. № 5. — С. 847−853.
- Белых О.И., Заика Е. И., Березиков Е. В. Автотрофный пикопланктон озера Байкал // Сибирский Экологический журнал. 1999. № 6. — С. 631 637.
- Бондаренко Н.А., Гусельникова Н. Е. Продукция фитопланктона Южного Байкала // Изв. СО АН СССР. Сер. биол. Науки. 1989. № 1. — С. 7780.
- Верхозина В.А. Микробиальные процессы круговорота азота в Байкале // Микроорганизмы в экосистемах озер и водохранилищ. -Новосибирск: Наука, 1985. С. 332.
- Вотинцев К.К., Мещерякова А. И., Поповская Г. И. Круговорот органического вещества в озере Байкал. Новосибирск: Наука, 1975. -189 с.
- Грачев М.А. О современном состоянии экологической системы озера Байкал. Новосибирск: Издательство СО РАН, 2002. — 156 с.
- Дедков B.C., Репин В. Е., Речкунова Н. И., Дегтярев С. Х., Верхозина В. А., Виноградова Т. П. Выявление штаммов-продуцентов эндонуклеаз рестрикции среди водных микроорганизмов озера Байкал // Изв. СО АН СССР. Сер. биол. Науки. 1990. Т. 1. — С. 35−37.
- Дрюккер В.В., Штевнева А. И. Микробиологические исследования на Байкале // Путь познания Байкала. Новосибирск: Наука, 1987. — С. 156−163.
- Дрюккер В.В., Косторнова Т. Я., Моложавая О. А., Афанасьев В. А. Оценка качества воды оз. Байкал по санитарно-бактериологическим показателям // География и природные ресурсы. 1993. Т. 1. — С. 6064.
- Егоров Н.С. Практикум по микробиологии Москва: Изд-во МГУ, 1976. С. 139−149.
- Иванова Е.П., Бакунина И. Ю., Горшкова Н. М., Романенко JI.A., Михайлов В. В., Елякова JI.A., Парфенова В. В. Распространение хитинразлагающих ферментов у морских и пресноводных микроорганизмов // Биология моря. 1992. Т. 3−4. — С. 69−75.
- Кожова О.М., Казанцева Э. А. О сезонных изменениях численности бактериопланктона в водах озера Байкал. // Микробиология. 1961. Т.30. № 1. — С.113−117.
- Кузнецов С.И. Сравнительная характеристика биомассы бактерий и фитопланктона в поверхностном слое воды среднего Байкала // Труды Байкальской Лимнологической Станции АН СССР. 1951. Т. 13. — С. 217−224.
- Лаптева Н.А. Видовая характеристика гетеротрофных бактерий в озере Байкал // Микробиология. 1990. Т. 59. № 3. — С. 499−506.
- Максимова Э.А., Колесницкая Г. Н. К идентификации сапрофитной микрофлоры Южного Байкала // Новые материалы по фауне и флоре Байкала. Иркутск: Наука, 1976. — С. 74−79.
- Младова Т.А. О качественном составе бактериопланктона // Труды Лимнологического института СО АН СССР. 1971. Т. 12. № 32. — С. 196−201.
- Намсараев Б.Б., Дулов JI.E., Дубинина Г. А., Земская Т. И., Гранина JI.3., Карабанов Е. В. Участие бактерий в процессах синтеза и деструкции органического вещества в микробных матах озера Байкал // Микробиология. 1994. Т. 63. № 2. — С. 345−351.
- Намсараев Б.Б., Дулов JI.E., Земская Т. Н., Карабанов Е. Б. Геохимическая деятельность сульфатредуцирующих бактерий в донных осадках озера Байкал // Микробиология. 1995(a) Т. 64. № 3. — С. 405−410.
- Намсараев Б.Б., Дулов JI.E., Соколова Е. Н., Земская Т. Н. Бактериальное образование метана в донных осадках озера Байкал // Микробиология. 1995(6). Т. 64. № 3. — С. 411−417.
- Намсараев Б.Б., Дулов JI.E., Земская Т. Н. Разложение целлюлозы в донных осадках озера Байкал. // Микробиология. 1995(b). Т. 64. № 4. — С. 553−558.
- Намсараев Б.Б., Земская Т. Н. Микробиологические процессы круговорота углерода в донных осадках озера Байкал. Новосибирск: Издательство СО РАН Филиал «ГЕО», 2000. — 154 с.
- Парфенова В.В. Количественная характеристика и сезонная динамика микроорганизмов, мобилизующих фосфаты в воде Байкала // Микроорганизмы в экосистемах озер и водохранилищ. -Новосибирск: Наука, 1985. С. 42−55.
- Парфенова В.В., Илялетдинов А. Н. Видовой состав фосформобилизу-ющих микроорганизмов, выделенных из воды и грунтов Байкала // Микроорганизмы в экосистемах озер и водохранилищ. -Новосибирск: Наука, 1985. С. 55−64.
- Поповская Г. И. Новый вид рода Synechocystis Sauv. в планктоне озера Байкал // Новости систематики низших растений. 1968. — С.3−5.
- Романова А.П. Интенсивность развития бактериальной флоры на литорали озера Байкал (по пластинкам обрастания) // Микробиология. 1958. Т. 27. № 5. — С. 634−640.
- Семенова Е.А., Кузнеделов К Д. Изучение видового разнообразия пикопланктона озера Байкал путем сравнительного анализа 5'-концевых участков генов 16S рРНК // Молекулярная Биология. 1998. Т. 32. № 5.-С. 895−901.
- Amann R.I., Krumholz L., Stahl D.A. Fluorescent oligonucleotide probing of whole cells for deteminative, phylogenetic, and environmental studies inmicrobiology // Journal of Bacteriology. 1990(b). — Vol. 172. — P. 762 770.
- Amann R.I., Lin C., Key R., Montgomery L., Stahl D.A. Diversity among Fibrobacter isolates: towards a phylogenetic classification // Systematic and Applied Microbiology. 1992. — Vol. 15. — P. 32−31.
- Amann R. I. In situ identification of micro-organisms by whole cell hybridization with rRNA-targeted nucleic acid probes // Molecular Microbial Ecology Manual. Netherlands: Kluwer, 1995. — Vol. 3.3.6. — P. 1−15.
- Amann R.I., Ludwig W., Schleifer K.H. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation // Microbiological Reviews. 1995. — Vol. 59. — P. 143−169.
- Anzai Y., Kim H., Park J.-Y., Wakabayashi H., Oyaizu H. Phylogenetic affiliation of the pseudomonads based on 16S rRNA sequence // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. -2000.-Vol. 50.-P. 1563−1589.
- Bahr, M., J. E. Hobbie, and M. L. Sogin. Bacterial diversity in an arctic lake a freshwater SARI 1 cluster // Aquatic Microbial Ecology. 1996. — Vol. 11. -P. 271−277.
- Belykh O.I., Semenova E.A., Kuznedelov K.D., Zaika E.I., Guselnikova N.E. An eukaryotic alga from picoplankton of Lake Baikal: morphology, ultrastructure and rDNA sequence data // Hydrobiologia. 2000. — Vol. 435.-P. 83−90.
- Blackstone G.M., Nordstrom J.L., Vickery M.C., Bowen M.D., Meyer R.F., DePaola A. Detection of pathogenic Vibrio parahaemolyticus in oyster enrichments by real time PCR // Journal of Microbiological Methods. -2003.-Vol. 53.-P. 149−155.
- Bruce I.J. Nucleic acid amplification mediated microbial identification // Science Progress. 1993. — Vol. 77. — P. 183−206.
- Chandler D.P., Fredrickson J.K., Brockman F.J. Effect of PCR template concentration on the composition and distribution of total community 16S rDNA clone libraries // Molecular Ecology. 1997. — Vol. 6. — P. 475182.
- Christensson M., Blackall L.L., Welander T. Metabolic transformations and characterization of the sludge community in an enhanced biological phosphorus removal system // Applied Microbiology and Biotechnology. -1998.-Vol. 49.-P. 226−234.
- Christner B.C., Mosley-Thompson E., Thompson L.G., Reeve J.N. Isolation of bacteria and 16S rDNAs from Lake Vostok accretion ice // Environmental Microbiology. -2001. Vol. 3. — P. 570−577.
- Costello A.M., Lidstrom M.E. Molecular characterization of functional and phylogenetic genes from natural populations of methanotrophs in lake sediments // Applied and Environmental Microbiology. 1999. — Vol. 65. — P. 5066−5074.
- DeLong E.F., Wickham G.S., Pace N.R. Phylogenetic stains: ribosomal RNA-based probes for the identification of single cells // Science. 1989. — Vol. 243.-P. 1360−1363.
- Denner E.B., Kampfer P., Busse H.J., Moore E.R. Reclassification of Pseudomonas echinoides Heumann 1962, 343AL, in the genus
- Sphingomonas as Sphingomonas echinoides comb. nov. // International Journal of Systematic Bacteriology. 1999. — Vol. 49. — P. 1103−1109.
- Ehrich S., Behrens D., Lebedeva H., Ludwig W., Bock E.J. A new obligately chemolithoautotrophic, nitrite-oxidizing bacterium, Nitrospira moscoviensis sp. nov. and its phylogenetic relationship // Archive Microbiology. 1995. — Vol. 164. — P. 16−23.
- Ellis R.J., Morgan P., Weightman A.J., Fry J.C. Cultivation-dependent and -independent approaches for determining bacterial diversity in heavy-metal-contaminated soil 11 Applied and Environmental Microbiology. 2003. -Vol. 69.-P. 3223−3230.
- Evers S., Weizenegger M., Ludwig W., Schink В., Schleifer K.H. The phylogenetic positions of Pelobacter acetylenicus and Pelobacter propionicus 11 Systematic and Applied Microbiology. 1993. — Vol. 16. -P. 216−218.
- Garcia-Martinez J., Acinas S.G., Anton A.I., Rodriges-Valera F. Use of the 16S-23 S ribosomal genes spacer region in studies of prokaryotic diversity // Journal of Microbiological Methods. 1999. — Vol. 36. — P. 55−64.
- Giovannoni S.J., Turner S., Olsen G.J., Bams S., Lane D.J., Pace N.R. Evolutionary relationships among cyanobacteria and green chloroplasts // Journal of Bacteriology. 1988(a). — Vol. 170. — P. 3584−3592.
- Giovannoni S.J., DeLong E.F., Olsen G.J., Pace N.R. Phylogenetic group-specific oligodeoxynucleotide probes for identification of single microbial cells // Journal of Bacteriology. 1988(b). — Vol. 170. — P. 720−726.
- Giovannoni S.J., Britschgi T.B., Moyer C.L., Field K.G. Genetic diversity in Sargasso Sea bacterioplankton // Nature. 1990. — Vol. 345. — P. 60−63.
- Gloeckner F.O., Fuchs B.M., Amann R. Bacterioplankton compositions of lakes and oceans: a first comparison based on fluorescence in situ hybridization // Applied and Environmental Microbiology. 1999. — Vol. 65. — P. 37 213 726.
- Glockner F.O., Babenzien H.D., Amann R. Phylogeny and identification in situ of Nevskia ramose // Applied and Environmental Microbiology. 1998. -Vol. 64.-P. 1895−1901.
- Goebel B.M., Stackebrandt E. Cultural and phylogenetic analysis of mixed microbial populations found in natural and commercial bioleaching environments // Applied and Environmental Microbiology. 1994. — Vol. 60.-P. 1614−1621.
- Gray N.D., Head I.M. Linking genetic identity and function in communities of uncultured bacteria // Environmental Microbiology. 2001. — Vol. 3. — P. 481−492.
- Heyrman J., Swings J. 16S rDNA sequence analysis of bacterial isolates from biodeteriorated mural paintings in the Servilia tomb (Necropolis of
- Carmona, Seville, Spain // Systematic and Applied Microbiology. 2001. -Vol. 24.-P. 417−422.
- Para T.M., Nakatsu C.H., Pantea L., Alleman J.E. Phylogenetic analysis of bacterial communities in mesophilic and thermophilic bioreactors treatingpharmaceutical wastewater // Applied and Environmental Microbiology. -2000. Vol. 66. — P. 3951−3959.
- Nakabachi A., Ishikawa H., Kudo T. Extraordinary proliferation of microorganisms in aposymbiotic pea aphids, Acyrthosiphon pisum H Journal of invertebrate pathology. 2003. — Vol. 2. — P. 152−161.
- Olsen G.J., Pace N.R., Nuell M., Kaine B.P., Gupta R., Woese C.R. Sequence of the 16S rRNA gene from the thermoacidophilic archaebacterium
- Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular Coning. A laboratory Manual // Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. Vol. 2.-345 p.
- Selenska-Pobell S., Flemming K., Tzvetkova Т., Raff J., Schnorpfeil M, Geissler A. Bacterial communities in uranium mining waste piles and their interactions with heavy metals // Uranium in the aquatic environments. -Springer, 2002. p. 455−464.
- Sly L.I., Cox T.L., Beckenham T.B. The phylogenetic relationships of Caulobacter, Asticcacaulis, and Brevundimonas species and their taxonomic implications // International Journal of Systematic Bacteriology. 1999. — Vol. 49. — P. 483−488.
- Snaidr J., Amann R., Huber I., Ludwig W., Schleifer K.-H. Phylogenetic analysis and in situ identification of bacteria in activated sludge // Applied and Environmental Microbiology. 1997. — Vol. 63. — P. 2884−2896.
- Stahl D.A., Lane D.J., Olsen G.J., Pace N.R. Characterization of a Yellowstone hot spring microbial community by 5S rRNA sequences // Applied and Environmental Microbiology. 1985. — Vol. 49. — P. 1379−1384.
- Stahl D.A., Flesher В., Mansfield H.R., Montgomery L. Use of phylogenetically based hybridization probes for studies of ruminal microbial ecology // Applied and Environmental Microbiology. 1988. — Vol. 54. — P. 10 791 084.
- Stahl D.A., Key R., Flesher В., Smit J. The phylogeny of marine and freshwater caulobacters reflects their habitat // Journal of Bacteriology. 1992. Vol. 174. -P. 2193−2198.
- Stein L.Y., La Due M.T., Grundl T.J., Nealson K.H. Bacterial and archaeal populations associated with freshwater ferromanganous micronodules and sediments // Environmental Microbiology. 2001. — Vol. 3. — P. 10−18.
- Stein L.Y., Jones G., Alexander В., Elmund K, Wright-Jones C., Nealson K.H. Intriguing microbial diversity associated with metal-rich particles from a freshwater reservoir // FEMS Microbiology Ecology. 2002. V. 42. № 3. -C. 431−440.
- Turner S., Burger-Wiersma Т., Giovannoni S.J., Mur L.R., Pace N.R. The relationship of a prochlorophyte Prochlorothrix hollandica to green chloroplasts // Nature. 1989. — Vol. 337. — P. 380−382.
- Urbach E., Vergin K.L., Young L., Morse A., Larson G.L., Giovannoni S.J. Unusual bacterioplankton community structure in ultra-oligotrophic Crater Lake // Limnological Oceanography. 2001. — Vol. 46. — P. 557−572.
- Wang G.C., Wang Y. The frequency of chimeric molecules as a consequence of PCR co-amplification of 16S rRNA genes from different bacterial species // Microbiology. 1996. — Vol. 142. — P. 1107−1114.
- Ward D.M., Weller R., Bateson M.M. 16S rRNA sequences reveal numerous uncultured microorganisms in a natural community 11 Nature. 1990. -Vol. 345.-P. 63−65.
- Webster N.S., Wilson K.J., Blackall L.L., Hill R.T. Phylogenetic diversity of bacteria associated with the marine sponge Rhopaloeides odorabile H Applied and Environmental Microbiology. 2001. — Vol. 67. — P. 434−444.
- Wise M.G., McArthur J. V., Shimkets L.J. Bacterial diversity of a Carolina bay as determined by 16S rRNA gene analysis: confirmation of novel taxa // Applied and Environmental Microbiology. 1997. — Vol. 63. — P. 1505— 1514.
- Woese C.R. Bacterial Evolution // Microbiological Reviews. 1987. — Vol. 51. -P. 221−271.
- Woese C.R., Fox G.E. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms // Proceedings of the National Academy of Sciences of USA. 1977. — Vol. 74. — P. 5088−5090.